際際滷

際際滷Share a Scribd company logo

Modul 6 gene prediction 191011

Piska Nizaria
Piska Nizaria

This document discusses gene prediction in prokaryotes. It provides instructions on using the FGENESB program on the Softberry website to analyze bacterial DNA sequences and predict genes. The document then provides a long example bacterial DNA sequence from Haemophilus influenzae for users to copy and paste into the program to predict genes within the sequence.

1 of 8
MODUL 6 GENE PREDICTION Modul A GENE PREDICTION IN PROKARYOTES 1. Buka halaman www.softberry.com 2. Klik link OPERON AND GENE FINDING IN BACTERIA yang ada di bagian kiri, lalu pilih FGENESB. 3. Copy dan paste sekuen ke kotak isian >gi|148717999|gb|CP000672.1| Haemophilus influenzae PittGG, parsial GTTAAATTTGCCAATCAATTTGTGGATATTATTGAACTTCCACTTCCTAAAAATAAAAAATATCCAATTG AGGGATGGGAACATATTGAGATTGTAATGCCATTTTTACCGAAAGAATCGATAAATGAATGGATTAACCG TGTTAATATGTATTTTTTATGGGACAAATTAACTCAATTAACCATTAAAGTGAGCGAGCCTAAAGTGGAT GGGGAAAGATTACCAAATCCATCTATTGCAGTAAGTTTTACGGATAAAACAGTAAATCATACTTGCATTA AGGTTCATCCTTATTCTATAAAAAAATACTTGAGGTTTAGTAAAAATGAATAAATTATCACTTGCATTCG TTGTTTAGCAACAGTAGACTTGAGTGCTTGTTCTGCCCTTCAAAAGGGGGAGGGGACTTATAAAGGTCAA ATTATTTTTAGTCAAATGGAAGGCAAAAATCTAAAATTAACTGTTCGTAAAAATGATTGTTCTGGTAACC AGCAGAAAGGAGAGGAAGTTGTTATTGTGCATAAGTATGATTCAACTTTAGTTGTTGGTGCTTGTGTTTT AGTATCTGACAATGGTAATACTAAAGACATTTCAACTTTTTCTCCAAGAAACCCACTTTAATTCCTTCTA ATATAGAGAATATTATATGAAAAAAACAAATATGGCATTAGCACTGTTAGTTGCTTTTAGTGTAACTGGT TGTGCAAATACTGATATTTTCAGCGGTGATGTTTATAGCGCATCTCAAGCAAAGGAAGCGCGTTCAATTA CTTATGGTACGATTGTTTCTGTACGCCCTGTTAAAATCCAAGCTGATAATCAAGGTGTAGTTGGTACGCT TGGTGGTGGAGCTTTAGGTGGTATTGCTGGTAGTACAATTGGCGGTGGTCGTGGTCAAGCTATTGCAGCA GTAGTTGGTGCAATTGGCGGTGCAATAGCTGGAAGTAAAATCGAAGAAAAAATGAGTCAAGTAAACGGTG CTGAACTTGTAATTAAGAAAGATGATGGTCAAGAGATCGTTGTTGTTCAAAAGGCTGACAGCAGTTTTGT AGCTGGTCGCCGAGTTCGTATTGTTGGTGGCGGCTCAAGCTTAAATGTTTCTGTGCTATAACCAATAGCA TTAAAGTCTAATATGATTAATCAGTGTCTTAACTTAGTAAGGCACTGATTTTTTATAATTAAATTCATTT AAAATATATATTTATCGTCTATCTAAGATAAATTTAAAGGACTAAATTAGAATTTAGTCCTTTTAGACAA ACTTGGAATTTGTTCCCCTTTCTGAACACTCTATCTAAAATATAACATTTATTTTTCTTATGAACTTTTT TATAATCTTTAAATTTTGCTTTAAATCAAATAATTCAAGATGATATTTAATAAAATGTAAGAGTGAAGTT