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亠于仂 亳亰仆亳 (The Tree of Life Homepage (University of
Arizona))
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2002
Vvedenie v bioinformatiku_5_2
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亳仄亠: GenBank, EMBL, swissprot.
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NCBI (National center for biotechnology information)
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4. 弍仄亠仆  亟亞亳仄亳 弍舒亰舒仄亳 (swiss-prot, PDB).
NCBI - GenBank
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GtRDB: The Genomic tRNA Database
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Of Proteins
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3. 亟仆仂于亠仄亠仆仆亶 仗仂亳从 于 仆亠从仂仍从亳 弍舒亰舒.
4. 仂仗仂仍仆亳亠仍仆亠 仍仂于亳 (亟舒舒, 亟仍亳仆舒 亳 .亟.).
NCBI - Entrez
 Entrez - 仗仂亳从仂于舒 仄舒亳仆舒 亟仍 弍舒亰 NCBI.
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http://genome.ucsc.edu/

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Vvedenie v bioinformatiku_5_2

  • 2. ancestor descendant 1 descendant 2 亠亟仗仂仍仂亢亠仆亳亠: 亢亳亰仆 - 仄仂仆仂亳仍亠亳仆舒 ミ英亠 亟于舒 仂亞舒仆亳亰仄舒 亳仄亠ム 仂弍亠亞仂 仗亠亟从舒 于 仗仂仍仂仄
  • 3. extinct extant 1 extant 2 亳舒仆亳 (于 亞亠仆亠亳亠从仂仄 仄仍亠) 仄亠亢亟 亟于仄 仂亞舒仆亳亰仄舒仄亳 舒亳于舒亠仄舒. 舒 亟亳舒仆亳 仄仂亢亠 弍 仗亠亠于亠亟亠仆舒 于仂 于亠仄亠仆仆 从舒仍
  • 4. (5 M 仍亠) 弍亳亶 仗亠亟仂从
  • 5. (120 M 仍亠)弍亳亶 仗亠亟仂从
  • 6. (1,500 M 仍亠) 弍亳亶 仗亠亟仂从
  • 7. (1,500 M 仍亠) (120 M 仍亠) (5 M 仍亠)
  • 8. 亠于仂 亳亰仆亳 (The Tree of Life Homepage (University of Arizona)) http://tolweb.org/tree/phylogeny.html 2002
  • 11. 舒亟舒亳 亳仍仂亞亠仆亠亰舒 亠从仂仆从亳 亟仂仂于亠仆 亞亠仆亠舒仍仂亞亳亠从亳 于亠于亠亶 弍亳仂仍仂亞亳亠从亳 仆仂亠亶 亠仆从舒 于亠仄亠仆亳 舒仂亢亟亠仆亳 仂亞舒仆亳亰仄仂于 丱仂仆仂仄亠舒亢 仗仂仍亠亟仂于舒亠仍仆仂亳 仂弍亳亶 于亟仂仍 于亠从仂舒 于仂仍ム亳亳
  • 12. 仂仆亳从亳 亳仆仂仄舒亳亳 亳 弍舒亰 亟舒仆仆 于 仆亠仆亠亠
  • 13. 丐亳仗 弍舒亰 亟舒仆仆 亠仂弍亠仄仍ム亳亠 弍舒亰 亟舒仆仆 亞舒仆亳亰仄仂仗亠亳亳亠从亳亠 仂仍亠从仍仆仂仗亠亳亳亠从亳亠 仂仗仂仍仆亳亠仍仆亠 弍舒亰 亟舒仆仆
  • 14. 仂弍仍亠仄 亳仂仍仂亞亳亠从亳亠 弍舒亰 亟舒仆仆 仂仍亳 仗仂仍亠亟仆亳亠 20 仍亠: 1. 亰弍仂仆仂: 仄仆仂亢亠于亠仆仆亠 亰舒仗亳亳. 2. 亠于亠仆亠 仗仂仍亠亟仂于舒亠仍仆仂亳 亳 亰舒仗亳亳. 从仂 (亟舒仆仆亠 亟仂弍舒于仍ム 仗仂仍亰仂于舒亠仍礆亳): 1. 亰仄亠仆亠仆亳 于仆仂 于仍舒亟亠仍舒仄亳 亰舒仗亳亠亶. 2. 弌舒亠 仗仂仍亠亟仂于舒亠仍仆仂亳. 3. 亠于亠仆亠 仗仂仍亠亟仂于舒亠仍仆仂亳. 4. 亠仗仂仍仆亠 舒仆仆仂舒亳亳.
