ºÝºÝߣ

ºÝºÝߣShare a Scribd company logo
SKETCHEL
Standard

Review
SketchEl adalahalatmolekulkimiasketsainteraktif ,dan data spreadsheet
molekulaplikasientri . The set fitur yang
disediakanolehsketsmolekulsebagianbesarterbataspadafitur minimum yang
diperlukanuntukdenganmudahmengeditrepresentasi diagram daristrukturmolekulkecil
.Toolbars , template , gerakan mouse , keyboard, perintahutilitasdanbeberapa mode
tampilan yang ditawarkandalamrangkauntukmembuatinisenyamanmungkin .
Molekuldapatdenganmudah interconverted dengan format file MDL MOL di mana-mana
,meskipuntidakbelumtentutanpakehilanganinformasi . Diagram
Molekultersebutdiberikansecarainteraktifdalamkualitastinggi
,danjugadapatdieksporsebagaigrafis SVG .
Fiturbarudari datasheet SketchElmemungkinkanmelihatdanmengedittabel data
sederhana , yang masing-masingkolomadalahjenisskalarumum (string , int , real ,
boolean ) ataumolekul . Mengeditdanmelihatmolekuliniterkaitdenganalatmolekulsketsa .
The editing datasheet
dimaksudkanuntukmenjadinyamanuntukmemasukipropertinumerikdan data identifikasi ,
di sampingstrukturmolekulbunga . Format asliadalahberbasisXML ,denganfituruntuk
interconverting dengan file MDL SD .
SemuafiturSketchElditulisdandisusundengan Java 1.5
,danmembuatpenuhpenggunaanfitur yang tersedia di perpustakaan default.
Tidakadadependensitambahan .Kodeini paling diujisecaraluaspada platform Linux ,
seringpada Windows, dankadang-kadangpada Mac OS X. Fitur editing molekultunggaldapatdijalankansebagai Java Applet dalamhalaman web , danisimolekul
yang mendasaridapatdimanipulasioleh program JavaScript .
Tutorial
Padadasarnya. Cara penggunaanSketchEl, samadenganpenggunaan Chemsketch.
1. Install software
2. Bukalembarkerja(worksheet)
3. Plih Tool yang ada di sebelahkiriuntukmembuatgambarsenyawa yang andainginkan.
4. Padabagian menu di atasterdapat menu Hidrogen yang
secaraotomatisakanmenimbulkanunsur H. JikainginmenghilangkanUnsur H, pilih menu
Hidrogenlalupilihlah Zero Hidrogen.
5. Hubungkansenyawa-senyawa yang diinginkandenganrantaitunggal, ganda,
ikatanrangkaptiga, dsb. Sesuaikebutuhan.
6. Selesai
sumber : http://sketchel.sourceforge.net/
DATEJANUARY 13, 2014
COMMENTSLEAVE A COMMENT
CHEMSKETCH
Standard

Review
Software
inidigunakanuntukmenggambarkanstruktursuatusenyawakimia.Chemsketchlengkapfitur
nyahinggakitabisamembuatstruktursiklikdanbentuk yang lain.
Diantaranyajugaterdapatikatantunggal, rangkapdanrangkaptiga.UntukAlkanal,
AlkanondanAlkilalkanoatjugabisa di buatdenganbantuanChemsketch.
Tutorial
Cara
menggambarrumusstruktursenyawahidrokarbondenganmenggunakanChemSketchadal
ahsebagaiberikut:
1. BukaChemSketchdari Star-Program-ACDLabs12-Chemsketch. Padakeadaanstandar
(default) ChemSketchdalam mode Structure.

2. Agar semua atom C munculnantinyasilahkanaturpropertiesnyadari Tools-Stucutures
Properties. CaranyaCentang All pada Show Carbons pada tab Common.

3. Pastikanandaadapada mode Stukturedanbukanpada mode Draw.
4. Klik Atom C pada menu ygadadisampingkirilayarkerjachemsketch.
5. Drag kemudiankliksekaliuntukmembuatsatu C (metana) dan drag
lagidenganmenyambung C pertamaitudanklikuntukmenambahsatu atom C
untukmenjadietana. Begituseterusnya, untukmembuatpercabangantinggalklikpada C
utama yang akandijadikantempatpercabangankemudian di drag danklik.

