The document discusses developing novel molecular descriptors for antimicrobial peptides (AMPs) using machine learning methods. It aims to use distances between transmembrane proteins of different organisms as descriptors in quantitative structure-activity relationship (QSAR) models to improve selectivity predictions of AMPs. A workflow is proposed that involves selecting homogeneous AMP datasets, developing QSAR models using genetic algorithms and artificial neural networks, defining new distance-based metrics between proteomes, and testing the novel molecular descriptors.
The document discusses developing novel molecular descriptors for antimicrobial peptides (AMPs) using machine learning methods. It aims to use distances between transmembrane proteins of different organisms as descriptors in quantitative structure-activity relationship (QSAR) models to improve selectivity predictions of AMPs. A workflow is proposed that involves selecting homogeneous AMP datasets, developing QSAR models using genetic algorithms and artificial neural networks, defining new distance-based metrics between proteomes, and testing the novel molecular descriptors.
PREDICTION OF ANTIMICROBIAL PEPTIDES USING MACHINE LEARNING METHODSBilal Nizami
油
Increasing resistance toward the conventional antibiotics has become a global concern. Antimicrobial peptides (AMPs) are potential alternatives for conventional antibiotics. Due to cost related reasons in designing and synthesis of AMPs. Machine learning based prediction tools are indispensable.
Lo sviluppo storico e la definizione del concetto di mole. L'applicazione del concetto di mole nella stechiometria e per esprimere la concentrazione delle soluzioni.
Glycopeptide and peptide antibiotics have a variety of structures and mechanisms of action. Glycopeptides like vancomycin and teicoplanin contain cross-linked amino acids and sugars. They are effective against gram-positive bacteria by inhibiting cell wall synthesis. Peptide antibiotics contain amino acids or modified amino acids. Bacitracin inhibits cell wall synthesis by blocking dephosphorylation. Polymyxin B and colistin disrupt membranes. Gramicidin forms channels in membranes, disrupting the ion gradient.
A brief and simple guide to understand the basic principles of chemistry. Useful not for chemist: it\'s too simple! Soon new chapters and english translation.
This document is a thesis submitted by Federica Campana for a PhD in molecular dynamics investigations of drug-cell membrane interactions. It summarizes research on how drug molecules interact with and influence cell membranes. Key findings include that membrane cholesterol content influences the effects of membrane fluidizers and heat shock protein co-inducers. Hydroxylamine derivatives were found to modify membrane physical state and induce heat shock proteins. Hydroxy arachidonic acid was identified as a potential new non-steroidal anti-inflammatory drug that targets cyclooxygenase enzymes with less affinity than arachidonic acid.
This document summarizes Federica Campana's doctoral thesis on investigating drug-cell membrane interactions using molecular dynamics simulations. The thesis examines how membrane composition influences the effects of membrane fluidizers and heat shock protein co-inducers. It also analyzes the binding of anti-inflammatory molecules like hydroxyarachidonic acid to cyclooxygenase enzymes. The overall goal is to better understand how drug molecules interact with and modulate lipid bilayer properties at a molecular level.
The document summarizes 4 projects being conducted as part of a PhD program:
1) Studying the effect of G protein lipids on membrane structure using molecular dynamics simulations. Results show the lipids interact differently with the membrane.
2) Examining 2-hydroxy arachidonic acid as a potential anti-inflammatory drug through binding energy and docking analyses with COX enzymes. It may have advantages over arachidonic acid.
3) Investigating how the drug BGP-15 remodels plasma membrane rafts using density profiles. It enhances docking with cholesterol-rich regions and increases order.
4) Developing GRIMD, a system for distributed molecular dynamics simulations across multiple machines
This document provides a summary of the history of MDMA from its discovery and early uses in psychotherapy to its prohibition and rise in recreational use. Some key points:
- MDMA was first synthesized in 1912 and studied by the US Army for potential use in chemical warfare in the 1950s. Psychotherapist Leo Zeff popularized its use in therapy in the 1970s, calling it "Adam".
