Tiga hipotesis utama menjelaskan toleransi sistem imun maternal terhadap antigen janin: (1) ekspresi HLA-G oleh sel trofoblas mencegah aktivasi sel NK, (2) interaksi antara LIF dan reseptornya pada blastosista dan endometrium menimbulkan toleransi, dan (3) IDO yang dihasilkan trofoblas merusak triptofan untuk menghambat proliferasi sel imun.