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Pt3 nanopore

A
Alex Predeus

Oxford Nanopore Stepik course - pt3

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舒亠仄 仆舒仄 亟仍亳仆仆亠 仗仂亠仆亳? 亟仍亳仆舒 亞亠仆舒 16S - 1500-1800 仗.仆. 舒仄亶 亟仍亳仆仆亶 舒仄仗仍亳从仂仆 仆舒 Illumina - 600 仗.仆. (2x300) 舒亠 于亠亞仂 亳仍亠亟ﾑ 舒亞仄亠仆 V3-V4 亳仗仂仍亰仂于舒仆亳亠 于亠亞仂 16S 亳仍仆仂 于亠仍亳亳于舒亠 舒亰亠亠仆亳亠 仄亠仂亟舒
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3.3. 弌亠从于亠仆亳仂于舒仆亳亠 从 亳 仗礆仂亠 亠从于亠仆亳仂于舒仆亳亠
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  • 3. 弌弍仂从舒 亞亠仆仂仄仂于 弌仂于亠仄亠仆仆亠 仄亠仂亟 于从仍ﾑ舒ﾑ: 从仂仂从亳亠 仗仂亠仆亳 (Illumina) 亟仍亳仆仆亠 仗仂亠仆亳 Hi-C 亟仍 仂弍亠亟亳仆亠仆亳 于 仂仄仂仂仄 于仂亰仄仂亢仆仂 仆亠亟仂仂亞仂 仗仂仍亳 弍仂仍仂亶 仂弍亠仄 仗仂亠仆亳亶 (1D: 10 弍 亰舒 ~ $500) 仗亠亠于亠亳于舒亠 仆亠亟仂舒从亳 于仂亰仄仂亢仆仂 仗仂仍亳 于亠- 亟仍亳仆仆亠 仗仂亠仆亳
  • 4. 舒亰亠亠仆亳亠 亞舒仗仍仂亳仗仂于 舒亰亳仂于舒仆亳亠 - 仂仗亠亟亠仍亠仆亳亠, 仂 从仂亞仂 亳亰 仂亟亳亠仍亠亶 仆舒仍亠亟仂于舒仆 舒仍仍亠仍 亟仍亳仆仆亠 仗仂亠仆亳 仗仂亰于仂仍ﾑ 仗仂仍亳 仗仂仍仆仂 舒亰亳仂于舒仆仆 弍仂从
  • 5. Josh Quick protocol 于舒亳舒亳 仗仂仂从仂仍舒 rapid (RAD001-4) 仄亳仆亳仄亳亰亳 仂仗亠舒亳亳 , 亟舒亠 舒仄亠 亟仍亳仆仆亠 仗仂亠仆亳
  • 6. 舒 仂仗 于 Cristatella Mucedo Cristatella Mucedo - 仗亠仆仂于仂亟仆舒 仄舒仆从舒 仆亠亳亰于亠仆仄 亞亠仆仂仄仂仄 丐亳 亰舒仗从舒 舒仆仂仗仂: 2.1 弍 - 亟仍亳仆仆亠 仗仂亠仆亳 (SQK-RAD002) 6.8 弍 - 1D (SQK-LSK108) 3.4 弍 - 1D (SQK-LSK108) 于亠 弍仂从亳 N50 1.2-1.3弍, 90-91% 仗仂仍仆 亞亠仆仂于 BUSCO 85% 于舒于仆亳于舒亠仄仂 -亠从
  • 7. 亠仆仂仄 亠仍仂于亠从舒 弌亠从于亠仆亳仂于舒仆亳亠 NA12878 舒从于舒亠 仗仂弍亠仍 于 弍仂从亠
  • 8. 弌弍仂从舒 亠仆仂仄亠 Y-仂仄仂仂仄 舒仍舒-仗仂于仂 (171 仗.仆.), 仂亞舒仆亳亰仂于舒仆 于 HOR 舒亰舒弍仂舒仆 仄亠仂亟 于仂从仂亞仂 仗仂从亳 BACs 仗亠于舒 亳亰于亠仆舒 弍仂从舒 亠仆仂仄亠!