- MDMA gained popularity in psychotherapy in the 1980s but its recreational use also increased, especially in the rave scene. Catholic priest Michael Clegg popularized the name "Ecstasy".
- The DEA banned MDMA in 1985 despite protests from therapists about its benefits. Its legal status fluctuated but
This document summarizes a study that used molecular dynamics (MD) simulations and mesoscopic simulations to model the compatibility of polystyrene (PS) and poly(methyl methacrylate) (PMMA) blends. The study calculated Flory-Huggins interaction parameters via MD simulations which indicated immiscibility. Mesoscopic simulations then examined how the phase morphology of PS/PMMA blends was influenced by adding a block copolymer, applying shear, doping with nanoparticles, and surface roughness. The study provided insights into using inducing effects to control phase separation in polymer blends.
1. Flexible protein-protein docking is challenging due to the large number of degrees of freedom which increases computational time and the likelihood of false positives.
2. Existing docking methods limit flexibility to certain types of motions like backbone or side chain flexibility. They often only allow one protein to be flexible.
3. Flexible docking is generally divided into preprocessing, rigid docking, refinement, and scoring stages. In preprocessing, flexible regions are identified and modeled. Rigid docking generates initial solutions which refinement then optimizes with small motions and adjustments. Scoring ranks solutions by parameters like binding energy.
1) The document describes molecular dynamics simulations studying the interactions of palmitic acid, myristic acid, and geranylgeraniol lipids with model cell membranes, and the interactions of the antitumor molecule BGP-15 with sphingomyelin-cholesterol membrane bilayers.
2) The simulations showed that palmitic acid and myristic acid interact more strongly with phosphatidylcholine membranes than geranylgeraniol, which decreases membrane pressure. Geranylgeraniol also increases non-lamellar membrane phases.
3) The BGP-15 simulations revealed that BGP-15 spontaneously inserts into sphingomyelin-cholesterol
Excellence in Business Communication 11th Edition Thill Solutions Manualadohhavlas
油
Excellence in Business Communication 11th Edition Thill Solutions Manual
Excellence in Business Communication 11th Edition Thill Solutions Manual
Excellence in Business Communication 11th Edition Thill Solutions Manual
Accounting Information Systems 7th Edition Hall Test Banksaizarrobel
油
Accounting Information Systems 7th Edition Hall Test Bank
Accounting Information Systems 7th Edition Hall Test Bank
Accounting Information Systems 7th Edition Hall Test Bank
Information Systems Today Managing in the Digital World 7th Edition Valacich ...nonasebit
油
Information Systems Today Managing in the Digital World 7th Edition Valacich Test Bank
Information Systems Today Managing in the Digital World 7th Edition Valacich Test Bank
Information Systems Today Managing in the Digital World 7th Edition Valacich Test Bank
Database Systems Design Implementation and Management 11th Edition Coronel Te...agnispothof
油
Database Systems Design Implementation and Management 11th Edition Coronel Test Bank
Database Systems Design Implementation and Management 11th Edition Coronel Test Bank
Database Systems Design Implementation and Management 11th Edition Coronel Test Bank
Solution Manual for Managing Human Resources, 17th Edition, Scott Snell, Shad...dijiewelf
油
Solution Manual for Managing Human Resources, 17th Edition, Scott Snell, Shad Morris, George W. Bohlander
Solution Manual for Managing Human Resources, 17th Edition, Scott Snell, Shad Morris, George W. Bohlander
