This document discusses primer design for PCR, noting that local software like Primer premier5 and Oligo 6.1 or web-based tools like Primer3 can be used. It also lists several principles for effective primer design, such as base composition, length, avoiding repeats/self-complementary sequences, cross dimerization, melting temperature, 3' termini, and priming sites.
This document discusses primer design for PCR, noting that local software like Primer premier5 and Oligo 6.1 or web-based tools like Primer3 can be used. It also lists several principles for effective primer design, such as base composition, length, avoiding repeats/self-complementary sequences, cross dimerization, melting temperature, 3' termini, and priming sites.
PCR and primer design require primers to meet certain criteria. Primers should be unique in the target sequence and non-unique in potential contaminants. The length should be 17-28 bases and the melting temperature between 52-65°C. The GC content should be around 50-60% and avoid secondary structures like hairpins or dimers. Computer programs can assist in optimizing primers. Advanced designs include universal primers for multiple targets and "guessmer" primers when sequences are unavailable.
Multiplex Ligation- Dependent Probe Amplification (50 kadar farklı genomik DNA veya RNA dizisindeki normal olmayan kopya sayısının tespitini sağlayan bir multipleks PCR yöntemi)
A patient's guide to making sense of the sperm test ( semen analysis ) report. The semen analysis report is the basic test for testing a man's fertility. It's a surprisingly complex test to interpret correctly ! If you need help in making sense of your sperm test report, please download this interactive pdf file !
Primer design is important for PCR, cDNA synthesis, and DNA sequencing. There are general guidelines for primer design such as 18-30 base pairs in length, 40-60% GC content, melting temperature between 55-66°C. Primers should avoid secondary structures and mismatches at the 3' end. Common programs for primer design are Primer-BLAST and Primer3, which check specificity and secondary structures. Manual design is used for universal primers from multiple sequence alignments. The primers are then checked and optimized before being ordered and used in PCR experiments.
This document provides instructions for designing primers for PCR using the Primer3 website. It explains that PCR involves cycling between DNA denaturation, annealing of primers, and elongation to amplify a target DNA sequence. Good primers are around 20 nucleotides long with a GC percentage of 50-60% and melting temperature around 60°C. The document guides obtaining a target DNA sequence from NCBI and using Primer3 to design primers, specifying amplicon size and target region. It recommends checking primer specificity using NCBI BLAST.
The document discusses different methods for primer design: Gene Runner, Oligo 6, Primer 3, and manual design. It outlines the manual primer design process, which involves using a reference sequence from NCBI, aligning sequences with Mega 4, selecting a target sequence region, running a BLAST search on NCBI, analyzing melting temperatures and secondary structures with software tools, and checking for potential false priming. The document also mentions using Gene Runner for sequence insertion and analyzing oligo length, position number, and potential non-specific bands when manually designing primers for the HCV genome.
This document provides guidance for standardizing the process of semen analysis according to the 5th edition of the WHO laboratory manual. It outlines the aims, learning objectives, and steps for proper sample collection, handling, and analysis. Key points covered include assessing liquefaction time, viscosity, volume, pH, and motility using categories and acceptable difference tables. Case studies are presented to demonstrate how to document results for various clinical scenarios. The goal is to implement best practices for semen evaluation and quality control testing according to WHO standards.
This document provides information about evaluating semen quality through various tests and examinations. It describes how to collect and transport semen samples, the normal characteristics of semen, and different abnormalities that can be detected through physical, microscopic, biochemical and other analyses of semen samples. The goal of semen analysis is to assess male fertility and detect any issues that may be causing infertility.
Office hysteroscopy can be performed safely in an outpatient setting for evaluating causes of infertility, abnormal uterine bleeding, and pregnancy loss. It allows direct visualization of the uterine cavity to diagnose and treat conditions like polyps, fibroids, and adhesions. Studies show office hysteroscopy has a low complication rate and higher success rates when used before IVF compared to IVF alone.
This document discusses different methods for endometrial preparation in frozen embryo transfer cycles. It summarizes that:
1) Natural cycles can be used for younger patients but have limitations like irregular cycles and difficulty timing ovulation.
