AJACS54 PubMed Allie inMeXes Colil
?
3 likes?1,034 views
2015年6月17日に発表予定のスライドになります。
![ライフサイエンス统合データベースセンター
予め設定されたPubMed検索テンプレート
Category Optimized For
Sensitive/
Speci?c
PubMed Equivalent
therapy
sensitive/broad 99%/70%
((clinical[Title/Abstract] AND trial[Title/Abstract]) OR clinical trials as topic[MeSH Terms] OR clinical
trial[Publication Type] OR random*[Title/Abstract] OR random allocation[MeSH Terms] OR therapeutic
use[MeSH Subheading])
speci?c/narrow 93%/97%
(randomized controlled trial[Publication Type] OR (randomized[Title/Abstract] AND controlled[Title/Abstract]
AND trial[Title/Abstract]))
diagnosis
sensitive/broad 98%/74%
(sensitiv*[Title/Abstract] OR sensitivity and speci?city[MeSH Terms] OR diagnose[Title/Abstract] OR
diagnosed[Title/Abstract] OR diagnoses[Title/Abstract] OR diagnosing[Title/Abstract] OR diagnosis[Title/
Abstract] OR diagnostic[Title/Abstract] OR diagnosis[MeSH:noexp] OR diagnostic * [MeSH:noexp] OR
diagnosis,di?erential[MeSH:noexp] OR diagnosis[Subheading:noexp])speci?c/narrow? 64%/98% (speci?city[Title/Abstract])
etiology
sensitive/broad 93%/63%
(risk*[Title/Abstract] OR risk*[MeSH:noexp] OR risk *[MeSH:noexp] OR cohort studies[MeSH Terms] OR
group[Text Word] OR groups[Text Word] OR grouped [Text Word])
speci?c/narrow 51%/95%
((relative[Title/Abstract] AND risk*[Title/Abstract]) OR (relative risk[Text Word]) OR risks[Text Word] OR cohort
studies[MeSH:noexp] OR (cohort[Title/Abstract] AND study[Title/Abstract]) OR (cohort[Title/Abstract] AND
studies[Title/Abstract]))
prognosis
sensitive/broad 90%/80%
(incidence[MeSH:noexp] OR mortality[MeSH Terms] OR follow up studies[MeSH:noexp] OR prognos*[Text
Word] OR predict*[Text Word] OR course*[Text Word])
speci?c/narrow 52%/94% (prognos*[Title/Abstract] OR (?rst[Title/Abstract] AND episode[Title/Abstract]) OR cohort[Title/Abstract])
clinical
prediction
guides
sensitive/broad 96%/79%
(predict*[tiab] OR predictive value of tests[mh] OR score[tiab] OR scores[tiab] OR scoring system[tiab] OR
scoring systems[tiab] OR observ*[tiab] OR observer variation[mh])
speci?c/narrow 54%/99% (validation[tiab] OR validate[tiab])
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3827/#pubmedhelp.Clinical_Queries_Filters](https://image.slidesharecdn.com/ajacs54pubmedallieinmexescolil-150611162251-lva1-app6892/85/AJACS54-PubMed-Allie-inMeXes-Colil-19-320.jpg)
![ライフサイエンス统合データベースセンター
PMID: 25189709 [PubMed - indexed for MEDLINE]](https://image.slidesharecdn.com/ajacs54pubmedallieinmexescolil-150611162251-lva1-app6892/85/AJACS54-PubMed-Allie-inMeXes-Colil-22-320.jpg)
![ライフサイエンス统合データベースセンター
PMID: 25814886 [PubMed]](https://image.slidesharecdn.com/ajacs54pubmedallieinmexescolil-150611162251-lva1-app6892/85/AJACS54-PubMed-Allie-inMeXes-Colil-23-320.jpg)
AJACS54 PubMed Allie inMeXes Colil
- 5. ライフサイエンス统合データベースセンター 効率的な検索を可能にする機能 ? 柔軟なフィルタ機能を検索結果ページに配置 ? 発表年による絞り込みを容易にする対話的なグラフを配置 ? より詳細な条件設定を可能にするフォームを配置 ? RSSを用いた最新検索結果の自動配信機能を提供
- 11. ライフサイエンス统合データベースセンター Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus/isolation & puri?cation*
- 12. ライフサイエンス统合データベースセンター MeSH (Medical Subject Headings) ターム ? 概念階層関係を持つ統制語彙 (語彙数は約2万6千) で毎年更新される ? MEDLINE収録の全文献に対しNational Library of Medicine (NLM) の約100人の 専門スタッフがMeSHタームを用いた注釈付けを行う ? 全員が生命科学関係の学士以上の学位を有す ? PubMed検索時に利用することで効率良く目的の文献を見つけられる ? MEDLINEの代表的な特徴
