Biyokimya: LipidlerHikmet GeckilBiyolojik lipidler bir çok farkli kimyasal yapıda bulunabilirler. Ancak, lipidlerin en yaygın bilinen özellikleri sudaki erimezlikleridir. Bu hidrofobik (suda erimeyen) özelliklerinden dolayı diğer biyolojik moleküllerden hem yapı ve hem de fonksiyonel farklar gösterirler. Lipidlerin fonksiyonları da, kimyasal yapıları gibi farklılıklar gösterir.
Principles of cell cultureostadhosseini- Cell culture techniques have progressed significantly since the late 1800s, becoming a widely accepted research tool by the 1980s.
- Cells cultured in vitro can be primary cultures directly from tissue, or secondary/continuous cultures derived from primary cultures that are serially passaged. Continuous cultures are immortalized, having an infinite lifespan.
- Cells require specific culture conditions including nutrients, temperature, pH, humidity and sterility to grow. Basal media provides nutrients and supplements like serum provide growth factors.
- Routine passaging maintains cell viability by transferring to fresh media and surfaces. Cryopreservation allows long-term storage in liquid nitrogen. Contamination control is important for consistent results.
Osaamisen dokumentointi ja digipedatrenditMatleena LaaksoDigipedaan liittyviä trendejä ja osaamisen tunnistamista. Työkaluna Adobe Express, jonka tarkemmat ohjeet: https://www.matleenalaakso.fi/p/koulutusdiat.html
Ribosome Display Technology - Creative BiolabsCreative-BiolabsRibosome display technology is an in vitro cell-free method that connects phenotype to genotype by translating mRNA libraries into protein-ribosome-mRNA complexes. Key considerations include DNA construct design, protein folding, and affinity selection of ribosome complexes. Creative Biolabs offers ribosome display-related services, including peptide and antibody selection from diverse libraries.
Protein glycosylation and its associated disordersSaranya SankarThis document discusses protein glycosylation, its biological functions, and associated disorders. It covers the mechanisms of glycosylation, types of glycans, and their roles in various biological processes, as well as the implications of glycosylation defects in diseases. Key topics include different types of glycosylation, the significance of glycoproteins in health and disease, and analytical methods to study glycosylation.
Bacterial Anatomyraj kumarThe document discusses the anatomy and structures of bacteria. It covers the different shapes bacteria can take including coccus, bacillus, spirillum, and spirochete. It also describes bacterial cell envelopes for gram positive and gram negative bacteria. Key structures are discussed like flagella, pili, and the glycocalyx outer layer. The roles of important bacterial organelles are summarized like the nucleoid, cell wall, plasma membrane and endospores.
Biyokimya: LipidlerHikmet GeckilBiyolojik lipidler bir çok farkli kimyasal yapıda bulunabilirler. Ancak, lipidlerin en yaygın bilinen özellikleri sudaki erimezlikleridir. Bu hidrofobik (suda erimeyen) özelliklerinden dolayı diğer biyolojik moleküllerden hem yapı ve hem de fonksiyonel farklar gösterirler. Lipidlerin fonksiyonları da, kimyasal yapıları gibi farklılıklar gösterir.
Principles of cell cultureostadhosseini- Cell culture techniques have progressed significantly since the late 1800s, becoming a widely accepted research tool by the 1980s.
- Cells cultured in vitro can be primary cultures directly from tissue, or secondary/continuous cultures derived from primary cultures that are serially passaged. Continuous cultures are immortalized, having an infinite lifespan.
- Cells require specific culture conditions including nutrients, temperature, pH, humidity and sterility to grow. Basal media provides nutrients and supplements like serum provide growth factors.
- Routine passaging maintains cell viability by transferring to fresh media and surfaces. Cryopreservation allows long-term storage in liquid nitrogen. Contamination control is important for consistent results.
