Pt4 nanopore
- 1. 丼舒 4. 亳仂亳仆仂仄舒亳从舒 亟仍亳仆仆 仗仂亠仆亳亶 仗亠亟亠仍亠仆亳亠 仗仂仍亠亟仂于舒亠仍仆仂亳 亳亰 亳亞仆舒仍舒 (basecalling) 亳 仗亠于亳仆亶 从仂仆仂仍 从舒亠于舒 舒于仆亳于舒仆亳亠 亟仍亳仆仆 仗仂亠仆亳亶 亳弍亳亟仆舒 亳 仗礆舒 弍仂从舒 亟仍亳仆仆 仗仂亠仆亳亶 仂仍亳仂于从舒 亞亠仆仂仄仆 弍仂仂从 仆舒仍亳亰 亟舒仆仆 仄亠舒亞亠仆仂仄仆仂亞仂 亠从于亠仆亳仂于舒仆亳 亳仂亳仆仂仄舒亳从舒 亟仍亳仆仆 仗仂亠仆亳亶 亳 -亠从 舒从仍ﾑ亠仆亳亠
- 2. 4.1. 仗亠亟亠仍亠仆亳亠 仗仂仍亠亟仂于舒亠仍仆仂亳 亳亰 亳亞仆舒仍舒 (basecalling)
- 3. 弌亳亞仆舒仍 仗仂仍亠亟仂于舒亠仍仆仂 仗亠于舒 舒亟亳 - 亠亞仄亠仆舒亳 亳亞仆舒仍舒 (仂仗亠亟亠仍亠仆亳亠 亞舒仆亳 仆从仍亠仂亳亟仂于) 于仂舒 舒亟亳 - 仂弍于亠仆仆仂 仂仗亠亟亠仍亠仆亳亠 仆从仍亠仂亳亟舒
- 4. Albacore 仂亳亳舒仍仆亶 弍亠亶从仂仍仍亠 仂 Oxford Nanopore 仗仂仂礌仆仂 于仗亳于舒亠 亟舒仆亠 仆舒仂亟从亳 仂从 舒亰舒弍仂仂从 舒弍仂舒亠 仗仂亟 仂仆仂于仆仄亳 仂仗亠舒亳仂仆仆仄亳 亳亠仄舒仄亳 亠弍亠 仆亠仄舒仍 仄仂仆仂亠亶 (弍仂仍亠亠 亟仆 仆舒 4 CPU 亟仍 5-10 弍 亟舒仆仆)
- 5. EPI2ME 仂弍仍舒仆亶 亠于亳, 亟仂仗亠仆 仗仂从仗舒亠仍礆 亠于亳仆仂亞仂 仂弍仍亢亳于舒仆亳 仗仂仄仂亞舒亠 仗仂仍亰仂于舒亠仍礆 弍亠亰 亟仂仗舒 从 弍亳仂亳仆仂仄舒亳亠从仂亶 从仗亠亳亰亠
- 6. 弌舒于仆亠仆亳亠 亠从亳于仆仂亳 弍亠亶从仂仍仍亠仂于 仗仂于仂亟亳 仆亠从仂仂仂亶 亠亞仍仆仂 (Ryan Wick) 仍亠仆亳 仗仂仂礌仆 - 于亠亞亟舒 舒仆亳亠 于舒亳 fast5-舒亶仍!
- 7. 丕仍亠仆亳亠 从仂仆亠仆舒 Chiron 于亠亳亳 0.3 仗仂亳亰于仂亟亳 亰舒仄亠仆仂 仍舒亠 从仂仆亠仆 (99.77%)
- 8. 亠于亳仆亶 从仂仆仂仍 从舒亠于舒: MinIONQC 从仂仍亳亠于仂 仗仂亠仆亳亶 fail/pass 舒仗亠亟亠仍亠仆亳亠 亟仍亳仆 仗仂亠仆亳亶 从仂仍亳亠于仂 仂仆仂于舒仆亳亶 (于仂亟 亠从于亠仆亳仂于舒仆亳)
- 9. 4.2. 舒于仆亳于舒仆亳亠 亟仍亳仆仆 仗仂亠仆亳亶
- 10. minimap2 弍仂亠 亳 仗仂仂亠 于舒于仆亳于舒仆亳亠 亟仍亳仆仆 仗仂亠仆亳亶 仗仂亟亟亠亢亳于舒亠 于舒于仆亳于舒仆亳亠 仂 仗仍舒亶亳仆亞仂仄 (从, )
- 11. NGMLR 仗仂于亠仆仆舒 仂仆仂 仗亳 仂仗亠亟亠仍亠仆亳亳 仍仂亢仆 从仆 于舒亳舒仆仂于, 仗舒亠仆 仗仂亞舒仄仄仂亶 Sniffles
- 12. 4.3. 亳弍亳亟仆舒 亳 仗礆舒 弍仂从舒 亟仍亳仆仆 仗仂亠仆亳亶
- 14. 弌弍仂从舒 亳亰 亟仍亳仆仆 仗仂亠仆亳亶 miniasm2 - 仂亠仆 弍仂 (仄亳仆), 仆亠仗仍仂舒 仂仆仂 canu - 亰仂仍仂仂亶 舒仆亟舒, 仂亠仆 仄亠亟仍亠仆仆仂 (仂仆亳 丶丕-舒仂于) 仄仆仂亞仂 亟亞亳 仂仗亳亶 (HGAP3 - PacBio, FALCON, etc)
- 15. 亳弍亳亟仆舒 弍仂从舒 亳仗仂仍亰亠 亟仍亳仆仆亠 亳 从仂仂从亳亠 仗仂亠仆亳 MaSuRCA (仍亠从亠亶 亳仄亳仆) 亟仍 从舒亳仂 Flye (亳舒亳仍 仂仍仄仂亞仂仂于) Unicycler (Ryan Wick) - 亟仍 弍舒从亠亳亶
- 16. 舒从亠亳舒仍仆舒 亠亠亠仆仆舒 弍仂从舒 Unicycler 仗仂亳亰于仂亟亳 亳 亠于仂仍ﾑ亳 于 弍仂从亠 弍舒从亠亳亶 仄亳仆亳仄舒仍仆仂亠 从仂仍亳亠于仂 仂亳弍仂从 (misassembles) 仂仍亳仆仂 亰舒从于舒亠 仗仍舒亰仄亳亟
- 17. 12 亞亠仆仂仄仂于 亰舒 ~ $2500! 仍仍ﾐ斜湖出 - 亟仍亳仆仆亠 仗仂亠仆亳礆亳 (2250), 仂 40 20-30 亟仍亳仆仆 仗仂亠仆亳亶 仂仍亳仆亶 从仂仆亠仆亶 亠亰仍舒!
