A gene-based association method for mapping traits using reference transcriptome data@皆で集まってGTEx論文を一気に輪読する会
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A gene-based association method for mapping traits using reference transcriptome dataの論文紹介
A gene-based association method for mapping traits using reference transcriptome data@皆で集まってGTEx論文を一気に輪読する会
- 2. 概要 GWASの問題点 ? １つのSNP、または複数のSNPの組み合わせと形質との association testでは検定を実行する回数が多いため、多重検定 補正によって限定的な関係しか見つけられていない ? 1つのSNPでは5-10 millionの検定が実行される 解決手段 ? SNPから遺伝子の発現量を予測し、予測した発現量（imputed gene expression）と形質とのassociation testを実行する PrediXcanという手法を開発 ? 最大20,000 million 回の検定まで減らせる 2
- 3. PrediXcan ? Reference Transcriptomeをもと に以下のような学習 器を作る ? 入力：予測したい遺 伝子周辺のSNPs ? 出力：発現量 ? この学習器を使って 予測した発現量と 形質とのassociation testを実行する 3
- 4. PrediXcanの特徴 ? １つのSNPと形質とのassociation testと比較して、検定回数が 減らせる ? 5-10分の1程度まで減らせる ? 機能単位によるグループ化はSNP単位で解析するよりも直感 的 ? SNPから発現量を予測するため、発現量のデータを取得する 必要がない ? SNPと形質との関係情報が登録されている既存の大規模なデー タセット(dbGaPなど)を使って研究ができる ? などなど??? 4
- 6. SNPから発現量の予測モデルの構築 6 DGN whole- blood cohort から取得 学習モデルには elastic net（一般化 線形モデルの回帰 に正則化項を加味 するモデル）を利用
- 9. どう使えるか ? SNPと形質とのassociation testで見つけられなかった関 係が、遺伝子と形質とのassociation testで見つけられる ? 発現量データを取得しなくても、SNPから発現量データを 予測することができる 9