Osaamisen dokumentointi ja digipedatrenditMatleena LaaksoDigipedaan liittyviä trendejä ja osaamisen tunnistamista. Työkaluna Adobe Express, jonka tarkemmat ohjeet: https://www.matleenalaakso.fi/p/koulutusdiat.html
Ribosome Display Technology - Creative BiolabsCreative-BiolabsRibosome display technology is an in vitro cell-free method that connects phenotype to genotype by translating mRNA libraries into protein-ribosome-mRNA complexes. Key considerations include DNA construct design, protein folding, and affinity selection of ribosome complexes. Creative Biolabs offers ribosome display-related services, including peptide and antibody selection from diverse libraries.
Protein glycosylation and its associated disordersSaranya SankarThis document discusses protein glycosylation, its biological functions, and associated disorders. It covers the mechanisms of glycosylation, types of glycans, and their roles in various biological processes, as well as the implications of glycosylation defects in diseases. Key topics include different types of glycosylation, the significance of glycoproteins in health and disease, and analytical methods to study glycosylation.
Bacterial Anatomyraj kumarThe document discusses the anatomy and structures of bacteria. It covers the different shapes bacteria can take including coccus, bacillus, spirillum, and spirochete. It also describes bacterial cell envelopes for gram positive and gram negative bacteria. Key structures are discussed like flagella, pili, and the glycocalyx outer layer. The roles of important bacterial organelles are summarized like the nucleoid, cell wall, plasma membrane and endospores.
Bioreactors for animal cell suspension cultureGrace Felciya This document discusses bioreactors for animal cell suspension culture. It begins by introducing animal cell culture and some key developments that enabled it. There are two main types of culture: primary culture using explants or enzymes, and secondary culture which is derived from primary culture. Cells can be anchorage-dependent, growing in monolayers, or non-anchorage dependent, growing in suspension. Bioreactors provide conditions for mass cultivation of suspension cells. Properties of animal cells require gentle mixing and aeration in bioreactors. Common bioreactor types for suspension culture include stirred tank, continuous flow, and airlift fermentors. Perfusion culture allows continuous medium exchange to achieve high cell densities and productivity.
Cell culture smst (2)shldtpaul2Cell culture is the process of growing cells under controlled conditions outside of their natural environment. Key aspects of cell culture include growing cells in a controlled environment with appropriate temperature, gas mixture, and growth medium. Common manipulations of cells in culture include passaging cells to avoid senescence, transfecting cells to introduce foreign DNA, and changing growth media to replenish nutrients. Cytokines and growth factors are important signaling molecules that regulate cellular processes and are often added to growth media.
What is Cell Morphology in a Cell Culture?Thermo Fisher ScientificThe document discusses the importance of regularly examining cell morphology in culture for successful experiments, highlighting its role in early contamination detection and identifying signs of cell deterioration. It categorizes mammalian cells into fibroblastic, epithelial-like, and lymphoblast-like based on their shape and growth patterns. Additionally, it includes examples and resources for further information on cell culture.
Introduction to animal cell cultureGreen University of Al QasimThis document describes the morphology and growth characteristics of three types of cells in culture: fibroblast-like cells that are elongated and attach to the substrate, epithelial-like cells that are polygonal and attach in patches, and lymphoblast-like cells that are spherical and grow in suspension. It also discusses two types of cell culture based on attachment - anchorage-dependent cells that must attach to a substrate and anchorage-independent cells that can grow floating. The key factors that affect the cell culture environment are the growth media, pH, CO2 and temperature levels. Commonly used growth media include basal media, reduced-serum media and serum-free media.
General properties of virusesraghunathpVirology is the study of viruses and their relationship with hosts. Viruses are acellular organisms that can only replicate inside host cells. They have nucleic acid genomes and use host cell machinery to assemble new viral particles. Viruses come in a variety of shapes and sizes, and some have envelopes derived from host cell membranes. They enter host cells, express their genes, replicate their genomes, assemble new viral particles, and exit host cells to infect new targets. Viruses are cultivated using various methods including cell cultures, embryonated eggs, and animal models to study viral replication and pathogenesis.
