Bioinformatics course - lesson 2
- 2. Bioinformatika Jan Pačes jan.paces@img.cas.cz Ústav molekulární genetiky AV ČR
- 3. organizace dat project archive / orig (electronic) bin / programs notebook / notes data / storage results to-do / changes pic / figures / graphs README doc ws / tmp / working old help perl
- 4. bezpečnost dat přístupnost vs bezpečnost použitelnost ochrana hesla zálohy, verze https checklist ssh formáty souborů pgp (gpg) tištěné kopie (šifrovaný souborový systém)
- 5. typy souborů ● obrázky: vektorové svg (standart vector graphics) coreldraw, adobe illustrator bitmapy (barevná hloubka - color depth) tiff, png, gif (komprese bez ztráty kvality) jpg (komprese se ztrátou kvality) ● dokumenty: txt, html, rtf (rich text format), pdf (portable document format) ● data: xml (extended markup language)
- 6. síťová komunikace http ftp ssh ports ports 80 high level protocol 80 20 20 23 23 low level protocol tcp/ip netbui client / server p2p
- 7. WWW ● URL: Unique Resource Locator ● HTML: Hyper Text Markup Language ● XML: eXtensible Markup Language http://www.w3.org/XML protocol://computer:port/dir/document#position http://bio.img.cas.cz/index.html#prfuk
- 9. social bookmarking výhody: ● oproti “web spiderům” (google, yahoo) jsou stránky anotovány lidmi, kteří rozumějí jejich obsahu ● automatický ranking systém ● tagy nejsou stanoveny rigidně zvnějšku ● seskupování uživatelů s podobnými zájmy
- 10. social bookmarking nevýhody: ● z hlediska vyhledávání tag systém neobsahuje definovaný slovník ● tagy nemají hierarchické uspořádání ● absence systematičnosti a někdy i logiky
- 11. co se hodí jednomu, nemusí vyhovovat druhému
- 12. del.icio.us
- 13. del.icio.us
- 14. del.icio.us
- 15. organizace odborné literatury ● http://www.citeulike.org ● http://www.conotea.org
- 16. každý problém vyžaduje specifické nástroje
- 17. citeulike
- 18. citeulike
- 19. citeulike
- 20. citeulike
- 21. 岹ٲá SQL: Structured Query Language ● MySQL http://www.mysql.org ● Postgres http://www.postgresql.org ● Access ● Oracle http://www.oracle.com
- 22. 岹ٲá - princip 岹ٲá tabulka záznam datový typ
- 23. datové typy ● integer(M) ● float(M,D) ● char(M), varchar(M) ● date, time ● text, blob ● set, enum ● boolean
- 24. datové typy
- 25. problémy se záznamem dat jména autorů: ● John B. Smith ● J. B. Smith ● JB Smith ● Smith, John B ● Smith, JB ● Smith JB ● Smith J B
- 26. problémy se záznamem dat jména autorů: řešení ● John B. Smith ● striktní datové ● J. B. Smith typy ● JB Smith ● definovaný slovník ● Smith, John B ● Smith, JB ● Smith JB ● Smith J B
- 28. hledejte efektní a elegantní řešení
- 29. relační 岹ٲá ● časopis (VARCHAR) ● název článku (TEXT) ● rok vydání (DATE) ● … ● autor (?) ● keyword (?)
- 30. relační 岹ٲá id journal title year rest INTEGER VARCHAR(20) TEXT DATE TEXT
- 31. relační 岹ٲá id journal title year rest INTEGER VARCHAR(20) TEXT DATE TEXT aid id name INTEGER INTEGER VARCHAR(20) kid id keyword INTEGER INTEGER VARCHAR(20)
- 32. relační 岹ٲá
- 33. relační 岹ٲá
- 34. relační 岹ٲá
- 35. online help
- 36. firefox toolbar
- 37. firefox toolbar
- 38. firefox toolbar
- 39. firefox toolbar
- 40. firefox toolbar
- 41. firefox toolbar