際際滷

際際滷Share a Scribd company logo

Mineralogie jmol

Department of Chemistry FP TUL
Department of Chemistry FP TUL
1 of 31
Jmol 11.6 Grafit Molekul叩rn鱈 orbitaly Vizualizan鱈 software tp叩n Hor叩ek, ChAj Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz Vzd叩lenosti mezi vrstvami a atomy Kateina Kvapilov叩, ChM Kateina Lufinkov叩, ChAj Liberec, zimn鱈 semestr 2008 Line叩rn鱈 kombinace AO pz Elektrostatick箪 potenci叩l Diamant Nanotrubice Fulleren
Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz JAK ZSKAT SOFTWARE Jmol 11.6.7?
JAK ZSKAT SOFTWARE Jmol 11.6.7? http://jmol.sourceforge.net/download/ Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz
Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz JAK ZSKAT SOFTWARE Jmol 11.6.7?
SPUTN PROGRAMU Jmol 11.6.7 Po sta転en鱈 softwaru provedeme dekompresi soubor哲 a spou邸t鱈me soubor: Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz jmol D叩vkov箪 soubor pro syst辿m MS DOS Otevou se dv okna okno programu a toto okno: Nesm鱈me ho zav鱈t, jinak se zave cel箪 program!
SPUTN PROGRAMU Jmol 11.6.7 okno samotn辿ho programu: Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz
PRCE S PROGRAMEM Pro pr叩ci je poteba st叩hnout si modely. Jmol podporuje mnoho form叩t哲, mimo jin辿 i form叩t *.cif popisuj鱈c鱈 Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz krystalografick辿 vlastnosti miner叩l哲 (tyto modely lze sehnat nap鱈klad na www.mindat.org). Modely je nutn辿 ulo転it p鱈mo do adres叩e programu Jmol na m鱈stn鱈m disku PC !
PRCE S PROGRAMEM Ovl叩d叩n鱈 z叩kladn鱈ch funkc鱈 programu Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz Pes prav辿 tla鱈tko my邸i Pes n叩strojovou li邸tu programu
PRCE S PROGRAMEM OVLDN PES PRAV TLATKO MYI Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz pohled program s叩m oto鱈 molekulu do zvolen辿ho n叩hledu (nap. zleva) styl obsahuje r哲zn辿 funkce, nap.: zobrazen鱈 vazeb (vetn vod鱈kov箪ch a disulfidov箪ch m哲stk哲), popisk哲 atom哲, os molekuly um鱈stn鱈 v prostoru, modely barva v箪br barev pro zobrazen鱈 r哲zn箪ch komponent哲 modelu povrchy zobrazen鱈 CPK, ball and sticks atd.
PRCE S PROGRAMEM OVLDN PES PRAV TLATKO MYI Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz symetrie umo転uje zobrazit celou element叩rn鱈 buku krystalu, nejen z叩kladn鱈 model odpov鱈daj鱈c鱈 sum叩rn鱈mu vzorci miner叩lu! lupa pibli転ov叩n鱈, oddalov叩n鱈, stejn funguje scrollovac鱈 koleko my邸i rotace spust鱈 automatickou rotaci podle os x, y, z, vol鱈me rychlost men鱈 vazeb, 炭hl哲 atd. konzole oteve konzoli ke skriptov叩n鱈 animac鱈
Animace Vytv叩en鱈 animac鱈 a maker s animacemi je jednou z velk箪ch v箪hod programu. Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz Animace se programuj鱈 ve skriptovac鱈 konzoli: Mo転nosti oteven鱈 konzole:
Skriptovac鱈 konzole Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz P鱈kazy se oddluj鱈 stedn鱈kem Konzole nab鱈z鱈 nkolik operac鱈 (Undo = zru邸it minulou akci Redo = zopakovat akci)
P鱈kazy animac鱈 Jsou v anglitin a je jich obrovsk辿 mno転stv鱈 Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz Seznam p鱈kaz哲 s vysvtlen鱈m pou転it鱈 a nkdy i uk叩zkou lze naj鱈t na: 1) http://chemapps.stolaf.edu/jmol/docs/ vyerp叩vaj鱈c鱈 rejst鱈k v邸ech p鱈kaz哲 s podrobn箪m popisem pou転it鱈 2)http://www.callutheran.edu/Academic_Programs/Departm ents/BioDev/omm/scripting/molmast.htm m辿n podrobn箪 web, ale krom popisu p鱈kaz哲 zde najdete appletov辿 okno, kde si m哲転ete pustit p鱈klady vyu転it鱈 jednotliv箪ch p鱈kaz哲
http://chemapps.stolaf.edu/jmol/docs/ Pi pohledu na mno転stv鱈 Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz a propracovanost jednotliv箪ch p鱈kaz哲 se d叩 bez nads叩zky 鱈ci, 転e se v Jmolu d叩 naprogramovat snad cokoliv S jak箪mi p鱈kazy se v Jmolu obecn setk叩me?
