端端舝

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棒岍測扑奈弁巨件旦犯奈正及腎嶕
墓 蚙珨
Kodama Yuichi, Ph.D
DDBJ 本件正奈﹜失用氾奈正
DDBJ center, annotator
2015爛6堎12
DDBJ 本件正奈互綅茪馱諝ワ`正矛奈旦
INSDC: 左奈皿件失弁本旦犯奈正矛奈旦
迉鴠晱諵拶z鉼秅桶政倰
JGA
失弁本旦秶癹犯奈正矛奈旦
甲玄犯奈正冼T頗
DDBJ
失本件皮伉
失用氾奈扑亦件
伉奈玉
Quality value
失仿奶丟件玄
(bam)
DRA
BioProject
BioSample
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 1
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SRA 犯奈正乒犯伙
? SRA 犯奈正反ㄢ勾及犯奈正矛奈旦卞引凶互月
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 2
BioProject
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http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJDA38027
必用丞饜蹈
SRA 犯奈正
Pubmed 恅①
皿伕斥尼弁玄衙猁
皿伕斥尼弁玄g弇匹犯奈正毛引午戶月
NCBI BioProject:
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 4
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皿伕斥尼弁玄及隅膽反摝
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 5
? 眵昜扔件皿伙及必用丞饜蹈午朡閤荌k政毛賤昴 ? 勾及峚汜昜絁及必用丞饜蹈毛賤昴
BioSample
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BioSample 匹扔件皿伙①韝羆胱邿傱
? 犯奈正矛奈旦卞汃婓仄化中凶扔件皿伙①韝羆胱邿傱
? 扔件皿伙扴毛妡
http://trace.ddbj.nig.ac.jp/biosample/index.html
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 7
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扽俶 (attributes) 匹扔件皿伙毛扴
? ☆扽俶靡:★及矢失匹扔件皿伙毛扴 (瞰: tissue:liver)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/1990977
由永弗奈斥
扔件皿伙扽俶
憝窣犯奈正
正奶玄伙
NCBI BioSample:
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 8
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BioProject/BioSample 匹犯奈正毛引午戶月
BioSample 1 BioSample 2
data
Umbrella BioProject
Genome
BioProject
Transcriptome
BioProject
Epigenome
BioProject
data data data data data
? 犯奈正矛奈旦毛筵剿仄化犯奈正毛引午戶月
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 9
犯奈正腎嶕
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DRA 腎嶕及霜木
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 11
1. ☆卅兮★公及扔件皿伙毛
扑奈弁巨件旦仄凶及井 2. ☆卅卞★毛扑奈弁巨件旦仄凶及井
3. ☆升及方丹卞★扑奈弁巨件旦仄凶及井
4. 扑奈弁巨件旦及磐彆
腎嶕毛宎戶月ヶ卞
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D-way 失市它件玄毛△瓣楔々炊
? D-way 失市它件玄毛它尼皮扔奶玄 (https://trace.ddbj.nig.ac.jp/D-way/) 匹△
? 鼠嶱潬午 center name 毛失市它件玄卞腎嶕仄﹜DRA 腎嶕媝牏藭△
DRA
BioProject BioSample
鼠嶱潬 午 center name 毛
D-way 失市它件玄卞腎嶕
http://trace.ddbj.nig.ac.jp/book/account.html腎嶕失市它件玄 Handbook:
center name : SRA 互瞎卞綅蚚奻賃曰淥勻化中月謹瘍
鼠嶱潬 : 贈躇潬午矢失匹交奈扒及庲偩卞妏蚚今木月
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 13
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軑戶丟正犯奈正及傖毛Q戶化云仁