ATAGTATATTTATCTAAGCTCATATACATCTCATAAAGTATACTTTTCAACACTTTATTACTTTTATCCA CATGATATATTTCTAGCAACGACACACTATTAATTACTTTTATATCTATACCTATCTTATTAAGGTAATA TGTAATATTTTCCTCTTTATCTTTTTAGCTACCTCATTTGCTTATGATTATAAACTGATGATGTTTGGTT TCCATGTAGTCTATATTTTACCAATGCTTCAGGATAATTAGCTAAACAACCAAGCCTACTAACCTCTGAC CAAAACTTATAATCTTCTGCATACGGATAATCTTTATTAAAGATTAATTTATGCTCTCTATATACATTTG CTCTCATAATCATAGTGTTGTTATGTATCGGATTATAGAAAAGCATAGCTTCACAAATATCATTATGTAG CAATGGATTTTTCCATATATCACCAGTTTTATATTTAGAACCGATAATGCCACATTCTTTTTCTACAATA ATCTCTAAGTATGATCCCATTGCTGTAATATGATCATTTTTCTCCAGATAGGTAACTATTTTCTCAATCC ACGATGGTTTAGCTATATCATCAGCATCCATTCTTGCAAAATATTTACCTGAAAAACAACCAAGGCCTAT ATTCAAAGAATTTATGAACCCTAAATTATATTTATTACTGATAATTTTTATCCTTTTATCTAATTTAGAT ATTTCTTCTAAATGAGACAAAGTCAAATCTGTTGAACCATCATTGATAACTATAATTTCTAGATTTTTAT
AAGTCTGATTAATAATGGATGAAATGCTTTCATCTATATATTGCTCAGCGTTATAAGCACAAAAAATAAC CGATACTAATGGGAAATTTTCCATATAAGCTCTAATTTTACACTCTTCTTTAAACTATTTTATACGTTAT TTAAATAACAAAAGGAGATGCATAGATAACCAATTAAAACTCTCCTAAATTAATTGTTTTGAAATAGAAA TTTGAGTTTTTTTAAATCACTATGATTAAAACGCCATTCATATTCCTTTAAAAATAGCTTAAGAATATCA TAACCTCTGTAGAAATTCATATAAACAATACTACCTTGTTTACCTTTTCTCGAATAATCGGTAACAGTGT TGCAGATTGCATATTCATAACCACCACGGTGTATACTTTGCCATTTCGTTTCAAAAAACAAATTACGAAG TTTTTCCAGCTTCTCCTTGACCAAGTTTACCTTTCAGAGCACCACCAAAATAGCTTTCATTCGCTTGAAT TTCACCTTCAAACATTTCCATATGTAGGCTGCTTTGAGTGATAAATAATGGTAGACGATGAAAGTAATAA GCTGAAGTTTATTTATATTTACCAACTTAGCTGCAGCTAGAGCTGTCACACTTGCCAGAAATATCTCAAT AAGTTTATTTTGCTTATATTGACTTAAGCGACTTTCTCTCATTTGATTATCTTAACCTAAATAGAGTTTT TAGTCGTTATCTGTGACAGCTCTAGAATTATTCAAATCCAAATAATTAACGCCATGTTTTAAATTGATTG ATTAATCCATTTGTTGAACTATCGTGGCTTGCGACTTTTTCAGAATCGGTTAATTCAGGAAGAATTCTGT TTGCAAGTTGTTTGCCTAGCTCTACGCCCCATTGATCGAAGCTAAAGATATTAAAAATCACACCTTGTAC GAAGATTTTGTGTTCATACATAGCAATTAATGCACCCAAGGTAAATGGCGTGATTTTTTGAACGAGAATA GAATTAGTTGGCTTATTACCCGTAAATACTTTAAATGGAACGATATTTTTTACATCATCTAAAGATTTAC CCGCTTTTATAAATTCAGCCTCGACTTCTTCTTTTGTTTTTCCGAATGCTAATGCTTCTGTTTGTGCAAA GAAGTTTGAAAGCAATTTATTGTGATGATCCGCCAATGGATTGTGGCTTTGGGCTGGTGCGATAAAATCA CAAGGAATTAAAGTGGTGCCTTGATGAATTAATTGATAGAACGCGTGTTGTCCATTTGTACCTGGTTCTC CCCAAATGATAGGGCCAGTTTGATAATTGTTAATGACATTGCCATCACGATCCACATATTTACCATTTGA TTCCATATTACCTTGTTGAAAATAAGCTGCGAAGCGATGTAAATATTGATCATAAGGTAAGATCGCTTCT GTTTGTGCACCAAGGAAATTGGTATTCCATAAACCAACTAATGCTAAAGTAGTTGGGATATTTTGTTCGA