Exchange program 071128
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Exchange Program, UNIVERSITY OF THE PHILIPPINES LOS BA?OS
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ChatGPT の現状理解と 2023年7月版 LLM情報アップデート
ChatGPT の現状理解と 2023年7月版 LLM情報アップデートSatoshi Kume
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1. ChatGPTの現状理解
ChatGPT とは？
前回の振り返り
ChatGTP界隈の1ヶ月間のアップデート (2023年7月版)
2. Rパッケージ開発にLLMをどう活用するか？の整理
3. GPTが使えるRパッケージの調査報告
230517_chatGPT_v01.pdf
230517_chatGPT_v01.pdfSatoshi Kume
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##ChatGPTの現状理解とR関数&パッケージ作成への活用
1. ChatGPTの現状理解
OpenAI社について
ChatGPTとは？
GPT-3.5とGPT-4
フロンプトとは？
ChatGPTの得意なこと?苦手なこと（事例とTipsも）
2. R関数&パッケージ作成への活用
GPT API keyの取得
gptstudioパッケージを使って、RStudio上でChatGPTを使用する事例の紹介211104 Bioc Asia workshop
211104 Bioc Asia workshopSatoshi Kume
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211104 @ BioC Asia 2021 Workshop
Introduction to Bioimage Analysis in R
This workshop covers basic methods of the image processing and image analysis in R using the Bioconductor package “EBImage” and the Orchestra platform. In addition, the image dataset is obtained from ExperimentHub using the “BioImageDbs” package. Using this dataset, we perform a supervised image segmentation using the U-NET model, one of deep learning models, provided by the rMiW package.
このワークショップでは、BioconductorパッケージであるEBImageを使って、Rでの画像処理?画像解析の基本的な方法を扱う。次に、BioImageDbsパッケージを用いて、ExperimentHubからの画像データの取得を行う。さらに、rMiWパッケージが提供する、Deep learningモデルの１つであるU-NETモデルを用いて、教師有り画像セグメンテーション（領域分割）を学び。このワークショップは、Orchestra環境にて実施する。CRANパッケージの作成?投稿とコードレビュー対応 ? GoogleImage2Array パッケージでの事例紹介 ? @ BioPackathon
CRANパッケージの作成?投稿とコードレビュー対応 ? GoogleImage2Array パッケージでの事例紹介 ? @ BioPackathonSatoshi Kume
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CRANパッケージの作成?投稿とコードレビュー対応
? GoogleImage2Array パッケージでの事例紹介 ?
@BioPackathonD3 slides (Satoshi Kume)
D3 slides (Satoshi Kume)Satoshi Kume
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リポカリン型プロスタグランジンD合成酵素の脂溶性低分子に対する系統的相互作用解析
Systematic Interaction Analysis of Human Lipocalin-type Prostaglandin D Synthase with Small Lipophilic LigandsAI学会 合同研究会2020 発表スライド (201120)
AI学会 合同研究会2020 発表スライド (201120)Satoshi Kume
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高分子材料オントロジーの構築に向けた Wikidataからのドメイン概念抽出
Extraction of Domain Concepts from Wikidata for Construction of Polymer Material Ontology210609 Biopackthon: BioImageDbs for ExperimentalHub (修正版)
210609 Biopackthon: BioImageDbs for ExperimentalHub (修正版)Satoshi Kume
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BioImageDbs (for ExperimentHub)の開発とそこから学んだパッケージ作成のTipsについてOpenlink Virtuoso v01
Openlink Virtuoso v01Satoshi Kume
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「Openlink Virtuoso」のインストールと設定の日本語資料
?Wikitadaダンプの取得
?Mac 版 Virtuoso のインストールと設定
?Win版 Virtuoso のインストールと設定
201209 Biopackathon 12th
201209 Biopackathon 12thSatoshi Kume
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画像処理?画像解析に関するRパッケージを調査したので、見つかったパッケージを（広く浅く）紹介する。
調査対象: CRAN、Bioconductor、Neuroconductor (= GitHub/CRAN)とか
検索キーワード: imag(e), microscop(y) ctc
ANTsRNetを使って、2D U-NET/CPU版をやってみた。201126 Wikidata クラス階層 SPARQL検索
201126 Wikidata クラス階層 SPARQL検索Satoshi Kume
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Wikidataにおけるデータ階層のSPARQL検索
< もくじ >
?RDFデータモデルの基本
?Wikidata Graph Builder200612_BioPackathon_ss
200612_BioPackathon_ssSatoshi Kume
?
This document discusses R packages related to TensorFlow and Keras, focusing on their applications in deep learning for bioinformatics, including regression, classification, and GANs. It provides a setup guide for using TensorFlow and Keras in R, along with examples of model building and transfer learning, particularly using the TensorFlow Hub with Keras. Additionally, it highlights various packages available on RStudio GitHub for TensorFlow integration and resources for working with datasets.CentOS_slide_ver1.0
CentOS_slide_ver1.0Satoshi Kume
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This document provides instructions for installing R and using shell commands from within R on a CentOS 7 system. It explains how to install R using yum by first installing the EPEL repository and enabling it. It then shows how to use the system() function to run bash, tcsh, or other shell scripts from within R. The document also provides an example csh script and shows how to make it executable. Finally, it describes how to optionally install the GNOME desktop environment.R_note_ODE_ver1.0
R_note_ODE_ver1.0Satoshi Kume
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Ordinary Differential Equation using R.
Note: Please check the downloaded pptx version if you want to see the GIF animations of ODE.
Kinetics_Math_ver1.0
Kinetics_Math_ver1.0Satoshi Kume
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该文档介绍了反应速率的数学基础，涵盖了变量分离积分法、定常系数一阶线性微分方程及各种化学反应类型（如零次、一、二次及可逆反应）的速率方程。此外，它还讨论了半衰期的计算，指出一阶反应的半衰期与初始浓度无关，而其他反应类型的半衰期则依赖于浓度。文档为化学反应动力学提供了系统性的方法与公式。Igor_pro_ODE_japanese_ver2.0
Igor_pro_ODE_japanese_ver2.0 Satoshi Kume
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该文档介绍了常微分方程（翱顿贰）在反应模型中的应用，包括多个反应模型的数学表达和脚本示例。每个模型展现了不同反应物之间的关系以及它们随时间的变化。文档还涵盖了酶促反应的不可逆和可逆模型的方程式。More Related Content
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This document provides instructions for installing R and using shell commands from within R on a CentOS 7 system. It explains how to install R using yum by first installing the EPEL repository and enabling it. It then shows how to use the system() function to run bash, tcsh, or other shell scripts from within R. The document also provides an example csh script and shows how to make it executable. Finally, it describes how to optionally install the GNOME desktop environment.R_note_ODE_ver1.0
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