This document describes a bioinformatics approach for prioritizing disease-causing human mitochondrial DNA mutations. It uses a "disease score" that averages the probabilities from six pathogenicity prediction methods to determine if a mutation is deleterious or benign. The approach was trained on 53 known disease-associated mutations and tested on 1872 observed mutations, achieving a disease score cutoff of 0.4311. Mutations meeting criteria of being rare, conserved, predicted pathogenic and occurring at low variability sites were prioritized. When tested on 21 tumor samples, 8/268 prioritized nonsynonymous mutations were tumor-specific, confirming the approach's ability to identify potentially pathogenic mutations.
This document discusses using phylogenetic diversity estimated from genomics to assess the structure of biological communities. It defines phylogenetic diversity and introduces PhyloH, a program for measuring phylogenetic diversity. It provides an example use case applying PhyloH to analyze the microbiomes of bee larvae and their parasites to examine the factors influencing beta diversity across bee hives, cells, and species.
The document discusses ELIXIR, the European infrastructure for biological information. ELIXIR aims to build a sustainable infrastructure to support life science research and its translation to various sectors. It coordinates existing bioinformatics services across Europe. The Italian node of ELIXIR (ELIXIR-ITA) coordinates domestic bioinformatics resources and connects them to the broader ELIXIR network. It works to aggregate and integrate Italy's small but excellent bioinformatics community and supports the large amount of data being generated through high-throughput sequencing platforms in Italy.
A study of the demographic differences of instructors in using e-Textbooks in...Sirui Wang
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This study presented at AECT 2015 was a part of my dissertation of instructors' using e-Textbooks in higher education. It examined instructors in public universities in east south central of the U.S.
Este documento trata sobre la educaci¨®n ambiental. Define la educaci¨®n ambiental como la acci¨®n educativa permanente a trav¨¦s de la cual la comunidad educativa toma conciencia de su realidad global. Explica que la educaci¨®n ambiental tiene sus or¨ªgenes en las sociedades antiguas donde se preparaba a los hombres en armon¨ªa con su medio ambiente. Adem¨¢s, se?ala que el t¨¦rmino "educaci¨®n ambiental" surgi¨® a finales de los a?os 1960 y principios de los a?os 1970 y que una actividad consciente sobre el medio ambiente depende en gran
El documento habla sobre la diversidad e inclusi¨®n en la educaci¨®n. Argumenta que la inclusi¨®n se trata de aprovechar la diversidad y asegurar la equidad y oportunidades para que personas de cualquier origen puedan prosperar. Define la inclusi¨®n como un enfoque que valora las diferencias individuales y ve la diversidad como una oportunidad para enriquecer la sociedad a trav¨¦s de la participaci¨®n de todos. Finalmente, se?ala que la diversidad es una caracter¨ªstica humana que se manifiesta de diferentes formas entre los estudiantes.
Presentation by Michael Diedring (Secretary General of the European Council on Refugees and Exiles) on the occasion of the conference on Immigration ¨C a source of wealth and duties for Europe organised by the EESC, the Council of Europe and the French Economic, Social and Environmental Council in Brussels on 15 March 2013.
Michelangelo Ceci ¨C Tecniche di data-mining per la caratterizzazione di entit...eventi-ITBbari
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The document discusses various techniques for characterizing biological entities using data mining. It describes discovering frequent syntactic structures in biomedical literature that link entities like mutations and proteins. It also covers extracting bio-molecular events and entities from text, discovering miRNA-mRNA interaction networks through biclustering approaches, and using protein-protein interaction networks to predict gene functions in a hierarchical multi-label classification setting. Finally, it outlines the IS-BioBank project which aims to enable interoperability between biological data sources to support analysis of cancer microenvironments.
This document is a case study about Magellan World Ltd, a supply chain management company, and their use of the Clarity Go product for email marketing. The case study describes how Magellan's Sales Director searched for an email marketing solution and found Clarity Go to be a good fit. It discusses how he now relies on Clarity Go for regular communications with customers. It also outlines how the Sales Director attended training on Clarity Go and learned how to create professional emails quickly and easily using the tools. The case study concludes by noting how Clarity Go allows for powerful marketing automation through features like publishing emails to automatically send to new contacts.