Solution Manual for Managing Human Resources, 17th Edition, Scott Snell, Shad Morris, George W. Bohlander
Understanding Renewable Energy Systems 2nd Edition Volker Quaschningmetabammeth
油
Understanding Renewable Energy Systems 2nd Edition Volker Quaschning
Understanding Renewable Energy Systems 2nd Edition Volker Quaschning
Understanding Renewable Energy Systems 2nd Edition Volker Quaschning
Living in the Environment 18th Edition Miller Solutions Manualridellrystam
油
Living in the Environment 18th Edition Miller Solutions Manual
Living in the Environment 18th Edition Miller Solutions Manual
Living in the Environment 18th Edition Miller Solutions Manual
Coal Research and Development to Support National Energy Policy Technologytparandukany
油
Coal Research and Development to Support National Energy Policy Technology
Coal Research and Development to Support National Energy Policy Technology
Coal Research and Development to Support National Energy Policy Technology
Solution Manual for Principles of Supply Chain Management A Balanced Approach...picigaschopf
油
Solution Manual for Principles of Supply Chain Management A Balanced Approach 3rd Edition by Wisner
Solution Manual for Principles of Supply Chain Management A Balanced Approach 3rd Edition by Wisner
Solution Manual for Principles of Supply Chain Management A Balanced Approach 3rd Edition by Wisner
Italy University of Naples Federico II (UNINA)
Across two MOOW events, UNINA students created a wide range of social-impact-focused digital projects. Common themes included mental health, inclusive education, and innovative learning tools:
Test Bank for Preface to Marketing Management, 12 Edition : J. Paul Peteraynaciszymik
油
Test Bank for Preface to Marketing Management, 12 Edition : J. Paul Peter
Test Bank for Preface to Marketing Management, 12 Edition : J. Paul Peter
Test Bank for Preface to Marketing Management, 12 Edition : J. Paul Peter
Marketing An Introduction 11th Edition Armstrong Test Bankpakirankhobo
油
Marketing An Introduction 11th Edition Armstrong Test Bank
Marketing An Introduction 11th Edition Armstrong Test Bank
Marketing An Introduction 11th Edition Armstrong Test Bank
2. Lezione 8 Bilanciamenti di materia Calcoli stechiometrici Reagenti in eccesso e in difetto Formule minime e molecolari
3. Reagente in eccesso e in difetto Il reagente in difetto (reagente limitante) 竪 quello che in una reazione quantitativa si consuma completamente. 1CH 4 + 2O 2 CO 2 + 2H 2 O 16g 48g Corrispondono a 1 mole 1.5 moli Il rapporto tra le moli necessario per una reazione completa deve essere pari al rapporto stechiometrico (nellesempio 遜) n (CH 4 ) = 1 mole > 1 in questo caso il rapporto in n (O2) 1.5 moli 2 moli 竪 superiore al rapporto stechiometrico CH4 竪 in eccesso e lossigeno 竪 limitante
4. Esercizio 1 Bilanciare la seguente reazione chimica e calcolare quanti grammi di CO 2 si ottengono facendo reagire 2.00 g di CH 4 con 3.00 g di O 2 . (p.a. C=12.01; p.a. O=16.00; p.a. H=1.008) CH 4 + O 2 CO 2 + H 2 O
5. Esercizio 2 Bilanciare la seguente reazione chimica (per tentativi) e calcolare quanti grammi di CO 2 si ottengono facendo reagire 4.00 g di O 2 con 8.00 g di C 6 H 12 O 6 . (p.a. C=12.01; p.a. O=16.00; p.a. H=1.008) O 2 + C 6 H 12 O 6 CO 2 + H 2 O
6. Esercizio 3 Calcolare i grammi di MgBr 2 che si ottengono quando si mettono a reagire 48.02 g di AlBr 3 con 38.53 g di MgSO 4 , secondo la seguente reazione da bilanciare ( bilanciare mediante bilanciamento analitico dei singoli elementi ): a AlBr 3 + b MgSO 4 -> c Al 2 (SO 4 ) 3 + d MgBr 2 (p.a. Al = 26.98; p.a. Br = 79.92; p.a. O = 16.00; p.a. Mg = 24.32; p.a. S = 32.07)
