�ݺ�ߣ

Pharmauho Jurnal Farmasi, Sains, dan Kesehatan
Volume 5 Nomor 1 April 2019 ISSN: 2442-9791
Pharmauho Vol. 4 No. 2, 09/2018, Hal. 1
Pemodelan Homologi Protein Receptor Orphan
Receptor-1 (ROR-1) Sebagai Target Terapi Chronic
Lymphocytic Leukemia (CLL)
Ruslin, Suci Rahmawati Putri, Muhammad Arba
Fakultas Farmasi Universitas Halu Oleo, Kampus Hijau Bumi Tridharma Anduonohu, Jl. H. E. A. Mokodompit Kendari 93232
E-mail: mahaleo241@yahoo.co.id
Abstract
Receptor Orphan Reseptor-1 (ROR-1) is a trans-membrane protein consists of 937 amino acid residues located on 1p31.3
chomosome. ROR-1 has an important role in leukemogenesis of CLL cells. Co-expressions of ROR-1 and TCL enhance
leukemogenesis and caused AKT’s phosphorylation, cell’s proliferations, and resistances to apoptosis. This study had done
physicochemical characteristics analysis, secondary structure and tertiary structure prediction of ROR-1 Protein using few types of
bioinformation tools. The physicochemical characteristics analysis was done by using Expasy Protparam server and the prediction
of secondary structure was using Sopma and Psipred. The prediction of ROR-1’s tertiary structure was done by using Modeller 9.19
software and resulting five ROR-1’s tertiary structures predicted model. The accuration of the results then evaluated using
Ramachandran’s plot analysis and it was showed Model 3 is the best models wich percentage is 82%.
Keywords: ROR-1, Choronic Lymphocytic Leukemia (CLL), homology modeling, Modeller, Ramachandran plot
1. Pendahuluan
Leukemia atau kanker darah adalah penyakit
keganasan sel darah yang berasal dari sumsum tulang
ditandai dengan proliferasi sel-sel darah putih, oleh adanya
sel-sel abnormal yang diproduksi secara tak normal
(transformasi maligna) dari sel-sel pembentuk darah di
sumsum tulang dan jaringan limfoid [1]. Leukemia
termasuk ke dalam jenis tumor cair (liquid tumor) [2].
Leukemia ditandai oleh penimbunan sel darah putih yang
abnormal dalam sumsum tulang, yang dapat menyebabkan
kegagalan sumsum tulang dan meningkatnya sirkulasi sel
darah putih [3].
Chronic Lymphocytic Leukemia (CLL) merupakan
keganasan hematologi yang ditandai akumulasi limfosit
kecil matang dalam darah, sumsum tulang dan jaringan
limfoid. Resiko terjadinya penyakit ini meningkat dengan
bertambahnya usia, dan lebih sering dijumpai pada laki-laki
dibandingkan dengan wanita [4]. Data statistik kanker
Surveillance, Epidemiology, and End Result Program
National Cancer Institute prevalensi leukemia sebesar 13,7
per 100.000 populasi per tahun, dan jumlah kematian
leukemia sebesar 6.8 per 100.000 populasi per tahun.
Leukemia berada di urutan ke-9 dilihat dari prevalensi
kejadiannya, yaitu sebesar 3.7% dari seluruh kanker. [5].
Pilihan obat yang digunakan untuk pengobatan CLL adalah
Fludarabine di kombinasi dengan senyawa berbeda seperti
siklofosfamid dan anti-CD20 mAbs telah meningkatkan
efisiensi dan efektivitas pengobatan. Akan tetapi, obat ini
hanya efektif untuk pengendalian penyakit bukan untuk
terapi [6]. Banyak usaha yang telah dilakukan untuk
mengatasi kekurangan terapi CLL saat ini. Banyak peneliti
telah mencoba menyajikan modalitas baru untuk terapi
CLL menggunakan pendekatan berbeda termasuk mAbs
spesifik, inhibitor tyrosine kinase, imunotoksin, dan terapi
sel[7]. Semua modilitas berpotensi terapeutik terutama
protein ROR-1 ditargetkan untuk terapi CLL [8].
