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情報統計学


         2 変量データの分析
                20110520 scale 修正
        20120502  スライド追加(散布図)
2 変量データ                           2




          2 変量データではあるが
          ? それぞれの変量を 1 変量データとして
             1. 代表値
             2. 散布度
             3. ヒストグラム,ボックスプロット
          などで分析できる。
データの登録                                    3

データを登録,読み込む方法
? weight という名前で登録し,その後, bodydata という形でま
  とめる。




? bodydata として行列で登録
ファイルからデータを読み込む(重要)                                         4

? data1.txt というデータファイルがあるとする。スペース or タ
  ブ区切り。



? data1.csv という CSV ファイルを読み込むには



                   ? data1-1.csv という CSV ファイ
? データを確認してみよう        ルbodydata <-read.csv("data1-1.csv")
                     >
データの一部を取り出す                               5

? まず, 1 変量ずつ分析するため,一部を取り出そう




? height, weight それぞれについて一変量の分析を行う。
  ? 関数 one.var.analysis をつくってあるのでそれを使う。
6
2 変量の分析                                                                                        7

? 并行箱ひげ図
  > boxplot(height, weight, names=c(”height”, ”weight”))

  ちなみに

  > boxplot(as.vector(scale(height)), as.vector(scale(weight)), names=c(“height”, “weight”))

  とすれば ???




 単位の異なる変数、
 数値の桁が異なる変数
 の平行箱ひげ図は
 意味が無い!ことが多い
散布図 plot
plot(bodydata)
plot(height,weight)
plot(weight~height)


                         45
                         40
                weight

                         35
                         30




                              140   145        150   155   160

                                          height
回帰直线                      9

? 散布図から右上がり,右下がりの直線的な傾向
回帰直线の導出   10
11




回帰分析の結果を bodylm に保存
12
散布図に回帰直线を追加する。   13
共分散?相関係数                                    14

 ? 散布図→直線的な傾向(回帰直线を引く)
 ? 直線的傾向の強弱を数値化
     ? 右上がりか右下がりか
     ? どれだけ直線的傾向があるか




       平均で分割した象限



第 I ,第 III 象限のデータ数」>「第 II ,第 IV 象限のデータ数」の場合には右上が
第 I ,第 III 象限のデータ数」<「第 II ,第 IV 象限のデータ数」の場合には右下が
傾向
15

? 「第 I ,第 III 象限のデータ数」 - 「第 II ,第 IV 象限のデー
  タ数」
  ? 正の場合は右上がり
  ? 負の場合は右下がり

  ? 最大の値は n – 0 = n
  ? 最小の値は 0 – n = – n
  2 つのデータでデータサイズが異なると (nA と nB など),値により比較が
    しにくい。


? 比較しやすいようにデータ数で割る

                   範囲は,-1から1
                ± 1に近いほど傾向が強い


? ケンドール
后のために别表现                 16




           ケンドールの τ 係数
共分散             17




? 共分散

? データの単位に関係する
? どの程度強いか判定しに
  くい。
18

? → 各軸からの距離を標準偏差で割った値にする




              相関係数
R における共分散,相関係数                 19


? R で共分散を計算するには
 ? cov を使う
 cov(height, weight)
    ? var でも計算できる
 ? n-1 で割っていることを確認すること。 P 37


? R で相関係数を計算
 ? cor を使う
 ? cor(height, weight)

 ? この例では, 0.851212
相関係数の性质            20

? -1 ≦ r xy≦1
? 完全相関 r xy = ±1
    1本の直線上にすべて
  の点
? 無相関  r xy =0
  相関(直線的な傾向)が無
  い

? 計算結果が 0 だとしても関
  係がないわけではない
   ? 直線的な関係以外
-1 ≦ r xy≦1   21
完全相関            22




       つまり直線状
散布図と相関係数                      23

? 散布図を見て,相関係数の値を読み取れるように練習。
? testcor()



? 誤差は ±0.1 の範囲で。
顺位相関係数                          24

? データが順位( 1 位, 2 位,???)で与えられている場合
  の相関係数→顺位相関係数

? スピアマンの顺位相関係数
 ? 順位を普通のデータとして相関係数を計算




         A と B の相関係数
25

? 順位の平均,分散
 ? データは順位なので, 1 から n が一度ずつ出てくる。
26

? 共分散
27

? よって相関係数は




             スピアマンの顺位相関係数
ケンドールの顺位相関係数                       28

? 順位を全部に対してつけるのは難しい。
 ? 順位をつけられない場合もある
? n 個の対象から取り出した nC2 組の 2 つの組み合わせに対して
  大小関係をつける。

