ݺߣ

ݺߣShare a Scribd company logo

GIS hastalıklarında Genetik Test

•
•
Düzen Sağlık Grubu
Düzen Sağlık Grubu

GIS hastalıklarında Genetik Test

1 of 71
Download to read offline
GIS hastalıklarında Genetik Test Ajlan üü
Genetik Hastalıklar Genetik Hastalıklar Kalıtsal Prenatal/postnatal tanı Hastalık Tedavi stratejisi Konjenital Konjenital olmayan Yatkınlık Önleme stratejisi Kalıtsal olmayan Kromozomal Tanı Sporadik kanser Tedavi stratejisi
Neden Genetik Test
Genetik Test Geniş Ölçekli testler Hedefe Yönelik Testler FISH Karyotip analizi Array CGH – Moleküler Karyotipleme STR (linkage) analizleri DNA array uygulamaları (SNP array, vb.) qRT-PCR (SNP analizleri, kopya sayısı, vb.) MLPA / Southern blot Hedefe yönelik DNA dizileme (Sanger ve yeni nesil dizileme) – gen panelleri, likit biyopsi, NIPT WES/WGS (tüm ekzom/genom dizileme)
Genetik Testin Gücü Duyarlılık Ölçek Mutasyon DİREKT YÖNTEMLER Sitogenetik 5-10x106 bp Tüm genom Delesyon, Duplikasyon, Amplifikasyon, İnsersiyon Translokasyon, İnversiyon FISH 1-5x106 bp <106 bp (?) Hedef bölge Delesyon, Duplikasyon, Amplifikasyon, İnsersiyon Translokasyon, İnversiyon CGH 6x104-106bp Tüm genom Delesyon, Duplikasyon, Amplifikasyon İNDİREKT YÖNTEMLER Array 8x104-105bp Tüm genoma ulaşabilir Delesyon, Duplikasyon, Amplifikasyon Dizi analizi 1 bp Hedef bölge Nokta mutasyon, Küçük delesyon, Küçük insersiyon, Küçük duplikasyon Yeni nesil dizi analizi 1 bp Tüm genoma ulaşabilir Nokta mutasyon, Küçük delesyon, Küçük insersiyon, Küçük duplikasyon Genetik testler DIŞLAYICI değildir!!!
GENETİK ETKİSİ BİLİNEN GIS HASTALIKLARI • Kalıtsal GIS hastalıkları • GIS tutulumu olan sistemik hastalıklar • Genetik yatkınlık olan GIS hastalıkları • Kalıtsal GIS kanserleri • GIS tutulumu olan kanser sendromları • Solid doku kanserleri
Kalıtsal GIS hastalıkları
Progresif Familial Intrahepatik Kolestazis (PFIC Tip 1,2,3) Hastalık ne yapıyor? • Otozomal resesif • Erken çocuklukta portal fibroz ve siroz • Artmış HCC riski • Çocukluk çağında exitus Neden Genetik Test yapılmalı? • Kesin Tanı Genetik Test sonuçlarından nasıl yararlanılmalı? • İndeks olgu tanısı • Ebeveyn taşıyıcılığı • Prenatal tanı
GIS tutulumu olan sistemik hastalıklar
FMF Türkiye’de • taşıyıcı sıklığı %20 • hastalık sıklığı 1/1000 Genetik test MEFV geni mutasyonları Klinik Tanı • Mutasyon (–), Colch yanıtı (+)
FMF’de neden genetik test yapıyoruz?
FMF’de mutasyon dağılımımız nasıl? Amiloidoz ↑risk: M694V, M694I, M680I ↓risk: E148Q C. Tunçer , K. Bilecen, B. Sağlam Ada , K. Yararbaş, M. Say , A. Topal, F. Delibaş, G. Tunca, E. Kavak , A. üü, Y. Laleli. Haplotype Analysis of Common MEFV Variants in Turkey. 9th International Congress of Familial Mediterranean Fever and Systemic Auto-Inflammatory Diseases.2017 May 5-7, Cyprus MEFV whole gene NGS analysis of 4048 patients in Turkey
Genetik test raporundan ne öğreniyoruz?
Genetik test raporundan ne öğreniyoruz?
Genetik test raporundan ne öğreniyoruz?
Kistik fibrozis • En yaygın tek gen hastalığı: otozomal resesif • Epitel hücreleri: su ve iyon geçişi kontrolü • CFTR mutasyonu (+)=> kontrol bozulur • Yoğun salgı – Tuzlu ter – Pankreas yetmezliği – Kronik akciğer hastalıkları gelişir
Kistik Fibrozis’te Genetik • CFTR geni – 7q31 • Farklı mutasyonlar – Nokta mutasyonlar – Büyük delesyon ve duplikasyonlar
Kistik Fibrozis Tanısında Genetik test • Endikasyon – Postnatal • Semptomatik • Aile öyküsü – Prenatal • Semptomatik • Anne baba taşıyıcılığı • Genetik test – Hedefe yönelik test – Geniş kapsamlı test • Tüm gen dizi analizi • Delesyon/duplikasyon analizi
Genetik test raporundan ne öğreniyoruz?