TTGGAGTAGAGCGGAAATGTTTATCCATTTCATGCGCGCCATTTAATAACGCTTCAAAGTTTTCAAAGCC AATTGATAGTGCAATTGAAAGACCAATAGCTGACCATAAAGAGTAACGACCGCCAACCCAATCCCAAAAT TCAAACATGTTATTGGTATCAATGCCAAATTTTTCTACATCTTTAGCATTGGTTGATAATGCTGCAAAAT GTTTTGCAACTGCACTTTCATCTTTCGCTGCTTTTAGTAACCAATCACGCGCACTTTGCGCATTTGTCAT GGTTTCTTGAGTTGTAAAAGTCTTAGATGCCACTAAGAAAAGAGTGGTTTCTGGATTGACTTTTTTTAAG GTTTCTGCAATGTGTGTACCATCGACATTTGAAACAAAGTGCATATTTAAGTGATTTTTATATGGGCGAA GCGCTTCGGTTACCGTATAAGGGCCTAAGTCAGAGCCACCAATACCAATATTCACAACATCCGTAATGGC TTTGCCTGTATAGCCTTTCCATTCGCCAGAAATAATACGCTGACAGAAATCTTTCATTTTAGCTAACACA GCATTGACTTCAGGCATAACATCTTTACCATCAACAAGTACTGGCGTATTAGTGCGATTGCGAAGTGCAG TATGCAGCACGGCACGATTTTCTGTACGATTGATTTTTTCGCCAGTAAACATCGCTTCTTTTGCACTATC AAGCGCGCATTCTTGAGCAAGTTGGCGAAGATGTGAAAGGGTTGTTTGATTGATGTTGTTTTTGGAAAAA TCGACAAGAATTTGGTTATTGAATGTTAAAGAATAATCGTCAAAACGATTTTTTTCTTGTTTAAATAAAT CTTGGATGGTGGTGTTTGATAATTCAGCTTTATGTGCTTCGAGAGATTTCCACGCTTGGGTGTGAGTTGG GTTAATATTTTTCATGGTATTTCCTTTCATTAAAAATAATTGAAATTTTAACCGCACTTTCTGGAATTTT TATTAGGGAGAATGACTCCCTCTGTTCAAAAAATGCAGTGATTAATCAACGTATTCAGTTATAACACGAG GTGTTAATTTTGTAATTAGCTCGTAGCTTAAAATGCCTGTGAATTTAGCTACGGTTTCAATAGGTAATTC CTTGCCCCATAAAATTACTTCATCGCCTACCAAATCTTGGCTATCTGCGCCTAAATCAACAGTGAGCATA TCCATTGACACACGTCCAACAATTGGTACAAGACGGCCATTTAAATAAACAGGTGTACCTTCTGGCACAT CGCGCGGATAACCATCGCCATAACCCATTGCGACCACGCCAATTTTAGTATCTCGTGGACTTGTCCAAAT ACCGCCGTAACCTACAGGATCGCCTTGTTTATGATGGCGAACGGCAATTAATGACGAGGTTAAATTCATC ACTGGCGTTAAGCCAAACTCTTTACCGATAGTATTAGTTGGAGAAATGCCGTACATAATAATGCCTGGGC
GGATACATTCTAAGTGAGATTTTGGCCAGAAAAGAATGCCGCCAGAAGCTGCGATAGTGCGTTCACCTTG TTTATCTTTTGTGGCGGATAAAAAACGATTGATTTGAAGTTGGGTGTAATCTGATTCTAGTTCATCGGCT CGGCTGAAATGGCTGACAAAGCCTAAGTGCGGTTGAATTTGAGGGAGTTTTTTCAGTTCTTGATAAAAAT AATCCACTTCATCAAGAGCAACACCCAAGCGATGCATTCCCGTATCTATTTTTAACCAAACTTTAATTGG ACTTGGTAAATTTGAACGTTTTAAAGCCTCAAGCTGTTCGTGATTATGCACCACGGTTTCAATATTATTA ACGGCTAGAATAGGCAAATCTTGTTCATTAAAAAAGCCTTCAAGTAATAAAATCGGTTTAGTGATGCCGT TGGAGCGTAATGCTAAAGCCTCTTCTAAACGAGCCACGCCAAAGCAATCGACATTTTGTTCTAAAGTTGA TGCAACAAACACAACGCCGTGACCATAAGCATTTGCTTTAACCACAGCAATAATTTTGCTATTTGGTGCT TTTTGTTTAATTATTTCTAAATTTTGTTTTAAGGCGTGCGAGCTAATTTTCGCTGTCGCCGGTTTTACGT TCATTATTTTTCCTTAATAATCATCTCGATATTCACGTTGTTCAGCGAGATTGTCGAAGCGTGAGAATTG