More Related Content
Viewers also liked (20)
D
- 1. 0.1 e s? G? sto?c elektronowa mer¨®w Wyniki lokalizacji wygodnie jest ukaza? w postaci czastkowej g? sto?ci elektrono- c ? e s wej powiazanej z danym merem, czyli warstwy macierzy D ? OAO . G? sto? c mozna e s? ¨B przedstawia? jako macierz, w kt¨®rej rz? dy i kolumny reprezentuja poszczeg¨®lne c e ? ¨B ¨B c e s? orbitale. Mozna tez prezentowa? g? sto?c w formie izopowierzchni w bazie prze- strzennej. ¨B Ponizej przedstawiono g? sto?ci elektronowe uk?ad¨®w 4H2 O, pi? cio- i pi? t- e s e e nastomerowej poliglicyny oraz liniowego dekanu. Domy?lna warto?cia izopo- s ? s ? wierzchni g? sto?ci elektronowej jest 0, 01. e s 0.1.1 Poliwoda Rysunek 1: Poliwoda STO-3G Rysunek 2: Poliwoda 6-311G ¨B Nie ma widocznej r¨®znicy mi? dzy czastkowymi g? sto?ciami wody w bazach e ? e s STO-3G i 6-311G , je?li g? sto?ci te prezentowane sa w przestrzeni R3 -(rys.2 s e s ? ¨B i rys.1 ). Z powodu r¨®znych rozmiar¨®w bazy, macierzowe wizualizacje 4H2 O ¨B ? e STO-3G i 6-311G (rys.3 i rys.5 ) r¨®znia si? . W przypadkach obu baz dosz?o do dobrej lokalizacji (rys.4 i rys.6 ). 1
- 2. Rysunek 3: Poliwoda STO-3G macierzowo e s? Rysunek 4: G? sto?c elektronowa poliwody STO-3G rozseparowana na pojedyn- cze czasteczki ? 2
- 3. Rysunek 5: Poliwoda 6-311G macierzowo e s? Rysunek 6: G? sto?c elektronowa poliwody STO-3G rozseparowana na pojedyn- cze czasteczki ? 3
- 4. 0.1.2 Dekan Na przyk?adzie dekanu 6-311G przedstawiono rozk?ad g? sto?ci elektronowej e s ¨B acych oraz dla antywiazacych(rys. 7, 8, 9). Or- dla orbitali jednocentrowych, wiaz ? ? ?¨B? ?¨B ? ?¨B ? bitale wiazace i antywiazace sa dobrze zlokalizaowane. Orbitale zaj? te jednocen- ? e ¨B e ¨B c trowe zwykle sa dobrze zlokalizowane, ale moze si? zdazy? nieco s?absza lokali- ? zacja np. dla lokalizacji pierwszego meru dekanu metoda mer-mer-?acznik(rys.8 ). ? ? e s? G? sto?c powiazana z orbitalami wirtualnymi (rys.7 ) jest najs?abiej zlokalizowana, ? ¨B ¨B ale koncentruje si? w poblizu rozwazanego meru. e Rysunek 7: G? sto?ci elektronowe fragment¨®w dekanu 6-311G e s g? sto?ci czastkowe od lewej: wirtualnych orbitali zlokalizowanych jednocentrowych, orbitalu wia¨B acego, zaj? - e s ? ?z ? e tych orbitali zlokalizowanych jednocentowych, orbitalu antywia¨B acego ?z ? 4
- 5. Rysunek 8: G? sto?ci elektronowe dekanu 6-311G i oraz g? sto?ci czaskowe e s e s ? powiazane z jego fragmentami ? ?z ? ?z ? n ? orbital antywia¨B acy(lewy g¨®rny), orbital wia¨B acy(prawy g¨®rny), mer kra? cowy(lewy dolny), mer srodkowy (prawy dolny) Rysunek 9: Warstwy DOAO e s? e s? Z lewej: G? sto?c orbitali jednocentrowych; Z prawej: G? sto?c orbitali wia¨B acych, co drugiego ?z ? 5