Reseptor Orphan Reseptor-1 (ROR-1) adalah protein
transmembran yang terdiri dari 937 residu asam amino.
ROR-1 terletak pada kromosom 1p31.3[9]. ROR-1 juga
memiliki peran dalam leukemogenesis dari sel CLL dengan
berinteraksi pada sel T antigen leukemia yang merupakan
aktivator dari AKT. Ko-ekspresi dari ROR-1 dan TCL 1
meningkatkan leukemogenensis sehingga terjadi fosforilasi
AKT proliferasi sel dan resisten terhadap apoptosis [10].
Fosforilasi ROR-1 residu tirosin pertama dan terakhir
sangat penting. ROR-1 secara konstitutif terfosforilasi
residu tirosin pada sel Chronic Lymphocytic Leukemia
(CLL), Anti-ROR-1 mAbs melawan Domain CRD dan
KNG menginduksi defosforilasi ROR-1 di residu tyrosine
diikuti oleh apoptosis sel leukemia[11].
Berdasarkan profil ekspresi pengujian ROR-1
dilakukan secara praklinis pada kelinci fab khusus untuk
ROR-1 sebagai target baru untuk terapi CLL. Hasil
penelitian yang dilakukan menunjukkan bahwa ROR-1
secara kolektif dapat mengikat molekul pada manusia dan
mengaktifkan antibody-dependent cell-mediated
cytotoxicity (AADC), complement mediated cytotoxicity
(CDC) serta induksi apoptosis sel pada CLL dimana
ekspresi yang kuat dari ROR-1 dapat terlihat pada sel-B
CLL [12]. Terapi kanker pada sel target muncul sebagai
pilihan pengobatan baru untuk berbagai jenis kanker. Salah

Pharmauho Vol. 4 No. 2 Ruslin dkk.
2
satu pendekatan yang dapat dilakukan untuk menemukan
obat yang selektif membunuh sel kanker yaitu dengan
mengenali atau mengetahui karakterisasi protein-protein
yang bekerja pada sistem regulasi penyakit kanker[13].
Struktur protein diprediksi dengan metode pemodelan
homologi (homology modeling) [14]. Sulitnya menentukan
struktur dan terbatasnya kemampuan untuk melakukan
penelitian secara langsung di dalam laboratorium, maka
menyamakan atau membuat pemodelan homologi
(homology modeling) dapat dijadikan sebagai cara untuk
menentukan struktur tersier menggunakan sekuens protein
yang telah diketahui (target) terhadap pensejajaran sekuens
(alignment) dari satu atau lebih pola struktur protein yang
telah diketahui (pola/template) [15].
Berdasarkan hal tersebut, perlu dilakukannya
penelitian untuk mencari struktur tersier protein Receptor
Orphan Receptor-1 (ROR-1) melalui program modelling
komputer Modeller. Kemudian akan dilakukan validasi
terhadap struktur tersier protein Receptor Orphan
Receptor-1 (ROR-1) karena dengan mengetahui struktur
tersier protein ROR-1, bisa dijadikan sebagai acuan untuk
memperkirakan bentuk senyawa yang dapat berinteraksi
dengan protein tersebut pada tingkat molekuler sehingga
memudahkan pencarian senyawa obat yang dapat
berpotensi sebagai target terapi Chronic Lymphocytic
Leukemia (CLL).
2. Metode Penelitian
2.1 Umum
Alat yang digunakan dalam penelitian yakni
Perangkat Keras (Hardware) Laptop dengan spesifikasi
Intel-CoreTM i5-8250U (3.4 GHz) NVIDIA® GeForce®
(4GB VRAM) 4GB DDR3 L Memory 1TB HDD, Sistem
operasi: Windows®, serta software Modeller v9.18 dan
software PyMol v1.8.6.0. Sekuens protein ROR-1
Homosapiens yang diperoleh dari National Center of
Biotechnology Information (NCBI).