TCCATTAAATTTTAACCGCACTCGACCAATTGGGCCGTTACGCTGTTTACCGATAATAATTTCTGCAACG CCTTTATCTTCCGAGTTATCGTTATAGACTTCGTCTCGGTAAATAAACATAATCAAGTCTGCATCTTGTT CAATAGAGCCTGATTCACGTAAATCTGAGTTTACAGGGCGTTTGTCTGCACGTTGTTCTAAAGTACGATT TAACTGAGAAAGGGCGACTACTGGCACTTGTAATTCTTTGGCGAGTGCTTTGAGGGAACGAGAAATTTCT GCGATTTCTAGTGTTCGGTTATCTGAAAATGCGGGTGCGCGCATTAATTGCAAATAATCCACCATAATCA TACTTAATCCACCATTTTCACGATAAACTCGGCGTGCGCGCGAACGAACATCGGTAGGTGTTAGACCTGA AGAATCATCAATAAAAAAGATTATTTTTTTGCTTGAACATTCCCACTACGCTAGCAATTTTATTCCACTC GATTTCATCTAAATTTTGACCTGTTCGGATTTTAGTTTGATCAACGCGAGCAAGGGAAGCTATCATACGC ATCATAATTTGTTCTGCTGGCATTTCTAAACTAAATACTAAAACGGGTTTTTCACTTGCCATTGCGGCAT TTTCGCAAAGGTTCATGGCGAAAGTAGTTTTACCCATTGACGGACGTGCCGCAACGATAATTAAGTCAGA AGGTTGTAAACCTGCCGTTTTTTATCAAGATCAGTGAAACCTGTCGTAATGCCCGTTACACCTGAATGAT TTTCAAGTTTGCTTAAAATATCGATTTTTTCAATCGTACTTTCCAGCACATTGATCACATTTTGTGGGCC TTCACTAGAAGTTGTCCGTTTTTCTGCAATCGCAAATACTTCACGCTCAGCTTCATCAAGAATTAACTTA ATGTCTTGCCCTTTAGGAGAATAGCTATTTTCAGCAATGCGATTCCCTACCGAAATAAGTTCTCGTAATA TGGCTTTCTCGCGCACGATATCTGCATAAGCCAAAATATTAATGGCGTTCGGAGTATTATTAGAAAGCTC TGCTAGATAGGCAAATCCACCTACTTCATCGCTTACACCACGGCTTCTTAAGGATTGATCTAGCGTAATT AAATCAATAGGCGATTGATTACGCATTAGATGTTCCATTTCTGTAAAAATTAGACGATGCTGAAAAGTAT AAAAATCGTCAGCAATCACACGTTCAGCAATGCCATCCCAATGTTGATTGCTCAGCATGATGCCACCCAA CACGGCTTGTTCAGCCTCAAGTGAGTGTGGTGGAATACTTATTTGTGCCGTTTTTTTGTCTGAAGATTTG ATTTGAGGTTGTGATGCCATAGGACTTATTTCGATACTAGAATGTCGCCTATGATACCGCAAATATCTAT TGGATTTAAGTGAAAAGTGCGGTGAAAAAAGGAAATAAAAAACGGTGGAAAAATCCACCGCTCTTTCATT TTAACGTATTTAGATTGTTGATTATTCAACAATTAATGTACGACATACGTTAGTTTGTGTCGCACCTTGA CCACCTTGGGTTACCAGCACTAAATCGCCAGTAGATAAATAACCTTTTTCTTTTAATGATTGAAGTGCTG CTTTTGCACCTGCTTCTGTACGACTTTCTTCGCCGTGATAAATTGGTGTTACACCGCGGTATAGTGCACA AAGGTTTAGGGTTTCTTGATTACGAGATAAAGCAAAGATTGGTAAGCCAGAGCTAATGCGTGACATTAAT AATGGAGTACGGCCTGTGCTAGTTAAAGTGACGATTGCCGCTACACCTTTCATGTGGTTTGCTGCATACA TTGCAGACATCGCAACAGACTCTTCAATGGTTTCAAATTCTTTATCCATACGGTGACGAGAAACGTTAAT GCTTGGCATTTTTTCTGCACCTAAACATACGCTAGCCATTGCTGCCACTGTTTCTGAAGGATATTGACCT GCTGCTGTTTCTGCAGAAAGCATAACTGCATCAGTTCCATCTAATACTGCGTTTGCAACGTCCATTACTT CAGCACGCGTTGGCATTGGATTGCTAATCATTGATTCCATCATTTGAGTCGCTGTAATTACAGCACGATT TAATTGACGTGAACGACGAATTAATTTTTTCTGTACACCGACTAATTCAGGATCGCCGATTTCTACGCCT AAGTCACCACGAGCAACCATAATTACATCGGATGCTAAAATAATATCATCCATGGCTTCATCATTAGCAA