Marketing stategy analysis & choiceShadman Ameen
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This document outlines a marketing strategy analysis framework that considers the macro environment, micro environment, internal environment evaluation, strategic fit, and strategic choices at the corporate, strategic business unit, and marketing levels. It examines factors like politics, economics, technology, competition, and resources to determine cost-based or differentiation advantages and make decisions around mission, growth strategies, product offerings, market segments, and competitive positioning tactics.
Este documento presenta un diagrama de la Ley Org¨¢nica del Trabajo, los Trabajadores y las Trabajadoras (LOTTT) de Venezuela. El diagrama describe los 10 t¨ªtulos y m¨¢s de 50 cap¨ªtulos que componen la ley, los cuales cubren temas como normas laborales, relaciones laborales, condiciones de trabajo, modalidades especiales de empleo, derechos de los trabajadores, instituciones laborales y sanciones. El prop¨®sito del diagrama es proporcionar una visi¨®n general de la estructura y alc
O documento discute o uso de ferramentas digitais como Google Drive, Webquest, Blogger, YouTube, Facebook e ºÝºÝߣshare no ensino-aprendizagem. Ele objetiva elaborar atividades de aprendizagem usando redes sociais para auxiliar a pr¨¢tica docente e refletir sobre como essas ferramentas afetam a educa??o.
Managing Director Barney Phillips expresses how using Clarity Go since the beginning of the year has saved him hours, giving him time to press on with other jobs.
The EPIGEN project aims to advance epigenetics research in Italy by creating centralized platforms providing researchers access to new technologies. It has established next generation sequencing, bioinformatics, and cell imaging platforms to overcome limitations in Italian research facilities. The project has over 70 participating labs organized into 8 subprojects. It has already produced over 1.5 trillion bases of sequencing data through its sequencing center and established databases and analysis pipelines through its bioinformatics platform to enable collaborative epigenomics research.
Maria A. Diroma ¨C MEWAs: sviluppo di un sistema bioinformatico per studi di a...eventi-ITBbari
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MEWAs (Mitochondriome-Exome Wide Associations): sviluppo di un sistema bioinformatico per studi di associazione fra l¡¯intero esoma nucleare e il DNA mitocondriale in fenotipi fisiologici o patologici.
Este documento presenta el caso cl¨ªnico y an¨¢lisis de Juanito, un ni?o de entre 3 y 5 a?os, realizado por Freud. Describe las fantas¨ªas y temores del ni?o, como su confusi¨®n entre la ubre de una vaca y la teta materna, su complejo de castraci¨®n y sus primeros sue?os y fobias. Freud analiza c¨®mo estos se relacionan con la din¨¢mica familiar de Juanito y su deseo inconsciente por la madre, as¨ª como la hostilidad latente hacia el padre.
A Assembl¨¦ia Geral da Escola Municipal Luis Cl¨¢udio Josu¨¦ realizou uma vota??o para a APM (Associa??o de Pais e Mestres) para a gest?o de 2016 a 2018.
CLOUD COMPUTING: OPEN DATA AND BIG DATA - Giorgio Pietro MAGGI -- Giacinto DO...Apulian ICT Living Labs
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Presentazione nell'ambito del workshop: OPEN DATA E CLOUD COMPUTING: OPPORTUNIT? DI BUSINESS. Una vista internazionale - 15 Settembre 2014 Pad. 152 della Regione Puglia - 78 Fiera del Levante Bari
Presentation by Michael Diedring (Secretary General of the European Council on Refugees and Exiles) on the occasion of the conference on Immigration ¨C a source of wealth and duties for Europe organised by the EESC, the Council of Europe and the French Economic, Social and Environmental Council in Brussels on 15 March 2013.
Michelangelo Ceci ¨C Tecniche di data-mining per la caratterizzazione di entit...eventi-ITBbari
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The document discusses various techniques for characterizing biological entities using data mining. It describes discovering frequent syntactic structures in biomedical literature that link entities like mutations and proteins. It also covers extracting bio-molecular events and entities from text, discovering miRNA-mRNA interaction networks through biclustering approaches, and using protein-protein interaction networks to predict gene functions in a hierarchical multi-label classification setting. Finally, it outlines the IS-BioBank project which aims to enable interoperability between biological data sources to support analysis of cancer microenvironments.