2.2 Pemastian Struktur ROR-1 dan Analisis Fisikokimia
Penelitian ini dilakukan untuk membangun struktur
tersier dari suatu protein yang belum diketahui sturktur
tersier sebelumnya. Untuk memastikan apakah protein
ROR-1 belum memiliki struktur tersier adalah dengan
melakukan pencarian pada server PDB. Analisis sifat
fisikokimia berdasarkan struktur primer protein ROR-1
dilakukan menggunakan server Expasy ProtParam, yang
meliputi beberapa parameter fisikokimia berupa titik
isoelektrik teoritis (pI), berat molekul, komposisi asam
amino, perkiraan waktu paruh, rata-rata nilai hidropati
(GRAVY), indeks alifatik dan indeks ketidakstabilan.
2.3 Prediksi Struktur Sekunder
Struktur sekunder protein ROR-1 diprediksi dengan
menggunakan server SOPMA dan PSIPRED. Server
tersebut memperkirakan sifat struktural sekunder seperti
αhelix, Pi helix, beta bridge, extended strand, bend region,
beta turns, random coil, dan ambiguos states.
2.4 Prediksi Struktur Tersier
Struktur tersier protein ROR-1 diprediksi dengan
menggunakan software Modeller yang dimulai dengan
pencarian struktur protein yang homolog (template) dengan
protein target ROR-1 menggunakan analisis BLAST.
Analisis tersebut akan menghasilkan berbagai macam
protein yang memiliki kemiripan dengan ROR-1. Tahap
selanjutnya yaitu mensejajarkan target dengan template
dengan cara mensejajarkan residu-residu asam amino
antara sekuens asam amino ROR-1 dengan sekuens asam
amino template. Setelah penyejajaran target-template telah
dibuat, Modeller akan secara otomatis membangun model
target menggunakan kelas automodel.
2.5 Validasi Struktur
Hasil kelima pemodelan struktur tersier ROR-1
divalidasi menggunakan server PROCHECK untuk
memeriksa kualitas streokimia dan stabilitas model dari
struktur protein berdasarkan plot Ramachandran.
3. Hasil dan Pembahasan
Hasil pencarian struktur protein ROR-1 pada server
PDB menunjukkan bahwa ROR-1 belum memiliki struktur
tersier. PDB merupakan satu-satunya gudang informasi
global tentang struktur tiga dimensi yang meliputi struktur
tersier ataupun struktur kuarterner molekul biologis dari
protein maupun asam nukleat.
3.1 Analisis Sifat Fisikokimia
Analisis struktur primer atau urutan asam amino
memberikan wawasan mengenai struktur protein, sehingga
dapat memberikan kemudahan dalam memahami fungsi
biokimia maupun fungsi seluler [16]. Hasil analisis sifat
fisikokimia diantaranya berupa komposisi asam amino
penyusun protein ROR-1 dapat dijadikan sebagai acuan
dalam menentukan sifat fisiko-kimia protein ROR-1, serta
nilai dari beberapa parameter fisikokimia protein ROR-1.
Berdasarkan Tabel 1 terlihat jenis asam amino yang
paling mendominasi dalam menyusun protein ROR-1
adalah serin sebanyak 93 asam amino (9,9%) dan prolin
sebanyak 79 asam amino (8,4%). Kompisisi asam amino
ini dapat menjadi acuan dalam proses pembentukkan atau
pelipatan suatu struktur sekunder dan tersier protein ROR-
1. Namun komposisi suatu asam amino tidak dapat
memberikan nilai rinci dari parameter sifat fisikokimia
protein ROR-1.