6. Pastikanrumusstrukturygdigambarpadalangkahsebelumnyaterpilih, jikabelumklik toolbar
yang persis di bawahtulisan mode draw.
Kemudianlakukanpenseleksianstrukturuntuktujuanmenampilkansecarastukuturterkemba
ngdengan atom H dan C nampak. Caranyaklik Tools-Add explicit hydrogens.
Jikaberhasilmakatampilannyamenjadisepertidibawahini.

7. Untukmenyalinnya agar bisadikopikankedalammicrosoft word, pindahkandari mode
Structure ke mode Draw
8. Salin (copy) rumusstruktur yang sudahjadikemudianletakkan (rekatkan/paste)
dalammicrosoft word.
9. Selesai.
http://urip.wordpress.com/2010/10/23/cara-menggambar-rumus-struktur-denganchemsketch/
QMOL
Standard

Review
qmoladalahmolekulkalkulatormassasederhana . Andadapatmemasukkanrumus , (
misalnya CH3 ( CH2 ) 2OH ) danmendapatkanberatmolekul ( 60,0959 g / mol )
dankomposisiunsurnya ( C3H8O : C 59.96 ; H 13,42 ; O 26.62 % ) .
qmoldilengkapidengan set kelompok yang telahditetapkan ( alkil / aryls , asam amino ) .
Selainitu ,AndadapatmenentukansimbolkelompokkustomAndasendiri ,
asalkanmerekatidakmengganggunamasebuahelemen .
Inimemiliki modus protein untukmenghitungberatmolekul protein ( yaitu H2O
penguranganotomatis ) .
Andadapatmenghitungmassa protein besarseperti yang ada di halamanini : protein
prolin kaya 12 ( 1215 asam amino , 129.992 g / mol ) . Modus Protein
denganinterpretasiasam amino satuhurufdipicudenganmelampirkan formula
dalamtandakurungsiku .MisalnyaAndadapatmenghitung MW aspartamdengan [ DF ] Me
– H ( aspartamadalah ester metildari N – ( L – α – Aspartyl ) – L – fenilalanin , yaitu Me
menambahkan , satu H dikurangi ) .
MungkinAndajugaakanmenemukanfungsisejarah yang berguna .
qmolmerupakanpenulisanulangbesarTomislavGountchev yang kmol . Akubenarbenarmenikmatimenggunakankmoluntukpenggunaanlaboratoriumsehariharidalamkimiaanorganiksintetik .Maksudaslisayaadalahkepelabuhankmol , yang
didasarkanpadaperpustakaan kde3 , untuk kde4 untukmenyingkirkanketergantungan
kde3 tua . Tapiwaktuitusayamencobaitu, sayatidakmengerticukup C + + /
Qtuntukdapatmelakukannya .Jadiakumemutuskanakuakanmenganalisiskodedengan
coding aplikasilebihataukurangdariawaltanpadependensikde( yaitumurniQt )
menggunakanQtCreator .
Tutorial

Cara menggunakan :
1. Install qmol
2. Bukasoftwarenya.
3. Padakolom formula masukkanrumussenyawa yang hendakandaukur Massa
molekulrelatifnya(Mr)
4. Kemudianklik button Calculate
5. Selesai.
6. Untukmengosongkan worksheet danmemulaiperhitunganbaru, gunakan button Clear.
sumber : sourceforge.net
DATEJANUARY 14, 2014
COMMENTSLEAVE A COMMENT

ChemicalA
Merupakan software yang digunakanseorang programmer
untukmembuatstrukturgambarmolekul.lengkapfiturnyahinggakitabisamembuatstruktursik
likdanbentuk yang lain. Diantaranyajugaterdapatikatantunggal,
rangkapdanrangkaptiga.UntukAlkanal, AlkanondanAlkilalkanoat
Tutorial
1. Install chemical A
2. Bukasoftwarenya.
3. kemudianjelajahidangunakan software ini
4. Selesai.
5. Untuk tutorial lebihlengkapbukasaja
: www.sourceforge.net
SMSD
Smsdadalah library perangkatlunakberbasis Java
untukmenghitungMaksimumumumsubgraph (MCS) antaramolekulkecil. Hal
iniakanmembantukitauntukmenemukankesamaan / jarakantaraduamolekul. MCS
jugadigunakanuntukskriningobatsepertisenyawadenganmemukulmolekul, yang berbagi
Graf umum (substruktur).