- 19. ライフサイエンス统合データベースセンター 予め設定されたPubMed検索テンプレート Category Optimized For Sensitive/ Speci?c PubMed Equivalent therapy sensitive/broad 99%/70% ((clinical[Title/Abstract] AND trial[Title/Abstract]) OR clinical trials as topic[MeSH Terms] OR clinical trial[Publication Type] OR random*[Title/Abstract] OR random allocation[MeSH Terms] OR therapeutic use[MeSH Subheading]) speci?c/narrow 93%/97% (randomized controlled trial[Publication Type] OR (randomized[Title/Abstract] AND controlled[Title/Abstract] AND trial[Title/Abstract])) diagnosis sensitive/broad 98%/74% (sensitiv*[Title/Abstract] OR sensitivity and speci?city[MeSH Terms] OR diagnose[Title/Abstract] OR diagnosed[Title/Abstract] OR diagnoses[Title/Abstract] OR diagnosing[Title/Abstract] OR diagnosis[Title/ Abstract] OR diagnostic[Title/Abstract] OR diagnosis[MeSH:noexp] OR diagnostic * [MeSH:noexp] OR diagnosis,di?erential[MeSH:noexp] OR diagnosis[Subheading:noexp])speci?c/narrow? 64%/98% (speci?city[Title/Abstract]) etiology sensitive/broad 93%/63% (risk*[Title/Abstract] OR risk*[MeSH:noexp] OR risk *[MeSH:noexp] OR cohort studies[MeSH Terms] OR group[Text Word] OR groups[Text Word] OR grouped [Text Word]) speci?c/narrow 51%/95% ((relative[Title/Abstract] AND risk*[Title/Abstract]) OR (relative risk[Text Word]) OR risks[Text Word] OR cohort studies[MeSH:noexp] OR (cohort[Title/Abstract] AND study[Title/Abstract]) OR (cohort[Title/Abstract] AND studies[Title/Abstract])) prognosis sensitive/broad 90%/80% (incidence[MeSH:noexp] OR mortality[MeSH Terms] OR follow up studies[MeSH:noexp] OR prognos*[Text Word] OR predict*[Text Word] OR course*[Text Word]) speci?c/narrow 52%/94% (prognos*[Title/Abstract] OR (?rst[Title/Abstract] AND episode[Title/Abstract]) OR cohort[Title/Abstract]) clinical prediction guides sensitive/broad 96%/79% (predict*[tiab] OR predictive value of tests[mh] OR score[tiab] OR scores[tiab] OR scoring system[tiab] OR scoring systems[tiab] OR observ*[tiab] OR observer variation[mh]) speci?c/narrow 54%/99% (validation[tiab] OR validate[tiab]) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3827/#pubmedhelp.Clinical_Queries_Filters
- 21. ライフサイエンス统合データベースセンター PubMed検索の注意 ? 複合語の検索は二重引用符()で囲むことで可能? ただし、それがPubMedデータベースの索引に含まれていなければならな ? 例:? ○ Linked Open Data? ○ Open Data? × Linked Open ? 最新の文献およびPubMedのみに含まれる文献はMeSHタームでは検索できない 1. 人手により付けられており、通常約3週間かかるため 2. MeSHタームはMEDLINEに書誌情報が収められる文献が対象? PubMed検索対象はMEDLINE＋α
- 22. ライフサイエンス统合データベースセンター PMID: 25189709 [PubMed - indexed for MEDLINE]
- 28. ライフサイエンス统合データベースセンター 生命科学分野の文献中には略語が多い ? 研究者により自由に略語が生み出されている? 発表文献数は増加の一途 (PubMedには2000報以上追加/日) ? 多くの多義語?類義語が存在 ? 読み手に誤解と混乱を生じさせる? PC: personal computer, primary care, prostate cancer, ...? Alcoholic chronic pancreatitis: ACP, alcoholic CP, ... Year 2015 6万8千略語 2500万件 (出現頻度10以上)
- 31. ライフサイエンス统合データベースセンター reactive oxygen species? ROS high-performance liquid chromatography? FTIR superoxide dismutase? SOD 約2500万件 約1560万ペア MEDLINEに含まれる全文献情報を対象に抽出 (unique: 280万)
- 32. ライフサイエンス统合データベースセンター Allie ? 日本語訳があれば提示? reactive oxygen species / 活性酸素種, 反応性酸素生成物 ? よく使われる分野を提示、絞り込みも可能? Biochemistry / 生化学, 生物化学 ? 出現文献情報を提示? ROS - (1980) Evidence for both oxygen and non-oxygen dependent mechanisms of antibody sensitized target cell lysis by human monocytes. ? 同じ文献で使われている他の略語 (共起略語) も提示? ROS -SOD, NO, NAC, ...