CGGTTTCTGCACGTTCAACTTTAGCAACGATTTTTGCATTTAAACCTGCTTGTTGAGCAAGTTCACGTGC ATAATTTAAATCTGCACTTGAACGAGGGAAAGAAACGGCTAAGAAATCAACACCAATACGTGCAGCGGTA ATAATGTCGGCTTTATCTTTTTCTGTTAGGGCATCCGCAGATAAACCGCCACCTAATTTATTAATACCTT TATTATTTGATAATGGACCACCAACAGTAACTTCAGTGAAAACTTTTGCACCATCAGTTGATAATACTTT TAATTGAACACGGCCATCATCTAATAAAAGAATATCGCCCGGCACAACATCTTGAGGAAGCGTTTTATAG TCTAAACCAACGGATTCTTGAGTGCCTTCGCCTTTTGGTAACTCTGCATCAAGAATGAATTTATCGCCA 4. Pada menu Choose closest organism, pilih BACTERIAL generic. 5. Klik PROCESS. Q1 : Ada berapa gen yang dihasilkan? Q2 : Ada berapa Transcription Unit pada sekuen tersebut? Q3 : Ada berapa Operon? Q4 : Berapa produk gen (aa) terpanjang yang dihasilkan? Pada urutan nukleotida ke-berapa? PROMOTER PREDICTION IN PROKARYOTES 1. Buka halaman www.softberry.com. 2. Pada Link Operon and Gene Finding in Bacteria, klik BPROM. 3. copy dan paste sekuen diatas pada kotak isian 4. Klik PROCESS. Q5 : Ada berapa promoter yang Anda temukan? Q6 : Sebutkan urutan nukleotida apa saja yang dijadikan tempat TF binding site (tempat berikatannya Faktor2 transkripsi).(tiga sekuen saja...)
Modul B GENE PREDICTION IN EUKARYOTES AB-INITIO-BASED GENE PREDICTION PROGRAM 1. Pada halaman www.softberry.com, klik link GENE FINDING in Eukaryota. lalu pilih FGENESH 2. Masukkan sekuen >gi|28380636|ref|NG_000007.3| Homo sapiens beta globin region (HBB@); and hemoglobin, beta (HBB); and hemoglobin, beta pseudogene 1 (HBBP1); and hemoglobin, delta (HBD); and hemoglobin, epsilon 1 (HBE1); and hemoglobin, gamma A (HBG1); and hemoglobin, gamma G (HBG2), on chromosome 11 ATTCCCCCAATCATTACTTCTGTCACATTGATAGTTAAATAATTTCTGTGAATTTATTCCTTGATTCTAA AATATGAGGATAATGACAATGGTATTATAAGGGCAGATTAAGTGATATAGCATGAGCAATATTCTTCAGG CACATGGATCGAATTGAATACACTGTAAATCCCAACTTCCAGTTTCAGCTCTACCAAGTAAAGAGCTAGC AAGTCATCAAAATGGGGACATACAGAAAAAAAAAAGGACACTAGAGGAATAATATACCCTGACTCCTAGC CTGATTAATATATCGATTCACTTTTTTCTCTGTTTGATGACAAATTCTGGCTTTAAATAATTTTAGGATT TTAGGCTTCTCAGCTCCCTTCCCAGTGAGAAGTATAAGCAGGACAGACAGGCAAGCAAGAAGAGAGCCCC AGGCAATACTCACAAAGTAGCCAATGTCCCCTGTGGTCATAGAGAAATGAAAAGAGAGAGGATTCTCTGG AAGCACTGGATGTAATCTTTTCTGTCTGTCCTCTCTAGGGAATCACCCCAAGGTACTGTACTTTGGGATT