Hemokromatozis • Progresif demir birikimi – Siroz – Kalp yetmezliği – Artropati – Diabetes mellitus ve diğer endokrin yetmezlikleri • Otozomal resesif geçişli – HFE (6. kromozom)
Hemokromatozis’de Genetik Medscape Wednesday, October 11, 2017
Hemokromatozis Raporu
Wilson Hastalığı • Bakır Birikimi – Karaciğer: kronik hepatit ve siroz – Beyin – Göz: Kayser-Fleischer halkası – Böbrek – Kemik • Tanı yaşı: 2-3. dekad • Hastalığın erken teşhisi ve tedavisi – Etkileri geri çevirebilir – Kalıcı hasar oluşumunu engelleyebilir • Seruloplazmin eksikliği
ATP7B Geni • Hastalık nedeni: bakır taşıyan seruloplasmin eksikliği • Hastalığa neden olan gen: ATP7B – His1069Gln (Doğu ve Kuzey Avrupa’da %40 ) – Arg778Leu (Asya’da %30) – Asn1270Ser
Wolman Hastalığı • Lysosomal acid lipase defekti (LALD) • 1 /40,000 -300,000 • lizozomal depo hastalığı • LIPA geni mutasyonları
LIPA mutasyonları • Resesif etkili • Homozigot veya "compound" heterozigot • Genotip/fenotip ilişkisi – İnfantil formda ağır mutasyonlar: nonsense ve frameshift – Çocuk ve erişkin: %50-70 ekson 8 splice site, c.894G > A
LALD • Başlangıç yaşı ve ilerleme hızı değişken – Neden olan mutasyona bağlı • İnfantil formda ilk haftada hızla gelişen semptomlar – 6/12 y üzerinde yaşam nadir • Çocuk ve erişkin forma – Dislipidemi (LDL C↑, HDL C↓) – Hepatomegali – Transaminazlar yüksek – Mikroveziküler hepatosteatoz – KC hasarı-> fibrozis-> siroz -> KC yetmezliği – Erken çocuklukta KVS semptomları • Diğer KVS, KC ve metabolik hastalıklarla örtüşen bulgular nedeni ile LALD "under-recognized" kabul edilir
LIPA mutasyonları: klinik ile korelasyon Atherosclerosis 235 (2014) 21e30
LALD Tanı Algoritması Atherosclerosis 235 (2014) 21e30
LALD’de neden genetik test yapıyoruz? Atherosclerosis 235 (2014) 21e30 • Sebelipase alfa – recombinant form of LAL – 2015: FDA approvel (tradename: Kanuma) – United States, European Union, Japan
Genetik yatkınlık olan GIS hastalıkları
Çölyak Hastalığı • Çölyak ilişkili HLA heterodimerleri – DQ2 heterodimer (spesifik HLA-DQA1*05 ve HLA-DQB1*02) • Çölyak %90 • genel popülasyonda %20-30 – DQ2 ‘ye ek olarak DQ8 heterodimer (spesifik HLA-DQA1*03 ve HLA- DQB1*0302) • %2-3' ünde hastalık tablosu gelişir – HLA DRB1*04 allelinin varlığının da hastalığa yatkınlıkla ilişkili olduğu söylenmektedir. • Hastalıkla ilişkili allellerin tamamının yokluğunda tanı dışlanması sağlanabilir
Crohn hastalığı Ann Med Surg (Lond). 2015 Sep; 4(3): 248–253 • HLA B27
Crohn hastalığı • NOD2 (CARD15 ) • ATG16L1, IL23R, IRGM C Gasche, and P Grundtner Gut 2005;54:162-167
Genetik Tanıda Moleküler Tabanlı Testler Tüm ekzom dizileme (WES) DNA eldesi Multipleks PCR DNA dizileme Biyoinformatik analiz >%97 CCDS (consensus coding sequences) ~ 19K hedef gen ~ 300K amplikon
Kalıtsal GIS kanserleri Tüm KRK’lerin ~%5-8’i kalıtsaldır.
Risk Genel populasyon(ABD) ~%2-6 Bir 1. derece akrabada KRK 2-3 kat İki 1. derece akrabada KRK 3-4 kat 1. derece akraba <50 KRK 3-4 kat Bir 2. veya 3.derece akrabada KRK ~1.5- kat İki 2. derece akrabada KRK 2-3 kat Aile Öküsü: Yaklaşık Risk
Neden genetik test? • Kişisel risk bilgisi sağlar • Aile bireyleri için bilgi sağlar • Tedavi / Prevensiyon seçeneklerini etkiler
Mutasyon taşıyıcılarında malign tümör gelişimini önleme Hedef organın malign gelişim öncesi çıkarılması
!!! Hedef organın profilaktik olarak çıkarılmasının kabul edilebilirliği; tanımlanacak genetik defektin o hastalık için kesin kriter olmasına bağlıdır.