- 34. ライフサイエンス统合データベースセンター 発展的な利用 ? ftpでデータベースのダウンロードが無料で可能 ? 毎週更新 ? APIにより利用者の開発したプログラムから検索可能 ? SOAP / REST / SPARQL ? http://data.allie.dbcls.jp/
- 35. ライフサイエンス统合データベースセンター AllieデータベースへのSPARQL検索結果例 頻度 略語 展開形 展開形の対訳 14629 HIV-1 human immunode?ciency virus type 1 ヒト免疫不全ウイルス1型 14186 EBV Epstein-Barr virus ((略)) EBウイルス, (DNA腫瘍ウイルス) エプスタイン?バーウイルス, Epstein-Barrウイルス 6371 HSV herpes simplex virus 単純ヘルペスウイルス, 単純疱疹ウイルス 6356 RT reverse transcriptase 逆転写酵素 5579 HSV-1 herpes simplex virus type 1 単純ヘルペスウイルス1型 4581 HA hemagglutinin ヘマグルチニン, 血球凝集素, 赤血球凝集素 4176 ORFs open reading frames (DNA上でタンパク質をコードする範囲) 翻訳領域, オープンリーディングフレ ーム, 読み取り枠, 読み枠 4108 HCMV human cytomegalovirus ヒトサイトメガロウイルス 3290 VZV varicella-zoster virus 水痘?帯状疱疹ウイルス, 水痘帯状疱疹ウイルス 2798 LTR long terminal repeat 末端反復配列 研究分野がVirologyである文献中に出現する略語
- 38. 実習 ? 略語MERSの展開形を検索 ? 共起略語をみて、MERSよりも MERS-CoVとして使われている 文献が多いことを確認する ? 目的の展開形について、詳細情 報として実際に利用されている 表現や文献リストを確認する
- 40. ライフサイエンス统合データベースセンター 英作文をしていると出くわす悩み ? is associated に続く前置詞は何だったっけ? ? リン酸化に対応する英単語、phosの続きはどう綴ったかな? ? associated with を修飾する副詞、文献でよく使われているものは何だろう? ? thermodynamic parameters には the が付くことが多い?? 付いている場合の実際の文章は? is associated ...
- 42. ライフサイエンス统合データベースセンター inMeXes ? 高速? MEDLINEに含まれる全ての題目、要旨中の表現を高速に検索 ? 軽快? 4文字以上入力すると、キーを叩く毎に検索結果を表示 ? 便利? 結果は頻度順、気になる表現をクリックすると関連情報を表示
- 43. ライフサイエンス统合データベースセンター やや高度な使い方: 正規表現フィルタ ? 例: was _ correlated withの_にはどのような表現があるかを知りたい
- 44. ライフサイエンス统合データベースセンター 発展的な利用 ? API (JSONP) による検索が可能 ? ご自身のブログやホームページに検索サービスを埋め込めます ? API Keyなどの認証は不要
- 47. 実習 ? contributeと入力して続く前置 詞を確認する ? informationと入力して下記の表 現の利用頻度をみる ? information of ? information on ? information about ? 以上の表現について、実際の文 章を確認する
- 49. ライフサイエンス统合データベースセンター ある文献に関する第三者からの視点 ? ある文献について、当該文献の著者ではない研究者による評価はどうだろう? ? ある文献について、共によく引用されている文献はあるだろうか? ? 引用する文献について、文中で引用するさいの適切な記述例はないだろうか? Colilがお答えします
- 50. ライフサイエンス统合データベースセンター Colil (Comments on literature in literature) ? 特定の論文について、その引用記述を検索します ? 特定の論文について、他の論文から共に引用されている論文を表示します? (共引用情報) ? 対象はPMIDが付けられているPMC OA (Open Access)サブセットです? (約74万件、PubMed全体の3%強) ? 現バージョンは2015年2月時点取得時のものです ? 約618万件のPMID付き文献がPMC OAサブセットから引用されています? (PubMed全体の1/4強)
- 51. ライフサイエンス统合データベースセンター PubMed ID or PubMed検索語を入力 ① ② PubMed ID PubMed検索語 もしくは
- 52. ライフサイエンス统合データベースセンター 発展的な使い方 ? ftpでデータベースのダウンロードが無料で可能 ? APIにより利用者の開発したプログラムから検索可能 ? REST / SPARQL ? http://colil.dbcls.jp/
- 56. 実習 ? PDBの文献(PMID: 10592235)に 対し、他の文献中でどのように 触れられているのか概観する。 ? 関連文献にはどのような研究課 題があるのかを確認する。 ? EMBL-EBIのバイオインフォ解 析ツールに関する文献(PMID: 20439314)についてはどうか。