P鱈kazy animac鱈 1. Jednoduch辿 p鱈kazy, vedou obvykle k vykon叩n鱈 rychl辿, jednor叩zov辿 akce, nap鱈klad ke zmn stylu Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz zobrazen鱈 modelu, okam転it辿mu otoen鱈 modelem apod. 2. Slo転it辿 p鱈kazy. Ty prov叩dj鱈 plynul箪 pohyb modelem, kdy pomoc鱈 鱈seln箪ch parametr哲 definujeme, jak dlouho m叩 pohyb trvat a jak m叩 pesn vypadat.
Nkter辿 jednoduch辿 p鱈kazy Zobrazen鱈 os: axes on/off p鱈padn pro zad叩n鱈 tlou邸泥ky nap. axes 5 Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz pibl鱈転en鱈/odd叩len鱈: zoom a procenta, nap. zoom 70 pauza v animaci: delay a 鱈slo, nap delay 0.5 rotace: rotate (x,y,z) a poet stup哲, nap. rotate 0 0 1 90 oto鱈 modelem o 90 stup哲 pod辿l osy z..proto転e neto鱈me pod辿l os x ani y, mus鱈me na jejich m鱈sto zadat nuly..rotate 0 1 0 30 oto鱈 pod辿l osy y o 30 stup哲 ale opan箪m smrem (tj. po smru hodinov箪ch ruiek)
Nkter辿 jednoduch辿 p鱈kazy popisky prvk哲: label %e vypnut鱈 popisku label off Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz vod鱈kov辿 m哲stky: hbonds on/off u nkter箪ch model哲 nemus鱈 b箪t vod鱈kov辿 m哲stky vypo鱈tan辿; to se d叩 obej鱈t p鱈kazem connect 0.9 1.8 (oxygen) (hydrogen) HBOND create, kter箪 spoj鱈 atomy vod鱈ku a kysl鱈ku, kter辿 maj鱈 mezi sebou definovanou vzd叩lenost Hranin鱈 box (pro zv箪raznn鱈 tech rozmr哲 modelu): boundbox/boundox off
Nkter辿 jednoduch辿 p鱈kazy Styly zobrazen鱈: v箪hodou Jmolu je mo転nost nastaven鱈 m鱈ry zobrazen鱈 jednotliv箪ch styl哲, jde nastavit teba tlou邸泥ka vazeb nebo Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz m鱈ra zobrazen鱈 Van der Waalsovsk箪ch ploch (kalotov箪 model) spacefill 150; wireframe 100 spacefill (defaultn鱈 nastaven鱈 (wireframe upravuje m鱈ry zobrazen鱈) spacefill 300 tlou邸泥ku vazby)
Slo転it辿 jednoduch辿 p鱈kazy I jednoduch辿 p鱈kazy mohou b箪t komplikovan辿. Server http://chemapps.stolaf.edu/jmol/docs podrobn popisuje Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz mo転nosti jednotliv箪ch p鱈kaz哲. Pro demonstraci se pod鱈vejme na mo転nosti zoomov叩n鱈: a) Zad叩n鱈 procent - pibl鱈転鱈/odd叩l鱈 model NA zadan箪 poet procent p哲vodn鱈 velikosti modelu. Nap. zoom 30 odd叩l鱈 model NA 30% p哲vodn鱈 velikosti b) Zad叩n鱈 procent a znam辿nka pibl鱈転鱈/odd叩l鱈 model O zadan箪 poet procent od souasn辿 velikosti Nap. zoom -30 odd叩l鱈 model O 30 procent