This document is a case study about Magellan World Ltd, a supply chain management company, and their use of the Clarity Go product for email marketing. The case study describes how Magellan's Sales Director searched for an email marketing solution and found Clarity Go to be a good fit. It discusses how he now relies on Clarity Go for regular communications with customers. It also outlines how the Sales Director attended training on Clarity Go and learned how to create professional emails quickly and easily using the tools. The case study concludes by noting how Clarity Go allows for powerful marketing automation through features like publishing emails to automatically send to new contacts.
Marketing stategy analysis & choiceShadman Ameen
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This document outlines a marketing strategy analysis framework that considers the macro environment, micro environment, internal environment evaluation, strategic fit, and strategic choices at the corporate, strategic business unit, and marketing levels. It examines factors like politics, economics, technology, competition, and resources to determine cost-based or differentiation advantages and make decisions around mission, growth strategies, product offerings, market segments, and competitive positioning tactics.
Este documento presenta un diagrama de la Ley Org¨¢nica del Trabajo, los Trabajadores y las Trabajadoras (LOTTT) de Venezuela. El diagrama describe los 10 t¨ªtulos y m¨¢s de 50 cap¨ªtulos que componen la ley, los cuales cubren temas como normas laborales, relaciones laborales, condiciones de trabajo, modalidades especiales de empleo, derechos de los trabajadores, instituciones laborales y sanciones. El prop¨®sito del diagrama es proporcionar una visi¨®n general de la estructura y alc
O documento discute o uso de ferramentas digitais como Google Drive, Webquest, Blogger, YouTube, Facebook e ºÝºÝߣshare no ensino-aprendizagem. Ele objetiva elaborar atividades de aprendizagem usando redes sociais para auxiliar a pr¨¢tica docente e refletir sobre como essas ferramentas afetam a educa??o.
Managing Director Barney Phillips expresses how using Clarity Go since the beginning of the year has saved him hours, giving him time to press on with other jobs.
The EPIGEN project aims to advance epigenetics research in Italy by creating centralized platforms providing researchers access to new technologies. It has established next generation sequencing, bioinformatics, and cell imaging platforms to overcome limitations in Italian research facilities. The project has over 70 participating labs organized into 8 subprojects. It has already produced over 1.5 trillion bases of sequencing data through its sequencing center and established databases and analysis pipelines through its bioinformatics platform to enable collaborative epigenomics research.
Maria A. Diroma ¨C MEWAs: sviluppo di un sistema bioinformatico per studi di a...eventi-ITBbari
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MEWAs (Mitochondriome-Exome Wide Associations): sviluppo di un sistema bioinformatico per studi di associazione fra l¡¯intero esoma nucleare e il DNA mitocondriale in fenotipi fisiologici o patologici.
Este documento presenta el caso cl¨ªnico y an¨¢lisis de Juanito, un ni?o de entre 3 y 5 a?os, realizado por Freud. Describe las fantas¨ªas y temores del ni?o, como su confusi¨®n entre la ubre de una vaca y la teta materna, su complejo de castraci¨®n y sus primeros sue?os y fobias. Freud analiza c¨®mo estos se relacionan con la din¨¢mica familiar de Juanito y su deseo inconsciente por la madre, as¨ª como la hostilidad latente hacia el padre.
A Assembl¨¦ia Geral da Escola Municipal Luis Cl¨¢udio Josu¨¦ realizou uma vota??o para a APM (Associa??o de Pais e Mestres) para a gest?o de 2016 a 2018.
CLOUD COMPUTING: OPEN DATA AND BIG DATA - Giorgio Pietro MAGGI -- Giacinto DO...Apulian ICT Living Labs
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Presentazione nell'ambito del workshop: OPEN DATA E CLOUD COMPUTING: OPPORTUNIT? DI BUSINESS. Una vista internazionale - 15 Settembre 2014 Pad. 152 della Regione Puglia - 78 Fiera del Levante Bari
OpenGeoData Italia 2016 - Copernicus e i suoi servizi: potenzialit¨¤ e prospet...giovanni biallo
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Nella sessione "usi e consumi dei dati satellitari" della Conferenza OpenGeoData Italia 2016, Andrea Taramelli di ISPRA Ambiente ha presentato la relazione "Copernicus e i suoi servizi: potenzialit¨¤ e prospettive di svilluppo in ambito italiano".