Hasil analisis fisikokimia menggunakan server
ProtParam Expasy menunjukkan ROR-1 memiliki berat
molekul sebesar 104282.62 Da, berat molekul protein melalui
server ProtParam Expasy dihitung dengan penambahan
massa isotop rata-rata asam amino dalam protein yang
disediakan dan massa isotop rata-rata dari satu molekul air.
Perkiraan waktu paruh ROR-1 pada mamalia retikulosit
secara in vitro adalah 30 jam, ragi secara in vivo >20 jam
dan Escherichia coli secara in vivo >10 jam. Waktu paruh
adalah prediksi waktu yang diperlukan setengah dari
jumlah protein dalam sel untuk menghilang setelah

3
sintesisnya di dalam sel [17]. Waktu paruh berkaitan
dengan waktu yang dibutuhkan untuk mengganti setengah
dari molekul protein. Informasi mengenai waktu paruh atau
tingkat degradasi terhadap suatu protein dapat digunakan
sebagai acuan dalam pengembangan obat dalam berbagai
jenis penyakit. Sehingga dikarenakan protein ROR-1
menjadi target terapi kanker Choronic Lymphocytic
Leuekemia (CLL), maka senyawa obat yang akan
berinteraksi dalam menghambat kerja ROR-1 harus
dipastikan dapat mencapai target dalam kurun waktu 30
jam.
Tabel 1. Komposisi asam amino ROR-1
Asam Amino Jumlah Komposisi
Alanin (A) 58 6.2 %
Arginin (R) 46 4,9 %
Asparagin (N) 45 4.8 %
Aspartat (D) 36 3.8 %
Cystein (C) 28 3.0 %
Glutamin (Q) 43 4,6 %
Glutamat (E) 53 5,7 %
Glisin (G) 58 6,2 %
Histidin (H) 30 3,2 %
Ileusin (I) 57 6,1 %
Leusin (L) 77 8,2 %
Lisin (K) 39 4,2 %
Metionin (M) 26 2,8 %
Fenilalanin (F) 37 3,9 %
Prolin (P) 79 8,4 %
Serin (S) 93 9,9 %
Treonin (T) 47 5,0 %
Triptofan (W) 10 1,1 %
Tirosin (Y) 34 3,6 %
Valin (V) 41 4,4 %
Nilai pI (isoelectric point) teoritis ROR-1 sebesar 6,76
yang adalah nilai pH dimana total muatan gugus bermuatan
positif dan negatif mencapai kestabilan (sehingga total
muatan asam amino tersebut adalah nol) [18]. Apabila pH
berada diatas titik isoelektrik protein bermuatan negatif,
sedangkan dibawah titik isoelektrik maka protein bermuatan
positif. Titik isoelektrik merupakan data yang sangat
penting diketahui untuk proses pemurnian suatu protein.
Jika titik isoelektrik (pI) sutu protein sudah diketahui maka
strategi awal pemisahan dapat dengan mudah
dikembangkan.
GRAVY (grand average of hydropathicity)
hidropatik atau rata-rata hidropatik merupakan parameter
yang menentukan sifat hidrofobik suatu protein, apabila
nilai indeks hidropati asam amino semakin positif, semakin
hidrofobik asam amino tersebut [19]. Hasil analisis
menunjukkan bahwa nilai GRAVY dari protein ROR-1
adalah -0,359 yang menunjukkan bahwa protein ROR-1
bersifat hidrofilik. Hal ini sangat berpengaruh terhadap proses
pelipatan suatu asam amino dalam pembentukan struktur
tersiernya. Diketahui bahwa protein yang kaya akan residu
asam amino yang bersifat hidrofilik sulit membentuk lipatan
menjadi stuktur tersier yang baik.
Protein ROR-1 memiliki indeks kestabilan sebesar
54,10. Indeks ketidakstabilan adalah ukuran protein yang
memberikan perkiraan stabilitas suatu protein. Sebuah
protein yang indeks ketidakstabilannya lebih kecil dari 40
diprediksi stabil, jika lebih besar maka kemungkinan tidak
stabil [20]. Berdasarkan hasil yang diperoleh menunjukkan
bahwa protein ROR-1 merupakan protein yang tidak stabil.