Cerrahi Profilaksi Kriterleri Genetik defektin öngördüğü risk yüksek olmalı Gelişecek hastalık için morbidite ve mortalite riski yüksek olmalı Gelişecek tümör için tahmini başlangıç yaşı ortalama yaşam süresine göre erken olmalı Hedef organ yokluğu yaşamla bağdaşmalı Bu organın çıkarılması tümör gelişimi riskini çok düşürmeli Önerilen cerrahi girişimin komplikasyon riski düşük olmalı Önerilen cerrahi girişimi beklenen yaşam süresini uzatmalı Cerrahi sonrası yaşam kalitesi yüksek olmalı
Ailesel Polipsiz Kolon Kanseri (HNPKK =Lynch sendromu) • Tüm KRK olgularının %2-3’ü • O. dominant; yüksek penetrans • Ortalama başlangıç yaşı 40-50 • Birden çok kuşakta tutulum • %60-70 sağda/proksimal KRK tümörler • Polip görülebilir, çoklu primer tümör sık. Atenüe FAP ile karışabilir
genetik danışmanlık ve bilgilendirilmiş onam Doğrudan Genetik Test Aile öyküsü Amsterdam II kriterlerine uygunsa veya 3-2-1 kuralı 3 veya fazla akrabada HNPKK ilişkili kanser, biri 1.dereceden 2 veya fazla kuşakta hasta birey 1 veya fazla olguda 50 yaş altında tanı almış olmak Hasta KRK ve bir 1. derece akrabası HNPKK ilişkili kanser hastası; olgulardan biri 50 yaş altındaysa HNPKK Genetik Test Endikasyonu
HNPCC Genetik Test MLH1 MSH2 MSH6 PMS2 EPCAM
Gen Takip başlangıcı Takip Sıklığı Risk azaltıcı cerrahi MLH1 20-25 (ailede 25 yaşından önce tanı alan birey varsa o bireyin tanı yaşından 2-5 yıl önce ) Yılda 1 kez kolonoskopi subtotal koloktemi MSH2 EPCAM MSH6 25-30 (ailede 30 yaşından önce tanı alan birey varsa o bireyin tanı yaşından 2-5 yıl önce) 1-2 yılda 1 kez kolonoskopiPMS2 HNPCC Gen vs.Fenotip
HNPKK’de kanser riskleri %kanser 100 80 60 40 20 0 20 40 60 800 Yaş Kolorektal 78% Endometrium 43% Mide 19% Safra yolları 18% İdrar yolları 10% Over 9%
MMR mutasyonları (n=540) MMR mutasyonu olan 29% MMR mutasyonu saptanmayan 71% PMS2 20% MLH1 40% MSH2 40%
Mikrosatellit İnstabilitesi (MSI) • MSI-H: ≥%30 bölgede instabilite • MSI-L: < %30 bölgede instabilite • MSS: instabil bölge yok NR-21, BAT26, BAT25, NR-24, MONO27 75 hastanın tümör dokusunda yapılan çalışmada • 8 hastada MSI-H • 19 hastada MSI-L • 48 hastada MSS
Familyal Adenomatöz Polipozis (FAP=Gardner sendromu) Klinik 100’den fazla kolorektal adenomatöz polip veya 100’den az polip ve FAP hastası 1.derece akraba Moleküler tanı pozitif En sık tutulum:kolon Malignite riski yüksek
Kolorektal polipler 7-36 yaş:Ort 16 Kolon Kanseri %93 ort 39 y %7 <21 yaş GI yolda diğer tümörler Diğer kanserler K. ciğer Tiroid S. kesesi Pankreas Sürrenal Sant Sinir Sist Desmoid tümör %5 morbidite/mortalite FAP kanser tutulumu
• Otozomal dominant • Hastaların anne ya da babaları %75-80 hasta • Taze mutasyon: %20-25 • Hasta bireyin çocuklarında risk: %50 FAP kalıtım
APC MUTYH FAP Genetik Test
mutasyon + 31 34% mutasyon - 59 66% APC 81% MUTYH 16% double mutant 3% FAP mutasyonları (n=190)
• Mide kanseri vakalarının çoğunluğu sporadik • Olguların %5’i kalıtsal • CDH1 (E-kaderin) geninde meydana gelen “germline” mutasyonlar HDGC (Herediter Difüz Gastrik Kanser)’lerin yaklaşık %30-40’ından sorumlu Diffüz Gastrik Ca
GIS tutulumu olan kanser sendromları
Peutz-Jeghers Sendromu (STK11) • Gastrointestinal polipler – En sık • Jejunum • ileum • duodenum – Daha az • Mide • kalın barsak • nasal pasaj • Mukokutanöz pigmentasyon – Çocukluk çağında – Ağız, göz, burun delikleri , perianal ve bukkal mukoza • Artmış Ca riski – kolorektal, gastrik, pankreatik – meme/over • Tanı – Klinik bulgular – STK11 gen analizi • Aile öyküsü pozitif olan: STK11 (LKB1) gen mutasyonu %100(dizi+MLPA) • Aile öyküsü pozitif olan: STK11 (LKB1) gen mutasyonu %91(dizi+MLPA)
Solid Doku Kanserleri
Sporadik kolorektal kanserde MSI • MSI’nin 2/3’ü sporadik CRC tümör dokularında saptanır • MSI olan çoğu tümörde MLH1 ve PMS2 ekspresyon kaybı • Genellikle MLH1 geninin metilasyonu • Sıklıkla BRAF (genelde V600E) mutasyonu varlığı
Sporadik kolorektal kanserde MSI NCCN Genetic/Familial High-Risk Assessment:Colorectal 2016 v.2 Doku Testleri Olası Etyoloji Test Önerisiİmmünohistokimya MSI BRAF V600E MLH1 promotor metilasyonu MLH1 MSH2 MSH6 PMS2 + + + + Düşük ? ? Sporadik LS dışı kalıtsal YOK + + + + Yüksek ? ? LS Sporadik Germline MMR ? ? ? ? Yüksek ? ? LS Sporadik Germline MMR