Slo転it辿 jednoduch辿 p鱈kazy c) Vyj叩den鱈 atomu (atom expression) a procent, p鱈padn procent a znam辿nka pibl鱈転鱈/odd叩l鱈 model a oto鱈 j鱈m tak, aby Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz zadan箪 byl ve stedu obrazovky. - Zad叩n鱈 atomu: (anglick箪 n叩zev prvku)[poadov辿 鱈slo po転adovan辿ho druhu prvku v modelu] Nap. zoom (hydrogen)[4] 50 zmen邸鱈 model na 50% p哲vodn鱈 velikosti, v poped鱈 bude tvrt箪 atom vod鱈ku modelu
Slo転it辿 p鱈kazy Jedn叩 se o p鱈kazy, kter辿 vedou k plynul辿mu pohybu modelem. Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz P鱈kladem takov辿ho p鱈kazu je p鱈kaz moveto. Z叩kladn鱈 p鱈kaz moveto m哲転e vypadat takto: moveto 3 0 0 1 90 50 20 0 P鱈kaz za ti sekundy vykon叩 rotaci podle osy z (osa x ne = 0, osa y ne = 0, osa z ano = 1) o 90 stup哲 a zmen邸en鱈 na 50%, a nakonec pesunut鱈 modelu po obrazovce podle osy x o 20 bod哲 a podle osy y o 0 bod哲.
Makra Makro je sled p鱈kaz哲, kter箪 se d叩 ulo転it a pot辿 otev鱈t a spustit Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz jedn鱈m kliknut鱈m v n叩strojov辿 nab鱈dce Jmolu Jak na to? 1. Vytvoen鱈 souboru s makrem 2. Ulo転en鱈 do slo転ky macros v PC 3. Spou邸tn鱈 maker v programu
Makra 1. Vytvoen鱈 souboru s makrem Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz Ve WordPadu (nikoli Pozn叩mkov辿m bloku!) vytvo鱈me dvou叩dkov箪 textov箪 soubor. Na prvn鱈m 叩dku si zvol鱈me n叩zev, pod kter箪m se makro objev鱈 v nab鱈dce programu. Na druh辿m 叩dku budou jednotliv辿 p鱈kazy oddlen辿 stedn鱈ky. P鱈klad: Title=Ball and Stick Script=select all; cartoon off; trace off; ribbon off; color cpk; wireframe 40; spacefill 120; boundbox on; moveto 5 0 0 0 0 200; label %a; Povinn辿 form叩ln鱈 sou叩sti makra, nezbytn辿 pro funknost
Makra 2. Slo転ka s makry Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz Na m鱈stn鱈m disku po鱈tae mus鱈 b箪t v adres叩i u転ivatele po鱈tae vytvoen叩 slo転ka "macros". P鱈klad cesty k takov辿mu adres叩i: "C:Documents and SettingsJan Nov叩k.jmol". Pokud tam nen鱈, je mo転n辿 ji tam prost vytvoit. Oven鱈 existence slo転ky a jej鱈 funknosti: v druh辿m oteven辿m oknu Jmolu
Makra 2. Slo転ka s makry ulo転en鱈 makra Pokud je makro zd叩rn naps叩no a slo転ka macros existuje, nezb箪v叩 ne転 makro ulo転it a spustit. Ve Wordpadu zvol鱈me Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz ulo転it jako Textov箪 soubor a za n叩zev makra (kter箪 je bez diakritiky) pid叩me .macro
Makra 3. Spu邸tn鱈 makra Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz Pokud m叩me oteven箪 program Jmol, zaveme ho a znovu spust鱈me, aby se vytvoen辿 makro pidalo do nab鱈dky Makra; oteveme model, pro kter箪 jsme makro vytvoili, klikneme na Makra, zvol鱈me makro a pokud nedo邸lo k njak辿 chyb, makro se rozebhne.