7. Esercizio 4 Calcolare i grammi di Al 2 (SO 4 ) 3 che si ottengono quando si mettono a reagire 33.34 g di AlCl 3 con 46.88 g di Na 2 SO 4 , secondo la seguente reazione da bilanciare ( bilanciare mediante bilanciamento analitico dei singoli elementi ): a AlCl 3 + b Na 2 SO 4 -> c Al 2 (SO 4 ) 3 + d NaCl (p.a. Al = 26.98; p.a. Cl = 35.46; p.a. Na = 22.99; p.a. S = 32.07; p.a. O = 16.00)
8. Esercizio 5 Calcolare i grammi di Mg 3 (PO 4 ) 2 che si ottengono quando si mettono a reagire 21.11 g di Mg 2 SiO 4 con 30.49 g di AlPO 4 , secondo la seguente reazione da bilanciare ( bilanciare mediante bilanciamento analitico dei singoli elementi ): a Mg 2 SiO 4 + b AlPO 4 -> c Mg 3 (PO 4 ) 2 + d Al 4 (SiO 4 ) 3 (p.a. Mg = 24.32; p.a. Si = 28.09; p.a. O = 16.00; p.a. Al = 26.98; p.a. P = 30.98)
9. Esercizio 6 Un composto organico, di peso molecolare 186.132, 竪 costituito dal 38.71 % in peso di carbonio, 4.87 % di idrogeno, 25.79 % di ossigeno, 30.62% di fluoro. Si calcoli la formula molecolare del composto. (p.a. C = 12.01; p.a. H = 1.008 ; p.a. F = 19.00; p.a. O =16.00).
10. Esercizio 7 1) Un composto organico, di peso molecolare 120.156, 竪 costituito dal 39.98 % in peso di carbonio, 10.07 % di idrogeno, 26.63 % di ossigeno, 23.32 % di azoto. Si calcoli la formula molecolare del composto. (p.a. C = 12.01; p.a. H = 1.008 ; p.a. N = 14.01; p.a. O =16.00).
11. Lezione 9 Teoria del legame di valenva Ibridazione (I) Dr. Simona Concilio Universit di Salerno
12. Lezione 9 Teoria della VB Sovrapposizione di orbitali atomici Correzione alla geometria molecolare: Ibridazione Ibridi sp, sp 2 ed sp 3 Esempi di molecole
13. Legame covalente 2 teorie di legame Valence Bond (VB) Nata con Lewis e sviluppata da Pauling Orbitali molecolari (MO) Nata da Condon, Heitler, London e sviluppata da R. Mulliken
14. Forze attrattive e repulsive nel legame covalente Le attrazioni nucleo-elettrone e le repulsioni nucleo-nucleo ed elettrone-elettrone avvengono simultaneamente. In corrispondenza di una certa distanza ottimale (la lunghezza di legame ), le forze attrattive equilibrano le forze repulsive. Lattrazione esercitata dai nuclei sugli elettroni condivisi determina l energia di legame .
15. VALENCE BOND THEORY Linus Pauling orbitali atomici semi occupati si sovrappongono per formare legami le coppie di elettroni di legame sono localizzate tra gli atomi gli elettroni non leganti sono localizzati sugli atomi Il numero massimo di legami che un atomo pu嘆 formare 竪 pari al numero di orbitali utilizzabili contenenti un elettrone (la valenza ) In generale ogni atomo accoppiando tutti gli elettroni negli orbitali, arriva alla configurazione di guscio completo (regola del gas nobile).
17. La sovrapposizione di orbitali atomici Un legame covalente 竪 formato da una coppia di elettroni a spin antiparallelo condivisa da due atomi. Un legame covalente deriva dalla sovrapposizione (o compenetrazione) di due orbitali di due atomi che complessivamente contengono due elettroni. Larea in comune ai due orbitali 竪 detta area di sovrapposizione. Il legame 竪 tanto pi湛 stabile quanto maggiore 竪 la sovrapposizione fra gli orbitali. Poich辿 gli elettroni sono indistinguibili, il legame pu嘆 essere formato anche dalla sovrapposizione di un orbitale vuoto di un atomo con un orbitale contenente due elettroni di un altro atomo -> legame dativo
20. Forza e lunghezza di legame Legame : la zona di ricopertura di due orbitali si trova sulla congiungente i due nuclei ed 竪 compresa fra questi. Legame : la zona di ricoperture di due orbitali si trova fuori della congiungente dei due nuclei. La ricopertura degli orbitali risulta sempre minore di quella degli orbitali , per cui un legame 竪 sempre meno forte di un legame . Allaumentare dellordine di legame aumenta lenergia del legame e diminuisce la lunghezza di legame, per cui diminuisce la distanza fra i nuclei legati. Es. N N , N=N, NN hanno energie: 946, 418, 160 kJ/mol, e distanze 0,110, 0,125 e 0,145 nm.