PROGETTO INNONETWORK - COHECO?- Sistema Integrato di monitoraggio, allerta e prevenzione dello stato di COnservazione di Habitat ed ECOsistemi in aree interne e costiere protette e da proteggere
Strategia Italiana per la Banda UtralargaAmmLibera AL
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In prospettiva, ed ¨¨ una prospettiva che si avvicina sempre pi¨´ rapidamente, le reti di telecomunicazione saranno ancora pi¨´ importanti. Non collegheranno soltanto milioni di persone, ma anche decine di milioni di computer e miliardi di oggetti (Internet of things). La cyber war, che fino a poco tempo fa era un argomento per libri di fantapolitica, fantascienza o spionaggio, oggi ¨¨ una realt¨¤. Per distruggere la reputazione di un¡¯azienda cosa c¡¯¨¨ di pi¨´ semplice del violarne i sistemi informativi? Quanto tempo dovr¨¤ passare prima che interi Stati vengano presi di mira?
Occorre pensare fin da adesso le infrastrutture su cui costruire il nostro futuro prossimo. In questo scenario, la banda ultralarga sar¨¤ l¡¯infrastruttura portante dell¡¯intero sistema economico e sociale. Sar¨¤ la risorsa imprescindibile su cui sviluppare la competitivit¨¤ futura del Paese e su cui si misurer¨¤ la nostra capacit¨¤ di rimanere una delle nazioni pi¨´ avanzate del pianeta.
Qualcuno, comprensibilmente scettico, potrebbe chiedersi: ma sono davvero necessarie le autostrade informatiche a banda ultralarga se oggi non ci sono applicazioni che possano sfruttare i 100 Mbps che mettono a disposizione? Le metafore talvolta ingannano. Le ¡°autostrade informatiche¡±, in particolare quelle in fibra ottica, pi¨´ che essere veloci, garantiscono prestazioni pi¨´ ¡°sicure¡±. La frequenza dei loro guasti ¨¨ di due ordini di grandezza inferiore rispetto al rame, con costi di manutenzione sensibilmente pi¨´ bassi. Le si definisce ¡°ultraveloci¡±, ma in realt¨¤ sono ¡°ultralarghe¡±: ¨¨ come se fossero strade a 100 corsie in cui ¨¨ molto difficile trovare un ingorgo, e per questo le informazioni viaggiano pi¨´ speditamente. Ma sono anche pi¨´ veloci in senso intuitivo: hanno la latenza pi¨´ bassa disponibile oggi sul mercato, che ¨¨ sempre utile, ma in alcune applicazioni, come la videocomunicazione, il lavoro a distanza o la e-health, ¨¨ fondamentale. Per queste ragioni, e anche perch¨¦ la fibra ha una vita economica utile molto pi¨´ lunga del rame che, ossidandosi, invecchia in modo pi¨´ rapido e diminuisce le sue prestazioni, le reti di telecomunicazione del futuro viaggeranno su fibra ottica e gli investimenti fatti saranno capitalizzati su un arco di tempo pi¨´ lungo. In questo futuro si potr¨¤ decidere a seconda delle necessit¨¤ se all¡¯ultimo tratto si acceder¨¤ wireless o con un cavo, ma sar¨¤ sempre la fibra ottica a permetterlo.
L¡¯Italia per¨° ¨¨ indietro in tutte le classifiche europee relative alla digitalizzazione e ultima per diffusione della banda ultralarga. ? un dato che deve allarmare perch¨¦ pu¨° essere l¡¯origine di altri ¨C e sempre pi¨´ ampi ¨C divari che saranno poi difficilmente colmabili se protratti nel tempo. Dotare l¡¯Italia di reti a banda ultralarga ¨¨ anche la premessa per avere un giorno un¡¯Italia pi¨´ veloce, pi¨´ agile, meno burocratica. Per questo, la strategia per la banda ultralarga non ¨¨ la risposta all
Energia Solare nel Mediterraneo: il programma ENPI e il progetto FOSTEr in MEDFOSTEr in MED
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Solar energy in the Mediterranean: ENPI Programme and FOSTEr in MED project. Presentation by Rossella Marocchi during territorial animation activities in Italy (FestivalScienze and Sardegna Ricerche).