Animal cell lines culturingGirija AnakalaCell culture involves growing cells from tissue or organ samples in artificial environments outside of the original organism. There are several stages of cell culture, beginning with isolating tissues through enzymatic or mechanical means. Primary cell cultures have a limited lifespan, while continuous cell lines can proliferate indefinitely. Proper culture conditions require appropriate media, substrates, gases, and temperature/humidity control. Cells may be grown as adherent monolayers or in suspension. Cell culture has many applications including drug development, cancer research, and production of therapeutic products.
Lecture 2 animal cell cultureDr. Tan Boon SiongThis document discusses animal cell culture and its applications. It provides information on:
1) The uses of animal cell culture including production of recombinant proteins, monoclonal antibodies, and cell biology studies.
2) Characteristics of animal cell culture compared to microorganism culture, including lower growth rates and productivity.
3) Products that can be produced from mammalian cell cultures including cells, cell-derived products, and recombinant glycoproteins.
4) Types of animal cells commonly used in culture including epithelial, fibroblast, muscle, and blood/lymph cells.
Principles of cell cultureMegha BedekarThe document provides information on principles of cell culture. It discusses the history of cell culture, beginning with Roux maintaining embryonic chick cells in 1885. It describes the typical equipment used in cell culture like laminar flow cabinets and incubators. The document outlines the different types of cell cultures like primary cultures derived directly from tissue and continuous cultures that can be serially passaged. It explains concepts like passaging cells to maintain and expand cultures. The document also discusses cryopreservation to store cells long-term in liquid nitrogen. Common cell lines used in research are also mentioned like HeLa and MCF-7 cells. Contamination in cell culture can occur from bacteria, fungi or mycoplasma and affect cell growth. Strict aseptic
Animal tissue cultureVeena ShriramCell culture involves removing cells from an animal or plant and growing them in an artificial environment that provides nutrients for growth. Key developments included the use of antibiotics to reduce contamination, enzymes like trypsin to detach adherent cells, and chemically defined media. Cell culture is used for modeling biology, toxicity testing, cancer research, virology, genetic engineering, and producing therapeutic proteins. Proper conditions like temperature, substrate, and media composition are required to keep cells "happy" and growing. Aseptic technique and containment are important to prevent contamination.
mikrobiyoloji 1.hafta ders notlarıSenin Biyolojinmikrobiyoloji 1.hafta ders notlarıdır. www.biyoloji.pro adresinden tüm ders notlarına ulaşabilirsiniz.
Biyokimya IHikmet GeckilSevgili öğrenciler,
İnönü Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Biyoloji Bölümü 3. sınıfında zorunlu bir ders olan Biyokimya (BIOL 301/302), iki dönem boyunca haftalık 3 saat olarak okutulan bir derstir. On yıldan beridir öğrencilerimize verile gelen bu notların içeriği her yıl yeniden gözden geçirilip uygun yenilemeler ve düzeltmelerle güncellenmektedir. Geçen yıl olduğu gibi bu yıl da kitap Biyokimya I ve Biyokimya II olmak üzere iki cilt halinde basılmıştır. Kitap baştan sona gözden geçirilerek her cildin sonuna kullanışlı tablo, grafik ve dizinler eklenmiştir. Ayrıca, her iki cilde “Biyokimya ve Moleküler Biyoloji”de yaygın kullanılan birçok terimi içeren bir “sözlük” eklenmiştir. Yapılmış olan çeşitli dil bilgisi ve yazım hatalarının yanında, geniş bir alanı kapsayan ve her gün gelişen biyokimya gibi bir bilim alanı için hazırlanmış olan bu notlarda, varsa bilimsel hataların da hoş görüleceğini umuyorum.