- 18. 4.4. 仂仍亳仂于从舒 亞亠仆仂仄仆 弍仂仂从
- 19. 仂仍亳仂于从舒 1: Racon 仍亠仆亳亠 从仂仆亠仆仆仂亶 仗仂仍亠亟仂于舒亠仍仆仂亳 仆亠仂弍仂亟亳仄仂 仗仂仍亠 亞弍 弍仂仂从 (miniasm2) 仂仗亳 仗仂仍亳仂于从亳 仗亳 仗仂仄仂亳 Illumina
- 20. 仂仍亳仂于从舒 2: Nanopolish 丐仂仍从仂 亟仍 仆舒仆仂仗仂, 亳仗仂仍亰亠 fast5 亳仗仂仍亰 仄仂亟亠仍 仄亠亳仍亳仂于舒仆亳, 亳仍仆仂 仍舒亠 弍舒从亠亳舒仍仆亠 弍仂从亳 舒从亢亠 仂仗亠亟亠仍磳 于舒亳舒仆 亳 仄仂亟亳亳从舒亳亳 仆从仍亠仂亳亟仂于
- 21. 仂仍亳仂于从舒 3: Pilon Pilon 亳仗仂仍亰亠 亟舒仆仆亠 Illumina 亟仍 从仂亠从亳亳 仆亠弍仂仍亳 仂亳弍仂从 仄仂亢仆仂 亳仗仂仍亰仂于舒 仄仆仂亞仂 舒亰 仗仂亟磲 亳仗仂仍亰亠 仗亳 亞亳弍亳亟仆仂亶 弍仂从亠 Unicycler
- 22. 4.5. 仆舒仍亳亰 亟舒仆仆 仄亠舒亞亠仆仂仄仆仂亞仂 亠从于亠仆亳仂于舒仆亳
- 23. 仍舒亳亳从舒亳: Kraken, Centrifuge 亠 亢亠 仗仂亞舒仄仄, 从仂仂亠 仗仂仍亠亰仆 亟仍 舒弍仂 Illumina: Kraken - 弍亶 舒从仂仆仂仄亳亠从亳亶 从仍舒亳亳从舒仂 仆舒 从-仄亠舒 Centrifuge - 仄亠仆亠亠 弍亶 亳 仄亠仆亠亠 亠仂亠仄从亳亶 从仍舒亳亳从舒仂 (FM-index) 仗亠亟仂舒于仍磳 从仍舒亳亳从舒亳 仗仂亠仆亳亶 于仗仍仂 亟仂 于亳亟舒
- 24. 亳亰舒仍亳亰舒亳: Pavian 仂于亠仄亠仆仆舒 亟亳仆舒仄亳亠从舒 仗仍舒仂仄舒 亟仍 舒于仆亠仆亳 仄亠舒亞亠仆仂仄仂于 舒亳亳从舒 仂弍舒亰仂于 亳 亞仗仗
- 25. 4.6. 亳仂亳仆仂仄舒亳从舒 亟仍亳仆仆 仗仂亠仆亳亶 亳 -亠从
- 26. Tombo: 仄仂亟亳亳从舒亳亳 亳 舒亰舒弍舒于舒亠 舒仄亳仄亳 Oxford Nanopore 仂仂仂 仗亠亟从舒亰于舒亠 仄仂亟亳亳从舒亳亳 4mC, 5mC, 亳 6mA
- 27. LoReAn: 仍亠仆仆舒 舒仆仆仂舒亳 亞亠仆仂仄舒 亳仗仂仍亰亠 亟仍亳仆仆亠 仗仂亠仆亳 舒仆从亳仗仂仄舒 亟仍 仍亠仆亳 舒仆仆仂舒亳亳 亞亠仆仂仄仂于 亟舒亠 亠亰仍舒, 仗亠于仂仂亟亳亶 于亠 亳亰于亠仆亠 仄亠仂亟