AAGGCTTTAGTCCCACTGTGGACTACTTGCTATTCTGTTCAGTTTCTAGAAGGAACTATGTACGGTTTTT GTCTCCCTAGAGAAACTAAGGTACAGAAGTTTTGTTTACAATGCACTCCTTAAGAGAGCTAGAACTGGGT GAGATTCTGTTTTAACAGCTTTATTTTCTTTTCCTTGGCCCTGTTTTTGTCACTGTCACCACCTTTAAGG CAAATGTTAAATGCGCTTTGGCTGAAACTTTTTTTCCTATTTTGAGATTTGCTCCTTTATATGAGGCTTT CTTGGAAAAGGAGAATGGGAGAGATGGATATCATTTTGGAAGATGATGAAGAGGGTAAAAAAGGGGACAA ATGGAAATTTGTGTTGCAGATAGATGAGGAGCCAACAAAAAAGAGCCTCAGGATCCAGCACACATTATCA CAAACTTAGTGTCCATCCATCACTGCTGACCCTCTCCGGACCTGACTCCACCCCTGAGGGACACAGGTCA GCCTTGACCAATGACTTTTAAGTACCATGGAGAACAGGGGGCCAGAACTTCGGCAGTAAAGAATAAAAGG CCAGACAGAGAGGCAGCAGCACATATCTGCTTCCGACACAGCTGCAATCACTAGCAAGCTCTCAGGCCTG GCATCATGGTGCATTTTACTGCTGAGGAGAAGGCTGCCGTCACTAGCCTGTGGAGCAAGATGAATGTGGA AGAGGCTGGAGGTGAAGCCTTGGGCAGGTAAGCATTGGTTCTCAATGCATGGGAATGAAGGGTGAATATT ACCCTAGCAAGTTGATTGGGAAAGTCCTCAAGATTTTTTGCATCTCTAATTTTGTATCTGATATGGTGTC ATTTCATAGACTCCTCGTTGTTTACCCCTGGACCCAGAGATTTTTTGACAGCTTTGGAAACCTGTCGTCT CCCTCTGCCATCCTGGGCAACCCCAAGGTCAAGGCCCATGGCAAGAAGGTGCTGACTTCCTTTGGAGATG CTATTAAAAACATGGACAACCTCAAGCCCGCCTTTGCTAAGCTGAGTGAGCTGCACTGTGACAAGCTGCA TGTGGATCCTGAGAACTTCAAGGTGAGTTCAGGTGCTGGTGATGTGATTTTTTGGCTTTATATTTTGACA TTAATTGAAGCTCATAATCTTATTGGAAAGACCAACAAAGATCTCAGAAATCATGGGTCGAGCTTGATGT TAGAACAGCAGACTTCTAGTGAGCATAACCAAAACTTACATGATTCAGAACTAGTGACAGTAAAGGACTA CTAACAGCCTGAATTGGCTTAACTTTTCAGGAAATCTTGCCAGAACTTGATGTGTTTATCCCAGAGAATT GTATTATAGAATTGTAGACTTGTGAAAGAAGAATGAAATTTGGCTTTTGGTAGATGAAAGTCCATTTCAA GGAAATAGAAATGCCTTATTTTATGTGGGTCATGATAATTGAGGTTTAGAAAGAGATTTTTGCAAAAAAA ATAAAAGATTTGCTCAAAGAAAAATAAGACACATTTTCTAAAATATGTTAAATTTCCCATCAGTATTGTG ACCAAGTGAAGGCTTGTTTCCGAATTTGTTGGGGATTTTAAACTCCCGCTGAGAACTCTTGCAGCACTCA
CATTCTACATTTACAAAAATTAGACAATTGCTTAAAGAAAAACAGGGAGAGAGGGAACCCAATAATACTG GTAAAATGGGGAAGGGGGTGAGGGTGTAGGTAGGTAGAATGTTGAATGTAGGGCTCATAGAATAAAATTG AACCTAAGCTCATCTGAATTTTTTGGGTGGGCACAAACCTTGGAACAGTTTGAGGTCAGGGTTGTCTAGG AATGTAGGTATAAAGCCGTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTCATCAAGTTGTTTTCGGAAACTTCTACT CAACATGCCTGTGTGTTATTTTGTCTTTTGCCTAACAGCTCCTGGGTAACGTGATGGTGATTATTCTGGC TACTCACTTTGGCAAGGAGTTCACCCCTGAAGTGCAGGCTGCCTGGCAGAAGCTGGTGTCTGCTGTCGCC ATTGCCCTGGCCCATAAGTACCACTGAGTTCTCTTCCAGTTTGCAGGTGTTCCTGTGACCCTGACACCCT CCTTCTGCACATGGGGACTGGGCTTGGCCTTGAGAGAAAGCCTTCTGTTTAATAAAGTACATTTTCTTCA