Sevgilerimle,
Hikmet Geçkil Ekim 2010, Malatya
Mikrobiyoloji Laboratuvarı Hafta 1 - Mikrobiyoloji Laboratuvarına GirişAhmetDirekMikrobiyoloji laboratuvarında kullanılan tekniklerin 1. hafta anlatılan konuları, Genel ders işlenmesi ve bu konuyla ilgili bilgiler,
Shigatoksin (Şiga toksini) üreten E. Coli (Makale Özeti)Muhammed ÖzgöletPeynirde H.alvei ve laktik asit bakterilerinin shigatoksin üreten E.Coli üzerindeki etkisi
Biyokimya: GirişHikmet GeckilSevgili öğrenciler,
İnönü Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Biyoloji Bölümü 3. sınıfında zorunlu bir ders olan Biyokimya iki dönem boyunca haftalık 3 saat olarak okutulan bir derstir. Beş yıldan beridir öğrencilerimize verile gelen bu notların içeriği her yıl yeniden gözden geçirilip uygun yenilemeler ve düzeltmelerle güncellenmektedir. Örneğin geçen yıl tek bir kitap olarak basılan ders notları, bu yıl iki dönem için Biyokimya I ve Biyokimya II olmak üzere iki cilt halinde basılmıştır. Böylece, her dönemde işlenecek konular için o konuları içeren cildin yanınızda olması yeterli olacaktır. Kitap baştan sona gözden geçirilerek, konu sonunda verilen “çözülmüş sorular” ve “sorular” bölümleri ile zenginleştirilmiştir. Ayrıca, her cildin sonuna kullanışlı tablo, grafik ve dizinler eklenmiştir. Son olarak, bu yeni kitaba “Biyokimya ve Moleküler Biyoloji”de yaygın kullanılan birçok terimi içeren bir “sözlük” eklenmiştir. Bu sözlüğü hazırlayan bölümümüz Yüksek Lisans öğrencisi Elif Özbey’e teşekkürlerimi sunarım. Ayrıca, kitap için bir takım geri-bildirimde bulunan siz sevgili öğrenciler ve meslektaşlarıma en derin sevgi ve saygılarımı sunuyorum. Yapılmış olan çeşitli dil bilgisi ve yazım hatalarının yanında, geniş bir alanı kapsayan ve her gün gelişen biyokimya gibi bir bilim alanı için hazırlanmış olan bu notlarda, varsa bilimsel hataların da hoş görüleceğini umuyorum.
Sevgilerimle,
Hikmet Geçkil Ekim 2007, Malatya
Biyokimya iiHikmet GeckilSevgili öğrenciler,
İnönü Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Biyoloji Bölümü 3. sınıfında zorunlu bir ders olan Biyokimya (BIOL 301/302), iki dönem boyunca haftalık 3 saat olarak okutulan bir derstir. On yıldan beridir öğrencilerimize verile gelen bu notların içeriği her yıl yeniden gözden geçirilip uygun yenilemeler ve düzeltmelerle güncellenmektedir. Geçen yıl olduğu gibi bu yıl da kitap Biyokimya I ve Biyokimya II olmak üzere iki cilt halinde basılmıştır. Kitap baştan sona gözden geçirilerek her cildin sonuna kullanışlı tablo, grafik ve dizinler eklenmiştir. Ayrıca, her iki cilde “Biyokimya ve Moleküler Biyoloji”de yaygın kullanılan birçok terimi içeren bir “sözlük” eklenmiştir. Yapılmış olan çeşitli dil bilgisi ve yazım hatalarının yanında, geniş bir alanı kapsayan ve her gün gelişen biyokimya gibi bir bilim alanı için hazırlanmış olan bu notlarda, varsa bilimsel hataların da hoş görüleceğini umuyorum.
