A UPAP é uma instituição autônoma de ensino regido pela Constituição. Atualmente, o Reitor da Universidade é o Prof Manuel Viedma Romero e Sra. Emma Paoli de Viedma preside o Conselho de Administração da Universidade. E é representada no Estado do Ceará pela Profª Drª Ana Claudia Silva de Abreu.