GTAATCAAAAATTGCAATTTTATCTTCTCCATCTTTTACTCTTGTGTTAAAAGGAAAAAGTGTTCATGGG CTGAGGGATGGAGAGAAACATAGGAAGAACCAAGAGCTTCCTTAAGAAATGTATGGGGGCTTGTAAAATT AATGTGGATGTTATGGGAGAATTCCAGGATTCCAAGGAGGATGATATGATGGAGAAAAATCTTTATCGGG GTGGGAAAATGGTTAATTAAGTGGACAGAGACTCCTAGGCAGTTTTTACTGCACCGGGGAAAGAAGGAGC TGTTAGTGGTACCTGAGAAAGCAGATTTGTGGTACATGTCACTTTTCATTAAAAACAAAAACAAAACAAA ACAAAACTTCATAGATATCCAAGATATAGGCTAGAATTACTATTTTAATTTACTCTTATTTACATTTTGA AGTAGCTAGCTTGTCACATGTTTTATGAAATTGATTTGGAGATAAGATGAGTGTGTATCAACAATAGCCT GCTCTTTCCATGAAGGATTCCATTATTTCATGGGTTAGCTGAAGCTAAGACACATGATATCATTGTGCAT TATCTTCTGATAGAATGTAACATGCACTAAAATAAAGTTAGAGTTAGGACCTGAGTGGGAAAGTTTTTGG AGAGTGTGATGAAGACTTTCCGTGGGAGATAGAATACTAATAAAGGCTTAAATTCTAAAACCAGCAAGCT AGGGCTTCGTGACTTGCATGAAACTGGCTCTCTGGAAGTAGAAGGGAGAGTAAGACATACGTAGAGGACT AGGAAAGACCAGATAGTACAGGGCCTGGCTACAAAAATACAAGCTTTTACTATGCTATTGCAATACTAAA CGATAAGCATTAGGATGTTAAGTGACTCAGGAAATAAGATTTTGGGAAAAAGTAATCTGCTTATGTGCAC AAAATGGATTCAAGTTTGCAGATAAAATAAAATATGGATGATGATTCAAGGGGACAGATACAATGGTTCA AACCCAAGAGGAGCAGTGAGTCTGTGGAATTTGAAGGATGGACAAAGGTGGGGTGAGAAAGACATAGTAT TCGACTGACTGTGGGAGATGAGAAGGAAGAAGGAGGTGATAAATGACTGAAAGCTCCCAGACTGGTGAAG ATAACAGGAGGAAACCATGCACTGACCTGGTGACTCTCATGTGTGAAGGGTAGAGGGATATTAACAGATT TACTTTTTAGGAAGTGCTAGATTGGTCAGGGAGTTTTGACCTTCAGGTCTTGTGTCTTTCATATCAAGGA ACCTTTGCATTTTCCAAGTTAGAGTGCCATATTTTGGCAAATATAACTTTATTAGTAATTTTATAGTGCT CTCACATTGATCAGACTTTTTCCTGTGAATTACTTTTGAATTTGGCTGTATATATCCAGAATATGGGAGA GAGACAAATAATTATTGTAGTTGCAGGCTATCAACAATACTGGTCTCTCTGAGCCTTATAACCTTTCAAT ATGCCCATAAACAGAGTAAACAGGGATTATTCATGGCACTAAATATTTTCACCTAGTCAGTCAACAAATG GGAGCAATGTGCATTTTTTGATACATATTTTTATATATTTATGGGGTACATGTGATACTTACATGCCTAG AACATGTGATGATTAAGTCTAGATATTTAGGATATCCATTGCTTTGAGCATTTATCATTTCTATGTATTG AGAAAATTTCAAATCCTCATTTCTAGCCATTTTGAAATATATAATAAATAGTAATTAACTATAGTCACCC TACTCAAATATCAAACATTATGGCTTAATCCTTCTATCCAACTGTGTTTGTACCTATTAACCAACATCTC TTAAATCCCCTCCCATACACACTCACACTTTTTCCAGCCTCTGATAACTATCATTCTACTCTCTACCACC ATGAGACCCACTTTTTTAGCTCCCACAGATGAATAAAAACATGTGATATTTGACTTTCTGTATCTGGCTT ATTTTATTATCTATCTCTTTGGCATACCAAGAGTTTGTTTTTGTTCTGCTTCAGGGCTTTCAATTAACAT AATGACCTCTGGTTCCATCCATGTTGCTACAAATGACAAGATTTCATTCTTTTTCATGGCAAAATAGTAC 3. Sesuaikan pilihan organism dengan sekuen yang didapat. 4. Klik SEARCH Q1 : Ada berapa gen yang dihasilkan?