Applet Applet je sou叩st softwaru, softwarov叩 komponenta. Funguje Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz v r叩mci internetov辿ho prohl鱈転ee. Pro svou funknost po転aduje jen nainstalov叩n鱈 Java Runtime Environmentu (JRE), Jmol je toti転 naprogramovan箪 v Jav. V箪hodou appletu je mo転n辿 vyu転it鱈 jako sou叩st webov箪ch str叩nek elektronick箪ch encyklopedi鱈, informan鱈ch web哲 nebo elektronick箪ch v箪ukov箪ch prosted鱈 (nap鱈klad Moodle). K trojrozmrn辿 vizualizaci tak m哲転e m鱈t lehce p鱈stup i laik.
Applet Nev箪hoda Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz Men邸鱈 pracovn鱈 okno V箪hoda Mo転nost pizp哲soben鱈 appletu tvorba tla鱈tek, p鱈padn jejich vymaz叩n鱈
Verdikt Jmol je jedn鱈m z nejmodernj邸鱈 vizualizan鱈ch program哲 Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz souasnosti. Mezi jeho pednosti pat鱈: Programovatelnost animac鱈 a jejich obrovsk叩 flexibilita Mo転nost spu邸tn鱈 Jmolu jako appletu na internetu Program je ke sta転en鱈 zcela zdarma Nedostatky: Program modely pouze zobrazuje, nen鱈 mo転n辿 modely tvoit Nevhodn箪, pokud po転adujeme extr辿mn kvalitn鱈 grafick箪 v箪stup (nepou転鱈v叩 vyhlazov叩n鱈)
Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz To je v邸e, dkujeme za pozornost.
Zdroje: Na nkolika m鱈stech jsme citovali: Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz [Vizualizace_2007] SLAVK, Martin, GRGR, Jan, JODAS, Boivoj. Vizualizace chemick箪ch struktur na webu. [s.l.] : [s.n.], [2007?]. 6 s. Dostupn箪 z WWW: <http://tinyurl.com/mschem3w>. Katedra chemie FP TUL: http://www.kch.tul.cz Studentsk叩 prezentace pro pedmt: Mineralogie Vyvsil: Jan Gr辿gr & Martin Slav鱈k

More Related Content

Mineralogie jmol

  • 1. Jmol 11.6 Grafit Molekul叩rn鱈 orbitaly Vizualizan鱈 software tp叩n Hor叩ek, ChAj Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz Vzd叩lenosti mezi vrstvami a atomy Kateina Kvapilov叩, ChM Kateina Lufinkov叩, ChAj Liberec, zimn鱈 semestr 2008 Line叩rn鱈 kombinace AO pz Elektrostatick箪 potenci叩l Diamant Nanotrubice Fulleren
  • 2. Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz JAK ZSKAT SOFTWARE Jmol 11.6.7?
  • 3. JAK ZSKAT SOFTWARE Jmol 11.6.7? http://jmol.sourceforge.net/download/ Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz
  • 4. Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz JAK ZSKAT SOFTWARE Jmol 11.6.7?
  • 5. SPUTN PROGRAMU Jmol 11.6.7 Po sta転en鱈 softwaru provedeme dekompresi soubor哲 a spou邸t鱈me soubor: Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz jmol D叩vkov箪 soubor pro syst辿m MS DOS Otevou se dv okna okno programu a toto okno: Nesm鱈me ho zav鱈t, jinak se zave cel箪 program!
  • 6. SPUTN PROGRAMU Jmol 11.6.7 okno samotn辿ho programu: Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz
  • 7. PRCE S PROGRAMEM Pro pr叩ci je poteba st叩hnout si modely. Jmol podporuje mnoho form叩t哲, mimo jin辿 i form叩t *.cif popisuj鱈c鱈 Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz krystalografick辿 vlastnosti miner叩l哲 (tyto modely lze sehnat nap鱈klad na www.mindat.org). Modely je nutn辿 ulo転it p鱈mo do adres叩e programu Jmol na m鱈stn鱈m disku PC !
  • 8. PRCE S PROGRAMEM Ovl叩d叩n鱈 z叩kladn鱈ch funkc鱈 programu Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz Pes prav辿 tla鱈tko my邸i Pes n叩strojovou li邸tu programu
  • 9. PRCE S PROGRAMEM OVLDN PES PRAV TLATKO MYI Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz pohled program s叩m oto鱈 molekulu do zvolen辿ho n叩hledu (nap. zleva) styl obsahuje r哲zn辿 funkce, nap.: zobrazen鱈 vazeb (vetn vod鱈kov箪ch a disulfidov箪ch m哲stk哲), popisk哲 atom哲, os molekuly um鱈stn鱈 v prostoru, modely barva v箪br barev pro zobrazen鱈 r哲zn箪ch komponent哲 modelu povrchy zobrazen鱈 CPK, ball and sticks atd.
