Bachillerato en el Instituto Perez Galdós, en Las Palmas.
Manuel Caballero mostró pronto su interés por la naturaleza, inclinación que determinó, posteriormente, su vida profesional. Es Doctor Ingeniero Agrónomo por la Universidad Politécnica de Madrid, habiendo obtenido el premio extraordinario de doctorado de dicha universidad., por un trabajo de investigación sobre la introducción de especies silvestres nativas de las islas como plantas ornamentales cultivadas.
Investigador del Centro Regional de Canarias del Instituto Nacional de Investigaciones Agrarias (INIA), y posteriormente del ICIA (al transferirse las competencias a la comunidad autónoma).
Su especialización anterior co