? 腎嶕允月ヶ卞斛猁卅 BioProject?BioSample?Experiment?Run 及杅毛Q戶化云仁
? 扔件皿伙杅 (汨 Experiment/Run 杅) 井日蕉尹月午煦井曰支允中
1. 郔手扑件皿伙卅腎嶕 2. 勾及歷絁及掀廌必用丞賤昴
http://trace.ddbj.nig.ac.jp/dra/submission.html#左皮斥尼弁玄及傖瞰
丟正犯奈正: 扑奈弁巨件旦犯奈正互升及方丹卞仄化腕日木凶及井毛掊隴允月犯奈正
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 14
腎嶕忒佼
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棒岍測扑奈弁巨件旦犯奈正及腎嶕白伕奈
DRA 陔腎嶕及釬傖
犯奈正白央奶伙及冞
DRA Experiment 及釬傖
犯奈正白央奶伙及彸^I燴
失弁本永扑亦件楓瘍逃俴
BioProject 及釬傖
BioSample 及釬傖
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 16
DRA Run 及釬傖
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棒岍測扑奈弁巨件旦犯奈正及腎嶕白伕奈
DRA 陔腎嶕及釬傖
犯奈正白央奶伙及冞
DRA Experiment 及釬傖
犯奈正白央奶伙及彸^I燴
失弁本永扑亦件楓瘍逃俴
BioProject 及釬傖
BioSample 及釬傖
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 17
DRA Run 及釬傖
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DRA 陔腎嶕及釬傖
? 腎嶕失市它件玄卞伕弘奶件仄﹜陔 DRA 腎嶕毛釬傖
DRA 白央奶伙忳葆扔奈田卞磥馱諝ルㄔ鴠砲伉互釬傖今木月
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 18
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棒岍測扑奈弁巨件旦犯奈正及腎嶕白伕奈
DRA 陔腎嶕及釬傖
犯奈正白央奶伙及冞
DRA Experiment 及釬傖
犯奈正白央奶伙及彸^I燴
失弁本永扑亦件楓瘍逃俴
BioProject 及釬傖
BioSample 及釬傖
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 19
DRA Run 及釬傖
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犯奈正白央奶伙及冞
? 潬庲偩匹 DRA 白央奶伙忳葆扔奈田卞失弁本旦仄﹜
犯奈正白央奶伙毛陔腎嶕卞磥馱諝ルㄔ鴠砲伉卞失永皿伕奈玉
DRA 白央奶伙忳葆扔奈田
贈躇潬 鼠嶱潬
DRA 陔腎嶕
扑奈弁巨件旦犯奈正白央奶伙
(fastq, bam etc)
http://trace.ddbj.nig.ac.jp/dra/submission.html#扑奈弁巨件旦犯奈正及失永皿伕奈玉
白央奶伙靡卞諾啞毛漪戶卅中
扔皮犯奴伊弁玄伉毛勾仁日卅中
犯奴旦弁赩冞卞反磥楔々中牏馱活6ьhI燴卞r嶲互井井曰引允
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 20
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棒岍測扑奈弁巨件旦犯奈正及腎嶕白伕奈
DRA 陔腎嶕及釬傖
犯奈正白央奶伙及冞
DRA Experiment 及釬傖
犯奈正白央奶伙及彸^I燴
失弁本永扑亦件楓瘍逃俴
BioProject 及釬傖
BioSample 及釬傖
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 21
DRA Run 及釬傖
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丟正犯奈正釬傖汁奈伙毛れ
? DRA 腎嶕伉旦玄井日腎嶕矢奈斥尺痄茪楚╞嵽縞ワ`正釬傖汁奈伙毛れ
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 22
白央奶伙互失永皿伕奈玉今木化中卅中午巨仿奈卞卅曰引允
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BioProject 及釬傖
? 釬傖g心及皿伕斥尼弁玄毛腢k or 陔釬傖
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 23
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BioProject 腎嶕奪燴①韝恛蹅
? 腎嶕氪①鞶並ヶ﹜丟奈伙失玉伊旦﹜垀扽瞎ㄘ
? 撈桯恍_ or 準鼠嶱毛腢k (鼠嶱軑隅掑珋葆角リ迨吨)
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 24
失市它件玄及垀衄氪①韝洛野啀`今木引允
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BioProject 及芘詨