Hal ini akan berpengaruh terhadap proses pembentukkan dari
struktur tersier protein ROR-1.
Indeks alifatik merupakan volume relatif yang
ditempati oleh asam amino seperti alanin, valin, isoleusin
dan leusin, yang memiliki rantai samping alifatik dalam
strukturnya dan dianggap sebagai faktor yang dapat
meningkatkan termostabilitas protein[17]
. Indeks alifatik dari
suatu protein menunjukkan volume relatif yang ditempati
oleh asam amino seperti alanin, valin, isoleusin dan leusin,
yang memiliki rantai samping alifatik dalam strukturnya.
Indeks alifatik merupakan faktor positif yang dapat
meningkatan termostabilitas suatu protein globular [21].
Protein ROR-1 memiliki indeks alifatik sebesar 74,65.
3.2 Prediksi Struktur Sekunder
Struktur sekunder protein dapat dianggap sebagai
jembatan yang menghubungkan urutan utama protein dan
struktur tersier [22]. Struktur sekunder terbentuk karena
interaksi yang terjadi antara gugus C, O, dan NH pada asam
amino dalam rantai polipeptida untuk membentuk alpha
helix, β-sheet, atau random coil dan yang memfasilitasi
pelipatan menjadi struktur tiga dimensi [23].
Tabel 2. Komposisi struktur sekunder ROR-1
Struktur sekunder Jumlah Komposisi
Alpha helix 228 24,33 %
310 helix 0 0,00 %
Pi helix 0 0,00 %
Beta bridge 0 0,00 %
Extended strand 133 14,19 %
Beta turn 46 4,91 %
Bend region 0 0,00 %
Random coil 530 56,65 %
Ambiguous states 0 0,00 %
Other states 0 0,00 %
Hasil prediksi struktur sekunder yang diperoleh dari
server SOPMA, menunjukkan bahwa struktur sekunder
ROR-1 didominasi oleh Random coil (56,65%), alpha helix
(24,33%), Extended strand (14,19 %) dan beta turn (4,49%).
%). Struktur alpha helix umumnya menggambarkan ciri
protein transmembran karena ikatan hidrogen dari struktur
alpha helix membentuk backbone molekul, sedangkan
rantai samping struktur alpha helix memiliki sifat
hidrofobik. Berdasarkan hasil prediksi server Sopma,
menunjukkan bahwa protein ROR-1 memiliki struktur
alpha helix dengan persentasi kedua terendah, sedangkan
struktur yang memiliki persentase paling tinggi yaitu
struktur random coil. Kumparan acak atau random coil
protein berfungsi dalam fleksibilitas dan perubahan
konformasi[24]. Dimana ikatan peptida dalam random coil
yang tidak terlibat dalam ikatan intra-protein hidrogen,
menjadikan struktur random coil dapat dengan leluasa
berinteraksi dengan molekul air, ligan kecil, atau dengan
protein yang lain [25].

4
Gambar 1. Hasil prediksi struktur sekunder ROR-1 menggunakan
server PSIPRED
3.3 Prediksi Struktur Tersier
Hasil BLAST struktur protein yang homolog
(template) dengan protein target ROR-1 ditampilkan pada
Tabel 4. Prinsip BLAST adalah membandingkan sekuens
target dengan setiap sekuens template dari basis data
menggunakan perbandingan pasangan sekuens. Keenam
template seperti yang terdapat dalam Tabel 4 merupakan
template yang telah diketahui struktur tersiernya
berdasarkan percobaan eksperimental yang diperoleh dari
PDB.