21. Es. Molecola di Idrogeno H 2 Lorbitale di legame che deriva dalla fusione di 2 orbitali s si chiama orbitale e il legame si dice legame . Questo orbitale ha forma elongata e simmetria cilindrica, con lasse pi湛 lungo giacente sulla linea che unisce i due nuclei
23. La molecola dellazoto: N 2 Ciascun atomo di azoto (1s 2 2s 2 2p 3 ) mette a comune con laltro atomo i 3 elettroni p dispari, realizzando la struttura di ottetto e dando luogo alla formazione di un triplo legame . Poich辿 gli orbitali p sono ortogonali fra loro, i px si ricoprono lungo la congiungente dei due nuclei formando un legame s, mentre gli altri 2 orbitali py e pz si ricoprono due a due formando 2 legami di tipo .
24. Il legame e nelle molecole biatomiche Legami e nella molecola di O 2 Legami e nella molecola di N 2
25. La sovrapposizione degli orbitali atomici suggerisce un angolo di legame di 90属. Levidenza sperimentale dice che langolo HOH 竪 di 105属.
26. Levidenza sperimentale dice che nella molecola di metano (CH 4 ) i 4 legami sono uguali e la molecola ha geometria tetraedrica, con angoli di legame HCH di 109,5属.
27. La configurazione elettronica a minima energia per un atomo di C isolato 竪: 1 s 2 2 s 2 2 p 2 La configurazione elettronica a minima energia per un atomo di C legato 竪: 1 s 2 2 s 1 2 p 3 con valenza =4 Ma anche in questo stato il C non ha 4 orbitali atomici equivalentinon si spiega la geometria del metano!
28. Risolviamo il problema della geometria: libridazione (Pauling 1931) Orbitali ibridi risultano dallincrocio (o ibridizzazione) degli orbitali atomici primitivi propri dellatomo isolato. Dal numero e dal tipo degli orbitali atomici puri che insieme contribuiscono alla formazione di un orbitale ibrido dipende la forma di questo e la sua orientazione nello spazio. Solo orbitali atomici con energie vicine possono ibridarsi poich辿 a ci嘆 corrisponde la massima sovrapposizione . Dallibridazione di n orbitali atomici puri derivano altrettanti orbitali ibridi. Gli orbitali ibridi hanno tutti la stessa energia (sono degeneri ) intermedia fra quella degli orbitali di partenza.
29. Gli orbitali ibridi sp 3 in CH 4 Nel metano, i quattro orbitali sp 3 di C sono orientati verso i vertici di un tetraedro e si sovrappongono agli orbitali 1 s di quattro atomi di H. Espansione di valenza e mescolamento
30. Ibridazione I Come si formano i 2 orbitali sp Come si formano i 3 orbitali sp 2 Come si formano i 4 orbitali sp 3
32. p character s character Bonding orbital 80% 20% Lone pair orbital 70% 30%
33. p character s character Bonding orbital 77% 23% Lone pair orbital 69% 31%
34. Gli orbitali ibridi sp 2 in BF 3 I tre orbitali ibridi sp 2 di B sono orientati a 120属 luno rispetto allaltro, e lorbitale 2 p non ibridato 竪 perpendicolare al piano di legame trigonale.
36. Rotazione limitata delle molecole con legami A. Il cis - e B. il trans -1,2-dicloroetilene esistono come molecole distinte perch辿 il legame p tra gli atomi di C limita la rotazione e mantiene due differenti posizioni relative degli atomi di H e di Cl.