ݺߣ

ݺߣShare a Scribd company logo

Molekularni vizualizace a ICT

•
•
Martin Slavík
Martin Slavík
1 of 23
Martin Slav ík, Jan Grégr, Bořivoj Jodas: Katedra chemie, TU v Liberci is not still On-line molekulární vizualizace On-line molecular visualization
is interactive Measure Manipulate www.fp.tul.cz/molvis On-line molecular visualization On-line molekulární vizualizace
Interactive Please, choose language of my contribution by voting. English Czech German French Spanish Russian Chinese
Molekulární vizualizace zobrazení kompletní struktury rozpoznání vzorů snadná kontrola správnosti modelu
Molekulární vizualizace všechny strukturní informace Interaktivita + porozumění tvarům přímé srovnání s 2D modelem
www.fp.tul.cz/molviz Který vzorec je správnější ? Jak ý tvar má molekula? Jak á je reaktivita? Výhody vizualizace
Výhody vizualizace
Fakulta p řírodovědně-humanitní a pedagogická TUL Postup prakticky 1 ‒ 2/3 1 3 2
Postup prakticky 3/3 3 3
Jak na to? chemická struktura (model) databáze struktur chemexper.com aplikace chemická kreslítka ACD/Chem Sketch modelovací SW Spartan, Gaussian, Mopac vizualizace applety wiki blog redakční systém e-learningový systém optimalizace struktury dodatečné výpočty kontrola převod formátů metadata import modelování virtuální světy
Konverze formátů OpenBabel Modelování OpenMopac (semiempirický) Gamess (ab-initio) Vizualizace Jmol E-learningový systém Moodle Svobodný software
Jmol ‒ nabídka Rozbalovací menu otevře se po kliknutí pravým tlačítkem do okna appletu
Jmol ‒ programovací jazyk select all; wireframe; delay 0.1; spacefill 300; delay 0.1; rotate x 90; zoom 150; select protein; label Cystein; ssbonds 40; select (carbon)[3][5]; color white; label %P %e; isosurface povrch1 molecular color translucent; measure ALLCONNECTED (oxygen) (carbon)
modifikace uhlíku lcaocartoon create „pz“
Grafit Elektrostatický potenciál červená přebytek – náboje modrá přebytek + náboje modifikace uhlíku
Integrace v e-learningových systémech
Java Molecular Editor pro Moodle Moodle + HotPotatoes + JME
Jmol filter/ aplikace pro Moodle Moodle + HotPotatoes + JME
Virtuální laboratoř ChemCollective
CAS – počítačový algebraický systém
Inteligentní vědecký kalkulátor KaHAc=1.8e-5 //Ka Acetic KaHOAc=1.8e-5 //Ka Acetic KaHC2H3O2=1.8e-5 //Ka Acetic KaH3AsO4=5.6e-3 //Ka Arsenic1 KspBaCO3=5.1e-9 //Ksp Barium carbonate KspBaCrO4=1.2e-10 //Ksp Barium chromate KspBaF2=1.0e-6 //Ksp Barium fluoride KspBa_OH_2=5e-3 //Ksp Barium hydroxide Ac="CH3CO" //overrides atom Ac Me="CH3" Et="CH3CH2" // MULTIPLY to convert ang_from_cm=1e8 amu_from_g=6.0221367e23 mmHg_from_atm=760 Bob Hanson , General Chemistry Toolkit Instantní řešení
Děkujeme za pozornost a zveme Vás na postery Vizualizace speciálních polymerů Vizualizace rostlinných barviv Vizualizace vonných látek v rostlinách Vizualizace modifikací a forem uhlíku Vizualizace hydratovaných síranů …