Tabel 3. Hasil Analisis BLAST
Template
Max
score
Query
cover
E value Identity
3ZZW A 414 30 % 7e-138 68 %
4GT4 A 422 32 % 7e-141 66 %
4ASZ A, 255 28 % 2e-77 48 %
1LUF A, 278 29 % 2e-85 47 %
5I8A A 253 28 % 7e-77 47 %
Semua template kemudian diolah menggunakan
software Modeller, dimana sekuens dari keseluruhan enam
template akan disejajarkan dengan sekuens protein target,
disesuaikan dengan residu-residu penting yang berperan
secara fungsional. Tahap akhir adalah membangun model
dari sekuens target yang telah disejajarkan dengan struktur
template menghasilkan lima macam model struktur tersier.
Kelima hasil prediksi struktur tersier protein ROR-1
kemudian divisualisasikan menggunakan software PyMol
seperti yang ditunjukkan pada Tabel 4.
Berdasarkan gambar pada tabel 4, dapat dilihat
bahwa kelima hasil prediksi struktur tersier ROR-1 pada
dasarnya sama-sama terdiri dari tiga macam struktur
sekunder, yaitu α-helix, β-sheet dan random coil. Namun,
meskipun tersusun atas struktur sekunder yang sama,
namun dapat dilihat bahwa bentuk struktur kelima model
tersebut memiliki sedikit perbedaan.
Tabel 4. Visualisasi model struktur tersier ROR-1 menggunakan PyMol
Model Visualisasi Model Visualisasi
Model 1 Model 4
Model 2 Model 5
Model 3

5
3.1 Validasi Struktur
Validasi kelima model struktur protein ROR-1 dapat
diketahui dengan menganalisis kualitas stereokimianya
menggunakan Procheck berdasarkan analisis plot
Ramachandran. Plot Ramachandran akan
memvisualisasikan sudut-sudut dihedral φ (phi) dan ψ (psi)
untuk semua residu asam amino dalam struktur protein
sehingga dapat memprediksi konformasi rantai utama
polipeptida mana yang secara teoritis memungkinkan
dengan melihat distribusi sudut dan memberikan gambaran
daerah yang diperbolehkan dan tidak diperbolehkan dari
nilai sudut dihedral yang berfungsi sebagai faktor penting
dalam penilaian kualitas struktur tiga dimensi protein.
Kualitas struktur yang baik dapat dilihat dari persentase
residu asam amino yang ditampilkan sebagai titik biru
dalam plot Ramachandran yang berada pada most favoured
region (daerah yang paling disukai) dan disallowed region
(daerah yang tidak diperbolehkan). Hasil analisis plot
Ramachandran dari kelima struktur model ROR-1
ditunjukkan pada Tabel 5.
Tabel 5. Hasil Analisis Plot Ramachandran Model Struktur
ROR-1
Model
Most
Favoured
Regions
Additional
Allowed
Regions
Generously
Allowed
Disallowed
Regions
1 80,1 % 14,0 % 3,5 % 2,4 %
2 80,1 % 12,9 % 3,0 % 4,0 %
3 82, 0 % 11, 7 % 3,9 % 2,5 %
4 80,3 % 11,3 % 5,3 % 3,1 %
5 81, 6 % 11, 7 % 3,0 % 3,8 %
Model 3 merupakan struktur yang paling baik.
karena memiliki persentase residu asam amino yang paling
tinggi pada most favoured region yaitu 82, 0 %, dimana
kualitas struktur ini dapat dilihat dari persentase residu
asam amino yang ditampilkan sebagai titik hitam dalam
plot Ramachandran yang berada pada most favoured region
(daerah yang paling disukai) dan disallowed region (daerah
yang tidak diperbolehkan) yang divisualisasikan
Gambar 3. Plot Ramachandran Model 3.