ABSTRACT: L'Europa punta a diventare una "gigabit society" entro il 2030. Le infrastrutture digitali e in particolari le reti di telecomunicazione rappresentano un elemento strategico per la digitalizzazione e la ricerca, settori a cui il PNRR dedica il 33% dei fondi (63 miliardi di euro). Parleremo di come il territorio trentino abbia gi¨¤ da tempo abbracciato la sfida, e in particolare delle numerose reti di telecomunicazioni e tecnologie utilizzate nella realizzazioni di tali reti, dalla fibra alle reti radio, per dare connettivit¨¤ a tutto il territorio, dalle citt¨¤ di fondovalle fino ai remoti rifugi di alta quota.
BIO: Matteo Piazza, ingegnere, da sempre appassionato di tecnologia e di reti di telecomunicazioni, a partire da un lontano modem a 56k fino ai Giga dei nostri giorni. Da prima studente all'Universit¨¤ di Trento e poi da quasi vent'anni lavora nell'ambito dell'ICT. Ad oggi ricopre il ruolo di Responsabile dell'area Progetti e Interventi Speciali presso Trentino Digitale S.p.A.
This document summarizes an ncRNA analysis pipeline called nc-aReNA. It describes how nc-aReNA can be used to classify and analyze small non-coding RNAs from deep RNA sequencing data. The pipeline performs tasks such as adapter removal, quality control checks, mapping reads to reference databases to identify known ncRNA classes, filtering of rRNA sequences, quantification of ncRNA expression, differential expression analysis, and identification of isomiRs. Two test cases demonstrating ncRNA classification and differential expression analysis using nc-aReNA on mouse datasets are also described.
The document describes a clinical genomic solution for accurate screening and interpretation of structural genetic variants. It consists of a collaborative workflow between clinicians and laboratories using a portal and bioinformatic pipeline. The portal allows clinicians to enter patient phenotypes and launch genomic tests, while receiving medical reports. The pipeline analyzes copy number variations from microarray data using multiple databases to classify variants and evaluate pathogenicity. This integrated solution aims to simplify the diagnosis process and reduce analysis time.
The document describes a new database called ComiRNet that uses an integrative data-mining approach to discover microRNA-gene regulatory networks. It uses a semi-supervised learning method called HOCCLUS2 to extract overlapping biclusters from predicted and validated miRNA-mRNA interactions. These biclusters represent potential regulatory networks. The database contains over 5 million predicted interactions between miRNAs and mRNAs organized into 15 hierarchical levels of biclusters. ComiRNet aims to help elucidate miRNA functional roles and mechanisms in biological processes.
The document summarizes a study that characterized mitochondrial DNA (mtDNA) mutations in glioblastoma multiforme (GBM), the most common and malignant primary brain cancer. The study sequenced the mtDNA of 45 GBM tumor samples and their matched blood samples, identifying 1366 shared non-tumor specific mutations and 1218 exclusive tumor-specific mutations. Of the tumor-specific mutations, 18 had high heteroplasmy levels. The study also sequenced 104 fresh-frozen GBM samples, identifying 951 mtDNA variants including 150 non-synonymous mutations. However, survival analysis found no significant difference between patients with or without deleterious mtDNA mutations, suggesting mtDNA genotyping may not predict GBM prognosis.
This document summarizes research on analyzing differential miRNA-mRNA co-expression networks in colorectal cancer. The researchers analyzed paired expression data from cancer and normal tissues to identify changes in interactions. They found that cancer networks have decreased connectivity and identified differentially connected genes, including known cancer genes. Pathway analysis revealed an alteration in colorectal cancer tissues in the interplay between miRNAs and the eukaryotic translation initiation factor 3 complex, which is important for translation. Certain miRNAs were also identified as having many differentially co-expressed target mRNAs.
