際際滷

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Unsupervised Detection of Lesions in Brain MRI using
constrained adversarial auto-encoders
Masataka Nishimori
2018-11-05
B初猟
- Title: Unsupervised Detection of Lesions in Brain MRI using constrained adversarial auto-encoders
- Authors: Xiaoran Chen, Ender Konukoglu
- Submitted on: 13 Jun 2018
どんな猟
- VAEやAAEを旋喘し縮なし僥で^何MRから押笋奮
はじめに(冩梢の朕議/嘘尚)
- 宗械宀のMRIやCTデ`タは掲械に楚が謹いが押笋里△襯禰`タは楚が富ない
- さらにM佩業栽いまで秘れると畠何で方箭しかない栽もある
- 宗械宀のデ`タの方 >> 鵑琳∪の方
- また楚があったとしても屎盾デ`タとして旋喘辛嬬なデ`タになっていない栽が謹い
はじめに(冩梢の朕議/嘘尚)
冩梢のアイデアとしては屎械な屏箭をいくつかせると繁gだとT社じゃなくても械な屏箭
をせたときにどこらへんが械か寄悶蛍かる
嘔極の鮫颪良のついたI囃が[w侭
はじめに(冩梢の嘘尚/朕議)
ということは捻壓議な腎gが屎械と械は`うのでは燭箸いhのもとでVAEやAAEを聞って鮫
颪鰓撹させて縮なし僥で圷鮫颪箸離坤譴ら械なI囃を渇竃してみたのがこの猟
噫: CNNで押箜薐
- BRATSやISLESといった[のI囃渇竃デ`タセットが贋壓
- CNNを旋喘して措い來嬬を竃す冩梢はすでに贋壓
- しかしながらデ`タセットを恬るコストが掲械に互い
CNNを旋喘した猟[Pereira et al., 2016]
S└rgio Pereira, Adriano Pinto, Victor Alves, and Carlos A Silva. Brain tumor segmentation using convolutional neural networks in mri images. IEEE transactions on
medical imaging, 35(5):1240C1251, 2016.
CNNを旋喘した猟[Pereira et al., 2016]
S└rgio Pereira, Adriano Pinto, Victor Alves, and Carlos A Silva. Brain tumor segmentation using convolutional neural networks in mri images. IEEE transactions on
medical imaging, 35(5):1240C1251, 2016.
CNNを旋喘した猟[Kamnitsas et al., 2017]
Konstantinos Kamnitsas, Christian Ledig, Virginia FJ Newcombe, Joanna P Simpson, Andrew D Kane, David K Menon, Daniel Rueckert, and Ben Glocker. Efficient
multi-scale 3d cnn with fully connected crf for accurate brain lesion segmentation. Medical image analysis, 36:61C78, 2017.
CNNを旋喘した猟[Kamnitsas et al., 2017]
Konstantinos Kamnitsas, Christian Ledig, Virginia FJ Newcombe, Joanna P Simpson, Andrew D Kane, David K Menon, Daniel Rueckert, and Ben Glocker. Efficient
multi-scale 3d cnn with fully connected crf for accurate brain lesion segmentation. Medical image analysis, 36:61C78, 2017.
枠佩冩梢
AnoGAN
- 謹蛍恷兜のGANによる械返返隈
## 鮄地
- 匳喘鮫颪砲ける鴫纂のk
- マルウェア返r狼双デ`タは1肝圷の鮫颯禰`タと深える
AnoGAN
- 鮫颪淋撹辛嬬來に児づいて械業を協xする返隈
- 宗械宀のデ`タをもとにモデルを僥
匳喘鮫颪anoGANをm喘し、械何了奮┣筌洫`カ`を辛晒した徨
AnoGAN
- GANで伏撹した鮫颪Accuracy Scoreから械業(Accuracy 皆界看姻艶)を麻竃
戻宛返隈
戻宛返隈
1. 宗械宀の光スライス鮫颪VAEやAAEで僥ばせる
2. 採かしら械のある屏箭をそのモデルに秘薦として鮫颪鰓撹する
3. 壅撹した鮫颪挽鮫颪箸硫邨屬鯣,襪海箸韮械なI囃を渇竃する
VAE
AAE
圷鮫 壅撹鮫
戻宛返隈
1. 宗械宀の光スライス鮫颪VAEやAAEで僥ばせる
2. 採かしら械のある屏箭をそのモデルに秘薦として鮫颪鰓撹する
3. 壅撹した鮫颪挽鮫颪箸硫邨屬鯣,襪海箸韮械なI囃を渇竃する
VAE
AAE
圷鮫 壅撹鮫
戻宛返隈
1. 宗械宀の光スライス鮫颪VAEやAAEで僥ばせる
2. 採かしら械のある屏箭をそのモデルに秘薦として鮫颪鰓撹する
3. 壅撹した鮫颪挽鮫颪箸硫邨屬僚~、鯣,襪海箸韮械なI囃を渇竃する
圷鮫 壅撹鮫 鮫餡邨屬僚~
gY圭隈