Solid Doku Kanserlerinde Genetik Test Colorectal Basic S M L RAS bilinmiyor KRAS 2,3,4 KRAS 2,3,4 KRAS 2,3,4 58 NGS NRAS 2,3,4 NRAS 2,3,4 NRAS 2,3,4 HER2 FISH BRAF 15 BRAF 15 BRAF 15 MET FISH PIK3CA 20 PIK3CA 20 ALK FISH HER2 FISH HER2 FISH PIK3CA FISH MET FISH MET FISH ROS1 FISH ALK FISH EGFR 19,21 MET 17, 19 FGFR1 FISH RAS WT BRAF 15 BRAF 15 BRAF 15 58 NGS PIK3CA 20 PIK3CA 20 HER2 FISH HER2 FISH HER2 FISH MET FISH MET FISH MET FISH ALK FISH PIK3CA FISH PIK3CA FISH PIK3CA FISH ALK FISH ALK FISH FGFR1 FISH HER2 20 ROS1 FISH MET 17, 19 FGFR1 FISH EGFR 19,21 RAS M PIK3CA 20 PIK3CA 20 PIK3CA 20 58 NGS PIK3CA FISH PIK3CA FISH MET FISH MET FISH MET FISH FGFR1 FISH MET 17, 19 MET 17, 19 PIK3CA FISH MET 16, 2 MET 16, 2 AKT1 4 MET 11, 14 FGFR1 FISH AKT1 4 KIT 17,11
Solid Doku Kanserlerinde Genetik Test Tümör İlaç Etkin genetik test Kemorefrakter mCRC Hedefli immünoterapi (pembrolizumab vb) MSI Kemorefrakter mCRC Temozolomide MGMT metilasyonu mCRC 5FU TSER*3R, DPD*2A, MTHFR İrinotekan UGT1A1 EGFR inhibitörleri KRAS mutasyonları NRAS E2-4 mutasyonları Gastrointestinal stromal tümör (GIST) İmatinib KIT geni ekzon 9, 11, 13 ve 17 mutasyonları PDGFRA geni ekzon 12 ve 18 mutasyonları
Genetik Tanıda Moleküler Tabanlı Testler NGS Tabanlı Testler: Kalıtımsal kan numunesi HNPCC, FAP, CDH vb. >50 gen bölgesi Somatik solid/paraffin doku/likid biyopsi CKIT, PDGFRA vb. %15 cut-off
Likid biyopsi
Likid biyopsi endikasyonları Bilinen kanser belirteçleri • tümör dokusundan salınan DNA parçalarının kanda yakalanması • “hücre-dışı dolanan tümör DNA” (circulating tumor DNA=ctDNA ) Klinik yarar açısından likid biyopsi aşağıdaki olgulara uygulanabilir: • Tümör dokusunda yapılan genetik incelemeleri sonucunda tedavi hedefi olabilecek mutasyonlar saptanmış olan olgularda hastalık takibinin yapılması (akciğer kanserinde ALK füzyonu veya EGFR, BRAF genlerinin aktive edici mutasyonları; mide kanserinde ERBB2 amplifikasyonu) • Hedefe yönelik tedavi altındayken hastalığın ilerlemesi durumunda direnç mutasyonlarının incelenmesi (akciğerde MET amp veya EGFRT790M mutasyonu gibi) • Hastalık gelişiminde duyarlılığın gelişmesinin kontrolü (üçlü negatif primeri olduğu halde metastatik meme kanserinde ERBB2-amplifikasyonunun saptanması)
Likid biyopsi olgusu EGFR, ALK, HER2, BRAF: (-) KRAS: (+) PDL1: (+) İMMÜNOTERAPİ Likid biyopsi KRAS ile 2 aylık takip KRAS (-) PET (-)13. Ay
Likid biyopside rapor
GIS hastalıklarında genetik testleri neden yapıyoruz? •Doğrulama testleri ya da semptomatik kişiye ayırıcı tanı •PFIC, Kistik fibroz, FMF •Doğrulama testleri ya da semptomatik kişiye ayırıcı tanı •PFIC, Kistik fibroz, FMF Tanı Testleri •Muhtemel resesif taşıyıcı asemptomatik bireyler için hedefe yönelik test •PFIC, Kistik fibroz, FMF •Muhtemel resesif taşıyıcı asemptomatik bireyler için hedefe yönelik test •PFIC, Kistik fibroz, FMF Taşıyıcı Testleri •Hastalıkla ilişkili ve kalıtımı olduğu bilinen varyantlar için hedefe yönelik test •Çölyak, Crohn, HNPCC •Hastalıkla ilişkili ve kalıtımı olduğu bilinen varyantlar için hedefe yönelik test •Çölyak, Crohn, HNPCC Prediktif Testler •Hastalığa neden olan ve kalıtımı olduğu bilinen varyantlar için hedefe yönelik test •FAP •Hastalığa neden olan ve kalıtımı olduğu bilinen varyantlar için hedefe yönelik test •FAP Presemptomatik Testler •Hastalığın seyri, komplikasyonları ile ilişkili varyantlar için hedefe yönelik test •FMF, mCRC’de BRAF •Hastalığın seyri, komplikasyonları ile ilişkili varyantlar için hedefe yönelik test •FMF, mCRC’de BRAF Prognostik testler •İlaç/doz seçimi ya da istenmeyen ilaç etkileri ile ilişkili varyantlar için hedefe yönelik test •GIST’de C-KIT/PDGFRA TKI yanıtı, CRC’da MSI •İlaç/doz seçimi ya da istenmeyen ilaç etkileri ile ilişkili varyantlar için hedefe yönelik test •GIST’de C-KIT/PDGFRA TKI yanıtı, CRC’da MSI Farmakogenetik
26.10.2017 68 • Numuneler ile birlikte gelen, hasta onayının da bulunduğu Hasta İstem/onam Formu çok önemlidir. • Bu form olmadığı takdirde hiçbir çalışma yapılamaz. Genetik testlerde örnek kabulünde nelere dikkat etmeliyiz?
• Ön tanı/endikasyonu • Hekim ve iletişim bilgisi • Hekim imzası • Hasta imzası 26.10.2017 69 Genetik testlerde tetkik istem/onam formu neden var?
