Lamun merupakan tumbuhan berbunga yang beradaptasi untuk hidup terendam di dalam air laut. Dari perairan Indonesia tercatat 12 spesies lamun. Ekosistem lamun memiliki asosiasi dengan berbagai kelompok organisme. Salah satu di antaranya adalah perifiton, yaitu organisme bersel tunggal yang menempel pada daun lamun. Perifiton adalah bagian dari tingkat trofik yang memiliki peranan baik secara langsung ataupun tidak langsung. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui komposisi dan kelimpahan perifiton pada ekosistem lamun di perairan Pulau Parang, Karimunjawa. Penelitian dilaksanakan di perairan Pulau Parang, Karimunjawa pada bulan Juni, September dan Desember 2012 di 4 (empat) stasiun pengamatan. Dari hasil pengamatan di ekosistem lamun ditemukan 62 genus perifiton. Frekuensi spesies perifiton tertinggi ditemukan di Pulau Kumbang dengan 53, sedangkan paling rendah terdapat di Pulau Kembar sebanyak 29. Spesies perifiton yang mendominasi selama pengamatan adalah Navicula sp dari kelas Bacillariophyceae. Kelimpahan perifiton tertinggi terdapat di Pulau Kumbang (237.000 individu/cm2) dan terendah di Legon Boyo (17.231 individu/cm2). Indeks biologis perifiton selama pengamatan menggambarkan bahwa indeks keanekaragaman (H’) perifiton di kawasan tersebut rendah, sedangkan indeks keseragamannya (E) yang berada dalam kondisi sedang. Indeks dominansi (C) menunjukkan bahwa ada dominansi yang tinggi di kawasan pulau Parang yang disebabkan karena adanya organisme perifiton yang berbembang lebih cepat dibandingkan perifiton lain.