Tutorial
1. Install SMSD
2. Bukasoftwarenya.
3. kemudianjelajahidangunakan software ini
4. Selesai.
5. Untuk tutorial lebihlengkapbukasaja
: www.sourceforge.net
The Chemistry Development Kit (CDK)
The Chemistry Development Kit (CDK) adalahilmiah, perpustakaan LGPL-eduntuk biokimiawidandankimiakomputasiditulis di Jawa
Tutorial
1. Install The Chemistry Development Kit (CDK)
2. Bukasoftwarenya.
3. kemudianjelajahidangunakan software ini
4. Selesai.
5. Untuk tutorial lebihlengkapbukasaja
: www.sourceforge.net
Scaffold Hunter
Scaffold Hunter adalahalatperangkatlunakberbasis JAVA untukanalisisstruktur yang
berhubungandengan data biokimia. Hal
inimemungkinkangenerasidannavigasidalamhirarkipohonperancahdijelaskandenganber
bagai data
1. Install scaffold hunter
2. Bukasoftwarenya.
3. kemudianjelajahidangunakan software ini
4. Selesai.
5. Untuk tutorial lebihlengkapbukasaja
: www.sourceforge.net
Molekul Graphics, DinamikaMolekuler, Optimization, Kimia kuantum. Bangunan model
molekul.Model air eksplisitdanimplisit.http://www.biomolecularmodeling.com/Products.html
1. Install ascalaph designer
2. Bukasoftwarenya.
3. kemudianjelajahidangunakan software ini
4. Selesai.
5. Untuk tutorial lebihlengkapbukasaja
: www.sourceforge.net
Workbench
Workbench untukmemvisualisasikanjaringanbiologis (regulasi, interaksi,
danmetabolisme).Dapatdigunakansebagai front-end untuk BNDB datawarehouses,
tetapijugasebagaialat yang berdirisendiri.
1. Install workbench
2. Bukasoftwarenya.
3. kemudianjelajahidangunakan software ini
4. Selesai.
5. Untuk tutorial lebihlengkapbukasaja
: www.sourceforge.net

CCP1GUI
CCP1GUI proyekbertujuanuntukmengembangkanbebas, extensible Graphical User
Interface untukberbagaikodekimiakomputasidikembangkanolehkomunitasakademis di
seluruhdunia, denganpenekananpadakodeab initio Quantum Kimia.
1. Install CCP1GUI
2. Bukasoftwarenya.
3. kemudianjelajahidangunakan software ini
4. Selesai.
5. Untuk tutorial lebihlengkapbukasaja
: www.sourceforge.net

