狠狠撸

? 2017 Mari T. Minowa Licensed Under CC 表示 4.0 国際http://biosciencedbc.jp/
箕輪真理
バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)、JST
誰でも使える最先端の研究成果
今日からあなたも生命科学者
「All-in-one 合同講習会 2017 ～生命科学の最先端に触れてみよう～」
（第２部）私たちも見て触れる日本のデータベース
2017年5月27日
1

2
「生命科学」のイメージ
生物の画像は? 2016 DBCLS 統合TV / CC-BY-4.0
医食環境

研究のサイクルと
産生されるデータ?情報
実用化
論文の公開
目的?仮説
結果?結論の
公表
データの
分析?考察
データ(事実)
の収集
再解析、検証
データの公開
再利用技術開発
※確立された測定方法等から生まれるデータは偏りがなく、再利用向き

「第4パラダイム：
データ集約型の科学的発見」
By マイクロソフト研究所
１．実験
観察された結果を自然原因により説明
２．理論
新たな現象の予測と実験による仮説の検証
３．計算とシミュレーション
大規模かつ緻密な計算によるモデリングや銀河の
形成など、実験や理論を超えた領域の探求
４．データ?マイニング
莫大なデータを出発点として関係性を強大なコン
ピューターパワーでマイニングし、規則を発見
科学におけるパラダイムシフト

5
Dhorspool at en.wikipedia [CC BY-SA 3.0
(http://creativecommons.org/licenses/by-
sa/3.0) or GFDL
(http://www.gnu.org/copyleft/fdl.html)], via
Wikimedia Commons
http://togotv.dbcls.jp/ja/togopic.2011.32.html
バイオ＋インフォマティクス
(生物) (情報学)
量と複雑性
↓
?データの整理
?データ処理技術
(統計学＋特殊なα）
?システム
が必要
他にも、表現型、相互作用、機能…
ライフサイエンスは
peta(1015）
のオーダーの時代に突入

内閣府生命科学データベース統合に関する調査研究報告より
データベース構築を伴う国家プロジェクト(PJ)

日本のライフサイエンスDBの問題点
? DBが散在
?どこにどんなものが？？
? DBや個別データの説明が不足
?どんなデータなの？
? ばらばらに構築?管理
?一緒に使えないのは不便
? 大型PJの成果公開が不十分
?税金が投入されているのに…
7

バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)
http://biosciencedbc.jp/
? 生命科学分野のDBを使いやすくする！
（１）データベース研究開発戦略の立案
（２）データベースの充実
（３）データの公開
（４）国際連携
問題の解決を目指して
9
科学技術振興機構(JST) http://www.jst.go.jp/
：
３．科学技術イノベーションの基盤をつくる
： ①科学技術情報知識インフラの構築
：

最終成果だけでなくデータも共有
（オープンサイエンス）
オープンアクセス：結果を公表した学術論文をオープンに
オープンデータ：用いたデータをオープンに
オープンソース：ソフトウェアや材料をオープンに
オープンな方法論：
研究方法が再現できるように手法をオープンに
Krakerら、Int. J. Technology Enhanced Learning, Vol. 3, No. 6, 2011
2013年6月 G8科学大臣会合共同声明
「論文のオープンアクセス化＋研究データのオープン化を」
2016年5月 G7科学技術大臣会合 @つくば
i. オープンサイエンスのポリシーの共有、インセンティブ
の仕組みの検討、など
ii. デジタルネットワークの整備、人材の確保など。

NBDCが提供する解決策
? DBが散在
?どこにどんなものが？？
? DBや個別データの注釈が不足
?どんなデータなの？
? ばらばらに構築?管理
?一緒に使えないのは不便
? 大型PJの成果公開が不十分
?税金が投入されているのに…
10
①DBのカタログ
②DBの一括検索
③データの一括
ダウンロード

①Integbioデータベースカタログ
11
http://integbio.jp/dbcatalog/
＞1,500件（国内1000件以上）のDBから見つけよう
オリジナルサイトへ
詳細情報へ

JSTバイオサイエンス
データベースセンター
産総研創薬分子プロファイリング
研究センター
農業?食品産業技術総合研究機構
文科省
農水省
経産省
厚労省
①‘4省によるDB統合
12
http://integbio.jp/
医薬基盤?健康?栄養研究所

②生命科学データベース横断検索
? 615件のDBを対象にした生命科学用“Google検索”
? 日本語?英語 13
３-2
http://biosciencedbc.jp/dbsearch/

③生命科学系データベースアーカイブ
14
http://dbarchive.biosciencedbc.jp/
129件のデータをダウンロードして利用できる！

③‘NBDCヒトデータベース
http://humandbs.biosciencedbc.jp/
アクセス制限の必要なヒトに関するデータを収集?公開15

NBDCヒトデータ
共有ガイドライン
データ共有分科会
NBDC
外部の有識者を含む審査機関
NBDCヒトデータ取扱い
セキュリティガイドライン
策定?見直し
ヒトデータ審査委員会
運営委員会
非制限公開データ
(利用申請不要)
制限公開データ
NBDCヒト
データベース提供者
③データ送付
（メタ情報の提供、再度匿名化必要）
①申請
（インフォームド?コンセントおよび
倫理審査でのデータ共有承認必要）
②承認
④ID付与
（論文等に利用可能）
利用者
NBDCヒトDB/提供者間の協議内容
?データの分類（非制限公開or制限公開）
?データの公開日
?データ利用時の制限事項、他
申請
（データ利用についての倫理審査必要）
承認
1
2
アクセス3利用状況を報告
（年1回および終了時）
4
NBDCヒトデータベース／審査の仕組み
ルール作りやデータ共有の審査も
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ポータルサイト
? 40種類以上のサービス
? 生命科学のデータベースやツール
? 登録不要（一部を除く）
? 無料
? どこからでも、誰でも
? 日本語！
http://biosciencedbc.jp/
ポータルサイトへは
「NBDC」で検索
DBのカタログ
DBの一括検索
データの一括
ダウンロード
17
ヒトDB

17
見てみよう！メタボロミクスデータベース

17
作ってみよう！精巧な３D人体モデル

All-in-one合同講習会
国内の連携＆世界との連携

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[All in-one2017] 誰でも使える最先端の研究成果／今日からあなたも生命科学者

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