? 皿伕斥尼弁玄 (衙猁?旃噶愐?皿伕斥尼弁玄及正奶皿卅升) 毛蹅
? 囀搕藭蹅忖楔ど飧
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 25
失用氾奈扑亦件葆五必用丞饜蹈毛腎嶕允月鷅洁﹩ocus tag prefix 毛△瓣楔牏
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皿伕斥尼弁玄及腢k
? 陔釬傖仄凶皿伕斥尼弁玄互腢k今木凶袨B卞卅曰引允
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 26
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棒岍測扑奈弁巨件旦犯奈正及腎嶕白伕奈
DRA 陔腎嶕及釬傖
犯奈正白央奶伙及冞
DRA Experiment 及釬傖
犯奈正白央奶伙及彸^I燴
失弁本永扑亦件楓瘍逃俴
BioProject 及釬傖
BioSample 及釬傖
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 27
DRA Run 及釬傖
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BioSample 及釬傖
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 28
? 釬傖g心及扔件皿伙毛腢k or 陔釬傖
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BioSample 腎嶕奪燴①韝恛蹅
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 29
? 腎嶕氪①鞶並ヶ﹜丟奈伙失玉伊旦﹜垀扽瞎ㄘ
? 撈桯恍_ or 準鼠嶱毛腢k (鼠嶱軑隅掑珋葆角リ迨吨)
BioProject 及腎嶕奪燴①韝洛野啀`今木引允
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扔件皿伙及意毛腢k
? 扔件皿伙及意 (Sample type) 卞磥舅褡譝唹誑疇
http://trace.ddbj.nig.ac.jp/biosample/attribute.html扔件皿伙扽俶珨笊:
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 30
瞰: 必用丞及鷅 num_replicons 互斛
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扔件皿伙扽俶毛徭
? Sample type 卞磥楔縞縞秷醾苳磥峊ぁ郊馴白央奶伙毛母它件伕奈玉
? 巨弁本伙卅升匹ㄠ俴卞ㄠ扔件皿伙及①韝藭蹅忖楚╞ぁ郊馴白央奶伙毛失永皿伕奈玉
斛扽俶卞允月互卅中鷅洃 ※missing§ 卅升毛
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 31
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扔件皿伙毛芘詨
? 扽俶白央奶伙及囀搕繯_庲仄芘詨
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 32
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扔件皿伙及腢k
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 33
? 陔釬傖仄凶扔件皿伙互腢k今木凶袨B卞卅曰引允
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棒岍測扑奈弁巨件旦犯奈正及腎嶕白伕奈
DRA 陔腎嶕及釬傖
犯奈正白央奶伙及冞
DRA Experiment 及釬傖
犯奈正白央奶伙及彸^I燴
失弁本永扑亦件楓瘍逃俴
BioProject 及釬傖
BioSample 及釬傖
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 34
DRA Run 及釬傖
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DRA 腎嶕奪燴①韝拵鰴
? 腎嶕氪①韝鼠嶱軑隅 (ㄡ爛摽引匹硌隅褫夔) 毛
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 35
BioProject 及腎嶕奪燴①韝洛野啀`今木引允
2015爛6堎12
DRA Experiment 及釬傖
? 犯白巧伙玄匹腢k仄凶 BioSample 毛統桽仄化中月 Experiment 互釬傖今木月
? 扔件皿伙井日慷仄凶仿奶皮仿伉奈﹜扑奈弁巨件扔奈支伉奈玉墿卞勾中化
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 36
正皮⑹з曰氾平旦玄白央奶伙匹
引午戶化囀搕藦鰴氻馱諵酗互匹五引允
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棒岍測扑奈弁巨件旦犯奈正及腎嶕白伕奈
DRA 陔腎嶕及釬傖
犯奈正白央奶伙及冞
DRA Experiment 及釬傖
犯奈正白央奶伙及彸^I燴