More Related Content

Software

  • 1. SKETCHEL Standard Review SketchEl adalahalatmolekulkimiasketsainteraktif ,dan data spreadsheet molekulaplikasientri . The set fitur yang disediakanolehsketsmolekulsebagianbesarterbataspadafitur minimum yang diperlukanuntukdenganmudahmengeditrepresentasi diagram daristrukturmolekulkecil .Toolbars , template , gerakan mouse , keyboard, perintahutilitasdanbeberapa mode tampilan yang ditawarkandalamrangkauntukmembuatinisenyamanmungkin . Molekuldapatdenganmudah interconverted dengan format file MDL MOL di mana-mana ,meskipuntidakbelumtentutanpakehilanganinformasi . Diagram Molekultersebutdiberikansecarainteraktifdalamkualitastinggi ,danjugadapatdieksporsebagaigrafis SVG . Fiturbarudari datasheet SketchElmemungkinkanmelihatdanmengedittabel data sederhana , yang masing-masingkolomadalahjenisskalarumum (string , int , real , boolean ) ataumolekul . Mengeditdanmelihatmolekuliniterkaitdenganalatmolekulsketsa . The editing datasheet dimaksudkanuntukmenjadinyamanuntukmemasukipropertinumerikdan data identifikasi , di sampingstrukturmolekulbunga . Format asliadalahberbasisXML ,denganfituruntuk interconverting dengan file MDL SD . SemuafiturSketchElditulisdandisusundengan Java 1.5 ,danmembuatpenuhpenggunaanfitur yang tersedia di perpustakaan default. Tidakadadependensitambahan .Kodeini paling diujisecaraluaspada platform Linux , seringpada Windows, dankadang-kadangpada Mac OS X. Fitur editing molekultunggaldapatdijalankansebagai Java Applet dalamhalaman web , danisimolekul yang mendasaridapatdimanipulasioleh program JavaScript . Tutorial
  • 2. Padadasarnya. Cara penggunaanSketchEl, samadenganpenggunaan Chemsketch. 1. Install software 2. Bukalembarkerja(worksheet) 3. Plih Tool yang ada di sebelahkiriuntukmembuatgambarsenyawa yang andainginkan. 4. Padabagian menu di atasterdapat menu Hidrogen yang secaraotomatisakanmenimbulkanunsur H. JikainginmenghilangkanUnsur H, pilih menu Hidrogenlalupilihlah Zero Hidrogen. 5. Hubungkansenyawa-senyawa yang diinginkandenganrantaitunggal, ganda, ikatanrangkaptiga, dsb. Sesuaikebutuhan. 6. Selesai sumber : http://sketchel.sourceforge.net/ DATEJANUARY 13, 2014 COMMENTSLEAVE A COMMENT
  • 3. CHEMSKETCH Standard Review Software inidigunakanuntukmenggambarkanstruktursuatusenyawakimia.Chemsketchlengkapfitur nyahinggakitabisamembuatstruktursiklikdanbentuk yang lain. Diantaranyajugaterdapatikatantunggal, rangkapdanrangkaptiga.UntukAlkanal, AlkanondanAlkilalkanoatjugabisa di buatdenganbantuanChemsketch. Tutorial Cara menggambarrumusstruktursenyawahidrokarbondenganmenggunakanChemSketchadal ahsebagaiberikut:
  • 4. 1. BukaChemSketchdari Star-Program-ACDLabs12-Chemsketch. Padakeadaanstandar (default) ChemSketchdalam mode Structure. 2. Agar semua atom C munculnantinyasilahkanaturpropertiesnyadari Tools-Stucutures Properties. CaranyaCentang All pada Show Carbons pada tab Common. 3. Pastikanandaadapada mode Stukturedanbukanpada mode Draw. 4. Klik Atom C pada menu ygadadisampingkirilayarkerjachemsketch. 5. Drag kemudiankliksekaliuntukmembuatsatu C (metana) dan drag lagidenganmenyambung C pertamaitudanklikuntukmenambahsatu atom C untukmenjadietana. Begituseterusnya, untukmembuatpercabangantinggalklikpada C
  • 5. utama yang akandijadikantempatpercabangankemudian di drag danklik. 6. Pastikanrumusstrukturygdigambarpadalangkahsebelumnyaterpilih, jikabelumklik toolbar yang persis di bawahtulisan mode draw. Kemudianlakukanpenseleksianstrukturuntuktujuanmenampilkansecarastukuturterkemba ngdengan atom H dan C nampak. Caranyaklik Tools-Add explicit hydrogens. Jikaberhasilmakatampilannyamenjadisepertidibawahini. 7. Untukmenyalinnya agar bisadikopikankedalammicrosoft word, pindahkandari mode Structure ke mode Draw 8. Salin (copy) rumusstruktur yang sudahjadikemudianletakkan (rekatkan/paste) dalammicrosoft word. 9. Selesai. http://urip.wordpress.com/2010/10/23/cara-menggambar-rumus-struktur-denganchemsketch/