? A,B の 2 名に大小関係をつけてもらう
 ? 一致した組数  K
 ? 不一致の組数  L
 ? M=K+L


? このとき              ケンドールの順位相関係
                         数
レポート
? 2 変量データ  cars データに対して分析を行え。
? しめきり
 ?   月   日   時
多変量データのグラフ表现                            30

? iris データ
  ? 3 種類のアイリス(アヤメ)について各 50 個の花を, 4 ヶ所ずつ測定
    したデータ
      ? がくの長さ
      ? がくの幅
      ? 花弁の長さ
      ? 花弁の幅
? 有名なデータで,統計の分野では,よく利用される。
? iris で確認できる。
并行箱ひげ図                                                             31




     8
     6
     4
     2
     0




         Sepal.Length   Sepal.Width   Petal.Length   Petal.Width
散布図行列                                                                                32

?   pairs(iris[1:4])
?   pairs(iris[1:4],pch=21,bg = c("red", "green3", "blue")[unclass(iris$Species)])
3 次元散布図                                                                 33

library(rgl)
rgl.points(iris[1:50,1], iris[1:50,2], iris[1:50,3], color="red", size=3)
rgl.points(iris[51:100,1], iris[51:100,2], iris[51:100,3], color="green",
   size=3)
rgl.points(iris[101:150,1], iris[101:150,2], iris[101:150,3],
   color="blue", size=3)
rgl.lines(c(0, max(iris[, 1])), c(0, 0), c(0, 0))
rgl.lines(c(0, 0), c(0, max(iris[, 2])), c(0, 0))
rgl.lines(c(0, 0), c(0, 0), c(0, max(iris[, 3])))
text3d(max(iris[, 1]), 0, 0, text = "X")
text3d(0, max(iris[, 2]), 0, text = "Y")
text3d(0, 0, max(iris[, 3]), text = "Z")
パッケージのインストール
? > library(rgl)
   以下にエラー library(rgl) : 'rgl' という名前のパッケージはあ
  りません

? パッケージ「 rgl 」がインストールされていない。
? Rgui ウィンドウのメニュー「パッケージ」より
  ? CRAN ミラーサイトの設定
     ? Japan(Aizu)  を選択(日本のどこでも可)
  ? パッケージのインストール
     ? rgl  を選択
35
平行座标プロット                                       36

library(MASS)
 parcoord(iris[1:4], col = 1 + (0:149)%/%50)
散布図と相関係数                      37

? 散布図を見て,相関係数の値を読み取れるように練習。
? testcor()