More Related Content

Molekularni vizualizace a ICT

  • 1. Martin Slav ík, Jan Grégr, Bořivoj Jodas: Katedra chemie, TU v Liberci is not still On-line molekulární vizualizace On-line molecular visualization
  • 2. is interactive Measure Manipulate www.fp.tul.cz/molvis On-line molecular visualization On-line molekulární vizualizace
  • 3. Interactive Please, choose language of my contribution by voting. English Czech German French Spanish Russian Chinese
  • 4. Molekulární vizualizace zobrazení kompletní struktury rozpoznání vzorů snadná kontrola správnosti modelu
  • 5. Molekulární vizualizace všechny strukturní informace Interaktivita + porozumění tvarům přímé srovnání s 2D modelem
  • 6. www.fp.tul.cz/molviz Který vzorec je správnější ? Jak ý tvar má molekula? Jak á je reaktivita? Výhody vizualizace
  • 8. Fakulta p řírodovědně-humanitní a pedagogická TUL Postup prakticky 1 ‒ 2/3 1 3 2
  • 10. Jak na to? chemická struktura (model) databáze struktur chemexper.com aplikace chemická kreslítka ACD/Chem Sketch modelovací SW Spartan, Gaussian, Mopac vizualizace applety wiki blog redakční systém e-learningový systém optimalizace struktury dodatečné výpočty kontrola převod formátů metadata import modelování virtuální světy
  • 11. Konverze formátů OpenBabel Modelování OpenMopac (semiempirický) Gamess (ab-initio) Vizualizace Jmol E-learningový systém Moodle Svobodný software
  • 12.
  • 13. Jmol ‒ nabídka Rozbalovací menu otevře se po kliknutí pravým tlačítkem do okna appletu
  • 14. Jmol ‒ programovací jazyk select all; wireframe; delay 0.1; spacefill 300; delay 0.1; rotate x 90; zoom 150; select protein; label Cystein; ssbonds 40; select (carbon)[3][5]; color white; label %P %e; isosurface povrch1 molecular color translucent; measure ALLCONNECTED (oxygen) (carbon)
  • 16. Grafit Elektrostatický potenciál červená přebytek – náboje modrá přebytek + náboje modifikace uhlíku
  • 17. Integrace v e-learningových systémech
  • 18. Java Molecular Editor pro Moodle Moodle + HotPotatoes + JME
  • 19. Jmol filter/ aplikace pro Moodle Moodle + HotPotatoes + JME
  • 21. CAS – počítačový algebraický systém
  • 22. Inteligentní vědecký kalkulátor KaHAc=1.8e-5 //Ka Acetic KaHOAc=1.8e-5 //Ka Acetic KaHC2H3O2=1.8e-5 //Ka Acetic KaH3AsO4=5.6e-3 //Ka Arsenic1 KspBaCO3=5.1e-9 //Ksp Barium carbonate KspBaCrO4=1.2e-10 //Ksp Barium chromate KspBaF2=1.0e-6 //Ksp Barium fluoride KspBa_OH_2=5e-3 //Ksp Barium hydroxide Ac="CH3CO" //overrides atom Ac Me="CH3" Et="CH3CH2" // MULTIPLY to convert ang_from_cm=1e8 amu_from_g=6.0221367e23 mmHg_from_atm=760 Bob Hanson , General Chemistry Toolkit Instantní řešení
  • 23. Děkujeme za pozornost a zveme Vás na postery Vizualizace speciálních polymerů Vizualizace rostlinných barviv Vizualizace vonných látek v rostlinách Vizualizace modifikací a forem uhlíku Vizualizace hydratovaných síranů …

Editor's Notes

  1. http://www.umass.edu/molvis/tutorials/hemoglobin/heme.htm
  2. Aktivizace (didaktické hry, rozbor aktuálních informací o chemii z médií, otevřené úlohy – identifikace neznámého vzorku; návrh přípravy a příprava sloučeniny; používání populárně-naučné literatury). Integrace – oborů (koncept UnifiedScience [8] a software Mathematica 6.0 [9] ); zdrojů – pomocí technologie RSS (odebírání dat); dat – pomocí souborů CML (Chemical Markup Language, pro ukázku si stáhněte 600 molekulárních struktur is vlastnostmi [10] ); Konzistence výuky = soulad reality stím, co učí učitelé (např. používání kurikulí, stanovení nezbytného minimálního obsahu výuky, který vyžadují učitelé ve všech předmětech – může se jednat např. o odhad vztahu mezi strukturou a vlastnostmi) Podpora kreativity také vpoužití ICT (např.: zpracování obrazu – mikroskopie, chromatografie; měření na videosekvencích chemických experimentů); Studenti se učí učením ostatních – studenty hodnotíme např. za vytváření výukového obsahu ve-learningovém systému; Učit sICT (neučíme o technologiích, ale sjejich pomocí); Vizualizace, kdekoli je to možné – používáme volně dostupný applet pro vizualizaci chemických struktur Jmol ; Otevřenost – volně dostupný software, popř. freeware (rychlý vývoj, skvělá cena, snadná možnost lokalizace do rodného jazyka; naprosto srovnatelné skomerčním software), koncepty OpenScience a OpenData (http://blueobelisk.sourceforge.net/); Virtuální přístroje (např. skvělé prostředí Chemistry Collective [13] pro simulaci laboratorních experimentů nebo virtuální plynový chromatograf [14]. Výchova a sociální rozměr – učitel jako živá osobnost, osobní komunikace, spolupráce mezi studenty. Levné pomůcky zhotovitelné svépomocí [11] a počítačem podporovaný experiment Používání ICT ve výuce odráží také stav používání ICT obecně, např. vchemii jako vědě. Aten je neuspokojivý. Většina chemických materiálů je dnes distribuována ve formě PDF (aco hůře DOC) souborů nebo prezentací bez náležitých metadat (popisu obsahu).