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BiPday 2014 -- Notarangelo Pasquale
- 1. Science applications in Bc2S farm 19/12/2014 - Bari BiP Day - Seconda Giornata della Bioinformatica Pugliese Pasquale Notarangelo INFN Bari
- 2. Overview Introduzione Job Submission Tool (JST) Galaxy workflow management system ReCaS science gateway Supporto utenti 19/12/2014 - Bari BiP Day - Seconda Giornata della Bioinformatica Pugliese 2 Pasquale Notarangelo INFN Bari
- 3. Introduzione Linfrastruttura di calcolo INFN ReCaS Bari supporta diverse comunit scientifiche e gli esperimenti a loro connessi: Fisica delle alte energie Fisica teorica Telerilevamento Modellizzazione ambientale Lifescience (comunit bioinformatica, fisica medica, ecc) Fra tali comunit scientifiche riveste un ruolo di particolare rilievo quella di bioinformatica, in virt湛 delle collaborazioni nei vari progetti come BioVeL, Elixir, Lifewatch, ecc... Le applicazioni di bioinformatica: sono molto esigenti in termini di risorse computazionali oltre alle risorse di calcolo gli utenti hanno bisogno di monitorare in tempo reale lo stato delle loro attivit La ReCaS Farm di Bari offre un serie di tecnologie Grid/Cloud per soddisfare tali esigenze 19/12/2014 - Bari BiP Day - Seconda Giornata della Bioinformatica Pugliese 3 Pasquale Notarangelo INFN Bari
- 4. Strumenti per la bioinformatica I tools disponibili in ReCaS Farm Bari sono: JST Job Submission Tool Galaxy workflow management system ReCaS science gateway 19/12/2014 - Bari BiP Day - Seconda Giornata della Bioinformatica Pugliese 4 Pasquale Notarangelo INFN Bari
- 5. JST Job Submission Tool JST 竪 unapplicazione (Java) tramite cui 竪 possibile: sottomettere jobs monitorarne lo stato di esecuzione gestire automaticamente leventuale ri-esecuzione dei job falliti notificare allutente lesito delle sue esecuzioni JST nasconde all'utente la complessit di operare in un ambiente di calcolo eterogeneo e distribuito (Grid/Cloud/Cluster). 19/12/2014 - Bari BiP Day - Seconda Giornata della Bioinformatica Pugliese 5 Pasquale Notarangelo INFN Bari
- 6. JST Job Submission Tool Database: contiene la TaskList (elenco delle attivit da eseguire) ed i parametri di configurazione FrontEnd: utilizzato per interrogare la TaskList tramite Web Services (RESTful / SOAP). L'utente pu嘆 interagire con il FrontEnd: da un applicazioni client da un browser Web da un motore di workflow (es. Galaxy, Taverna, LONI, ...) da una combinazione di quanto sopra BackEnd: 竪 un demone configurabile che manda in esecuzione i jobs ed invia le notifiche all'utente. WebDav: server usato come repository per lo scambio di file con lutente. 19/12/2014 - Bari BiP Day - Seconda Giornata della Bioinformatica Pugliese 6 Pasquale Notarangelo INFN Bari
- 7. JST Job Submission Tool 19/12/2014 - Bari BiP Day - Seconda Giornata della Bioinformatica Pugliese 7 Pasquale Notarangelo INFN Bari Ad esecuzione terminata JST invia una mail allutente con: Informazioni circa lesito dellesecuzione Link per il download dei risultati
- 8. Galaxy workflow managent system Galaxy 竪 un open source, web- based Workflow Management System (WFMS), scritto in Python, tramite cui 竪 possibile prevalentemente eseguire, riprodurre e condividere analisi biomediche. Nel nostro centro di calcolo 竪 stata installata e personalizzata unistanza di Galaxy implementando una suite di tools dedicati. In particolare 竪 stato realizzato il workflow dellapplicazione BioMaS nelle sue due versioni Illumina e 454. 19/12/2014 - Bari BiP Day - Seconda Giornata della Bioinformatica Pugliese 8 Pasquale Notarangelo INFN Bari http://galaxy.cloud.ba.infn.it:8080/root
