3. Visualisasi DNA dengan elektroforesis gel,
Peninjauan pola fragmen DNA hasil pemotongan
secara enzimatik melalui teknik Hibridisasi Southern,
Isolasi DNA genomik dalam rangka pembuatan
pustaka genomik,
Isolasi DNA yang diperlukan sebagai cetakan
(template) dalam prosedur perbanyakan DNA secara in
vitro melalui teknik PCR
4. Alat Bahan
Mortar dan pestle Daun Kakao
Gelas ukur Nitrogen cair dan PVP
Oven CTAB dan 硫 mercaptoetanol
Pipet tetes CIA/CHISAM
Tube Isopropanol
Sentrifuse Buffer pencuci
Kulkas TE
RNA se
Ethanol
5. Siapkan alat dan bahan
Timbang bahan (daun cacao) 0,3
gr. Tambahkan N2 cair (suhu -
168甬C), tumbuk hingga halus
menggunakan mortar & pestle
6. Masukkan CTAB 1ml terlebih
dahulu ke dalam tip
Tambahan bahan yang sudah
ditumbuk halus
Tambahkan 硫 mercaptoetanol
vortex bahan agar semua bahan
larut dan menjadi homogen
7. Inkubasi dengan suhu
賊 65甬C selama 30
menit
Balik tabung tiap 15
menit agar bahan
tercampur rata.
8. Tambahkan CIA/CHISAM 700 mikroLiter
lalu kembali di Vortex
Sentrifugasi pertama dengan 6000 rpm
selama 10 menit
Tambahkan CIA/CHISAM 700 mikroliter
pada supernatan DNA
9. Sentrifugasi kedua dengan 6000
rpm selama 10 menit
Supernatan ditambahkan
isopropanol dingin 300 mikroliter
Inkubasi freezer selama 30 menit
10. Sentrifugasi ketiga dengan 1200
rpm selama 5 menit
DNA pellet ditambahi
buffer pencuci 2x. Masing-
masing 300 mikroliter
11. Resuspensi dengan TE 100
mikroliter
Ditambah dengan RNA se 2
mikroliter
Inkubasi kurang lebih 37尊C
selama 30 menit
12. Tambahkan ethanol dingin 300
mikroliter
Sentrifuse dengan 1200 rpm selama 5
menit
DNA pellet diresuspensi
TE 50 mikroliter
Elektroforensis
13. Elektroforesis
Prinsip Dasar: memisahkan molekul
berdasarkan berat molekulnya menggunakan
aliran listrik (lewat pori-pori gel
Elektroforesis)
Kualitas DNA
1. Berat Molekul
2. Kemurnian Molekul
15. Denaturasi. Dilakukan pada suhu 92-95尊C. Proses ini
merupakan perombakan ikatan hidrogen (double-
single)
Annealing. Dilakukan pada suhu 50-55尊C. Proses ini
merupakan penempelan primer
Elongation. Dilakukan pada suhu 72尊C. Proses ini
merupakan pemanjangan rantai DNA sesuai urutan
basa primernya
16. DNA template
Enzim Tag
dNTP
Primer
NFW (Nuclease Free Water)
Buffer PCR
MgCL2