ݺߣ

ݺߣShare a Scribd company logo

Metode genotipizacije patogena bolničkih infekcija

•
•
I
improvemed

Metode genotipizacije patogena bolničkih infekcija

1 of 23
Improved Medical Education and Basic sciences for Better Medical practicing ImproveMEd Metode genotipizacije patogena bolničkih infekcija Domagoj Drenjancevic
Bolničke infekcije • su važan izvor mogućnosti oboljenja i smrtnosti u bolničkim • procjenjuje 2 milijuna pacijenata u SAD-u svake godine. • oko 5% hospitaliziranih • Procjenjuje se da 88.000 smrtnih slučajeva • 4,5 milijardi dolara u više zdravlje briga troškovi
Više lijekova otporan (MDR) bakterija - zdravstvenu njegu povezan infekcije patogeni meticilin-otporan Staphylococcus aureus (MRSA) vankomicin-otporan Enterococcus (VRE) više lijekova-otporan Pseudomonas aeruginosa više lijekova-otporan Acinetobacter baumannii
Više lijekova otporan (MDR) bakterija - zdravstvenu njegu povezan infekcije patogeni nastavak, ESBL Escherichia coli ESBL * Klebsiella pneumoniae *ESBL = produžen spektar Betalaktamaza Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC) - proizvodnju bakterija karbapenemskim-otporan Enterobacteriaceae (CRE)
Razumijevanje distribucija patogen i povezanost • je bitno za određivanje epidemiologiju Bolničke infekcije • i pomaganje u dizajnu racionalne kontrole patogena metode. • Uloga patogena tipkanje je utvrditi je li epidemiološki povezane izolati su genetski povezatid • povijesno: fenotipska svojstva, kao što su, biotipa serotipova, bakteriofaga ili bakteriocina vrste i antimikrobno osjetljivost profili
Genotipizacija • postupak za utvrđivanje razlike u genetskom make-up pojedinca usporedbom the DNA sekvenca od an pojedinac s niz drugih pojedinaca ili referentne sekvence Singh et al. primjena od molekularna Tehnike prema studija od bolnica infekcija, Clin Microhiol Rev 2006 Andrej A Zervos MJ. primjena od molekularna Tehnike prema studija od bolnica infekcija, Arch Patk Lab Med. 2006
molekularna analiza • Te molekularna DNK metodologije bazi uključiti • pulsne polje gel elektroforeze (PFGE) i druge ograničenje na bazi metoda, • plazmid analiza • PCR-based metode pisanju. • Utvrđivanje clonality patogena može pomoći u • identifikacija izvora (okoliša ili osoblje) od organizmi razlikovati infektivni neinfekcijskih sojeva, • i razlikovati povraćaj od reinfekcije.
GENOTYPIG METODE • PFGE • Southern blot analizom-ribotipizacija • plazmid Analiza • Metode upisivati ​​pomoću PCR • multipleks PCR • ugniježđena PCR • Proizvoljno klicama PCR (AP-PCR) • polimorfizam duljine pojačani fragment (AFLP) • Varijabilni broj tandem repeat (VNTR) tipizacija • Spoligotyping za Mycobacterium tuberculosis
Genotipizacija metode • Nukleotidni slijed Analiza na temelju • jednog mjesto sekvenca tipkanje (SLST) • multi-loculus sekvenca tipkanje (MLST)
CLINICAL MICROBIOLOGY REVIEWS, Srpanj 2006, str. 512-530
Polimorfizmi duljine restrikcijskih ulomaka (RFLPs) • sažeto kromosomske DNA s ograničenjem enzimi • Nastali u nizu različitih veličina fragmenata koji tvore različiti uzorci kada se analizira agaroze gel elektroforeza. • Nastali fragmenti DNA su prevelike biti odvojeni konvencionalnim agaroze gel elektroforeza. • PFGE • sposobna za odvajanje tih velikih DNA fragmenata
Restrikcijskih enzimi
PFAGE • U uobičajenom agaroza gel elektroforeze, DNA molekule koje su više od 40 do 50 kb ne učinkovito seliti. • Povremeno mijenja smjer električnog polja u kojem se odvaja DNA, PFGE omogućuje razdvajanje DNA molekula preko 1000 kbp duljine (često se naziva mcgabaza DNA) • Dvije najčešće korištena pristupi • kontura fiksiran homogeno električno polja (CHEF) • Polje elektroforeza inverzija gel