Q2 : Berapa exon yang dihasilkan oleh gen tersebut? Intron? Q3 : Pada nukleotida ke berapa transkripsi dimulai dan berakhir? Q4 : Berapa panjang produk gen (aa) yang dihasilkan? 5. Klik Show picture of predicted genes in PDF file. Q5 : Apa kesimpulan Anda? 6. save sekuen protein yang diperoleh, simpan dalam bentuk fasta 7. Buka halaman http://genes.mit.edu/GENSCAN.html 8. Masukkan option Vertebrate pada menu Organism dan Predicted CDS and peptides pada link Print options. 9.Masukkan sekuen yang sama seperti No. 2. 10.Klik Run GENSCAN. 11.Lihat Hasilnya. Q6 : Apa perbedaan dengan hasil sebelumnya? Ga prediksi tss HOMOLOGY-BASED GENE PREDICTION PROGRAM 1. Buka halaman http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/ 2. Pilih blastx program (genomic query versus protein database) 3. Masukkan sekuen yang sama sebelumnya, kemudian run blast! 4. Pilih protein yang teratas dari hasil blast. Q7: Protein apa yang dihasilkan?? 5. Tampilkan urutan asam amino protein tersebut dalam format fasta. 6. Buka alamat http://www.ebi.ac.uk/Tools/Wise2/ (Program genewise). (web server yang menggunakan database protein untuk memprediksi gen pada suatu sekuens). 7. Copy paste sekuens protein yang telah didapat pada bagian sekuens 1 kemudian copy sekuens DNA awal pada bagian sekuens 2. Klik RUN!! 8. Q7: Berapakah jumlah gen yang muncul?? Pada urutan nukletida ke berapa gen tersebut?? 9. Q8: apa perbedaan cara dari prediksi gene dengan menggunakan FGENESH dan genewise??
Modul C 1. Ambil sekuen gen dengan keyword AF331849.1 di NCBI, buat dalam FASTA format. Q1 : Gen apakah ini? Q2 : Pada organisme apakah gen ini berasal? 2. Pada halaman www.softberry.com, klik link SEARCH FOR MOTIFS, lalu pilih TSSP. 3. Masukkan sekuen gen tersebut, lalu klik PROCESS. Q3 : Ada berapa promoter yang didapatkan? Bagaimana Anda mengetahuinya? Q4 : Pada posisi berapa promoter tersebut berada? Q5 : Pada posisi berapa TATA box berada? 4. Buka halaman http://mendel.cs.rhul.ac.uk/mendel.php 5. Pada menu fitur, klik [Gene prediction, Plant promoter finding] di sebelah kiri 6. Masukkan sekuen pada No.1 7. Pada pilihan organism, pilih Monocots. 8. Pilih TSSP-TCM pada opsi Gene structure prediction (multiple genes, both chains). 9. Klik PERFORM SEARCH. Q6 : Ada berapa promoter yang ditemukan? Pada posisi berapa? Q7 : Pada posisi berapa TATA box berada? Q8 : Dari kedua program di atas, apa kesimpulan Anda? -----Selamat Mengerjakan (NY)----

More Related Content

Modul 6 gene prediction 191011