  • 10. PRCE S PROGRAMEM OVLDN PES PRAV TLATKO MYI Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz symetrie umo転uje zobrazit celou element叩rn鱈 buku krystalu, nejen z叩kladn鱈 model odpov鱈daj鱈c鱈 sum叩rn鱈mu vzorci miner叩lu! lupa pibli転ov叩n鱈, oddalov叩n鱈, stejn funguje scrollovac鱈 koleko my邸i rotace spust鱈 automatickou rotaci podle os x, y, z, vol鱈me rychlost men鱈 vazeb, 炭hl哲 atd. konzole oteve konzoli ke skriptov叩n鱈 animac鱈
  • 11. Animace Vytv叩en鱈 animac鱈 a maker s animacemi je jednou z velk箪ch v箪hod programu. Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz Animace se programuj鱈 ve skriptovac鱈 konzoli: Mo転nosti oteven鱈 konzole:
  • 12. Skriptovac鱈 konzole Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz P鱈kazy se oddluj鱈 stedn鱈kem Konzole nab鱈z鱈 nkolik operac鱈 (Undo = zru邸it minulou akci Redo = zopakovat akci)
  • 13. P鱈kazy animac鱈 Jsou v anglitin a je jich obrovsk辿 mno転stv鱈 Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz Seznam p鱈kaz哲 s vysvtlen鱈m pou転it鱈 a nkdy i uk叩zkou lze naj鱈t na: 1) http://chemapps.stolaf.edu/jmol/docs/ vyerp叩vaj鱈c鱈 rejst鱈k v邸ech p鱈kaz哲 s podrobn箪m popisem pou転it鱈 2)http://www.callutheran.edu/Academic_Programs/Departm ents/BioDev/omm/scripting/molmast.htm m辿n podrobn箪 web, ale krom popisu p鱈kaz哲 zde najdete appletov辿 okno, kde si m哲転ete pustit p鱈klady vyu転it鱈 jednotliv箪ch p鱈kaz哲
  • 14. http://chemapps.stolaf.edu/jmol/docs/ Pi pohledu na mno転stv鱈 Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz a propracovanost jednotliv箪ch p鱈kaz哲 se d叩 bez nads叩zky 鱈ci, 転e se v Jmolu d叩 naprogramovat snad cokoliv S jak箪mi p鱈kazy se v Jmolu obecn setk叩me?
  • 15. P鱈kazy animac鱈 1. Jednoduch辿 p鱈kazy, vedou obvykle k vykon叩n鱈 rychl辿, jednor叩zov辿 akce, nap鱈klad ke zmn stylu Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz zobrazen鱈 modelu, okam転it辿mu otoen鱈 modelem apod. 2. Slo転it辿 p鱈kazy. Ty prov叩dj鱈 plynul箪 pohyb modelem, kdy pomoc鱈 鱈seln箪ch parametr哲 definujeme, jak dlouho m叩 pohyb trvat a jak m叩 pesn vypadat.