? 誤差は ±0.1 の範囲で。
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  • 1. 1 情報統計学 2 変量データの分析 20110520 scale 修正 20120502  スライド追加(散布図)
  • 2. 2 変量データ 2 2 変量データではあるが ? それぞれの変量を 1 変量データとして 1. 代表値 2. 散布度 3. ヒストグラム,ボックスプロット などで分析できる。
  • 3. データの登録 3 データを登録,読み込む方法 ? weight という名前で登録し,その後, bodydata という形でま とめる。 ? bodydata として行列で登録
  • 4. ファイルからデータを読み込む(重要) 4 ? data1.txt というデータファイルがあるとする。スペース or タ ブ区切り。 ? data1.csv という CSV ファイルを読み込むには ? data1-1.csv という CSV ファイ ? データを確認してみよう ルbodydata <-read.csv("data1-1.csv") >
  • 5. データの一部を取り出す 5 ? まず, 1 変量ずつ分析するため,一部を取り出そう ? height, weight それぞれについて一変量の分析を行う。 ? 関数 one.var.analysis をつくってあるのでそれを使う。
  • 6. 6
  • 7. 2 変量の分析 7 ? 并行箱ひげ図 > boxplot(height, weight, names=c(”height”, ”weight”)) ちなみに > boxplot(as.vector(scale(height)), as.vector(scale(weight)), names=c(“height”, “weight”)) とすれば ??? 単位の異なる変数、 数値の桁が異なる変数 の平行箱ひげ図は 意味が無い!ことが多い
  • 8. 散布図 plot plot(bodydata) plot(height,weight) plot(weight~height) 45 40 weight 35 30 140 145 150 155 160 height
  • 9. 回帰直线 9 ? 散布図から右上がり,右下がりの直線的な傾向
  • 12. 12
  • 14. 共分散?相関係数 14 ? 散布図→直線的な傾向(回帰直线を引く) ? 直線的傾向の強弱を数値化 ? 右上がりか右下がりか ? どれだけ直線的傾向があるか 平均で分割した象限 第 I ,第 III 象限のデータ数」>「第 II ,第 IV 象限のデータ数」の場合には右上が 第 I ,第 III 象限のデータ数」<「第 II ,第 IV 象限のデータ数」の場合には右下が 傾向
  • 15. 15 ? 「第 I ,第 III 象限のデータ数」 - 「第 II ,第 IV 象限のデー タ数」 ? 正の場合は右上がり ? 負の場合は右下がり ? 最大の値は n – 0 = n ? 最小の値は 0 – n = – n 2 つのデータでデータサイズが異なると (nA と nB など),値により比較が しにくい。 ? 比較しやすいようにデータ数で割る 範囲は,-1から1 ± 1に近いほど傾向が強い ? ケンドール
  • 16. 后のために别表现 16 ケンドールの τ 係数
  • 17. 共分散 17 ? 共分散 ? データの単位に関係する ? どの程度強いか判定しに くい。
  • 19. R における共分散,相関係数 19 ? R で共分散を計算するには ? cov を使う cov(height, weight) ? var でも計算できる ? n-1 で割っていることを確認すること。 P 37 ? R で相関係数を計算 ? cor を使う ? cor(height, weight) ? この例では, 0.851212
  • 20. 相関係数の性质 20 ? -1 ≦ r xy≦1 ? 完全相関 r xy = ±1   1本の直線上にすべて の点 ? 無相関  r xy =0 相関(直線的な傾向)が無 い ? 計算結果が 0 だとしても関 係がないわけではない ? 直線的な関係以外
  • 21. -1 ≦ r xy≦1 21
  • 22. 完全相関 22 つまり直線状
  • 23. 散布図と相関係数 23 ? 散布図を見て,相関係数の値を読み取れるように練習。 ? testcor() ? 誤差は ±0.1 の範囲で。
  • 24. 顺位相関係数 24 ? データが順位( 1 位, 2 位,???)で与えられている場合 の相関係数→顺位相関係数 ? スピアマンの顺位相関係数 ? 順位を普通のデータとして相関係数を計算 A と B の相関係数
  • 25. 25 ? 順位の平均,分散 ? データは順位なので, 1 から n が一度ずつ出てくる。
  • 27. 27 ? よって相関係数は スピアマンの顺位相関係数
  • 28. ケンドールの顺位相関係数 28 ? 順位を全部に対してつけるのは難しい。 ? 順位をつけられない場合もある ? n 個の対象から取り出した nC2 組の 2 つの組み合わせに対して 大小関係をつける。 ? A,B の 2 名に大小関係をつけてもらう ? 一致した組数  K ? 不一致の組数  L ? M=K+L ? このとき ケンドールの順位相関係 数
  • 29. レポート ? 2 変量データ  cars データに対して分析を行え。 ? しめきり ?   月   日   時
  • 30. 多変量データのグラフ表现 30 ? iris データ ? 3 種類のアイリス(アヤメ)について各 50 個の花を, 4 ヶ所ずつ測定 したデータ ? がくの長さ ? がくの幅 ? 花弁の長さ ? 花弁の幅 ? 有名なデータで,統計の分野では,よく利用される。 ? iris で確認できる。
  • 31. 并行箱ひげ図 31 8 6 4 2 0 Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width
  • 32. 散布図行列 32 ? pairs(iris[1:4]) ? pairs(iris[1:4],pch=21,bg = c("red", "green3", "blue")[unclass(iris$Species)])
  • 33. 3 次元散布図 33 library(rgl) rgl.points(iris[1:50,1], iris[1:50,2], iris[1:50,3], color="red", size=3) rgl.points(iris[51:100,1], iris[51:100,2], iris[51:100,3], color="green", size=3) rgl.points(iris[101:150,1], iris[101:150,2], iris[101:150,3], color="blue", size=3) rgl.lines(c(0, max(iris[, 1])), c(0, 0), c(0, 0)) rgl.lines(c(0, 0), c(0, max(iris[, 2])), c(0, 0)) rgl.lines(c(0, 0), c(0, 0), c(0, max(iris[, 3]))) text3d(max(iris[, 1]), 0, 0, text = "X") text3d(0, max(iris[, 2]), 0, text = "Y") text3d(0, 0, max(iris[, 3]), text = "Z")
  • 34. パッケージのインストール ? > library(rgl) 以下にエラー library(rgl) : 'rgl' という名前のパッケージはあ りません ? パッケージ「 rgl 」がインストールされていない。 ? Rgui ウィンドウのメニュー「パッケージ」より ? CRAN ミラーサイトの設定 ? Japan(Aizu)  を選択(日本のどこでも可) ? パッケージのインストール ? rgl  を選択
  • 35. 35
  • 36. 平行座标プロット 36 library(MASS) parcoord(iris[1:4], col = 1 + (0:149)%/%50)
  • 37. 散布図と相関係数 37 ? 散布図を見て,相関係数の値を読み取れるように練習。 ? testcor() ? 誤差は ±0.1 の範囲で。