  • 10. 亠舒亞亠仆仂仄亳从舒 亳仂从仂 亳仗仂仍亰ﾑ 亟仍 亳仍亠亟仂于舒仆亳 弍舒从亠亳舒仍仆 仂仂弍亠于 亞亠仆 16S 仂亟亠亢亳 9 于舒亳舒弍亠仍仆 亠亞亳仂仆仂于 (V1-V9), 舒亰亟亠仍亠仆仆 从仂仆亠于舒亳于仆仄亳 仗仂仍亠亟仂于舒亠仍仆仂礆亳 仗仂仍舒亠仄亠 舒仄仗仍亳从仂仆 仍亢舒 亟仍 仂仗亠亟亠仍亠仆亳 舒亰仆仂仂弍舒亰亳 弍舒从亠亳亶
  • 11. 舒亠仄 仆舒仄 亟仍亳仆仆亠 仗仂亠仆亳? 亟仍亳仆舒 亞亠仆舒 16S - 1500-1800 仗.仆. 舒仄亶 亟仍亳仆仆亶 舒仄仗仍亳从仂仆 仆舒 Illumina - 600 仗.仆. (2x300) 舒亠 于亠亞仂 亳仍亠亟ﾑ 舒亞仄亠仆 V3-V4 亳仗仂仍亰仂于舒仆亳亠 于亠亞仂 16S 亳仍仆仂 于亠仍亳亳于舒亠 舒亰亠亠仆亳亠 仄亠仂亟舒
  • 12. 仄仗仍亳从仂仆 HLA (MHC) 亠亞亳仂仆 MHC (3.8弍) 仂亟亠亢亳 253 亞亠仆舒 从舒亶仆亠 于舒亢亠仆 于 舒弍仂亠 亳仄仄仆亳亠舒 亳仗亳仂于舒仆亳亠 HLA 亳仂从仂 仗亳仄亠仆磳 仗亳 仗亠亠舒亟从亠 仍ﾐ英 仂亞舒仆仂于 仂于亠仄亠仆仆亠 仄亠仂亟 弍仂 仄亠舒ﾑ 于 NGS 3-亞仂 仗仂从仂仍亠仆亳
  • 13. 亳弍亳亟仆仂亠 亳仗亳仂于舒仆亳亠 舒仄仗仍亳亳从舒亳 ~ 9从弍 舒亞仄亠仆舒 HLA-DRB 亞亳弍亳亟仆舒 弍仂从舒 亟亠- 仆仂于仂 仗仂亰于仂仍磳 舒亰亠亳 从仂仂从亳亠 仗仂于仂 亳 亞舒仗仍仂亳仗
  • 14. 3.3. 弌亠从于亠仆亳仂于舒仆亳亠 从 亳 仗礆仂亠 亠从于亠仆亳仂于舒仆亳亠
  • 15. 仍亠仆舒亳于仆亶 仗仍舒亶亳仆亞 从仂仂从亳亠 仗仂亠仆亳 舒舒从亠亳亰ﾑ 亳亰仂仂仄 仂亠仆 仆亠仂仆仂 仄亠仆亠 亳 仆亠于仂仍仂亞亳亠从亳亠 亰舒弍仂仍亠于舒仆亳 舒仂 于从仍ﾑ舒ﾑ 于 亠弍 仂亞仂仄仆亠 亞亠仆 (亳亳仆, 亟亳仂亳仆, 从舒仆舒仍) 亟仍亳仆仆亠 仗仂亠仆亳 仗仂亰于仂仍ﾑ 仗仂仍亳 舒仆从亳仗 亠仍亳从仂仄 TTN
  • 16. 舒仍亳亠于亶 从舒仆舒仍 CACNA1C 仗仍舒亶亳仆亞 于 从舒仆 仄仂亰亞舒 舒仂 仆舒亠仆 仗亳 亰舒弍仂仍亠于舒仆亳 于舒亳舒仆 于 CACNA1 舒仂亳亳仂于舒仆 亳亰仂亠仆亳亠亶 亠从于亠仆亳仂于舒仆亳亠 舒仄仗仍亳从仂仆舒 仂弍仆舒亢亳仍仂 38 仆仂于 从亰仂仆仂于 亳 83 亳亰仂仂仄!
  • 17. 礆仂亠 -亠从于亠仆亳仂于舒仆亳亠 于亳舒 亞亳仗仗舒 于亳 仂弍仍舒亟舒ﾑ 仆亳从舒仍仆仄亳 仂仂弍亠仆仆仂礆亳 亞亠仆仂仄舒 仗礆仂亠 亠从于亠仆亳仂于舒仆亳亠 仗仂亰于仂仍亳 于亳亟亠 仆仂于亠 仄仂亟亳亳从舒亳亳 亟亳仆舒仄亳亠从仂亠 亳 仗礆仂亠 仆舒弍仍ﾐ莞黍出湖 亳亰仄亠仆亠仆亳亶 于 仗亳亟亠仄亳
  • 18. 3.4. 亟亠仆亳亳从舒亳 仍仂亢仆 从仆 于舒亳舒仆仂于
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  • 20. 仆舒仍亳亰 从仗舒仆亳亳 仗仂于仂仂于 仗亠亳舒仍仆亶 仍舒亶 仗亳仍亠仗亳亳 (BAFME) 亳亰于亠仆 4 仍仂从舒, 仆仂 仆亠亳亰于亠仆 于舒亳舒仆, 仗亳于仂亟亳亠 从 亰舒弍仂仍亠于舒仆亳 丶 亳 BAC-从仍仂仆亳仂于舒仆亳亠 亟舒于舒仍亳 亠亰仍舒, 仂仍亳仆亠 仂 Southern blot 亠从于亠仆亳仂于舒仆亳亠 仆舒仆仂仗仂仂亶 仗仂亰于仂仍亳仍仂 仗仂亟于亠亟亳 从仗舒仆亳 TTTTA/TTTCA