  • 16. Nkter辿 jednoduch辿 p鱈kazy Zobrazen鱈 os: axes on/off p鱈padn pro zad叩n鱈 tlou邸泥ky nap. axes 5 Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz pibl鱈転en鱈/odd叩len鱈: zoom a procenta, nap. zoom 70 pauza v animaci: delay a 鱈slo, nap delay 0.5 rotace: rotate (x,y,z) a poet stup哲, nap. rotate 0 0 1 90 oto鱈 modelem o 90 stup哲 pod辿l osy z..proto転e neto鱈me pod辿l os x ani y, mus鱈me na jejich m鱈sto zadat nuly..rotate 0 1 0 30 oto鱈 pod辿l osy y o 30 stup哲 ale opan箪m smrem (tj. po smru hodinov箪ch ruiek)
  • 17. Nkter辿 jednoduch辿 p鱈kazy popisky prvk哲: label %e vypnut鱈 popisku label off Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz vod鱈kov辿 m哲stky: hbonds on/off u nkter箪ch model哲 nemus鱈 b箪t vod鱈kov辿 m哲stky vypo鱈tan辿; to se d叩 obej鱈t p鱈kazem connect 0.9 1.8 (oxygen) (hydrogen) HBOND create, kter箪 spoj鱈 atomy vod鱈ku a kysl鱈ku, kter辿 maj鱈 mezi sebou definovanou vzd叩lenost Hranin鱈 box (pro zv箪raznn鱈 tech rozmr哲 modelu): boundbox/boundox off
  • 18. Nkter辿 jednoduch辿 p鱈kazy Styly zobrazen鱈: v箪hodou Jmolu je mo転nost nastaven鱈 m鱈ry zobrazen鱈 jednotliv箪ch styl哲, jde nastavit teba tlou邸泥ka vazeb nebo Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz m鱈ra zobrazen鱈 Van der Waalsovsk箪ch ploch (kalotov箪 model) spacefill 150; wireframe 100 spacefill (defaultn鱈 nastaven鱈 (wireframe upravuje m鱈ry zobrazen鱈) spacefill 300 tlou邸泥ku vazby)
  • 19. Slo転it辿 jednoduch辿 p鱈kazy I jednoduch辿 p鱈kazy mohou b箪t komplikovan辿. Server http://chemapps.stolaf.edu/jmol/docs podrobn popisuje Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz mo転nosti jednotliv箪ch p鱈kaz哲. Pro demonstraci se pod鱈vejme na mo転nosti zoomov叩n鱈: a) Zad叩n鱈 procent - pibl鱈転鱈/odd叩l鱈 model NA zadan箪 poet procent p哲vodn鱈 velikosti modelu. Nap. zoom 30 odd叩l鱈 model NA 30% p哲vodn鱈 velikosti b) Zad叩n鱈 procent a znam辿nka pibl鱈転鱈/odd叩l鱈 model O zadan箪 poet procent od souasn辿 velikosti Nap. zoom -30 odd叩l鱈 model O 30 procent
  • 20. Slo転it辿 jednoduch辿 p鱈kazy c) Vyj叩den鱈 atomu (atom expression) a procent, p鱈padn procent a znam辿nka pibl鱈転鱈/odd叩l鱈 model a oto鱈 j鱈m tak, aby Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz zadan箪 byl ve stedu obrazovky. - Zad叩n鱈 atomu: (anglick箪 n叩zev prvku)[poadov辿 鱈slo po転adovan辿ho druhu prvku v modelu] Nap. zoom (hydrogen)[4] 50 zmen邸鱈 model na 50% p哲vodn鱈 velikosti, v poped鱈 bude tvrt箪 atom vod鱈ku modelu
  • 21. Slo転it辿 p鱈kazy Jedn叩 se o p鱈kazy, kter辿 vedou k plynul辿mu pohybu modelem. Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz P鱈kladem takov辿ho p鱈kazu je p鱈kaz moveto. Z叩kladn鱈 p鱈kaz moveto m哲転e vypadat takto: moveto 3 0 0 1 90 50 20 0 P鱈kaz za ti sekundy vykon叩 rotaci podle osy z (osa x ne = 0, osa y ne = 0, osa z ano = 1) o 90 stup哲 a zmen邸en鱈 na 50%, a nakonec pesunut鱈 modelu po obrazovce podle osy x o 20 bod哲 a podle osy y o 0 bod哲.