Genetik Test Bilgilerimize nereden ulaşabilirsiniz?
GIS hastalıklarında Genetik Test

More Related Content

GIS hastalıklarında Genetik Test

  • 4. Genetik Test Geniş Ölçekli testler Hedefe Yönelik Testler FISH Karyotip analizi Array CGH – Moleküler Karyotipleme STR (linkage) analizleri DNA array uygulamaları (SNP array, vb.) qRT-PCR (SNP analizleri, kopya sayısı, vb.) MLPA / Southern blot Hedefe yönelik DNA dizileme (Sanger ve yeni nesil dizileme) – gen panelleri, likit biyopsi, NIPT WES/WGS (tüm ekzom/genom dizileme)
  • 5. Genetik Testin Gücü Duyarlılık Ölçek Mutasyon DİREKT YÖNTEMLER Sitogenetik 5-10x106 bp Tüm genom Delesyon, Duplikasyon, Amplifikasyon, İnsersiyon Translokasyon, İnversiyon FISH 1-5x106 bp <106 bp (?) Hedef bölge Delesyon, Duplikasyon, Amplifikasyon, İnsersiyon Translokasyon, İnversiyon CGH 6x104-106bp Tüm genom Delesyon, Duplikasyon, Amplifikasyon İNDİREKT YÖNTEMLER Array 8x104-105bp Tüm genoma ulaşabilir Delesyon, Duplikasyon, Amplifikasyon Dizi analizi 1 bp Hedef bölge Nokta mutasyon, Küçük delesyon, Küçük insersiyon, Küçük duplikasyon Yeni nesil dizi analizi 1 bp Tüm genoma ulaşabilir Nokta mutasyon, Küçük delesyon, Küçük insersiyon, Küçük duplikasyon Genetik testler DIŞLAYICI değildir!!!
  • 6. GENETİK ETKİSİ BİLİNEN GIS HASTALIKLARI • Kalıtsal GIS hastalıkları • GIS tutulumu olan sistemik hastalıklar • Genetik yatkınlık olan GIS hastalıkları • Kalıtsal GIS kanserleri • GIS tutulumu olan kanser sendromları • Solid doku kanserleri
  • 8. Progresif Familial Intrahepatik Kolestazis (PFIC Tip 1,2,3) Hastalık ne yapıyor? • Otozomal resesif • Erken çocuklukta portal fibroz ve siroz • Artmış HCC riski • Çocukluk çağında exitus Neden Genetik Test yapılmalı? • Kesin Tanı Genetik Test sonuçlarından nasıl yararlanılmalı? • İndeks olgu tanısı • Ebeveyn taşıyıcılığı • Prenatal tanı
  • 9. GIS tutulumu olan sistemik hastalıklar
  • 10. FMF Türkiye’de • taşıyıcı sıklığı %20 • hastalık sıklığı 1/1000 Genetik test MEFV geni mutasyonları Klinik Tanı • Mutasyon (–), Colch yanıtı (+)
  • 11. FMF’de neden genetik test yapıyoruz?
  • 12. FMF’de mutasyon dağılımımız nasıl? Amiloidoz ↑risk: M694V, M694I, M680I ↓risk: E148Q C. Tunçer , K. Bilecen, B. Sağlam Ada , K. Yararbaş, M. Say , A. Topal, F. Delibaş, G. Tunca, E. Kavak , A. üü, Y. Laleli. Haplotype Analysis of Common MEFV Variants in Turkey. 9th International Congress of Familial Mediterranean Fever and Systemic Auto-Inflammatory Diseases.2017 May 5-7, Cyprus MEFV whole gene NGS analysis of 4048 patients in Turkey
  • 13. Genetik test raporundan ne öğreniyoruz?
  • 14. Genetik test raporundan ne öğreniyoruz?
  • 15. Genetik test raporundan ne öğreniyoruz?
  • 16. Kistik fibrozis • En yaygın tek gen hastalığı: otozomal resesif • Epitel hücreleri: su ve iyon geçişi kontrolü • CFTR mutasyonu (+)=> kontrol bozulur • Yoğun salgı – Tuzlu ter – Pankreas yetmezliği – Kronik akciğer hastalıkları gelişir
  • 17. Kistik Fibrozis’te Genetik • CFTR geni – 7q31 • Farklı mutasyonlar – Nokta mutasyonlar – Büyük delesyon ve duplikasyonlar
  • 18. Kistik Fibrozis Tanısında Genetik test • Endikasyon – Postnatal • Semptomatik • Aile öyküsü – Prenatal • Semptomatik • Anne baba taşıyıcılığı • Genetik test – Hedefe yönelik test – Geniş kapsamlı test • Tüm gen dizi analizi • Delesyon/duplikasyon analizi
  • 19. Genetik test raporundan ne öğreniyoruz?
