Kerajaan Waigeo didirikan pada abad ke-16 karena hubungan antara pemimpin Papua dengan Sultan Maluku. Kerajaan ini tunduk kepada Kesultanan Bacan dan Ternate. Pusat kekuasaannya berada di Pulau Waigeo, Provinsi Papua Barat. Sistem ekonomi kerajaan didominasi perdagangan antara Papua dan Maluku karena kekayaan tambang dan rempah di Papua.