4. Kesimpulan
a. Hasil analisis struktur primer protein ROR-1 meliputi
nilai beberapa parameter sifat fisikokimia diantaranya
yaitu berat molekul sebesar 104282.62 Da, perkiraan
waktu paruh pada mamalia retikulosit secara in vitro
adalah 30 jam, ragi secara in vivo >20 jam dan
Escherichia coli secara in vivo >10 jam, pI teoritis
sebesar 6,76, nilai GRAVY sebesar -0,359 , indeks
alifatik dengan nilai 74,65, indeks ketidakstabilan
sebesar 54,10 dan komposisi asam amino yang
didominasi oleh Serin sebanyak 93 asam amino (9,9%)
dari 937 asam amino penyusun protein ROR-1.
b. Struktur sekunder ROR-1 didominasi oleh Random coil
(56,65%), alpha helix (24,33%), Extended strand (14,19
%) dan beta turn (4,91%).
c. Struktur tersier protein ROR-1 dibangun dengan cara
membandingkan sekuens asam amino protein ROR-1
dengan kelima template yang tersedia pada Protein
Data Bank (PDB) melalui pemodelan homologi yang
kemudian diperoleh lima model struktur.
d. Hasil validasi berdasarkan analisis plot Ramachandran
diperoleh struktur tersier proten ROR-1 hasil
pemodelan yang memiliki kualitas struktur terbaik
yaitu, struktur Model 3 dengan jumlah persentase
residu asam amino pada most favored region 82%,
additional allowed region 11,7%, generously allowed
region 3,9%, disallowed region 2,5 %
Daftar Pustaka
1. Isnani, N., Dyah, A.P., Rizka, A.,Haridini, I.M., 2014,
Evaluasi Toksisitas Hematologi Akibat Penggunaan 6-
Merkaptopurin dalam Fase Pemeliharaan pada Pasien Pediatri
Kanker Leukimia Limfoblastik Akut di Rs Kanker Dharmais
Jakarta, Media Farmasi, Vol.11 (1).
2. Morrison., Candis., Hesdorffer., Charles, S., 2012., Patients’
Guide to Leukemia (Panduan untuk Penderita Leukemia),
Penerjemah: Cisya Dewantara, Jakarta: PT Indeks.
3. Arita, M., 2009, Perawatan Pasien Penyakit Dalam, Mitra
Cendekia, Yogyakarta.
4. Wirawan, R., 2009, Patogenesis dan Aspek Laboratorium
Polisitemia Vera, In: Pendidikan berkesinambungan patologi
klinik, Editor: Oesman F, setiabudy RD, Departemen Patologi
Klinik Fakultas Kedokteran Univeritas Indonesia, Jakarta.
5. NIH (National Cancer Institute)., Surveillance, Epidemiology,
and End Result Program, U.S. Departement of Health and
Human, USA.gov, http://seer.cancer.gov.
6. Elter, T M. Hallek, Engert, A., 2006, Fludarabine in chronic
lymphocytic leukaemia, Expert Opin. Pharmacother. Vol. 7
(12). 1641–1651.
7. Baskar, A., Wiestner, W.H., Wilson, I., Pastan, C. Rader.,
2012, Targeting Malignant B Cells With an Immunotoxin
Against ROR1, MAbs 4 (May–June (3)) 349–361.
8. Cui, G.F. Widhopf, L. Chen, L. Rassenti, Z. Wang, S. Ma,
dkk., 2013, Preclinical Development of ROR1 Peptide Based
Vaccine with Activity Against Chronic Lymphocytic
Leukemia in ROR1 Transgenic Mice, Blood, Vol.122 (21)
4174.
9. Reddy, U. R., Phatak, S. & Pleasure, D., 1996, Human Neural
Tissues Express A Truncated Ror1 Receptor Tyrosine Kinase,
Lacking Both Extracellular and Transmembrane Domains.
Oncogene 13, 1555–1559.

6
10.Widhopf, GF., Cui, B., Ghia, EM., dkk., 2014, ROR-1 can
Interact with TCL1 and Enhance Leukemogenesis in Emu-
TCL1 Transgenic Mice, Proc Natl Acad Sci U S A, Vol. 111
(2) : 793-8.
