BAÄžIRSAK MÄ°KROBÄ°YOTASI ve MÄ°KROBÄ°YOM ANALÄ°ZLERÄ°
•
0 likes•1,089 views
BAÄžIRSAK MÄ°KROBÄ°YOTASI ve MÄ°KROBÄ°YOM ANALÄ°ZLERÄ° SUNUMU
BAÄžIRSAK MÄ°KROBÄ°YOTASI ve MÄ°KROBÄ°YOM ANALÄ°ZLERÄ°
- 1. BAĞIRSAK MİKROBİYOTASI ve MİKROBİYOM ANALİZLERİ Kıvanç Bilecen, PhD Ar-Ge Koordinatörü Düzen Laboratuvarlar Grubu
- 2. Bağırsak Mikrobiyotası ve Mikrobiyom Analizleri Mikrobiyata/MikrobiyomMikrobiyata/Mikrobiyom Yeni Nesil DNA Dizileme YöntemleriYeni Nesil DNA Dizileme Yöntemleri Mikrobiyom TestleriMikrobiyom Testleri Klinik ÖnemKlinik Önem Hasta BeklentileriHasta Beklentileri
- 3. Qin et al. 2010 Mikrobiyota 1g intestinal içerik1g intestinal içerik 101-104 mide/duodenum101-104 mide/duodenum 104-108 jejunum/ileum104-108 jejunum/ileum 1010-1012 kalın bağırsak1010-1012 kalın bağırsak Kısa zincirli yağ asitleri (SCFA)Kısa zincirli yağ asitleri (SCFA) Vitaminler (K, B12, folik asit)Vitaminler (K, B12, folik asit) Amino asitlerAmino asitler Savunma/Kolonizasyon direnciSavunma/Kolonizasyon direnci
- 4. Mikrobiyota Cox et al 2014 Cell
- 5. Mikrobiyota
- 6. Mikrobiyota Gilbert et al., 2015
- 7. Mikrobiyota ve Probiyotik Pazar Probiyotik pazar büyüklüğü ~30-40 milyar dolar
- 8. Mikrobiyom Analiz Pazarı Mikrobiyom analizi pazar büyüklüğü ~294 milyon dolar (2019)
- 9. Mikrobiyom Analizi Hedef DNA Bölgeleri
- 10. DNA Dizileme Sanger Dizileme, 1977
- 11. Yeni Nesil DNA Dizileme (NGS) Pyrosequencing Sentezleyerek Dizileme
- 12. Sanger ve NGS Sanger DizilemeSanger Dizileme LOD %10-20 NGSNGS Kapsam 30 – 100.000X LOD <%5 ~ aynı anda milyonlarca Sanger
- 13. NGS Verisi
- 14. NGS ile YolculuÄŸumuz 2012/08 2013/01 Ä°lk raporÄ°lk rapor 2014/11 Son raporSon rapor 1,718 tekil analiz1,718 tekil analiz 2014/10 2014/11 Ä°lk Rapor (2014/11/15) Ä°lk Rapor (2014/11/15) 11.025 tekil analiz (~35 ay) 11.025 tekil analiz (~35 ay) 2017/10 ~315 analiz / ay~315 analiz / ay 2016/07
- 15. NGS İş Akışı Hasta Numunesi DNA İzolasyonu Hedef Bölgeler (Multiplex-PCR) 2. PCR barkodlama Dizileme Veritabanı araştırması/karşılaştırma (HGMD, clinVar) (GreenGenes, NCBI 16S) Kütüphane
- 17. Mikrobiyom Analizi Normal flora ???Normal flora ??? Bifidobacterium, Lactobacillus, Bacteroides, Clostridium, Escherichia, Streptococcus Ruminococcus Bifidobacterium, Lactobacillus, Bacteroides, Clostridium, Escherichia, Streptococcus Ruminococcus BacteroidetesBacteroidetes FirmicutesFirmicutes %60%60 Burkina Faso Florence, Italy De Phillippo et al, 2010 Koliada et al., 2017
- 19. Mikrobiyom Analizi Faecalibacterium prausnitziiFaecalibacterium prausnitzii Firmicutes/Bacteroides OranıFirmicutes/Bacteroides Oranı Firmicutes lifleri metabolize edebilir Düşük karbonhidratlı diyet Elma pektini ve lactobacilli kültürü (probiyotik) Bütirat üretimi Anti-enflamatuvar etki (NF-kappa B aktivasyonunu bloklama) Chrohn’s hastalığı, bağırsak kanseri düşük sayı
- 20. Mikrobiyota Akkermansia muciniphilaAkkermansia muciniphila Müsin parçalayan bakteri Yüksek yağ diyeti ince mukus zarı Mukus tabakasının modülasyonu Prebiyotik Frukto-oligosakkarit Probiyotik Bifidobacterium / Lactobacillus
- 21. BAĞIRSAK MİKROBİYOTASI ve MİKROBİYOM ANALİZLERİ Kıvanç Bilecen, PhD Ar-Ge Koordinatörü Düzen Laboratuvarlar Grubu TEŞEKKÜRLER …