2) Hormonally controlled cycles using estrogen and progesterone with or without GnRH agonists are effective options. Exogenous hormone administration without GnRH agonists is now commonly used as it is simple and effective.
3) Factors like embryo quality and endometrial thickness predict success, but preparation method, hormone type/administration, and cryostorage length do not affect outcomes. The best predictors are good quality embryos and a tri-laminar endometrial pattern.
1. PREÄ°MPLANTASYON GENETÄ°K TANI Doç. Dr. Muammer DoÄŸan ÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌý Ìý ÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌý Ìý ÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌý
2. PGD Asıl düşünce doğal gebelik ve prenatal tanı. PGD- IVF sonrası oluşan embryo. Oosit veya embryonal materyalin spesifik genetik anormallikler açısından invitro kültür ortamlarında test edilmesi. Tanı sonrası etkilenmemiş embryoların selektif transferi.
3. PGD Konjenital geçişli hastalık taşıyıcılarının hastalığı çocuklarına geçirmeleri konusunda klinik bilgi vererek yardım. Kesin sensitif ve hızlı tanı (12-48 saat)
6. PGD- Kimlere ? Kromozomal anormalikleri olan infertil çiftler, CF taşıyıcıları veya Y kromozomal delesyonu olanlar Kromozomal anomali nedenli tekrarlayan düşükler Tekrarlayan IVF başarısızlığı Terminasyona dini veya ahlaksal karşı olma?
9. ²Ñ·¡°´¡±·Ä°° Cam mikroiÄŸne ZP’ da V veya ⊔ flap kaldırımı Fazla zaman alır, ileri tecrübe gerektirir. Verlisky Y, An atlas of PGD 2000.
10. KÄ°MYASAL 12 mm pipet Asit Tyrode (Ph 2.35) Bastomer 3 hizasına getirilir. Ä°lk kullanılan ve halen en sık tercih edilen yöntemdir. ESHRE PGD Consortium Steering Committee Hum Reprod 2000;15:2673. Ìý ÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌý
11. KONTAKT LAZER Nontouch microdrilling. Embryoyu kültür mediumundan almak gerekmez. Germond M Hum Reprod 1996;11:1043 . Hızlı en kesin ve güvenilir yöntemdir. En sık kullanılan rutin yöntem olabilmesi için insan embryosundaki güvenirliği tam ispatlanmamıştır. ESHRE PGD Consortium Steering Committee Hum Reprod 2000;15:2673.
12. KONTAKT LAZER Alınacak blastomer 3 hizasına getirilir. Hücreli blastomer seçilir.( DNA analizi) Hücre görülemiyorsa blastomer büyüklüğü ve sitoplazma görüntüsüne göre seçim yapılır. 30-40 μm cam pipet Biopsi sonrası alınan hücre mikromaniplasyon dish’inde ve oda sıcaklığında bırakılabilir .
13. Embryoların implantasyon öncesi taraması yeni değildir. Tavşan blastokist biopsisi ile sex -spesifik kromatin örnekleri kullanımı. Gardner RL, Edwards RG Nature 1968 ; 218:346. PGD .
14. PGD PGD için PCR yapılan tüm olgularda ICSI önerilmektedir. ( IVF sonrası zona pellücidada kalabilecek fazla spermler paternal DNA ile PCR reaksiyonunu kontamine ederek yanlış tanıya yol açabilir.)
15. Bazı PGD merkezlerinde istenmeyen FF den kaçınmak için rutin ICSI uygulanmaktadır. Vandervorst M, Hum Reprod Update 2000;6:364.
24. CLEAVAGE STAGE – BLASTOMER BİOPSİSİ Mg ve Ca içermeyen kültürlerde kısa süreli inkübasyon yapılarak sellüler bağlantılar zayıflatılır. Hücreler arası adezyon ve bağlantı bölgeleri serbestleştirilir ve işlem kolaylaşır. De Vos & Van Steirteghem AC, Prenat Diagn 2001;21:767 .