11.Daneshmanesh, A.H., Hojjat-Farsangi, M., Khan, A.S., Jeddi-
Tehrani, M., Akhondi
M.M., Bayat, A.A., 2012, Monoclonal Antibodies Against
ROR-1 Induce Apoptosis of Chronic Lymphocytic Leukemia
(CLL) cells, Leukemia, Vol.6 (26) 1348–1355.
12.Yang, J.S. Baskar, K.Y. Kwong, M.G. Kennedy, A. Wiestner,
C. Rader., 2011, Therapeutic Potential and Challenges of
Targeting Receptor Tyrosine Kinase ROR1 with Monoclonal
Antibodies in B-Cell Malignancies, PLoS One, Vol 6 (6)
e21018.
13.Roskoski, Jr.B., 2003, STI-571: An Anticancer Protein-
Tyrosine Kinase Inhibitor, Biochemical and Biophysical
Research Communications, Vol. 309 (4).
14.Mulyani, S., dan Karl-Heinz V.P., 2015, Prediksi Model
Protein PcpB dari Pentaklorpseudilin Biosintesis Gen Kluster
dengan Menggunakan Swiss-Model, Seminar Nasional kimia
dan Pendidikan Kimia VII, ISBN : 978-602-73159-0-7.
15.Eswar, N., John B., Mirkovic N., Fiser A., Ilyin VA., Pieper
U., Stuart AC., Marti-Renom MA., Madhusudhan MS.,
Yerkovich B and Sali A., 2003, Tools for Comparative Protein
Structure Modeling and Analysis. Nucleic AcidsRes, 31: 3375-
80.
16. Toomula, N., Kumar D.S., Kumar V.V.L.P., 2011,
Computational Methods for Protein Structure Prediction and
Its Application in Drug Design, J.Proteomics Bioinform,
4(12).
17. Walker, J.M., 2005, The Proteomics Protocols Handbook,
Humana Press, New Jersey.
18.Thenawidjaja M., Ismayana WT., Retnoningrum DS., 2017,
Protein Serial Biokimia Mudah dan Menggugah, Grasindo,
Jakarta.
19.Nelson, D.L., dan Cox, M.M., 2007, Lehninger Principles of
Biochemistry 4rd Edition, WH Freeman, New York.
20.Guruprasad, K., Reddy, B.V., Pandit, M.W., 1990, Correlation
Between Stability of A Protein And Its Dipeptide
Composition, A Novel Approach for Predicting In Vivo
Stability of A Protein from tts Primary Sequence, Protein Eng.
4, 155–161.
21.Ikai, A., 1980, Thermostability and Aliphatic Index of
Globular Proteins. J. Biochem. 88, 1895–1898.
22. Myers, J. K., Oas, T. G., 2001, Preorganized Secondary
Structure as an Important Determinant af Fast Protein
Folding,Nat. Struct. Mol. Biol., 8.
23. Wang, S., Jian P., Jianzhu M., Jinbo X., 2016, Protein
Secondary Structure Prediction Using Deep Convolutional
Neural Fields, Scientific Reports, 6.
24. Filiz, E., Koc, I., 2014, In Silico Sequence Analysis and
Homology Modeling Of Predicted Beta-Amylase 7-Like
Protein In Brachypodium Distachyon L., J. Bio. Sci. Biotech,
3(1).
25. Bauxbaum, E., 2007, Fundamentals of Protein Structure and
Function, 2Ed., Springer, London.
26. Putri, S.P., 2018, Pemodelan Homologi Protein Receptor
Orphan Receptor-1 (ROR-1) Sebagai Target Terapi Chronic
Lymphocytic Leukemia (CLL), Skripsi, Universitas Halu Oleo

�ݺ�ߣ

26.Pemodelan_Homologi.pdf

Recommended

More Related Content

Similar to 26.Pemodelan_Homologi.pdf (20)

Recently uploaded (19)

26.Pemodelan_Homologi.pdf