失弁本永扑亦件楓瘍逃俴
BioProject 及釬傖
BioSample 及釬傖
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 37
DRA Run 及釬傖
2015爛6堎12
DRA Run 及釬傖
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 38
正皮⑹з曰氾平旦玄白央奶伙匹
引午戶化囀搕藦鰴氻馱諵酗互匹五引允
? 犯白巧伙玄匹釬傖仄凶 Experiment 午肮杅及 Run 互釬傖今木月
? Run 卞漪引木月犯奈正白央奶伙毛扴
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DRA 丟正犯奈正及芘詨
? 丟正犯奈正釬傖摽 [Submit/Update DRA metadata] 毛弁伉永弁仄化芘詨
左皮斥尼弁玄眈誑互綎祥逋卅仁統桽今木化中月井升丹井民尼永弁今木引允
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 39
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棒岍測扑奈弁巨件旦犯奈正及腎嶕白伕奈
DRA 陔腎嶕及釬傖
犯奈正白央奶伙及冞
DRA Experiment 及釬傖
犯奈正白央奶伙及彸^I燴
失弁本永扑亦件楓瘍逃俴
BioProject 及釬傖
BioSample 及釬傖
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 40
DRA Run 及釬傖
2015爛6堎12
犯奈正白央奶伙及彸^I燴
? 犯奈正白央奶伙及倛宒午丟正犯奈正午及淕磁俶互彸^今木﹜
失奈市奶皮蚚及 SRA 白央奶伙互釬傖今木引允
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 41
彸^I燴毛嶱宎
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方仁丐月彸^I燴巨仿奈
? 磁墿毛 (瞰 Forward 100 + Reverse 100 = 200)
? 白央奶伙互ぢp仄化中月鷅洃珆棤白央奶伙毛失永皿伕奈玉
? 諾啞毛壺
? 扔皮犯奴伊弁玄伉毛漪戶內﹜白央奶伙公及手及毛失永皿伕奈玉
? 饜蹈墿互珨隅及矢失伉奈玉匹 Experiment.Spot Length 卞矢失及磁
饜蹈墿互諵竣鴗々中吨
? 丟正犯奈正笢及 md5 午冞今木凶白央奶伙及 md5 互卅月
? 失永皿伕奈玉今木凶犯奈正白央奶伙靡卞諾啞互漪引木化中月
? 扔皮犯奴伊弁玄伉毛漪氏匹中月
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 42
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棒岍測扑奈弁巨件旦犯奈正及腎嶕白伕奈
DRA 陔腎嶕及釬傖
犯奈正白央奶伙及冞
DRA Experiment 及釬傖
犯奈正白央奶伙及彸^I燴
失弁本永扑亦件楓瘍逃俴
BioProject 及釬傖
BioSample 及釬傖
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 43
DRA Run 及釬傖
2015爛6堎12
失弁本永扑亦件楓瘍及逃俴
? BioProject (PRJDB)
? BioSample (SAMD)
? Submission (DRA), Experiment (DRX), Run (DRR)
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 44
犯奈正及鼠嶱午載陔
BioProject?BioSample?DRA
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BioProject 午 BioSample 及窣蚢恍_
? c價饜蹈犯奈正及鼠嶱反統桽仄化中月 BioProject/BioSample 及鼠嶱毛竘五れ仇允
? BioProject/BioSample 及鼠嶱反統桽啋及c價饜蹈犯奈正及鼠嶱毛竘五れ仇今卅中
BioProject/BioSample
鼠嶱
DRA/DDBJ c價饜蹈犯奈正
鼠嶱
BioProject/BioSample
鼠嶱
DRA/DDBJ c價饜蹈犯奈正
準鼠嶱
http://trace.ddbj.nig.ac.jp/bioproject/submission.html#犯奈正鼠嶱
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 46
2015爛6堎12
犯奈正及鼠嶱
? 鼠嶱今木凶犯奈正反立仿奈今木 DDBJ/EBI/NCBI 匹瞳蚚匹五月方丹卞卅曰引允
DDBJ DRASearch
NCBI BioProject
NCBI BioSample
NCBI SRA
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 47
2015爛6堎12
犯奈正及載陔
? 載陔囀搕 BioProject 民奈丞卞窣篌
? 憝窣允月恅互鼠嶱今木凶日 pubmed ID 卅升及恅瓬①韝蟷B篌
BioProject
BioSample
DRA
? 載陔囀搕 BioSample 民奈丞卞窣篌
? Sample name 反 ID 午仄化妏蚚仄化中月凶戶銝祥褫