Dendrogram od pulsne polja gel elektroforezom analiza od Acinetobacter baumannii izolati Većina analiza programi također sadrže algoritme omogućuju analizu phylogenic sojeva, koji omogućuje za otkrivanje soja evolucije i predaka odnosa među izolati, Bogdana M, Drenjancevic D, Harsanji Drenjancevic ja et al, J Chemother 2018;30: 16-24
Southern blot Analiza-ribotipizacija • Jedan od najčešćih ciljeva za Southern bloting je gen za rRNA • diskriminatorno Snaga ribotipizacija je pokazala da se manje onom PFGE ili neki PCR-na bazi metoda • također se koristi za otkrivanje specifičnih antimikrobne gene za rezistenciju ili virulentnost čimbenici
Plazmid analiza • Plazmid tipkanje je Prva metoda molekularne da se koristi kao bakterijska tipkanje alat • Tipkanje je provedena kroz izolaciju DNK plazmida i usporedbu brojeva i veličine plazmida agaroznom gelu elektroforeza • Procjena plazmida sadržaja nije općenito korisna razgraničenje soja srodnosti • primjenjuje u kliničkim situacijama do odrediti razvoj i širenje otpornosti na antibiotike među izolatima s različitim PFGE profilima ili među različitim vrsta organizama unutar bolnice
Mnogostruk PCR • povećati učinkovitost PCR tipkanje i smanjiti troškove reagens • više setova početnica može biti uključeni u jednoj reakcijskoj posudi • Produkti amplifikacije preblizu u veličini, bilo bi teško utvrditi identitet produkt amplifikacije • Dodatni problem s multipleksa PCR je da miješanje različitih početnica može potencijalno uzrokovati smetnje u amplifikacije process • Optimizacija reakcije teško
Ugniježđena PCR • Kada postoji ekstremna potreba za osjetljivost i specifičnost u PCR • uključuje sekvencijalno korištenje dva PCR setovi • Prvi set primer se koristi da pojača metu sekvenca (što povećava osjetljivost za drugu početnicu set); • produkt amplifikacije generiran tada služi kao predložak za Drugi povećanje upotrebom prajmera unutarnje onima prve produkt amplifikacije, • Ova sekundarna pojačanje odvija samo ako je namijenjen cilj je početno pojačan
Proizvoljno klicama PCR (AP-PCR) • slučajni premaz koji nije ciljano za pojačavanje bilo koju specifičnu bakterijske DNA sekvence, se koristi za pojačanje • The ključ za slučajnih priming je da niske temperature žarenja koriste (barem u početku) tijekom amplifikacije, omogućujući nesavršena hibridizacija na višestruke slučajnim kromosomske lokacije pojavljivati ​​i pokrenuti sintezu DNA.
Polimorfizam duljine pojačani fragment (AFLP) • Postupak tipkanja koji koristi kombinaciju restrikcijskim enzimom probavu i PCR • U postupku AFLP, DNA je digestiran s Dva različita restrikcijske endonukleaze • samo određeni podskup se koristi za usporedbu izolat
Cijenom PRIMJENA METODE tipkanja • Sjeverozapadni Memorijalna bolnica u Chicagu, Illinois, pokrenuti u kuća Program molekularna tipizacija brzo procijeniti mikrobna clonality i integrirani tipizaciju u svom kontrolu infekcije program • Učinkovitost je ocijenjena ispitivanjem Podaci o bolničkih infekcije tijekom razdoblja od 24 mjeseci prije a razdoblje od 60 mjeseci nakon implementacije programa.
Cijenom PRIMJENA METODE tipkanja • Nakon implementacije, infekcija na 1000 dana bolesnika pao za 13 posto, a broj hospitaliziranih bolesnika s bolničke infekcije smanjena za 23 posto. • Stopa infekcije pao je na 43 posto ispod državnog prosjeka, a oko 50 smrtnih slučajeva izbjegavati tijekom razdoblja od 5 godina. • The Trošak provedbe tipkanja programa je $ 400.000 po godina; • ovaj izdatak dovelo do uštede od 5.00 $ za svaki dolar potrošen na programu zbog velikog smanjenja bolničkih infekcija.
Zaključak • Molekularni testovi će se nastaviti biti osnovni alat • je dokazano da se ekonomičan i medicinski potrebna • Molekularna tipizacija je snažan alat u armamentarium za borbu protiv širenja Problem mikroorganizama u bolničkom okruženju