- 9. ReCaS Science Gateway Nellambito del PON ReCaS 竪 stata installata, presso lINFN-Bari, unistanza del Recas Science Gateway basata sul framework Liferay. Dal portale 竪 possibile accedere in maniera semplice all'Infrastruttura Grid/Cloud ed eseguire, mediante le risorse disponibili, diverse applicazioni tra cui: BioMaS (Applicazione di metagenomica) MsaPAD (Applicazione di filogenetica) Medical Physics (Applicazione di imaging medico) 19/12/2014 - Bari BiP Day - Seconda Giornata della Bioinformatica Pugliese 9 Pasquale Notarangelo INFN Bari https://recasgateway.ba.infn.it/
- 10. ReCaS Science Gateway Il portale supporta diverse forme di autenticazione basate sul meccanismo di autenticazione federata. possibile accedere tramite: Account social (gmail, facebook, ) Account istituzionali aderenti alla federazione 19/12/2014 - Bari BiP Day - Seconda Giornata della Bioinformatica Pugliese 10 Pasquale Notarangelo INFN Bari Login
- 11. Applicazioni in ReCaS Science Gateway 19/12/2014 - Bari BiP Day - Seconda Giornata della Bioinformatica Pugliese 11 Pasquale Notarangelo INFN Bari Medical Phisycs 竪 il frontend sviluppato dal gruppo di lavoro (Uniba e INFN-Bari) che studia le neuro immagini ed 竪 rivolta alla comunit di fisica medica. Attraverso lapplicazione web 竪 possibile, data unimmagine di risonanza magnetica, lestrazione automatica del cervello ed il calcolo del volume intracranico e la segmentazione dellippocampo. Avvalendosi della ReCaS farm sono stati fortemente ottimizzati i tempi computazionali (da giorni a ore) Lo scorso settembre i metodi sviluppati sono stati premiati al workshop internazionale promosso dalla Harward Medical School (MICCAI 2014 - Boston)
- 12. Applicazioni in ReCaS Science Gateway 19/12/2014 - Bari BiP Day - Seconda Giornata della Bioinformatica Pugliese 12 Pasquale Notarangelo INFN Bari Medical Phisycs 竪 il frontend sviluppato dal gruppo di lavoro (Uniba e INFN-Bari) che studia le neuro immagini ed 竪 rivolta alla comunit di fisica medica. Attraverso lapplicazione web 竪 possibile, data unimmagine di risonanza magnetica, lestrazione automatica del cervello ed il calcolo del volume intracranico e la segmentazione dellippocampo. Avvalendosi della ReCaS farm sono stati fortemente ottimizzati i tempi computazionali (da giorni a ore) Lo scorso settembre i metodi sviluppati sono stati premiati al workshop internazionale promosso dalla Harward Medical School (MICCAI 2014 - Boston) Esempio di output
- 13. Applicazioni in ReCaS Science Gateway 19/12/2014 - Bari BiP Day - Seconda Giornata della Bioinformatica Pugliese 13 Pasquale Notarangelo INFN Bari
- 14. Applicazioni in ReCaS Science Gateway 19/12/2014 - Bari BiP Day - Seconda Giornata della Bioinformatica Pugliese 14 Pasquale Notarangelo INFN Bari
- 15. Esempio di output di BioMaS 19/12/2014 - Bari BiP Day - Seconda Giornata della Bioinformatica Pugliese 15 Pasquale Notarangelo INFN Bari
- 16. Supporto agli utenti nella Farm Recas di Bari Email condivisa fra amministratori > supporto utenti (bc2s.help@gmail.com) Mailing list Utenti/Amministratori > Forum + supporto utenti (bc2s-users@lists.ba.infn.it) Account Skype condiviso fra amministratori > supporto utenti (bc2s.support) Sistema di Ticketing con Redmine > supporto utenti (http://redmine.ba.infn.it:3000/projects/bc2s/issues) Form online richiesta VM UNIBA (https://docs.google.com/forms/d/1siDKrV3OUZmp1NE2ja2J6qefXcxkJp5wgUYX2yFs6zE/viewform) Account Facebook (https://www.facebook.com/RecasBari) Account Twitter (https://twitter.com/RecasBari)