- 6. 0.1.3 Poliglicyna - warstwy DOAO Na przyk?adzie pi? ciomerowej poliglicycyny 6-31G por¨®wnano lokalizacje hur- e towe z uwzgl? dnieniem i bez uwzgl? dnienia wiaza? kowalencyjnych mi? dzy me- e e ? n e e s? e s? rami. Prawie ca?a g? sto?c elektronowa, to g? sto?c powiazana z orbitalami jedno- ? e s? ¨B centrowymi, wi? c pe?na g? sto?c elektronowa (metoda hurtowa), niewiele r¨®zni si? e e od g? sto?ci elktronowej powiazanej tylko z orbitalami jednocentrowymi (metoda e s ? hurtowa PPlik) (rys.10 ). e s? G? sto?c elektronowa powiazana z wiazaniami kowalencyjnymi jest wyra? nie ? ? z ¨B e? ? zlokalizowana na wiazaniach, ale, w odr¨®znieniu od dekanu, cz? sc takiej g? sto?ci ? e s znajduje si? na elektroujemnych sasiadach(na tlenie) lub jest wyciagni? ta w ich e ? ? e e s ?¨B ? kierunku(azotu) (rys.11 ). G? sto?ci orbitali antywiazacych sa zlokalizowane, jed- ? ¨B ¨B nak ich kszta?t jest bardziej z?ozony, niz ich odpowiednik¨®w dla alkan¨®w ( rys.7 ? c ¨B i rys.11 ). Nie wykazuja one, cho? by zblizonej, symetrii obrotowej wok¨®? osi wiazania (rys.11 ). ? e s? Rysunek 10: G? sto?c elektronowa peptydu pi? ciu glicyn 6-31G e Z lewej: Prosta lokalizacja hurtowa nr 3; Z prawej: Lokalizacja hurtowa Pplik, tylko orbitale jednocentrowe e s ? e ?¨B ? Rysunek 11: G? sto?ci czastkowe peptydu pi? ciu glicyn. Orbitale wiazace(z lewej) ?¨B ? i orbitale antywiazace (z prawej) 6
- 7. 0.1.4 Poliglicyna - por¨®wnanie dok?adno?ci lokalizacji s ¨B Przyk?ad pi? tnastomerowej poliglicyny 6-31G s?uzy do por¨®wnania wynik¨®w e lokalizacji mer po merze, hurtowej oraz hurtowej Pplik. W metodzie mer po merze ¨B s? moze doj?c propagujacego si? b?? du niew?a?ciwego przyporzadkowania orbitali do ? e e s ? mer¨®w. Zwykle jednak (rys.12 ) niewielkie kawa?ki g? sto?ci ko? cowych mer¨®w e s n znajduja si? na poprzednich merach. W przypadku lokalizacji hurtowej (rys.13 ) ? e e s? ¨B g? sto?c, opr¨®cz lokalizacji na danym merze, jest takze zlokalizowna na niekoniecz- nie sasiednim wiazaniu kowalencyjnym. Dla lokalizacji hurtowej pPlik rys.14 g? - ? ? e s ? ¨B sto?ci czastkowe w rozwazanym przypadku by?y najlepiej zlokalizowane spo?r¨®d s por¨®wnanych metod. Na rysunku 15 przedstawiono wyninki lokalizacji hurtowej e? pi? tnastomerowej poliglicyny. Jedyny istotny defekt takiej lokalizacji to cz? sciowe e lokalizowanie g? sto?ci dalszych mer¨®w na pierwszym wiazaniu kowalencyjnym. e s ? e s? e Rysunek 12: G? sto?c pi? tnastego meru poliglicyny 6-31G metoda mer po merze e s? e Rysunek 13: G? sto?c pi? tnastego meru poliglicyny 6-31G metoda hurtowa 7
- 8. e s? e Rysunek 14: G? sto?c pi? tnastego meru poliglicyny 6-31G metoda hurtowa Pplik e s? Rysunek 15: G? sto?c elektronowa poliglicyny podzielona na g? sto?ci czastkowe; e s ? metoda hurtowa 8
- 9. 0.1.5 Poliglicyna-dodatek Przedstawiono wyniki lokalizacji dla pi? ciomeru glicyny 6-31G . e Rysunek 16: Poliglicyna 6-311G mer 1 Rysunek 17: Poliglicyna 6-311G mer 2 9
- 10. Rysunek 18: Poliglicyna 6-311G mer 3 Rysunek 19: Poliglicyna 6-311G mer 4 10
- 11. Rysunek 20: Poliglicyna 6-311G mer 5 11