More Related Content

Metode genotipizacije patogena bolničkih infekcija

  • 1. Improved Medical Education and Basic sciences for Better Medical practicing ImproveMEd Metode genotipizacije patogena bolničkih infekcija Domagoj Drenjancevic
  • 2. Bolničke infekcije • su važan izvor mogućnosti oboljenja i smrtnosti u bolničkim • procjenjuje 2 milijuna pacijenata u SAD-u svake godine. • oko 5% hospitaliziranih • Procjenjuje se da 88.000 smrtnih slučajeva • 4,5 milijardi dolara u više zdravlje briga troškovi
  • 3. Više lijekova otporan (MDR) bakterija - zdravstvenu njegu povezan infekcije patogeni meticilin-otporan Staphylococcus aureus (MRSA) vankomicin-otporan Enterococcus (VRE) više lijekova-otporan Pseudomonas aeruginosa više lijekova-otporan Acinetobacter baumannii
  • 4. Više lijekova otporan (MDR) bakterija - zdravstvenu njegu povezan infekcije patogeni nastavak, ESBL Escherichia coli ESBL * Klebsiella pneumoniae *ESBL = produžen spektar Betalaktamaza Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC) - proizvodnju bakterija karbapenemskim-otporan Enterobacteriaceae (CRE)
  • 5. Razumijevanje distribucija patogen i povezanost • je bitno za određivanje epidemiologiju Bolničke infekcije • i pomaganje u dizajnu racionalne kontrole patogena metode. • Uloga patogena tipkanje je utvrditi je li epidemiološki povezane izolati su genetski povezatid • povijesno: fenotipska svojstva, kao što su, biotipa serotipova, bakteriofaga ili bakteriocina vrste i antimikrobno osjetljivost profili
  • 6. Genotipizacija • postupak za utvrđivanje razlike u genetskom make-up pojedinca usporedbom the DNA sekvenca od an pojedinac s niz drugih pojedinaca ili referentne sekvence Singh et al. primjena od molekularna Tehnike prema studija od bolnica infekcija, Clin Microhiol Rev 2006 Andrej A Zervos MJ. primjena od molekularna Tehnike prema studija od bolnica infekcija, Arch Patk Lab Med. 2006
  • 7. molekularna analiza • Te molekularna DNK metodologije bazi uključiti • pulsne polje gel elektroforeze (PFGE) i druge ograničenje na bazi metoda, • plazmid analiza • PCR-based metode pisanju. • Utvrđivanje clonality patogena može pomoći u • identifikacija izvora (okoliša ili osoblje) od organizmi razlikovati infektivni neinfekcijskih sojeva, • i razlikovati povraćaj od reinfekcije.
  • 8. GENOTYPIG METODE • PFGE • Southern blot analizom-ribotipizacija • plazmid Analiza • Metode upisivati ​​pomoću PCR • multipleks PCR • ugniježđena PCR • Proizvoljno klicama PCR (AP-PCR) • polimorfizam duljine pojačani fragment (AFLP) • Varijabilni broj tandem repeat (VNTR) tipizacija • Spoligotyping za Mycobacterium tuberculosis
  • 9. Genotipizacija metode • Nukleotidni slijed Analiza na temelju • jednog mjesto sekvenca tipkanje (SLST) • multi-loculus sekvenca tipkanje (MLST)
  • 10. CLINICAL MICROBIOLOGY REVIEWS, Srpanj 2006, str. 512-530
  • 11. Polimorfizmi duljine restrikcijskih ulomaka (RFLPs) • sažeto kromosomske DNA s ograničenjem enzimi • Nastali u nizu različitih veličina fragmenata koji tvore različiti uzorci kada se analizira agaroze gel elektroforeza. • Nastali fragmenti DNA su prevelike biti odvojeni konvencionalnim agaroze gel elektroforeza. • PFGE • sposobna za odvajanje tih velikih DNA fragmenata
  • 13. PFAGE • U uobičajenom agaroza gel elektroforeze, DNA molekule koje su više od 40 do 50 kb ne učinkovito seliti. • Povremeno mijenja smjer električnog polja u kojem se odvaja DNA, PFGE omogućuje razdvajanje DNA molekula preko 1000 kbp duljine (često se naziva mcgabaza DNA) • Dvije najčešće korištena pristupi • kontura fiksiran homogeno električno polja (CHEF) • Polje elektroforeza inverzija gel
  • 14. Dendrogram od pulsne polja gel elektroforezom analiza od Acinetobacter baumannii izolati Većina analiza programi također sadrže algoritme omogućuju analizu phylogenic sojeva, koji omogućuje za otkrivanje soja evolucije i predaka odnosa među izolati, Bogdana M, Drenjancevic D, Harsanji Drenjancevic ja et al, J Chemother 2018;30: 16-24