25. CLEAVAGE STAGE –BLASTOMER BİOPSİSİ 1 v 2 cell Alınımı? İki hücre alımı ile embryonik hücre kitlesi azalır ve gelişim kapasitesi azalabilir. İki hücrenin tanısı da benzerse tanı etkinliği artar. İki hücre tanısı arasındaki farklılık ET etkileyerek PR’ azaltır. DeVos & Van Steirteghem AC, Prenat Diag 2001;21:767. Lewis CM, Hum Reprod 2001;16:43. Van de Velde H, Prenat Diag 2000;20:1030.
26. BLASTOKÄ°ST BÄ°OPSÄ°SÄ° D5-D6 uygulanır. KliniÄŸe rutin girmemiÅŸtir. Embryo 300’ den fazla hücre içerir. PB ve cleavage stage embryodan daha fazla hücre alınabilir. (DoÄŸru ve yeterli tanı) Tanı süresi kısalır.Ama her zaman yeterli embryo olmayabilir Trophectoderm hücreler alınır. (Erken CVS) ICM (fetal kısım) hasarı olmaz. (Etik sorunlar azalır.) Ìý ÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌý ÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌý
27. BLASTOKİST BİOPSİSİ ZP ‘da delik açılır . Özel iğnelerle yumuşak ayırma hareketleri veya trophectodermal vesikülün herniasyonu sonrası hücreler alınabilir. ( 10 hücre. Erken gelişim etkilenmez Viega A, Zygote 1997;5:351.
28. BLASTOKİST BİOPSİSİ Sequential medium kullanımı , biopsi sonrası canlı doğumlar uygulanımı cesaretlendirip yaygınlaştırdı. Gardner DK, Hum Reprod 1998;13:3434. Blastokist biopsisi ve PGD analizi ile ilk canlı doğum. De Boer K, Reprod Biomed Online 2002;4:35. Biyopsi sonrası fötal gelişim etkilenimi açısından yeterli bilgi yoktur.
30. BİOPSİ SONRASI KRYOPREZERVASYON PB Biopsisi Lee M, Fertil Steril 2000;73:645. Cleavage stage embryo biyopsisi Wilton LJ, N Engl J Med 2001;345:1537 sonrası frozen ET gebelikleri bildirilmiştir.
31. Genetik tanı sonrası fazla embryonun rutin freezing’ i ? Cleavage stage emb. -> Blastokist -> freezing -> ET (IR %25) Lalic I, Hum Reprod 2001;16:32.
45. PGD Embryonik hücre sitoplazmik enzim aktivitesi değerlendirimi ilk kez PGD ile başarıldı. Severe combined immunodeficiency disorder Adenosine deaminase deficiency Benson C;1988 , Monk M ; 1987. Lesch-Nyhan Syndrome Hypoxanthinephosphoribosyl transferase deficiency Tay-Sachs Disease Hexosaminidase deficiency Sermon K ; 1992.
46. PGD - YANLIŞ TANI PCR Allelic drop out (ADO- Allellerden birinin saptanabilecek düzeylere çoğaltımındaki yetersizlik) %10 Kontaminasyon – sperm /kümülüs/ DNA/ hücreler (operatör) Mozaisizm Total PCR yetersizliği
47. PGD - YANLIÅž TANI FISH Kontaminasyon – kümülüs Mozaisizm Arka planda boyanma Zayıf sinyal Nükleus kaybı Cross hibridizasyon Ìý ÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌýÌý
48. PGD - SINIRLAMALAR Multistep bir işlem Reprodüktif tıp ve genetik tecrübesini birlikte gerektirir. Tek hücreden tanı zorluğu Allelic drop out (PCR) Mozaisizm
55. PGD-SONUÇ Reprodüktif tıpta 10 yıllık PGD tecrübesi ~ 2500 siklus PGD terapötik abortusa alternatif bir yöntemdir.Etkilenmiş fetusları belirlemede güvenilirdir. PGD özellikle anoploidi taramasında etkin olup, seçilmiş patolojilerde eve sağlıklı bebek götürme oranlarını yükseltir. Yine de PGD nin etkinliğine rağmen prenatal tanı ilk tercih olmalıdır.