  • 15. 仂仍仆亠 弍舒亰 亟舒仆仆 仂仍亳亠 弍舒亰 亟舒仆仆 , 亳 弍亠仍从仂于. 亳仄亠: GenBank, EMBL, swissprot. 仄亠亠 仂弍仄亠仆 亳仆仂仄舒亳亠亶 仄亠亢亟 弍舒亰舒仄亳
  • 16. NCBI (National center for biotechnology information) NCBI PubMed Books OMIM Nucleotides Proteins GenomesTaxonomy Structure Domains Exp profiles
  • 17. NCBI - GenBank GenBank: 仂从舒 弍舒亰舒 亟舒仆仆 仆从仍亠仂亳亟仆 亳 舒仄亳仆仂从亳仍仂仆 仗仂仍亠亟仂于舒亠仍仆仂亠亶 仂仆亳从亳 亳仆仂仄舒亳亳: 1. 礆舒 仗仂亟舒舒 仂 亳仍亠亟仂于舒亠仍亠亶. 2. 亳亠舒舒. 3. 丶亠仆 亳仍亠亟仂于舒仆亳亶 仗仂仍亠亟仂于舒亠仍仆仂亠亶 (Sanger, TIgr) 4. 弍仄亠仆 亟亞亳仄亳 弍舒亰舒仄亳 (swiss-prot, PDB).
  • 18. NCBI - GenBank GenBank 仗仂亟亠仍仆 仆舒 仗仂亟弍舒亰: 1. Organism specific (Human, Bacteria, etc). 2. Molecule specific (DNA, RNA, protein). 3. Sequence specific (Genome, mRNA, ESTs etc).
  • 20. Swiss prot 舒亰舒 亟舒仆仆 弍亠仍从仂于: 1. 亠仆 仂仂仂 舒仆仆仂亳仂于舒仆仆舒. 2. 于亠 亳亰弍仂仆仂. 3. 仄亠ム 仗亠亠从仆亠 仍从亳. 4. ID 亟仍 仆亠从仂仍从亳 于磶舒仆仆 舒亶仍仂于 弍亠仍从仂于
  • 22. 仂仍亠从仍仂仗亠亳亳亠从亳亠 弍舒亰 舒亰 亟舒仆, 仂亳亠仆亳仂于舒仆仆亠 仆舒 亞仗仗 仄仂仍亠从仍 GtRDB: The Genomic tRNA Database
  • 23. PDB Protein Data Bank 仍舒于仆舒 弍舒亰舒 亟舒仆仆 3D 从 弍亠仍从仂于 从仍ム舒亠 仗仂磲从舒 23,000 弍亠仍从仂于 从. 亠仍从亳 仂亞舒仆亳亰仂于舒仆 于 亞仗仗, 亠仄亠亶于舒 亳 .亟. 仄亠亠 仗仂磲从舒 5600 仂仆 从.
  • 24. SCOP - Structural Classification Of Proteins 亞舒仆亳亰仂于舒仆舒 于 仂仂于亠于亳亳 仂 从仆仄亳 亠仄亠亶于舒仄亳 弍亠仍从仂于. 亠舒亳亠从舒 亳亠仄舒.
  • 25. 丐亠从仂于亶 仗仂亳从 弍亳亠 仗亳仆亳仗: 1. 亠 亞仍舒于仆亠 弍舒亰 仗亠亟仂舒于仍ム 亟仂弍仆亠 亠亟于舒 亟仍 亠从仂于仂亞仂 仗仂亳从舒. 2. 仂亳从 仗仂 从仍ム亠于仄 仍仂于舒仄 亳仍亳 仗仂仍礆. 3. 亟仆仂于亠仄亠仆仆亶 仗仂亳从 于 仆亠从仂仍从亳 弍舒亰舒. 4. 仂仗仂仍仆亳亠仍仆亠 仍仂于亳 (亟舒舒, 亟仍亳仆舒 亳 .亟.).
  • 26. NCBI - Entrez Entrez - 仗仂亳从仂于舒 仄舒亳仆舒 亟仍 弍舒亰 NCBI. 仂亳从 仆舒亳仆舒亠 于弍仂舒 舒亟亠从于舒仆仂亶 仂弍仍舒亳 亟仍 仗仂亳从舒 (Nucleotide, 弍亠仍从亳). 仂亢仆仂 亳仗仂仍亰仂于舒 仂仗亠亟亠仍亳亠仍亳 仗仂仍亠亶, 仍仂亞亳亠从亳亠 仂仗亠舒仂, 仍仂于亳 亳 .亟.
  • 29. SRS (Sequence Retrieval System). 舒仍仍亳仂于舒仆舒 仆舒 仄仆仂亢亠于亠 亠于亠仂于. 仄亠亠 于磶亳 仂 仄仆仂亞亳仄亳 弍舒亰舒仄亳 亟舒仆仆. 亠亟仂舒于仍磳 仄仆仂亢亠于仂 亳仆仄亠仆仂于 亳 仍亢弍 亟仍 舒仆舒仍亳亰舒. 仂亰于仂仍磳 仂舒仆亳 亠亰仍舒 舒弍仂 亳 舒仆舒仍亳亰舒 亳 仗仂亟仂仍亢亳 舒弍仂 仍仂从舒仍仆仂.