  • 15. Southern blot Analiza-ribotipizacija • Jedan od najčešćih ciljeva za Southern bloting je gen za rRNA • diskriminatorno Snaga ribotipizacija je pokazala da se manje onom PFGE ili neki PCR-na bazi metoda • također se koristi za otkrivanje specifičnih antimikrobne gene za rezistenciju ili virulentnost čimbenici
  • 16. Plazmid analiza • Plazmid tipkanje je Prva metoda molekularne da se koristi kao bakterijska tipkanje alat • Tipkanje je provedena kroz izolaciju DNK plazmida i usporedbu brojeva i veličine plazmida agaroznom gelu elektroforeza • Procjena plazmida sadržaja nije općenito korisna razgraničenje soja srodnosti • primjenjuje u kliničkim situacijama do odrediti razvoj i širenje otpornosti na antibiotike među izolatima s različitim PFGE profilima ili među različitim vrsta organizama unutar bolnice
  • 17. Mnogostruk PCR • povećati učinkovitost PCR tipkanje i smanjiti troškove reagens • više setova početnica može biti uključeni u jednoj reakcijskoj posudi • Produkti amplifikacije preblizu u veličini, bilo bi teško utvrditi identitet produkt amplifikacije • Dodatni problem s multipleksa PCR je da miješanje različitih početnica može potencijalno uzrokovati smetnje u amplifikacije process • Optimizacija reakcije teško
  • 18. Ugniježđena PCR • Kada postoji ekstremna potreba za osjetljivost i specifičnost u PCR • uključuje sekvencijalno korištenje dva PCR setovi • Prvi set primer se koristi da pojača metu sekvenca (što povećava osjetljivost za drugu početnicu set); • produkt amplifikacije generiran tada služi kao predložak za Drugi povećanje upotrebom prajmera unutarnje onima prve produkt amplifikacije, • Ova sekundarna pojačanje odvija samo ako je namijenjen cilj je početno pojačan
  • 19. Proizvoljno klicama PCR (AP-PCR) • slučajni premaz koji nije ciljano za pojačavanje bilo koju specifičnu bakterijske DNA sekvence, se koristi za pojačanje • The ključ za slučajnih priming je da niske temperature žarenja koriste (barem u početku) tijekom amplifikacije, omogućujući nesavršena hibridizacija na višestruke slučajnim kromosomske lokacije pojavljivati ​​i pokrenuti sintezu DNA.
  • 20. Polimorfizam duljine pojačani fragment (AFLP) • Postupak tipkanja koji koristi kombinaciju restrikcijskim enzimom probavu i PCR • U postupku AFLP, DNA je digestiran s Dva različita restrikcijske endonukleaze • samo određeni podskup se koristi za usporedbu izolat
  • 21. Cijenom PRIMJENA METODE tipkanja • Sjeverozapadni Memorijalna bolnica u Chicagu, Illinois, pokrenuti u kuća Program molekularna tipizacija brzo procijeniti mikrobna clonality i integrirani tipizaciju u svom kontrolu infekcije program • Učinkovitost je ocijenjena ispitivanjem Podaci o bolničkih infekcije tijekom razdoblja od 24 mjeseci prije a razdoblje od 60 mjeseci nakon implementacije programa.
  • 22. Cijenom PRIMJENA METODE tipkanja • Nakon implementacije, infekcija na 1000 dana bolesnika pao za 13 posto, a broj hospitaliziranih bolesnika s bolničke infekcije smanjena za 23 posto. • Stopa infekcije pao je na 43 posto ispod državnog prosjeka, a oko 50 smrtnih slučajeva izbjegavati tijekom razdoblja od 5 godina. • The Trošak provedbe tipkanja programa je $ 400.000 po godina; • ovaj izdatak dovelo do uštede od 5.00 $ za svaki dolar potrošen na programu zbog velikog smanjenja bolničkih infekcija.
  • 23. Zaključak • Molekularni testovi će se nastaviti biti osnovni alat • je dokazano da se ekonomičan i medicinski potrebna • Molekularna tipizacija je snažan alat u armamentarium za borbu protiv širenja Problem mikroorganizama u bolničkom okruženju

Editor's Notes

  1. Restrikcijski enzim – vrsta enzima koji uvijek cijepa sekvencu nukleotida u DNA na istom mjestu. U ovom primjeru, cijepanje se događa između timina i gvanina u sekvenciTGATCA. Ista sekvenca nukleotida može se pojaviti u DNA Mnogih organizama ili više puta na istoj vrpci DNA.