Sevgilerimle,
Hikmet Geçkil Ekim 2010, Malatya
3. Tarihçe
•
1880 Roux tuz solusyonunda tavuk embriyosu
1900 Harrison (matriks bağlılığı, besinler,
nispeten yavaş büyüme hızı)
Carrel (cerrah, 1923) ( Aseptik teknikler )
1940/1950’s Major Polio epidemics (Polio aşısı
ilk kez primer maymun böbrek hücrelerinde
üretildi. )
1950: Hela hücre hattı: insan karsinoma
1970: Recombinant DNA
1975 Kohler and Milstein (Hybridoma)
4. Kullanım alanları
Fizyolojik çalışmalar
Hücrelerin fonksiyonlarının anlaşılması
Hücre içi aktivite
Hücre içi değişim
Çevresel ilişkiler
Hücre-hücre ilişkileri
Hücre ürünleri ve salgıları
Doku mühendisliği (Deri, kıkırdak, karaciğer)
Biyolojik malzemeler (ilaç sanayi proteinleri)
Monoklonal antibodyler
Hormonlar (EPO, FSH)
Enzimler ( -glucosidase)
Aşılar (Polio)
Genetik çalışmaları
5. Doku kültürü laboratuarının
özellikleri
Steril alan (temiz, sakin)
Hayvan yetiştirme ve mikrobiyoloji lab. Uzak olmalı
Hazırlık alanı
Yıkama alanı
İnkübatörler için alan
Lavabolar
Saklama alanları
Sıvılar, 4, -20 C
Cam eşya
Plastikler
Özel ekipmanlar
Kimyasallar
Karbondioksit tüpleri
Sıvı azot tankları
9. İnkübatör
• Özellikle memeli hücreleri için
karbondioksitli inkübatör gerekli
– Isı 36 ºC
– Nem %95
– CO2 %5
– Hassas ve kolay kontrol edilebilir olmalı
21. Biyolojik Kontaminasyon
Kültür ortamında belirlenmesi kolay olanlar
Bakteri
Küf
Mantar
Kültür ortamında belirlenmesi zor olanlar
Virüs
Protozoa
Mycoplazma
Diğer hücre hatları
23. Kontaminasyon kontrolü
Tüm otoklav ve kuru hava fırınlarında termometreler ve
kayıt cihazları kontrol edilerek kalibrasyonları yapılmalı.
Spor test stripleri ve kapsülleri otoklavın içinde
bulundurulmalı.
Kullanılan tüm malzemeler uygun sterilizasyon testlerine
tabi tutulmalı
Mycoplasmanın belirlenmesi
Vasatta doğrudan kültür
Mycoplasmanın spesifik karakterlerinin ölçülmesi (PCR, DNA
belirleme vs.)
Diğer kontaminantların belirlenmesi
Karyotip oluşturma
Elektroforez ve izoenzim analizi
İmmunolojik ve biyokimyasal teknikler
DNA belirleme işlemleri
24. Sterilizasyon
Yaşayan tüm organizmaların ve
sporlarının inaktivasyonu ya da
eleminasyonu
DEZENFEKTAN: Bakteri, mantar ve
virüsleri -sporlarını değil- öldürerek tüm
bu organizmaları enfeksiyon yapamaz
hale getiren maddeler
Örnek: Formaldehyde
25. Sterilizasyon Yöntemleri
Kullanılan Yöntemler:
1. Buhar Sterilizasyonu
2. Kuru Isı Sterilizasyonu
3. Filtrasyon
4. Gaz Sterilizasyonu
5. Radyasyon
NOT: Son ürünler mutlaka sterilizasyon
testinden geçirilmelidir.
27. Besi vasatı
Kültürdeki hücrelerin yaşamını devam
ettirmesi için gerek duydukları besin
maddelerini içeren çözeltilerdir.
Çalışmalar ilerledikçe kimyasal yapısı
bilinen besi vasatlarına ihtiyaç
duyulmuştur.
28. Besi vasatının fizikokimyasal
özellikleri
pH: 7.4
Hücre kültürü için atmosferik oksijen
gerekirken, doku kültürleri için %95
oksijen gerekir.
• İnsan ve sıcakkanlı hayvanlarda 36,5-37⁰C
• Antibiyotik (?)
• Nütrisyonel maddeler
• Büyüme Faktörleri
32. Hücre hattı
Primer kültür pasajlandığında hücre hattı
Tek tür hücre grubu ayırma yöntemleri ile
ayrılırsa hücre soyu
Ölümlü hücre hatları belli sayıda
jenerasyon oluşturur.
Bu sayı 20-80 arasında değişebilir
Türe
Hücre farklılıklarına
Kültür şartlarına
Klonal varyasyona bağlıdır.