  • 20. Hemokromatozis • Progresif demir birikimi – Siroz – Kalp yetmezliği – Artropati – Diabetes mellitus ve diğer endokrin yetmezlikleri • Otozomal resesif geçişli – HFE (6. kromozom)
  • 23. Wilson Hastalığı • Bakır Birikimi – Karaciğer: kronik hepatit ve siroz – Beyin – Göz: Kayser-Fleischer halkası – Böbrek – Kemik • Tanı yaşı: 2-3. dekad • Hastalığın erken teşhisi ve tedavisi – Etkileri geri çevirebilir – Kalıcı hasar oluşumunu engelleyebilir • Seruloplazmin eksikliği
  • 24. ATP7B Geni • Hastalık nedeni: bakır taşıyan seruloplasmin eksikliği • Hastalığa neden olan gen: ATP7B – His1069Gln (Doğu ve Kuzey Avrupa’da %40 ) – Arg778Leu (Asya’da %30) – Asn1270Ser
  • 25. Wolman Hastalığı • Lysosomal acid lipase defekti (LALD) • 1 /40,000 -300,000 • lizozomal depo hastalığı • LIPA geni mutasyonları
  • 26. LIPA mutasyonları • Resesif etkili • Homozigot veya "compound" heterozigot • Genotip/fenotip ilişkisi – İnfantil formda ağır mutasyonlar: nonsense ve frameshift – Çocuk ve erişkin: %50-70 ekson 8 splice site, c.894G > A
  • 27. LALD • Başlangıç yaşı ve ilerleme hızı değişken – Neden olan mutasyona bağlı • İnfantil formda ilk haftada hızla gelişen semptomlar – 6/12 y üzerinde yaşam nadir • Çocuk ve erişkin forma – Dislipidemi (LDL C↑, HDL C↓) – Hepatomegali – Transaminazlar yüksek – Mikroveziküler hepatosteatoz – KC hasarı-> fibrozis-> siroz -> KC yetmezliği – Erken çocuklukta KVS semptomları • Diğer KVS, KC ve metabolik hastalıklarla örtüşen bulgular nedeni ile LALD "under-recognized" kabul edilir
  • 28. LIPA mutasyonları: klinik ile korelasyon Atherosclerosis 235 (2014) 21e30
  • 30. LALD’de neden genetik test yapıyoruz? Atherosclerosis 235 (2014) 21e30 • Sebelipase alfa – recombinant form of LAL – 2015: FDA approvel (tradename: Kanuma) – United States, European Union, Japan
  • 31. Genetik yatkınlık olan GIS hastalıkları
  • 32. Çölyak Hastalığı • Çölyak ilişkili HLA heterodimerleri – DQ2 heterodimer (spesifik HLA-DQA1*05 ve HLA-DQB1*02) • Çölyak %90 • genel popülasyonda %20-30 – DQ2 ‘ye ek olarak DQ8 heterodimer (spesifik HLA-DQA1*03 ve HLA- DQB1*0302) • %2-3' ünde hastalık tablosu gelişir – HLA DRB1*04 allelinin varlığının da hastalığa yatkınlıkla ilişkili olduğu söylenmektedir. • Hastalıkla ilişkili allellerin tamamının yokluğunda tanı dışlanması sağlanabilir
  • 33. Crohn hastalığı Ann Med Surg (Lond). 2015 Sep; 4(3): 248–253 • HLA B27
  • 34. Crohn hastalığı • NOD2 (CARD15 ) • ATG16L1, IL23R, IRGM C Gasche, and P Grundtner Gut 2005;54:162-167
  • 35. Genetik Tanıda Moleküler Tabanlı Testler Tüm ekzom dizileme (WES) DNA eldesi Multipleks PCR DNA dizileme Biyoinformatik analiz >%97 CCDS (consensus coding sequences) ~ 19K hedef gen ~ 300K amplikon
  • 36. Kalıtsal GIS kanserleri Tüm KRK’lerin ~%5-8’i kalıtsaldır.
  • 37. Risk Genel populasyon(ABD) ~%2-6 Bir 1. derece akrabada KRK 2-3 kat İki 1. derece akrabada KRK 3-4 kat 1. derece akraba <50 KRK 3-4 kat Bir 2. veya 3.derece akrabada KRK ~1.5- kat İki 2. derece akrabada KRK 2-3 kat Aile Öküsü: Yaklaşık Risk
  • 38. Neden genetik test? • Kişisel risk bilgisi sağlar • Aile bireyleri için bilgi sağlar • Tedavi / Prevensiyon seçeneklerini etkiler
  • 39. Mutasyon taşıyıcılarında malign tümör gelişimini önleme Hedef organın malign gelişim öncesi çıkarılması
  • 40. !!! Hedef organın profilaktik olarak çıkarılmasının kabul edilebilirliği; tanımlanacak genetik defektin o hastalık için kesin kriter olmasına bağlıdır.