gYで聞うモデル
- VAEとAAEを旋喘
- AAE: VAEのJSダイバ`ジェンス井
- VAEよりAAEのほうが捻壓腎gのW_楕が互いらしい
- GANの旗わりにWasserStein GANを旋喘
- GPを旋喘
- VAEとAAE(λ=0, 0.5, 1.0)の4パタ`ンでgY
- λはp払v方の屎t晒喘のパラメ`タ
gY潤惚
/テストデ`タ
- デ`タ
- HCP(Human Connectome Project)のT2{鮫
- 35屏箭
- テストデ`タ
- BRATS(the Multimodal Brain Tumor Segmentation) Challenge 2015
- 42屏箭
gY潤惚 - 宗械宀の鮫駸撹
2砂“な鮫颪淋撹
双aは、HCPデ`タセットからの瓜Y宀からのT2{鮫
双b?eは、VAE、AAE、λ = 0.5の AAE、λ = 1.0の AAEによる壅撹
屎械と呟械での蛍下の餓
- 壅撹瘁と圷鮫颪箸離團セルごとの餓を函ってみて`餓の蛍下をy協
- どの返隈でも械と屎械では苧らかになる蛍下
屎械と呟械での蛍下の餓
來嬬
- ピクセルg了でのROC爆
- 捻壓腎gの嶷みを嶷勣したAAE(λ=1)が匯桑來嬬措かった
- これ(λ=5)とかやったらどうなんでしょ
書瘁のn}
- 故伉のAnoGANとの曳^gYがない
- 广宀によるとAnoGANは措いY惚が竃なかったので曳^gYから翌したとのこと
恷除の強
Mondal et al., 2018
- Title: Few-shot 3D Multi-modal Medical Image Segmentation using Generative Adversarial Learning
- Authors: Arnab Kumar Mondal, Jose Dolz and Christian Desrosiers
- Submitted on 29 Oct 2018
Mondal et al., 2018
- 方屏箭のラベルしかない彜BでもGANで屎盾パッチを寄楚恬撹
まとめ
- VAEやAAEを旋喘した械返(押奮)返隈をB初
- 宗械宀の屏箭をVAEに僥ばせることで^何MRから[の奮に撹孔
- 採かしら鴫纂を宇えている栽は鮫駸撹rの鮫颪挽鮫颪鵬遒でることがわかった
- GANによるラベルデ`タの恬撹など書瘁も冩梢されそうな蛍勸
References
Papers
- Sun, Liyan, et al. "An Adversarial Learning Approach to Medical Image Synthesis for Lesion Removal." arXiv preprint arXiv:1810.10850 (2018).
- Schlegl, Thomas, et al. "Unsupervised anomaly detection with generative adversarial networks to guide marker discovery." International Conference on
Information Processing in Medical Imaging. Springer, Cham, 2017.
- AnoGANの圷猟
- Frid-Adar, Maayan, et al. "GAN-based Synthetic Medical Image Augmentation for increased CNN Performance in Liver Lesion Classification." arXiv preprint
arXiv:1803.01229 (2018).
- 弦何CTからGANで押奮
- Tang, Youbao, et al. "CT Image Enhancement Using Stacked Generative Adversarial Networks and Transfer Learning for Lesion Segmentation
Improvement." International Workshop on Machine Learning in Medical Imaging. Springer, Cham, 2018.
- Ben-Cohen, Avi, et al. "Cross-Modality Synthesis from CT to PET using FCN and GAN Networks for Improved Automated Lesion Detection." arXiv preprint
arXiv:1802.07846 (2018).
References
Datasets
- BRATS: Multimodal Brain Tumor Segmentation Challenge 2018
- ISLES: Ischemic Stroke Lesion Segmentation
- HCP: Human Connectome Project
References
Blogs
- habakan6.‐猟iみ/GANを旋喘した械返まとめ. Hatena Blog.
- https://openreview.net/forum?id=H1nGLZ2oG, OpenReview.net.
- 釦i宀の吭がdっていて歌深になる
- GANによる械返返隈 anoGAN のB初
- https://www.renom.jp/ja/notebooks/tutorial/generative-model/anoGAN/notebook.html

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