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「生命の素子」のカタチの
データベース:
蛋質構造データバンク (PDB)
All-in-one 合同講習会 2017
三島市民文化会館
鈴木博文
PDBj / 大阪大学蛋白質研究所

筋肉のタンパク質 2
アクチン
(レール)
ミオシン
(モーター)
トロポミオシン
(スイッチ)
立体メガネ

インフルエンザウイルスのタンパク質とタミフル 3
大きい球: タミフル (インフルエンザ治療薬)
小さい球: ノイラミニダーゼ (インフルエンザウイルスのタンパク質)
立体メガネ

「生命の素子」の構造 4
時計を作る、直す、改造する、には…
→ 時計の「しくみ」の理解
→ 時計の部品の「構造」の理解
「生物」である自分達のことを知るには???
病気の治療、ナノテクなどへの応用には???
→ 生物の「しくみ」の理解
→ 「生命の素子」の「構造」の理解
「生命の素子」とは？
→ 主にタンパク質 (蛋白質)
→ 他にはDNA、RNA、糖、脂質など
タンパク質の構造

PDBの2つの側面 6
PDBは、
- 世界でたったひとつのデータベース
厳重に秘匿
厳密に管理
- 世界中にたくさんあるデータベース
容易に入手?自由に利用
勝手に公開

Wikipediaの“PDB”のページ 7

Worldwide PDB (wwPDB) 8
４つの拠点で協力してPDBを運営
～ wwPDBの役割は、PDBの生体高分子の3次元構造を蓄積した単一の
データベースの保守と、PDBデータベースを世界中の研究者コミュニティに無
償で公開し利用できるようにすることである。 Wikipediaより～

- 世界中の研究者から集める
(研究資金、ジャーナルなどによっては義務)
- 登録?検証?品質管理は各拠点で分担
- 共通のデータベースを作成
- 新規データは非公開、公開日まで厳重に管理
(特別の部屋、専門のスタッフのみ)
データの受け入れ（登録?検証?品質管理） 9
電子鍵のついた部屋専門スタッフによる
登録、検証作業

- 世界同時公開
毎週水曜0:00（日本時間9:00）
- パブリックドメイン
使途を問わない、人類の財産
- 各拠点独自のツールやユーザーインターフェース
- PDBデータに付随する、各拠点独自の注釈
データの公開 10
サービスの開発作業サーバーの管理作業

wwPDBの「諮問委員会」 11
wwPDB Advisory Committee Meetings 2014
メンバーは世界中の構造解析?バイオインフォマティクスの専門家
http://www.wwpdb.org/about/advisory

データの公開 13
年約1万件の登録年数億回のダウンロード

誰が何に使うの？ 14
? よく似た別のタンパク質の構造解析に使う
? 多数の構造データを利用した研究
? 病理学、創薬研究への応用
? イラスト作成、教育活動
表紙の画像
科学イベント
(サイエンスアゴラ)科学研究に再利用

日本蛋白質構造データバンク
(PDBj)のウェブサイト

PDBj のトップページ 16
https://pdbj.org/

「教材」として使えるコンテンツ 17
ページ左のメニューに
「教材」という項目がある
今月の分子
タンパク質の構造の美しい画像と、
丁寧な解説

スマートフォンでも立体構造を見られる 18
「万見プライム」
立体構造のインタラクティブな表示と解説
赤青メガネで立体視

研究者とデータベース

研究者はどうやって研究成果を発表する？ 20
科学者が研究して何かを発見
→ 学術論文を書く
論文ジャーナルに掲載される

文章や絵だけでは、説明できないことは？ 21
たくさんの画像、大きなデータなどは、
インターネットで公開
誰でも利用できる

タンパク質の構造データ 22
??????
モータータンパク質
「ダイニン」
一個一個の原子の場所などが書いてある
このタンパク質の場合、4万個以上

データベース 23
Wikipediaによる「データベース」の解説
? Wikipedia自体も「データベース」
? PDBもデータベース
? 外部の人が登録したり利用したりすることができる
ようにしたものを「データバンク」ということが多い

PDBに登録しないと論文を載せてもらえない 24
http://www.nature.com/authors/policies/availability.htmlより
「nature」が論文を受理する条件
他の多くの論文ジャーナルも同様の条件
PDBにデータを登録しないと、論文発表できない

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