  • 41. Cerrahi Profilaksi Kriterleri Genetik defektin öngördüğü risk yüksek olmalı Gelişecek hastalık için morbidite ve mortalite riski yüksek olmalı Gelişecek tümör için tahmini başlangıç yaşı ortalama yaşam süresine göre erken olmalı Hedef organ yokluğu yaşamla bağdaşmalı Bu organın çıkarılması tümör gelişimi riskini çok düşürmeli Önerilen cerrahi girişimin komplikasyon riski düşük olmalı Önerilen cerrahi girişimi beklenen yaşam süresini uzatmalı Cerrahi sonrası yaşam kalitesi yüksek olmalı
  • 42. Ailesel Polipsiz Kolon Kanseri (HNPKK =Lynch sendromu) • Tüm KRK olgularının %2-3’ü • O. dominant; yüksek penetrans • Ortalama başlangıç yaşı 40-50 • Birden çok kuşakta tutulum • %60-70 sağda/proksimal KRK tümörler • Polip görülebilir, çoklu primer tümör sık. Atenüe FAP ile karışabilir
  • 43. genetik danışmanlık ve bilgilendirilmiş onam Doğrudan Genetik Test Aile öyküsü Amsterdam II kriterlerine uygunsa veya 3-2-1 kuralı 3 veya fazla akrabada HNPKK ilişkili kanser, biri 1.dereceden 2 veya fazla kuşakta hasta birey 1 veya fazla olguda 50 yaş altında tanı almış olmak Hasta KRK ve bir 1. derece akrabası HNPKK ilişkili kanser hastası; olgulardan biri 50 yaş altındaysa HNPKK Genetik Test Endikasyonu
  • 45. Gen Takip başlangıcı Takip Sıklığı Risk azaltıcı cerrahi MLH1 20-25 (ailede 25 yaşından önce tanı alan birey varsa o bireyin tanı yaşından 2-5 yıl önce ) Yılda 1 kez kolonoskopi subtotal koloktemi MSH2 EPCAM MSH6 25-30 (ailede 30 yaşından önce tanı alan birey varsa o bireyin tanı yaşından 2-5 yıl önce) 1-2 yılda 1 kez kolonoskopiPMS2 HNPCC Gen vs.Fenotip
  • 46. HNPKK’de kanser riskleri %kanser 100 80 60 40 20 0 20 40 60 800 Yaş Kolorektal 78% Endometrium 43% Mide 19% Safra yolları 18% İdrar yolları 10% Over 9%
  • 47. MMR mutasyonları (n=540) MMR mutasyonu olan 29% MMR mutasyonu saptanmayan 71% PMS2 20% MLH1 40% MSH2 40%
  • 48. Mikrosatellit İnstabilitesi (MSI) • MSI-H: ≥%30 bölgede instabilite • MSI-L: < %30 bölgede instabilite • MSS: instabil bölge yok NR-21, BAT26, BAT25, NR-24, MONO27 75 hastanın tümör dokusunda yapılan çalışmada • 8 hastada MSI-H • 19 hastada MSI-L • 48 hastada MSS
  • 49. Familyal Adenomatöz Polipozis (FAP=Gardner sendromu) Klinik 100’den fazla kolorektal adenomatöz polip veya 100’den az polip ve FAP hastası 1.derece akraba Moleküler tanı pozitif En sık tutulum:kolon Malignite riski yüksek
  • 50. Kolorektal polipler 7-36 yaş:Ort 16 Kolon Kanseri %93 ort 39 y %7 <21 yaş GI yolda diğer tümörler Diğer kanserler K. ciğer Tiroid S. kesesi Pankreas Sürrenal Sant Sinir Sist Desmoid tümör %5 morbidite/mortalite FAP kanser tutulumu
  • 51. • Otozomal dominant • Hastaların anne ya da babaları %75-80 hasta • Taze mutasyon: %20-25 • Hasta bireyin çocuklarında risk: %50 FAP kalıtım
  • 53. mutasyon + 31 34% mutasyon - 59 66% APC 81% MUTYH 16% double mutant 3% FAP mutasyonları (n=190)
  • 54. • Mide kanseri vakalarının çoğunluğu sporadik • Olguların %5’i kalıtsal • CDH1 (E-kaderin) geninde meydana gelen “germline” mutasyonlar HDGC (Herediter Difüz Gastrik Kanser)’lerin yaklaşık %30-40’ından sorumlu Diffüz Gastrik Ca
  • 55. GIS tutulumu olan kanser sendromları
  • 56. Peutz-Jeghers Sendromu (STK11) • Gastrointestinal polipler – En sık • Jejunum • ileum • duodenum – Daha az • Mide • kalın barsak • nasal pasaj • Mukokutanöz pigmentasyon – Çocukluk çağında – Ağız, göz, burun delikleri , perianal ve bukkal mukoza • Artmış Ca riski – kolorektal, gastrik, pankreatik – meme/over • Tanı – Klinik bulgular – STK11 gen analizi • Aile öyküsü pozitif olan: STK11 (LKB1) gen mutasyonu %100(dizi+MLPA) • Aile öyküsü pozitif olan: STK11 (LKB1) gen mutasyonu %91(dizi+MLPA)
  • 58. Sporadik kolorektal kanserde MSI • MSI’nin 2/3’ü sporadik CRC tümör dokularında saptanır • MSI olan çoğu tümörde MLH1 ve PMS2 ekspresyon kaybı • Genellikle MLH1 geninin metilasyonu • Sıklıkla BRAF (genelde V600E) mutasyonu varlığı
  • 59. Sporadik kolorektal kanserde MSI NCCN Genetic/Familial High-Risk Assessment:Colorectal 2016 v.2 Doku Testleri Olası Etyoloji Test Önerisiİmmünohistokimya MSI BRAF V600E MLH1 promotor metilasyonu MLH1 MSH2 MSH6 PMS2 + + + + Düşük ? ? Sporadik LS dışı kalıtsal YOK + + + + Yüksek ? ? LS Sporadik Germline MMR ? ? ? ? Yüksek ? ? LS Sporadik Germline MMR
