Perubahan kondisi terumbu karang yang terjadi dan selanjutnya akan berpengaruh terhadap lingkungan pada umumnya dapat menyebabkan kondisi sumberdaya ikan dan biota lainnya berubah pula. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui hubungan antara komunitas ikan karang dengan persentase tingkat kehidupan karang di perairan Kepulauan Seribu pada 10 stasiun pengamatan. Pengamatan kesehatan terumbu karang melalui identifikasi tutupan karang dengan metode transek garis atau Line Intercept Transect (LIT). Analisa keragaman hayati ikan karang menggunakan indeks keanekaragaman, keseragaman dan dominansi. Hasil pengamatan tentang kondisi karang hidup dan komunitas ikan karang pada 10 stasiun berkisar antara 15.00 persen sampai dengan 81.00 persen, dengan nilai persentase karang hidup tertinggi pada stasiun IX dengan lokasi DPL Utara Pulau Tidung dengan nilai 81.00 persen yang berarti daerah tersebut berada pada kategori persentase karang hidup sangat tinggi, sedangkan nilai persentase tutupan karang terendah terlihat pada stasiun VII tepatnya didaerah Pulau Semak Daun (15.00 persen). Analisis berdasarkan hasil pengamatan sensus visual terhadap komunitas ikan target, indikator dan mayor menunjukkan adanya hubungan yang sangat rendah diantara komunitas ikan-ikan karang terhadap tingkat keberadaan terumbu karang yang ada. Akan tetapi hubungan antara persentasse tutupan karang dengan komunitas ikan karang menunjukkan hasil bahwa peningkatan nilai persentase tutupan karang seiring dengan peningkatan jumlah komunitas ikan yang ada.