IBM Italia, Bari ¨C La Bioinformatica nelle prospettive della Bioeconomyeventi-ITBbari
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The document discusses the perspectives and opportunities of bioinformatics within the context of the bioeconomy. Specifically, it discusses:
1) Recent reports highlighting societal challenges that the bioeconomy and biotechnology can help address, such as health, resources, food security, and climate change adaptation.
2) Emerging disruptive technologies like next-generation genomics, synthetic biology, and their potential impacts on industries like healthcare, chemicals, food, and fuels.
3) The growing and rapidly expanding markets for synthetic biology and bioinformatics, projected to reach billions annually in coming years.
Ernesto Picardi ¨C Bioinformatica e genomica comparata: nuove strategie sperim...eventi-ITBbari
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Bioinformatica e genomica comparata: nuove strategie sperimentali e computazionali per la produzione e analisi di dati NGS finalizzati a sviluppare processi e prodotti innovativi per la salute dell¡¯uomo, l¡¯ambiente e l¡¯agroalimentare.
Nicola Ancona ¨C Dall¡¯Intelligenza Artificiale alla Systems Medicineeventi-ITBbari
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The Bioinformatics and Systems Biology Lab at the Institute of Intelligent Systems for Automation, National Research Council in Bari, Italy was established in the early 2000s. The multidisciplinary lab includes biotechnologists, physicists, engineers, and computer scientists who use computational approaches to address important life science issues. The lab analyzes and integrates large, heterogeneous omics data to identify genetic markers and molecular mechanisms underlying complex diseases. It has a high performance computing server with 512 cores, 1.5 TB RAM, and 14 TB storage for these analyses. The lab collaborates with several universities and research institutions in Italy and abroad on various projects focused on diseases such as cancer and kidney disease.
Sabino Liuni ¨C il Progetto Bandiera INTEROMICSeventi-ITBbari
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Sviluppo di una piattaforma integrata per l¡¯applicazione delle scienze ¡°omiche¡± alla definizione dei biomarcatori e profili diagnostici, predittivi e teranostici
Alberto Basset ¨C LifeWatch, E-Science European Infrastructure for Biodiversit...eventi-ITBbari
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LifeWatch is a European research infrastructure for biodiversity and ecosystem research. It functions as a virtual research center that allows for global-scale experiments and integrates data from observatories and physical infrastructures. LifeWatch aims to enhance understanding and management of biodiversity at multiple scales. It provides highest-level computing facilities and services to support cooperation and innovation among the scientific community. One of LifeWatch's key roles is its virtual laboratories, which enable experimentation through computational modeling and analysis of large biodiversity datasets. As an example, an alien species virtual lab within LifeWatch contains data on over 11,500 native and 451 alien species in Italian habitats.
1. I progetti PON ReCaS e
PRISMA: le possibili ricadute
sulla bioinformatica pugliese
Giacinto DONVITO
INFN-Bari
2. Outline
? INFN ¨C who we are
? Descrizione del PON ReCaS
? Stato del PON ReCaS
? Descrizione del PON PRISMA
? Servizi e risultati del PON PRISMA
? Conclusioni
3. INFN: chi siamo
? Il gruppo INFN-Bari ha un focus speci?co nel supporto alle attivit¨¤ di Data
Analysis in vari contesti scienti?ci
? esperimenti di LHC, Bioinformatica, Analisi immagini mediche, Chimica
computazionale, Cristallogra?a, analisi immagini da satellite, etc
? INFN gestisce una delle maggiori infrastrutture di calcolo a livello nazionale
basata su circa 50'000 cores e oltre 30Pbyte di spazio di archiviazione distribuiti
in circa 20 siti.
? La infrastruttura Grid viene utilizzata con straordinario successo da
esperimenti grandi e piccoli a cui INFN partecipa a livello nazionale e
internazionale
4. INFN e Cloud Computing
? INFN partecipa ad infrastrutture di calcolo di livello europeo e
mondiale come EGI e WLCG, sia nel campo del grid computing
che del Cloud Computing (EGI Federated Cloud Task Force)
? INFN utilizza l'enorme esperienza acquisita nel design,
sviluppo ed implementazione di infrastrutture di calcolo
distribuite, come quella necessaria all'analisi dell'enorme
quantit¨¤ di dati prodotti da LHC, per la gestione delle
infrastrutture Cloud ed enormi quantit¨¤ di dati (Big Data)
INFN involvement in the LHC project
Exploration of a new energy frontier
in p-p and Pb-Pb collisions
LHC ring:
27 km circumference
CMS
ALICE
LHCb
ATLAS
5. Bari Computer Centre for Science?
Dipartimento di Fisica (UNIBA) & INFN
? Bc2S (Bari Computer Center for Science) ¨¨ il Data Center di INFN-
Bari per il calcolo scienti?co, che attualmente si compone di circa
4000 core e 2 PB di storage
? Rappresenta il punto di arrivo di una serie di progetti, sia europei
sia nazionali
? progetti EGEE ed EGI-INSPIRE attraverso cui ¨¨ stata realizzata
l¡¯Infrastruttura di GRID europea
? i progetti di collaborazione con la comunit¨¤ di bioinformatica
barese, il progetto Bioinfogrid, LIBI (FIRB) e BioVeL
6. Il progetto PON- ReCaS
? ReCaS (Rete di Calcolo per SuperB e altre applicazioni) ¨¨ un progetto PON Ricerca
e Competitivit¨¤ 2007-2013, ?nanziato complessivamente per 13.7 milioni di Euro
? "potenziamento infrastrutturale¡± - realizzazione di un'infrastruttura di calcolo
distribuita nelle quattro regioni della convergenza: Calabria, Campania, Puglia
e Sicilia.
? Infrastruttura realizzata in ottica Grid e Cloud computing che si distinguer¨¤
per la potenza di calcolo e la capacit¨¤ di memorizzazione di dati (capacit¨¤ circa
raddoppiate)
? Supporto alle comunit¨¤ degli esperimenti al Large Hadron Collider (LHC)
? Supporto a comunit¨¤ diverse in settori strategici della scienza: la Fisica, la
Medicina, le Biotecnologie e l'Ambiente
? Infrastruttura per favorire la creazione di Distretti e Laboratori Pubblico Privati
e la collaborazione con PMI (sviluppo del territorio) e Pubblica
Amministrazione (Smart Cities & Urban App)
7. Il progetto PON- ReCaS
? Nuovo edi?cio su due piani con una super?cie di 430
metri quadri per piano di cui 180 per ospitare i servizi e
270 per le risorse informatiche:
? a regime 4 isole da 20 Rack da 12,5 kW/rack
? Sistema UPS: 2 unit¨¤ Trinergy (Emerson) da 800 kW (con
possibilit¨¤ di espansione ?no a 1200 kW)
? Gruppo elettrogeno da 1500 kVA
13¡¯000
Cpu Core
5.6 PByte
Storage
2.5 PByte
Tape
800 Cpu Core
HPC
20 NVIDIA K40
9. Il progetto PON- ReCaS
? Cablaggio di tutto il campus universitario per collegare a
multipli di 1Gbit/s tutti i dipartimenti:
? In questo modo gli utenti potranno bene?ciare in modo
immediato delle risorse di calcolo e storage messi a
disposizione di ReCaS.
11. PRISMA: PIATTAFORME CLOUD INTEROPERABILI
PER SMART-GOVERNMENT
? PON 2007-2013 - Avviso 84 Ric./2012
? SMART CITIES AND COMMUNITIES AND SOCIAL INNOVATION
? AMBITO: Cloud Computing per smart technologies
? Costo del Progetto: 27.5 M€ (termine maggio 2015)
? Il Progetto PRISMA sviluppa una piattaforma innovativa aperta e
interoperabile di Cloud Computing per i servizi di eGovernment della
Pubblica Amministrazione Locale.
? applicazioni:
? Sanit¨¤
? e-Government
? Rischio sismico
19. ReCaS & PRISMA: use-cases
? Analisi di neuroimmagini
? Master, Tutorial e corsi
? Data preservation
? Attivit¨¤ di ricerca dei Dipartimenti di Farmacia,
Informatica, Cristallogra?a.
? Bioinformatica in collaborazione con il dipartimento di
biologia e gli istituti IBBE ed ITB del CNR:
? Analisi da Next Generation Sequencing
? Studi di ?logenetica su dati di biodiversit¨¤ in
collaborazione con il dipartimento di biologia e gli
istituti IBBE ed ITB del CNR