  • 60. Solid Doku Kanserlerinde Genetik Test Colorectal Basic S M L RAS bilinmiyor KRAS 2,3,4 KRAS 2,3,4 KRAS 2,3,4 58 NGS NRAS 2,3,4 NRAS 2,3,4 NRAS 2,3,4 HER2 FISH BRAF 15 BRAF 15 BRAF 15 MET FISH PIK3CA 20 PIK3CA 20 ALK FISH HER2 FISH HER2 FISH PIK3CA FISH MET FISH MET FISH ROS1 FISH ALK FISH EGFR 19,21 MET 17, 19 FGFR1 FISH RAS WT BRAF 15 BRAF 15 BRAF 15 58 NGS PIK3CA 20 PIK3CA 20 HER2 FISH HER2 FISH HER2 FISH MET FISH MET FISH MET FISH ALK FISH PIK3CA FISH PIK3CA FISH PIK3CA FISH ALK FISH ALK FISH FGFR1 FISH HER2 20 ROS1 FISH MET 17, 19 FGFR1 FISH EGFR 19,21 RAS M PIK3CA 20 PIK3CA 20 PIK3CA 20 58 NGS PIK3CA FISH PIK3CA FISH MET FISH MET FISH MET FISH FGFR1 FISH MET 17, 19 MET 17, 19 PIK3CA FISH MET 16, 2 MET 16, 2 AKT1 4 MET 11, 14 FGFR1 FISH AKT1 4 KIT 17,11
  • 61. Solid Doku Kanserlerinde Genetik Test Tümör İlaç Etkin genetik test Kemorefrakter mCRC Hedefli immünoterapi (pembrolizumab vb) MSI Kemorefrakter mCRC Temozolomide MGMT metilasyonu mCRC 5FU TSER*3R, DPD*2A, MTHFR İrinotekan UGT1A1 EGFR inhibitörleri KRAS mutasyonları NRAS E2-4 mutasyonları Gastrointestinal stromal tümör (GIST) İmatinib KIT geni ekzon 9, 11, 13 ve 17 mutasyonları PDGFRA geni ekzon 12 ve 18 mutasyonları
  • 62. Genetik Tanıda Moleküler Tabanlı Testler NGS Tabanlı Testler: Kalıtımsal kan numunesi HNPCC, FAP, CDH vb. >50 gen bölgesi Somatik solid/paraffin doku/likid biyopsi CKIT, PDGFRA vb. %15 cut-off
  • 64. Likid biyopsi endikasyonları Bilinen kanser belirteçleri • tümör dokusundan salınan DNA parçalarının kanda yakalanması • “hücre-dışı dolanan tümör DNA” (circulating tumor DNA=ctDNA ) Klinik yarar açısından likid biyopsi aşağıdaki olgulara uygulanabilir: • Tümör dokusunda yapılan genetik incelemeleri sonucunda tedavi hedefi olabilecek mutasyonlar saptanmış olan olgularda hastalık takibinin yapılması (akciğer kanserinde ALK füzyonu veya EGFR, BRAF genlerinin aktive edici mutasyonları; mide kanserinde ERBB2 amplifikasyonu) • Hedefe yönelik tedavi altındayken hastalığın ilerlemesi durumunda direnç mutasyonlarının incelenmesi (akciğerde MET amp veya EGFRT790M mutasyonu gibi) • Hastalık gelişiminde duyarlılığın gelişmesinin kontrolü (üçlü negatif primeri olduğu halde metastatik meme kanserinde ERBB2-amplifikasyonunun saptanması)
  • 65. Likid biyopsi olgusu EGFR, ALK, HER2, BRAF: (-) KRAS: (+) PDL1: (+) İMMÜNOTERAPİ Likid biyopsi KRAS ile 2 aylık takip KRAS (-) PET (-)13. Ay
  • 67. GIS hastalıklarında genetik testleri neden yapıyoruz? •Doğrulama testleri ya da semptomatik kişiye ayırıcı tanı •PFIC, Kistik fibroz, FMF •Doğrulama testleri ya da semptomatik kişiye ayırıcı tanı •PFIC, Kistik fibroz, FMF Tanı Testleri •Muhtemel resesif taşıyıcı asemptomatik bireyler için hedefe yönelik test •PFIC, Kistik fibroz, FMF •Muhtemel resesif taşıyıcı asemptomatik bireyler için hedefe yönelik test •PFIC, Kistik fibroz, FMF Taşıyıcı Testleri •Hastalıkla ilişkili ve kalıtımı olduğu bilinen varyantlar için hedefe yönelik test •Çölyak, Crohn, HNPCC •Hastalıkla ilişkili ve kalıtımı olduğu bilinen varyantlar için hedefe yönelik test •Çölyak, Crohn, HNPCC Prediktif Testler •Hastalığa neden olan ve kalıtımı olduğu bilinen varyantlar için hedefe yönelik test •FAP •Hastalığa neden olan ve kalıtımı olduğu bilinen varyantlar için hedefe yönelik test •FAP Presemptomatik Testler •Hastalığın seyri, komplikasyonları ile ilişkili varyantlar için hedefe yönelik test •FMF, mCRC’de BRAF •Hastalığın seyri, komplikasyonları ile ilişkili varyantlar için hedefe yönelik test •FMF, mCRC’de BRAF Prognostik testler •İlaç/doz seçimi ya da istenmeyen ilaç etkileri ile ilişkili varyantlar için hedefe yönelik test •GIST’de C-KIT/PDGFRA TKI yanıtı, CRC’da MSI •İlaç/doz seçimi ya da istenmeyen ilaç etkileri ile ilişkili varyantlar için hedefe yönelik test •GIST’de C-KIT/PDGFRA TKI yanıtı, CRC’da MSI Farmakogenetik
  • 68. 26.10.2017 68 • Numuneler ile birlikte gelen, hasta onayının da bulunduğu Hasta İstem/onam Formu çok önemlidir. • Bu form olmadığı takdirde hiçbir çalışma yapılamaz. Genetik testlerde örnek kabulünde nelere dikkat etmeliyiz?
  • 69. • Ön tanı/endikasyonu • Hekim ve iletişim bilgisi • Hekim imzası • Hasta imzası 26.10.2017 69 Genetik testlerde tetkik istem/onam formu neden var?
  • 70. Genetik Test Bilgilerimize nereden ulaşabilirsiniz?