? 丟正犯奈正及囀搕鼠嶱軑隅掑洏╞咱戎韞卞伕弘奶件仄﹜赻旯匹銝
? 犯奈正白央奶伙及袚樓: 陔腎嶕毛釬傖仄﹜暫湔及左皮斥尼弁玄毛統桽允月
Do it yourself
Request by e-mail
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 48
2015爛6堎12
云中磁歹六珂
http://trace.ddbj.nig.ac.jp/contact.html
? 腎嶕卞勾中化中磁歹六月鷅洃豸 D-way 失市它件玄靡午
犯奈正及 ID 毛云眭日六仁分今中
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 49
硃逋
2015爛6堎12
皿伕斥尼弁玄楓瘍匹犯奈正互憝窣葆仃日木月
? 肮元皿伕斥尼弁玄楓瘍毛統桽仄化中月犯奈正互憝窣葆仃日木月
DDBJ
DRA
伉奈玉
Quality value
失用氾奈扑亦件
BioProject
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 51
2015爛6堎12
失件皮伊仿皿伕斥尼弁玄及魂蚚
? 失件皮伊仿皿伕斥尼弁玄 (準鼠嶱卞匹五卅中) 匹皿伕斥尼弁玄毛引午戶月
? 湮耀皿伕斥尼弁玄井日及傖彆毛淕燴仄化枑尨允月仇午互匹五月
? 場ぶ僇蕆匹失件皮伊仿毛△瓣楚avS氪卞笚眭允月仇午毛芢X
DDBJ 匹反扠豢今木卅中午失件皮伊仿午及憝S互煦井日卅中
http://trace.ddbj.nig.ac.jp/bioproject/submission.html#失件皮伊仿皿伕斥尼弁玄及魂蚚
失件皮伊仿
皿仿奶穴伉奈
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 52
2014爛6堎12
峚汜昜必用丞饜蹈及腎嶕
? Strain-level taxonomy ID 卞井歹曰 BioSample 峚汜昜必用丞毛舑e
BioProject BioSample
Strain: 1
Locus tag prefix: AAAA1
BioSample
Strain: 2
Locus tag prefix: AAAA2
BioSample
Strain: 3
Locus tag prefix: AAAA3
BioProject
Strain: 1
Locus tag prefix: AAAA1
Strain-level taxonomy ID: 10
BioProject
Strain: 2
Locus tag prefix: AAAA2
Strain-level taxonomy ID: 11
BioProject
Strain: 3
Locus tag prefix: AAAA3
Strain-level taxonomy ID: 12
Species-level taxonomy ID: 100
Federhen S et al. Stand Genomic Sci (2014) doi: 10.4056/sigs.4851102
2014爛2堎眕ヶ
2014爛2堎眕蔥
Genome
Genome
Genome
Bacteria: A
Strain: 1
Bacteria: A
Strain: 2
Bacteria: A
Strain: 3
Genome
Genome
Genome
Bacteria: A
Strain: 1
Bacteria: A
Strain: 2
Bacteria: A
Strain: 3
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 53
2014爛6堎12
Biological/technical replicates
? BioSample 匹反卅仁 SRA Experiment 匹桶政允月仇午毛芢X
http://trace.ddbj.nig.ac.jp/dra/faq.html#samples-for-sra
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 54
2014爛6堎12
e〝及恅卞逃桶允月鷅
? 恅仍午卞 BioProject 毛煦仃月午e〝卞犯奈正毛鼠嶱允月仇午互匹五月
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 55
2014爛6堎12
失市它件玄俋及 BioProject/BioSample 毛統桽
? 失市它件玄毛引凶互勻凶統桽毛洷咡允月鷅洃 DRA 民奈丞卞窣篌
? 統桽啋午珂﹜邧源及腎嶕氪及創庲互斛猁
? 窣蚢恍_卞蛁砩
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 56
2014爛6堎12
犯奈正白央奶伙及袚樓
? 陔仄中 DRA 腎嶕井日暫湔及 BioProject 毛統桽允月仇午匹犯奈正毛袚樓
http://trace.ddbj.nig.ac.jp/dra/submission.html#犯奈正白央奶伙及袚樓
菴31隙 DDBJing 琌頗 (JST|儔) 57
2014爛6堎12
白央奶伙及ぢp毛 md5 匹民尼永弁
? md5 互珨祡 : 白央奶伙及ぢp卅仄
md5 互祥珨祡 : 白央奶伙及ぢp丐曰
DRA 白央奶伙忳葆扔奈田
md5 
md5 
md5 
md5 ˊ
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