  • 6. QMOL Standard Review qmoladalahmolekulkalkulatormassasederhana . Andadapatmemasukkanrumus , ( misalnya CH3 ( CH2 ) 2OH ) danmendapatkanberatmolekul ( 60,0959 g / mol ) dankomposisiunsurnya ( C3H8O : C 59.96 ; H 13,42 ; O 26.62 % ) . qmoldilengkapidengan set kelompok yang telahditetapkan ( alkil / aryls , asam amino ) . Selainitu ,AndadapatmenentukansimbolkelompokkustomAndasendiri , asalkanmerekatidakmengganggunamasebuahelemen . Inimemiliki modus protein untukmenghitungberatmolekul protein ( yaitu H2O penguranganotomatis ) . Andadapatmenghitungmassa protein besarseperti yang ada di halamanini : protein prolin kaya 12 ( 1215 asam amino , 129.992 g / mol ) . Modus Protein denganinterpretasiasam amino satuhurufdipicudenganmelampirkan formula dalamtandakurungsiku .MisalnyaAndadapatmenghitung MW aspartamdengan [ DF ] Me – H ( aspartamadalah ester metildari N – ( L – α – Aspartyl ) – L – fenilalanin , yaitu Me menambahkan , satu H dikurangi ) . MungkinAndajugaakanmenemukanfungsisejarah yang berguna .
  • 7. qmolmerupakanpenulisanulangbesarTomislavGountchev yang kmol . Akubenarbenarmenikmatimenggunakankmoluntukpenggunaanlaboratoriumsehariharidalamkimiaanorganiksintetik .Maksudaslisayaadalahkepelabuhankmol , yang didasarkanpadaperpustakaan kde3 , untuk kde4 untukmenyingkirkanketergantungan kde3 tua . Tapiwaktuitusayamencobaitu, sayatidakmengerticukup C + + / Qtuntukdapatmelakukannya .Jadiakumemutuskanakuakanmenganalisiskodedengan coding aplikasilebihataukurangdariawaltanpadependensikde( yaitumurniQt ) menggunakanQtCreator . Tutorial Cara menggunakan : 1. Install qmol 2. Bukasoftwarenya. 3. Padakolom formula masukkanrumussenyawa yang hendakandaukur Massa molekulrelatifnya(Mr) 4. Kemudianklik button Calculate 5. Selesai. 6. Untukmengosongkan worksheet danmemulaiperhitunganbaru, gunakan button Clear. sumber : sourceforge.net DATEJANUARY 14, 2014 COMMENTSLEAVE A COMMENT ChemicalA Merupakan software yang digunakanseorang programmer untukmembuatstrukturgambarmolekul.lengkapfiturnyahinggakitabisamembuatstruktursik likdanbentuk yang lain. Diantaranyajugaterdapatikatantunggal, rangkapdanrangkaptiga.UntukAlkanal, AlkanondanAlkilalkanoat Tutorial 1. Install chemical A 2. Bukasoftwarenya.
  • 8. 3. kemudianjelajahidangunakan software ini 4. Selesai. 5. Untuk tutorial lebihlengkapbukasaja : www.sourceforge.net
  • 9. SMSD Smsdadalah library perangkatlunakberbasis Java untukmenghitungMaksimumumumsubgraph (MCS) antaramolekulkecil. Hal iniakanmembantukitauntukmenemukankesamaan / jarakantaraduamolekul. MCS jugadigunakanuntukskriningobatsepertisenyawadenganmemukulmolekul, yang berbagi Graf umum (substruktur). Tutorial 1. Install SMSD 2. Bukasoftwarenya. 3. kemudianjelajahidangunakan software ini 4. Selesai. 5. Untuk tutorial lebihlengkapbukasaja : www.sourceforge.net
  • 10. The Chemistry Development Kit (CDK) The Chemistry Development Kit (CDK) adalahilmiah, perpustakaan LGPL-eduntuk biokimiawidandankimiakomputasiditulis di Jawa Tutorial 1. Install The Chemistry Development Kit (CDK) 2. Bukasoftwarenya. 3. kemudianjelajahidangunakan software ini 4. Selesai. 5. Untuk tutorial lebihlengkapbukasaja : www.sourceforge.net
  • 11. Scaffold Hunter Scaffold Hunter adalahalatperangkatlunakberbasis JAVA untukanalisisstruktur yang berhubungandengan data biokimia. Hal inimemungkinkangenerasidannavigasidalamhirarkipohonperancahdijelaskandenganber bagai data 1. Install scaffold hunter 2. Bukasoftwarenya. 3. kemudianjelajahidangunakan software ini 4. Selesai. 5. Untuk tutorial lebihlengkapbukasaja : www.sourceforge.net
  • 12. Molekul Graphics, DinamikaMolekuler, Optimization, Kimia kuantum. Bangunan model molekul.Model air eksplisitdanimplisit.http://www.biomolecularmodeling.com/Products.html 1. Install ascalaph designer 2. Bukasoftwarenya. 3. kemudianjelajahidangunakan software ini 4. Selesai. 5. Untuk tutorial lebihlengkapbukasaja : www.sourceforge.net
  • 13. Workbench Workbench untukmemvisualisasikanjaringanbiologis (regulasi, interaksi, danmetabolisme).Dapatdigunakansebagai front-end untuk BNDB datawarehouses, tetapijugasebagaialat yang berdirisendiri.
  • 14. 1. Install workbench 2. Bukasoftwarenya. 3. kemudianjelajahidangunakan software ini 4. Selesai. 5. Untuk tutorial lebihlengkapbukasaja : www.sourceforge.net CCP1GUI CCP1GUI proyekbertujuanuntukmengembangkanbebas, extensible Graphical User Interface untukberbagaikodekimiakomputasidikembangkanolehkomunitasakademis di seluruhdunia, denganpenekananpadakodeab initio Quantum Kimia.
  • 15. 1. Install CCP1GUI 2. Bukasoftwarenya. 3. kemudianjelajahidangunakan software ini 4. Selesai. 5. Untuk tutorial lebihlengkapbukasaja : www.sourceforge.net