  • 22. Makra Makro je sled p鱈kaz哲, kter箪 se d叩 ulo転it a pot辿 otev鱈t a spustit Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz jedn鱈m kliknut鱈m v n叩strojov辿 nab鱈dce Jmolu Jak na to? 1. Vytvoen鱈 souboru s makrem 2. Ulo転en鱈 do slo転ky macros v PC 3. Spou邸tn鱈 maker v programu
  • 23. Makra 1. Vytvoen鱈 souboru s makrem Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz Ve WordPadu (nikoli Pozn叩mkov辿m bloku!) vytvo鱈me dvou叩dkov箪 textov箪 soubor. Na prvn鱈m 叩dku si zvol鱈me n叩zev, pod kter箪m se makro objev鱈 v nab鱈dce programu. Na druh辿m 叩dku budou jednotliv辿 p鱈kazy oddlen辿 stedn鱈ky. P鱈klad: Title=Ball and Stick Script=select all; cartoon off; trace off; ribbon off; color cpk; wireframe 40; spacefill 120; boundbox on; moveto 5 0 0 0 0 200; label %a; Povinn辿 form叩ln鱈 sou叩sti makra, nezbytn辿 pro funknost
  • 24. Makra 2. Slo転ka s makry Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz Na m鱈stn鱈m disku po鱈tae mus鱈 b箪t v adres叩i u転ivatele po鱈tae vytvoen叩 slo転ka "macros". P鱈klad cesty k takov辿mu adres叩i: "C:Documents and SettingsJan Nov叩k.jmol". Pokud tam nen鱈, je mo転n辿 ji tam prost vytvoit. Oven鱈 existence slo転ky a jej鱈 funknosti: v druh辿m oteven辿m oknu Jmolu
  • 25. Makra 2. Slo転ka s makry ulo転en鱈 makra Pokud je makro zd叩rn naps叩no a slo転ka macros existuje, nezb箪v叩 ne転 makro ulo転it a spustit. Ve Wordpadu zvol鱈me Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz ulo転it jako Textov箪 soubor a za n叩zev makra (kter箪 je bez diakritiky) pid叩me .macro
  • 26. Makra 3. Spu邸tn鱈 makra Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz Pokud m叩me oteven箪 program Jmol, zaveme ho a znovu spust鱈me, aby se vytvoen辿 makro pidalo do nab鱈dky Makra; oteveme model, pro kter箪 jsme makro vytvoili, klikneme na Makra, zvol鱈me makro a pokud nedo邸lo k njak辿 chyb, makro se rozebhne.
  • 27. Applet Applet je sou叩st softwaru, softwarov叩 komponenta. Funguje Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz v r叩mci internetov辿ho prohl鱈転ee. Pro svou funknost po転aduje jen nainstalov叩n鱈 Java Runtime Environmentu (JRE), Jmol je toti転 naprogramovan箪 v Jav. V箪hodou appletu je mo転n辿 vyu転it鱈 jako sou叩st webov箪ch str叩nek elektronick箪ch encyklopedi鱈, informan鱈ch web哲 nebo elektronick箪ch v箪ukov箪ch prosted鱈 (nap鱈klad Moodle). K trojrozmrn辿 vizualizaci tak m哲転e m鱈t lehce p鱈stup i laik.
  • 28. Applet Nev箪hoda Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz Men邸鱈 pracovn鱈 okno V箪hoda Mo転nost pizp哲soben鱈 appletu tvorba tla鱈tek, p鱈padn jejich vymaz叩n鱈
  • 29. Verdikt Jmol je jedn鱈m z nejmodernj邸鱈 vizualizan鱈ch program哲 Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz souasnosti. Mezi jeho pednosti pat鱈: Programovatelnost animac鱈 a jejich obrovsk叩 flexibilita Mo転nost spu邸tn鱈 Jmolu jako appletu na internetu Program je ke sta転en鱈 zcela zdarma Nedostatky: Program modely pouze zobrazuje, nen鱈 mo転n辿 modely tvoit Nevhodn箪, pokud po転adujeme extr辿mn kvalitn鱈 grafick箪 v箪stup (nepou転鱈v叩 vyhlazov叩n鱈)
  • 30. Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz To je v邸e, dkujeme za pozornost.
  • 31. Zdroje: Na nkolika m鱈stech jsme citovali: Katedra chemie FP TUL | www.kch.tul.cz [Vizualizace_2007] SLAVK, Martin, GRGR, Jan, JODAS, Boivoj. Vizualizace chemick箪ch struktur na webu. [s.l.] : [s.n.], [2007?]. 6 s. Dostupn箪 z WWW: <http://tinyurl.com/mschem3w>. Katedra chemie FP TUL: http://www.kch.tul.cz Studentsk叩 prezentace pro pedmt: Mineralogie Vyvsil: Jan Gr辿gr & Martin Slav鱈k