More Related Content
What's hot (18)
Similar to A_road_to_AMBER_simulations_ver_1.0 (20)
More from Satoshi Kume (20)
Recently uploaded (6)
A_road_to_AMBER_simulations_ver_1.0
- 1. 121213 ver 1.0 A road to AMBER Simulations ゛ CentOS 6.2 on Mac OS X ゛ Contents 1. CentOS/rEFlt on Mac OS X 2. CentOS/VirtualBox on Mac OS X 3. AMBER12 on CentOS 6.2 4. VMD on CentOS 6.2 5. MPI on CentOS 6.2 Satoshi Kume, Osaka prefecture university
- 2. 1. How to boot CentOS/rEFlt on Mac OS X 1. ディスクユ`ティリティによるディスク編^ ☆ アプリケ`ション ユ`ティリティ ディスクユ`ティリティ ☆ First Aid ディスクのアクセス悗編^?俐 ☆ First Aid ディスクを編^?俐 2. デフラグ (iDefrag4) ☆ ハ`ドの僅頭晒がヒドい栽嗤創 3. rEFltのダウンロ`ド?インスト`ル ☆ パソコン羨ち貧げrに、xk辛嬬 http://refit.sourceforge.net/ 4. CentOS 6のダウンロ`ド? isoディスクの恬撹 ☆ isoディスクの恬撹は、ディスクユ`ティリティを聞ってDVDにく 5. (壅軟) CentOS 6 メディアから軟?インスト`ル http://www.centos.org/ ☆ 軟噤瓠60 昼くらい棋つ (Auto installでないとエラ`が軟こる) ☆ Rootパスワ`ドの秘薦 ☆ パ`ティションのO協: 40 GB (et3)、2048 MB (SWAP)、1 GB (Free)。 ☆ 軟嘖O協: Desktopをxkしてインスト`ルする ☆ Start Partition Tool MBRのupdate パソコンの壅軟 CentOSの軟 ユ`ザ`のO協
- 3. 2. How to install CentOS6/VirtualBox on Mac OS X 1. Oracle VM VirtualBoxのダウンロ`ド 2. CentOS 6のダウンロ`ド ☆ iso侘塀のまま聞喘する 3. VirtualBoxの軟 ☆ 仟 LINUX Red Hat 64bitをxk https://www.virtualbox.org/ ☆ O協 ストレ`ジ CD/DVDドライブとしてiso fileをxkする ☆ 圷の鮫中にって、軟咼椒織鵑鰕困 ☆ CentOSのインスト`ル (光NO協は、e嫗歌孚) ☆ Nit Disconnect errorの栽のI隈: Ctrl + Alt + F1 (or F2) login % shutdown -h now
- 4. 3. How to install Amber12 on CentOS 6.2 0. CentOS 6のO協 RootでのLog in (Log in のHに) Other ★ Username: root ★ Password: (販吭) ★ O.K. a. ス`パ`ユ`ザ` (root)の慙淅ゝ (Applications System Tools タ`ミナルの軟) % su - // -だけ (rootパスワ`ドを秘薦) /rootからはじまる b. rootrにおけるきQえ慙泙淋O協 % cd /usr % chmod 777 local // local(ファイル兆)でのきQえ慙泙鰉襪┐ % cd local % mkdir amber12 // local坪に、amber12 fileをつくる % chmod 777 amber12 1. AmberTools12のダウンロ`ド?盾 user/local/amber12坪に、configureなどの AmberTools12の嶄附をおく。 http://ambermd.org/AmberTools-get.html
- 5. 2. Amber12の盾 user/local/amber12坪に、嶄附だけおく。☆ DOC, Read meはそのまま。 3. PATHのO協 % vi .bash_profile // ホ`ムディレクトリで ------------------------ % AMBERHOME=/user/local/amber12 % export AMBERHOME % export PATH=$AMBERHOME/exe:$PATH ------------------------(escをおしてから、Shift +zzで隠贋?K阻) % source .bash_profile 4. yum install (rootrに) (% yum install yum-fastestmirror) (% yum -vy update) % yum install tk-devel % yum groupinstall ＾development Tools ￣ // sの瘁はスペ`ス % yum install libX* % yum install bzip2-devel (% yum install xorg*) (% yum install libx*) (% yum install libbz2-del zlib1g-del) ☆☆ 嗤でネットに､ 嘔貧ネットワ`クアイコンにてsystem eth0をxkする