36. Karakterizasyon
1. Çapraz kontaminasyonun olmaması
2. Orijinlenen türün doğrulanması
3. Hücrenin ait olduğu dokunun belirlenmesi
4. Doku içerisinde hücrenin pozisyonu (kök h., öncül
h., farklılaşmış h.)
5. Hücrelerin transforme olup olmadığı
- hücre hattı ölümlü&ölümsüz??
- malignansi ile ilgili özellikler gösteriyor
6. Hücre hattının genetik kararsızlık ya da fenotipik
varyasyon eğilimi var mı?
7. Aynı orijine sahip
spesifik hücre hatlarının,
hücre soylarının ya da
hibrid hücre hatlarının ve
bunlara özgü niteliklerin belirlenmesi
mu?
37. KRİTER
METOD
Karyotip
Metafaz kromozomları ve
bantlama
İzoenzim analizi
Elektroforez
Hücre yüzey antijenleri
immunohistokimya
Sitoiskelet çalışmaları
Spesifik sitokeratinleri
belirlemek üzere immunolojik
teknikler
DNA fingerprint
Elektroforez, kesim enzimlerinin
kullanımı
DNA profili
PCR ile Mikrosatellit tekrarların
belirlenmesi
40. Hücre hattını dondurmak
Genetik kararsızlık sonucu genotip değişimleri
Yaşlanma ve hücre hattının son bulması
Büyüme karakteristiklerinin değişimi
Malignansi ile ilişkili özelliklerin kazanılması
Mikroorganizmalarla kontaminasyon
Diğer hücre hatlarıyla çapraz kontaminasyon
Yapılan hatalar
İnkübasyonda meydana gelen aksamalar
Para ve zaman tasarrufu
Diğer kullanıcıların da faydalanması için.
41. Dondurmak için gerekli olanlar
Dondurulacak kültür
Eğer tek tabaka kültürü ise %25 tripsin ve
fosfatla tamponlanmış tuz solusyonu
Besi vasatı
Kriyoprotektant
43. Hücre hattını çözmek
Çözdürülecek ampulun yeri belirlenir.
Besi vasatı ve kültür kapları hazırlanır.
Ampul sıvı azottan alınır. doğru ampul olup olmadığı kontrol edilir.
37 C su banyosuna konur.
Çözüldükten sonra ampul %70 alkolle silinir.
Laminair flow kabin içinde açılır.
Ampul içeriği pipetle kültür kabına konur.
Besi vasatı yavaşça hücre süspansiyonuna eklenir.
10 ml besi vasatı yaklaşık 2 dk süre içerisinde kültüre eklenir.
2 dk 100g’de santrifüjlenir.
Üstteki besi vasatı atılır.
Hücreler taze besi vasatı ile yeniden süspanse edilir.
Kültür kaplarına ekim yapılır.
Ampul naftalen black ya da trypan blue ile boyanır.
24 saat sonra tek tabaka oluşturan hücrelerde tutunma ve yaşam
yüzdesi belirlenir.
Süspanse hücreler için canlı hücre sayımı yapılır ve mikroskopta
gözlenir.
45. Avantajlar
Hayvanda meydana gelen varyasyonlar
olmaksızın hücre davranışı üzerinde
çalışma
Çevre şartlarının kontrolü
Hücre karakteristikleri nesiller boyunca
devam edebilir.
Deneylerin tekrarlanabilirliği daha kolay.
Kültürler reaktiflere maruz bırakılabilir
(radyoaktif kimyasallar, ilaçlar)
Hayvan denelemelerindeki yasal ve etik
problemler yoktur.
46. Dezavantajlar
Sağlıklı ve tekrarlanabilir denemelerin
yapılabilmesi için standart tekniklerin
geliştirilmesi gerek.
Aseptik tekniklerin öğrenilmesi zaman
alır.
Sınırlı miktarda materyal üretimi
Farklılaşmış özelliklerin kaybı ve
seleksiyon meydana gelebilir.