Vaksin rekombinan dibuat melalui teknologi rekayasa DNA yang melibatkan empat tahap utama yaitu konstruksi DNA rekombinan, transformasi, seleksi sel klona, dan isolasi klona DNA target. Metode produksi memanfaatkan rekombinasi gen antara vektor dan gen target untuk menghasilkan protein antigen guna mendorong respons kekebalan tubuh. Contoh penerapannya adalah vaksin protein GSDIV pada ikan kerapu dan vaksin bivalen VNN-