- 6. 5. Configure (in Amber12 File) % ./configure gnu % make instal (Yrgがかかる) ☆ Completeとなれば、Amber12のインスト`ル頼阻。 ☆ エラ`が竃る栽、４のステップにる。 6. Amber12の軟售_J % cd bin // user/local/amber12/bin % ./xleap // xleapが羨ち貧がることを_J 7. 壅びパスのO協 (どこでもO.K.) % PATH=$PATH:/usr/local/amber12/bin % export PATH (or % export PATH=$PATH:/usr/local/amber12/bin) % echo $PATH // PATHの_J Remarks: /homeにある.bash_profileをviで_き、 % export PATH=$PATH:/usr/local/amber12/bin?を弖紗する。 (/etc/profileをｼする栽、畠ユ`ザ`にm鬉気譴)
- 7. 4-1. How to install VMD on CentOS 6.2 1. VMDのダウンロ`ド?盾?インスト`ル ☆ デスクトップ貧にて盾 ☆ タ`ミナル軟 http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ % su - // root慙泙糧ゝ (rootパスワ`ド秘薦) ☆ VMD file坪に卞 % ./configure (採かメッセ`ジが竃るがo) % cd src % make install (or % sudo make install) (VMD installation complete. Enjoy!が竃れば、O.K.) % vmd // VMDが軟咾垢襪呂今。 (ダメな栽は、參和を秘薦する) % yum -vy update // システム畠悶の厚仟 % export PATH=$PATH:/usr/local/bin/vmd % vmd // 壅薬蕋。
- 8. 4-2. How to use VMD on Mac MDY惚の晒 1. File ★ New Molecule... 2. Load files for ★ New Molecule ★ .prmtop fileのxk (AMBER7 Parm) ★ Load 3. Load files for ★ .prmtop fileのxk ★ .mdcrd fileのxk ★ Load ??☆ 卑箪才ボックス(TIP3PBOX etc)の栽、AMBER Coordinates with Periodic Box ??☆ その麿の栽∀詒榁 igb = 1など、AMBER Coordinates をxkする 4. Displayに竃薦される 1. 2. 4. 3. 壅伏ボタン
- 9. 5. MPI (Message-Passing Interface) on Cent OS 1. パッケ`ジのインスト`ル (タ`ミナル) % su // Root慙 <パスワ`ド> (% yum install gcc*) % yum install glibc* // 匯宥りのパッケ`ジをインスト`ル % yum install compat* // するのがお返X。 % yum install libstdc* % yum install libb* % yum install openmpi* // いらないかも % yum install mpi* // 駅 2. AMBER-MPIのインスト`ル % cd $AMBERHOME // O協gみであることが念戻。 % ./configure -mpi gnu (...) (Configure complete ...) % make install (...) (Installation of AmberTools12 MPI ...) % cd src // src ディレクトリに卞 % make (or % make parallel) (...) % which sander.MPI // インスト`ル ? パスの_J .../amber12/bin/sander.MPI // となれば、インスト`ル撹孔。
- 10. 3. MPIのO協┌の麻Cノ`ドの栽 % which mpiexec (or % which mpd) // インスト`ル ? パスの_J % cd $HOME // ホ`ムディレクトリに卞 (マニュアル辛) % touch .mpd.conf // .mpd.conf の恬u (% ls -a // _J) % chmod 600 .mpd.conf % vi .mpd.conf --------------------------------------------------- secretword = protein123 // protein123 は販吭 --------------------------------------------------- % vi mpd.hosts // 仟ﾗ撹 & ｼ --------------------------------------------------- localhost.localdomain // localhost は販吭 .... // 麿にもホストが嗤れば、双する --------------------------------------------------- % mpdboot -f mpd.hosts // 嶷勣。 (% mpdboot -n 4 -f mpd.hosts // }方CのK双麻の栽) % mpdtrace // MPDデ`モンの_J localhost // と燕幣されれば、O.K.
- 11. 4. sander.MPIのg佩圭隈 ４のCPUを喘いたK双麻の栽 % mpiexec -np 4 sander.MPI -O -i X.in -c -p ..... ??????-np 4 : 聞喘するコア方 ??????sander.MPI : 聞喘する麻プログラム兆 -O -i X.in -c -p .....: SANDER コマンド ?????? MPDデ`モンのK阻 % mpdallexit // １ノ`ドの栽、駅勣か